ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50242

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.002, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.002 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.000, 0.007, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.000, 0.009, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C8 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N7 A 0, 0.000, 0.014, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.014
N2 A 0, 0.000, 0.016, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.017
O6 A 0, 0.000, 0.024, 0.048, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.024 std_dev=0.024
C2' B 0, 0.000, 0.028, 0.056, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.028 std_dev=0.028
O5' A 0, 0.000, 0.028, 0.057, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.028 std_dev=0.028
C2' A 0, 0.000, 0.035, 0.069, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.035 std_dev=0.035
C8 B 0, 0.000, 0.043, 0.085, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.043 std_dev=0.043
O2' A 0, 0.000, 0.070, 0.140, 0.140 max_d=0.140 avg_d=0.070 std_dev=0.070
N9 B 0, 0.000, 0.078, 0.157, 0.157 max_d=0.157 avg_d=0.078 std_dev=0.078
O4' A 0, 0.000, 0.081, 0.162, 0.162 max_d=0.162 avg_d=0.081 std_dev=0.081
P A 0, 0.000, 0.097, 0.193, 0.193 max_d=0.193 avg_d=0.097 std_dev=0.097
C5' A 0, 0.000, 0.100, 0.199, 0.199 max_d=0.199 avg_d=0.100 std_dev=0.100
C3' A 0, 0.000, 0.103, 0.206, 0.206 max_d=0.206 avg_d=0.103 std_dev=0.103
C4' A 0, 0.000, 0.106, 0.212, 0.212 max_d=0.212 avg_d=0.106 std_dev=0.106
N7 B 0, 0.000, 0.123, 0.245, 0.245 max_d=0.245 avg_d=0.123 std_dev=0.123
C1' B 0, 0.000, 0.140, 0.280, 0.280 max_d=0.280 avg_d=0.140 std_dev=0.140
C4 B 0, 0.000, 0.158, 0.316, 0.316 max_d=0.316 avg_d=0.158 std_dev=0.158
C5 B 0, 0.000, 0.167, 0.333, 0.333 max_d=0.333 avg_d=0.167 std_dev=0.167
OP2 A 0, 0.000, 0.179, 0.358, 0.358 max_d=0.358 avg_d=0.179 std_dev=0.179
O2' B 0, 0.000, 0.195, 0.389, 0.389 max_d=0.389 avg_d=0.195 std_dev=0.195
O3' A 0, 0.000, 0.207, 0.414, 0.414 max_d=0.414 avg_d=0.207 std_dev=0.207
O5' B 0, 0.000, 0.212, 0.425, 0.425 max_d=0.425 avg_d=0.212 std_dev=0.212
OP1 A 0, 0.000, 0.228, 0.456, 0.456 max_d=0.456 avg_d=0.228 std_dev=0.228
N3 B 0, 0.000, 0.240, 0.480, 0.480 max_d=0.480 avg_d=0.240 std_dev=0.240
C5' B 0, 0.000, 0.240, 0.481, 0.481 max_d=0.481 avg_d=0.240 std_dev=0.240
C6 B 0, 0.000, 0.250, 0.501, 0.501 max_d=0.501 avg_d=0.250 std_dev=0.250
C4' B 0, 0.000, 0.261, 0.521, 0.521 max_d=0.521 avg_d=0.261 std_dev=0.261
O4' B 0, 0.000, 0.274, 0.548, 0.548 max_d=0.548 avg_d=0.274 std_dev=0.274
N6 B 0, 0.000, 0.292, 0.585, 0.585 max_d=0.585 avg_d=0.292 std_dev=0.292
C2 B 0, 0.000, 0.302, 0.603, 0.603 max_d=0.603 avg_d=0.302 std_dev=0.302
N1 B 0, 0.000, 0.311, 0.621, 0.621 max_d=0.621 avg_d=0.311 std_dev=0.311
C3' B 0, 0.000, 0.317, 0.634, 0.634 max_d=0.634 avg_d=0.317 std_dev=0.317
P B 0, 0.000, 0.333, 0.666, 0.666 max_d=0.666 avg_d=0.333 std_dev=0.333
O3' B 0, 0.000, 0.546, 1.091, 1.091 max_d=1.091 avg_d=0.546 std_dev=0.546
OP1 B 0, 0.000, 0.763, 1.525, 1.525 max_d=1.525 avg_d=0.763 std_dev=0.763
OP2 B 0, 0.000, 0.842, 1.684, 1.684 max_d=1.684 avg_d=0.842 std_dev=0.842

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.08 0.01
C2 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.04 0.00 0.00 0.01 0.11 0.02
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02 0.00 0.10 0.04
