ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50241

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.002, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C6 A 0, 0.000, 0.003, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N2 A 0, 0.000, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.000, 0.004, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
O6 A 0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.000, 0.006, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.000, 0.008, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N7 A 0, 0.000, 0.008, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N9 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C8 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C2' A 0, 0.000, 0.016, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.016
O2' A 0, 0.000, 0.023, 0.046, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.023
O4' A 0, 0.000, 0.023, 0.047, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.023 std_dev=0.023
C3' A 0, 0.000, 0.041, 0.083, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.041 std_dev=0.041
O3' A 0, 0.000, 0.042, 0.083, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.042 std_dev=0.042
C4' A 0, 0.000, 0.054, 0.108, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.054 std_dev=0.054
O5' A 0, 0.000, 0.080, 0.159, 0.159 max_d=0.159 avg_d=0.080 std_dev=0.080
C5' A 0, 0.000, 0.080, 0.160, 0.160 max_d=0.160 avg_d=0.080 std_dev=0.080
P A 0, 0.000, 0.113, 0.226, 0.226 max_d=0.226 avg_d=0.113 std_dev=0.113
OP2 A 0, 0.000, 0.119, 0.238, 0.238 max_d=0.238 avg_d=0.119 std_dev=0.119
OP1 A 0, 0.000, 0.125, 0.251, 0.251 max_d=0.251 avg_d=0.125 std_dev=0.125
O3' B 0, 0.000, 0.129, 0.258, 0.258 max_d=0.258 avg_d=0.129 std_dev=0.129
C3' B 0, 0.000, 0.154, 0.307, 0.307 max_d=0.307 avg_d=0.154 std_dev=0.154
O4' B 0, 0.000, 0.154, 0.308, 0.308 max_d=0.308 avg_d=0.154 std_dev=0.154
C4' B 0, 0.000, 0.154, 0.309, 0.309 max_d=0.309 avg_d=0.154 std_dev=0.154
C1' B 0, 0.000, 0.155, 0.309, 0.309 max_d=0.309 avg_d=0.155 std_dev=0.155
C2' B 0, 0.000, 0.169, 0.337, 0.337 max_d=0.337 avg_d=0.169 std_dev=0.169
O2' B 0, 0.000, 0.171, 0.342, 0.342 max_d=0.342 avg_d=0.171 std_dev=0.171
O5' B 0, 0.000, 0.180, 0.360, 0.360 max_d=0.360 avg_d=0.180 std_dev=0.180
C5' B 0, 0.000, 0.181, 0.363, 0.363 max_d=0.363 avg_d=0.181 std_dev=0.181
N9 B 0, 0.000, 0.182, 0.364, 0.364 max_d=0.364 avg_d=0.182 std_dev=0.182
C8 B 0, 0.000, 0.188, 0.376, 0.376 max_d=0.376 avg_d=0.188 std_dev=0.188
P B 0, 0.000, 0.197, 0.394, 0.394 max_d=0.394 avg_d=0.197 std_dev=0.197
OP2 B 0, 0.000, 0.198, 0.396, 0.396 max_d=0.396 avg_d=0.198 std_dev=0.198
C4 B 0, 0.000, 0.210, 0.419, 0.419 max_d=0.419 avg_d=0.210 std_dev=0.210
N3 B 0, 0.000, 0.215, 0.429, 0.429 max_d=0.429 avg_d=0.215 std_dev=0.215
N7 B 0, 0.000, 0.218, 0.437, 0.437 max_d=0.437 avg_d=0.218 std_dev=0.218
OP1 B 0, 0.000, 0.226, 0.451, 0.451 max_d=0.451 avg_d=0.226 std_dev=0.226
C5 B 0, 0.000, 0.233, 0.466, 0.466 max_d=0.466 avg_d=0.233 std_dev=0.233
C2 B 0, 0.000, 0.247, 0.495, 0.495 max_d=0.495 avg_d=0.247 std_dev=0.247
C6 B 0, 0.000, 0.267, 0.535, 0.535 max_d=0.535 avg_d=0.267 std_dev=0.267
N1 B 0, 0.000, 0.273, 0.546, 0.546 max_d=0.546 avg_d=0.273 std_dev=0.273
N6 B 0, 0.000, 0.296, 0.591, 0.591 max_d=0.591 avg_d=0.296 std_dev=0.296

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02
C2 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00
C4 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01
C5' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02
C8 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01
N1 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02
N2 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01
N3 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00
N7 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00
N9 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01
O2' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01
O3' 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02
O5' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00
O6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.02
OP1 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.04 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.02 0.03 0.04 0.03 0.03 0.04 0.04 0.04 0.04 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00
C2 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02
C2' 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01
C3' 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
C4 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01
C4' 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02
C5 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
C5' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.04 0.03
C6 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01
C8 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.04 0.00 0.03 0.05 0.03 0.02 0.04 0.05 0.04 0.04 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02
N1 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02
N2 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03
N3 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02
N7 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.02 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01
N9 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.01 0.04 0.04 0.03 0.03 0.04 0.04 0.04 0.03 0.02 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00
O2' 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00
O3' 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
O4' 0.04 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03 0.04 0.02 0.03 0.04 0.03 0.03 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00
O5' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03
O6 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02
OP2 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
C2 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
C4 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
C5 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02
C5' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02
C8 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02
N1 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02
N3 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01
N6 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.03 0.03 0.03
N7 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02
N9 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
O2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
O3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
O5' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00