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02 0.07 0.04
C4 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.04 0.04 0.00 0.01 0.01 0.10 0.02
C4' 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.05 0.02
C5 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.05 0.05 0.00 0.01 0.02 0.12 0.03
C5' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.01 0.03 0.06 0.02 0.00
C6 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.05 0.05 0.00 0.00 0.02 0.12 0.03
C8 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.03 0.00 0.01 0.02 0.11 0.03
N1 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.05 0.05 0.01 0.00 0.01 0.12 0.03
N2 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.03 0.00 0.00 0.02 0.10 0.01
N3 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.03 0.03 0.00 0.00 0.02 0.10 0.01
N7 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.05 0.04 0.00 0.01 0.03 0.12 0.03
N9 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.03 0.00 0.02 0.01 0.10 0.01
O2' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.04 0.04 0.04 0.03 0.05 0.03 0.05 0.03 0.04 0.03 0.03 0.00 0.01 0.04 0.01 0.05 0.05 0.07 0.00
O3' 0.00 0.04 0.02 0.00 0.04 0.01 0.05 0.03 0.05 0.03 0.05 0.04 0.03 0.05 0.03 0.01 0.00 0.00 0.05 0.05 0.05 0.06 0.06
O4' 0.01 0.04 0.02 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.03 0.05 0.03 0.03 0.04 0.03 0.04 0.00 0.00 0.00 0.06 0.06 0.07 0.00
O5' 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
O6 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.05 0.06 0.01 0.00 0.05 0.13 0.05
OP1 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02 0.06 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.05 0.05 0.06 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00
OP2 0.08 0.11 0.10 0.07 0.10 0.05 0.12 0.02 0.12 0.11 0.12 0.10 0.10 0.12 0.10 0.07 0.06 0.07 0.01 0.13 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.02 0.04 0.04 0.02 0.02 0.03 0.00 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.06 0.00 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.01 0.13 0.01 0.13 0.08 0.08 0.07 0.03 0.10 0.00 0.13 0.11 0.09 0.02 0.04 0.13 0.09 0.08 0.03 0.36 0.12 0.07
C2 0.06 0.21 0.00 0.05 0.11 0.01 0.07 0.02 0.12 0.02 0.20 0.17 0.07 0.02 0.05 0.11 0.05 0.01 0.00 0.50 0.02 0.13
C2' 0.03 0.10 0.03 0.17 0.06 0.11 0.08 0.06 0.10 0.01 0.12 0.08 0.11 0.03 0.02 0.09 0.13 0.13 0.07 0.39 0.00 0.13
C3' 0.04 0.14 0.03 0.14 0.12 0.07 0.13 0.02 0.15 0.08 0.15 0.13 0.15 0.11 0.09 0.14 0.13 0.07 0.03 0.21 0.12 0.03
C4 0.06 0.18 0.01 0.06 0.10 0.02 0.06 0.02 0.10 0.01 0.16 0.16 0.05 0.02 0.06 0.12 0.03 0.02 0.01 0.46 0.06 0.10
C4' 0.03 0.10 0.02 0.14 0.08 0.07 0.09 0.00 0.10 0.06 0.10 0.09 0.10 0.07 0.07 0.13 0.16 0.07 0.02 0.09 0.36 0.10
C5 0.07 0.18 0.00 0.02 0.09 0.01 0.02 0.04 0.04 0.03 0.13 0.16 0.02 0.05 0.05 0.10 0.08 0.01 0.03 0.47 0.07 0.09
C5' 0.02 0.07 0.02 0.14 0.06 0.06 0.06 0.01 0.07 0.05 0.07 0.07 0.06 0.05 0.05 0.13 0.20 0.06 0.05 0.00 0.51 0.17
C6 0.07 0.19 0.00 0.00 0.08 0.02 0.01 0.05 0.03 0.03 0.14 0.16 0.05 0.06 0.05 0.09 0.11 0.03 0.04 0.49 0.04 0.10
C8 0.04 0.11 0.01 0.06 0.06 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.07 0.11 0.00 0.04 0.04 0.12 0.01 0.02 0.04 0.39 0.16 0.04
N1 0.07 0.21 0.00 0.02 0.09 0.01 0.04 0.04 0.08 0.02 0.18 0.17 0.01 0.05 0.05 0.09 0.09 0.02 0.02 0.51 0.01 0.13
N2 0.06 0.21 0.01 0.05 0.11 0.02 0.07 0.02 0.13 0.01 0.21 0.17 0.10 0.01 0.06 0.11 0.05 0.01 0.01 0.50 0.05 0.14
N3 0.05 0.20 0.00 0.07 0.11 0.03 0.08 0.01 0.13 0.01 0.19 0.16 0.10 0.01 0.06 0.12 0.02 0.03 0.01 0.48 0.00 0.12
N7 0.06 0.12 0.00 0.02 0.06 0.01 0.01 0.05 0.00 0.03 0.06 0.13 0.05 0.06 0.04 0.10 0.08 0.02 0.05 0.42 0.13 0.05
N9 0.03 0.13 0.01 0.09 0.08 0.04 0.05 0.01 0.07 0.02 0.12 0.12 0.04 0.02 0.04 0.12 0.03 0.05 0.00 0.42 0.11 0.08
O2' 0.03 0.09 0.02 0.16 0.05 0.11 0.06 0.07 0.09 0.01 0.10 0.07 0.10 0.02 0.01 0.10 0.14 0.14 0.08 0.33 0.05 0.13
O3' 0.06 0.17 0.06 0.13 0.16 0.06 0.19 0.02 0.20 0.15 0.19 0.15 0.21 0.19 0.13 0.13 0.14 0.05 0.05 0.01 0.01 0.00
O4' 0.01 0.08 0.01 0.14 0.06 0.07 0.05 0.01 0.07 0.01 0.08 0.08 0.06 0.02 0.04 0.12 0.14 0.08 0.01 0.22 0.30 0.03
O5' 0.01 0.04 0.01 0.15 0.02 0.09 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.04 0.01 0.00 0.01 0.12 0.19 0.08 0.02 0.11 0.40 0.09
O6 0.07 0.17 0.01 0.01 0.06 0.03 0.03 0.06 0.02 0.04 0.09 0.14 0.11 0.08 0.03 0.06 0.15 0.05 0.04 0.49 0.04 0.10
OP1 0.14 0.10 0.13 0.28 0.09 0.21 0.07 0.12 0.06 0.07 0.08 0.11 0.05 0.06 0.10 0.06 0.45 0.20 0.02 0.02 0.53 0.15
OP2 0.08 0.15 0.10 0.08 0.14 0.07 0.15 0.00 0.16 0.12 0.16 0.13 0.17 0.14 0.11 0.05 0.13 0.08 0.04 0.15 0.41 0.08
P 0.07 0.05 0.08 0.18 0.06 0.13 0.06 0.05 0.05 0.06 0.05 0.05 0.05 0.06 0.06 0.02 0.27 0.12 0.01 0.09 0.46 0.11

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.10 0.00 0.06 0.26 0.00 0.05
C2 0.02 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.14 0.04 0.09 0.39 0.01 0.04
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.09 0.03 0.00 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.12 0.14 0.20 0.06
C3' 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.12 0.06 0.05
C4 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.11 0.01 0.09 0.38 0.01 0.05
C4' 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.05 0.07 0.06
C5 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.00 0.08 0.42 0.05 0.07
C5' 0.04 0.08 0.09 0.02 0.08 0.01 0.09 0.00 0.09 0.09 0.09 0.08 0.09 0.09 0.08 0.09 0.06 0.02 0.01 0.11 0.11 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.10 0.01 0.08 0.43 0.05 0.07
C8 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.04 0.07 0.39 0.09 0.08
N1 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.12 0.03 0.09 0.42 0.02 0.06
N3 0.02 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.15 0.04 0.09 0.36 0.02 0.04
N6 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.00 0.07 0.43 0.08 0.08
N7 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.03 0.07 0.43 0.10 0.09
N9 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.01 0.08 0.34 0.03 0.05
O2' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.09 0.01 0.03 0.03 0.04 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.16 0.12 0.32 0.13
O3' 0.10 0.14 0.00 0.00 0.11 0.01 0.08 0.06 0.10 0.04 0.12 0.15 0.08 0.05 0.08 0.03 0.00 0.11 0.06 0.11 0.02 0.07
O4' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.03 0.04 0.00 0.03 0.01 0.01 0.11 0.00 0.05 0.26 0.19 0.16
O5' 0.06 0.09 0.12 0.04 0.09 0.03 0.08 0.01 0.08 0.07 0.09 0.09 0.07 0.07 0.08 0.16 0.06 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01
OP1 0.26 0.39 0.14 0.12 0.38 0.05 0.42 0.11 0.43 0.39 0.42 0.36 0.43 0.43 0.34 0.12 0.11 0.26 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.00 0.01 0.20 0.06 0.01 0.07 0.05 0.11 0.05 0.09 0.02 0.02 0.08 0.10 0.03 0.32 0.02 0.19 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.04 0.06 0.05 0.05 0.06 0.07 0.01 0.07 0.08 0.06 0.04 0.08 0.09 0.05 0.13 0.07 0.16 0.01 0.00 0.00 0.00