ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50245

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.000, 0.008, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N2 A 0, 0.000, 0.009, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.000, 0.010, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.000, 0.010, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.010
N9 A 0, 0.000, 0.011, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
O6 A 0, 0.000, 0.021, 0.041, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.021 std_dev=0.021
C8 A 0, 0.000, 0.025, 0.049, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.025 std_dev=0.025
N7 A 0, 0.000, 0.028, 0.056, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.028 std_dev=0.028
O4' A 0, 0.000, 0.101, 0.202, 0.202 max_d=0.202 avg_d=0.101 std_dev=0.101
C2' A 0, 0.000, 0.103, 0.205, 0.205 max_d=0.205 avg_d=0.103 std_dev=0.103
O2' A 0, 0.000, 0.146, 0.292, 0.292 max_d=0.292 avg_d=0.146 std_dev=0.146
C3' A 0, 0.000, 0.151, 0.303, 0.303 max_d=0.303 avg_d=0.151 std_dev=0.151
C4' A 0, 0.000, 0.164, 0.328, 0.328 max_d=0.328 avg_d=0.164 std_dev=0.164
O3' A 0, 0.000, 0.171, 0.343, 0.343 max_d=0.343 avg_d=0.171 std_dev=0.171
O3' B 0, 0.000, 0.257, 0.514, 0.514 max_d=0.514 avg_d=0.257 std_dev=0.257
C5' A 0, 0.000, 0.305, 0.611, 0.611 max_d=0.611 avg_d=0.305 std_dev=0.305
O5' A 0, 0.000, 0.341, 0.683, 0.683 max_d=0.683 avg_d=0.341 std_dev=0.341
P A 0, 0.000, 0.348, 0.696, 0.696 max_d=0.696 avg_d=0.348 std_dev=0.348
O2' B 0, 0.000, 0.364, 0.728, 0.728 max_d=0.728 avg_d=0.364 std_dev=0.364
OP2 A 0, 0.000, 0.379, 0.758, 0.758 max_d=0.758 avg_d=0.379 std_dev=0.379
OP1 A 0, 0.000, 0.510, 1.021, 1.021 max_d=1.021 avg_d=0.510 std_dev=0.510
C3' B 0, 0.000, 0.533, 1.065, 1.065 max_d=1.065 avg_d=0.533 std_dev=0.533
C2' B 0, 0.000, 0.537, 1.073, 1.073 max_d=1.073 avg_d=0.537 std_dev=0.537
C4' B 0, 0.000, 0.592, 1.185, 1.185 max_d=1.185 avg_d=0.592 std_dev=0.592
N3 B 0, 0.000, 0.639, 1.278, 1.278 max_d=1.278 avg_d=0.639 std_dev=0.639
O4' B 0, 0.000, 0.680, 1.360, 1.360 max_d=1.360 avg_d=0.680 std_dev=0.680
C1' B 0, 0.000, 0.688, 1.375, 1.375 max_d=1.375 avg_d=0.688 std_dev=0.688
C2 B 0, 0.000, 0.689, 1.377, 1.377 max_d=1.377 avg_d=0.689 std_dev=0.689
C5' B 0, 0.000, 0.788, 1.576, 1.576 max_d=1.576 avg_d=0.788 std_dev=0.788
P B 0, 0.000, 0.825, 1.650, 1.650 max_d=1.650 avg_d=0.825 std_dev=0.825
C4 B 0, 0.000, 0.837, 1.674, 1.674 max_d=1.674 avg_d=0.837 std_dev=0.837
N1 B 0, 0.000, 0.889, 1.777, 1.777 max_d=1.777 avg_d=0.889 std_dev=0.889
N9 B 0, 0.000, 0.901, 1.802, 1.802 max_d=1.802 avg_d=0.901 std_dev=0.901
O5' B 0, 0.000, 0.970, 1.939, 1.939 max_d=1.939 avg_d=0.970 std_dev=0.970
C5 B 0, 0.000, 1.169, 2.337, 2.337 max_d=2.337 avg_d=1.169 std_dev=1.169
C6 B 0, 0.000, 1.174, 2.348, 2.348 max_d=2.348 avg_d=1.174 std_dev=1.174
C8 B 0, 0.000, 1.300, 2.601, 2.601 max_d=2.601 avg_d=1.300 std_dev=1.300
N6 B 0, 0.000, 1.492, 2.984, 2.984 max_d=2.984 avg_d=1.492 std_dev=1.492
N7 B 0, 0.000, 1.493, 2.985, 2.985 max_d=2.985 avg_d=1.493 std_dev=1.493
OP1 B 0, 0.000, 1.535, 3.069, 3.069 max_d=3.069 avg_d=1.535 std_dev=1.535
OP2 B 0, 0.000, 2.052, 4.104, 4.104 max_d=4.104 avg_d=2.052 std_dev=2.052

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.01 0.04 0.00 0.00
C2 0.01 0.00 0.00 0.06 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.06 0.00 0.17 0.00 0.15 0.14 0.11
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.07 0.05
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.05 0.07 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.03 0.01 0.10 0.08
C4 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.16 0.00 0.11 0.10 0.08
C4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.05 0.03 0.04 0.04 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.03 0.03 0.02
C5 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.20 0.01 0.14 0.15 0.12
C5' 0.02 0.09 0.00 0.01 0.08 0.00 0.10 0.00 0.11 0.07 0.10 0.09 0.07 0.10 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.13 0.04 0.00 0.00
C6 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.01 0.21 0.00 0.17 0.19 0.15
C8 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.15 0.00 0.07 0.06 0.06
N1 0.01 0.00 0.01 0.05 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.01 0.20 0.00 0.17 0.18 0.14
N2 0.01 0.00 0.02 0.07 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.08 0.00 0.16 0.01 0.15 0.14 0.11
N3 0.01 0.00 0.01 0.05 0.00 0.03 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.15 0.00 0.12 0.11 0.08
N7 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.19 0.01 0.11 0.13 0.11
N9 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.13 0.00 0.07 0.05 0.04
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.01 0.05 0.04 0.04 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.04 0.01 0.08 0.05
O3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.08 0.05 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.13 0.02 0.00 0.14 0.10
O4' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.05 0.02 0.02 0.00 0.01
O5' 0.06 0.17 0.02 0.07 0.16 0.01 0.20 0.00 0.21 0.15 0.20 0.16 0.15 0.19 0.13 0.04 0.13 0.05 0.00 0.23 0.00 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.05 0.01 0.13 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.02 0.02 0.23 0.00 0.19 0.23 0.18
OP1 0.04 0.15 0.01 0.01 0.11 0.03 0.14 0.04 0.17 0.07 0.17 0.15 0.12 0.11 0.07 0.01 0.00 0.02 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00
OP2 0.00 0.14 0.07 0.10 0.10 0.03 0.15 0.00 0.19 0.06 0.18 0.14 0.11 0.13 0.05 0.08 0.14 0.00 0.01 0.23 0.00 0.00 0.01
P 0.00 0.11 0.05 0.08 0.08 0.02 0.12 0.00 0.15 0.06 0.14 0.11 0.08 0.11 0.04 0.05 0.10 0.01 0.00 0.18 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.13 0.16 0.12 0.14 0.13 0.12 0.31 0.14 0.22 0.54 0.01 0.13 0.33 0.56 0.27 0.01 0.11 0.12 0.02 0.65 0.49 0.23
C2 0.03 0.15 0.02 0.03 0.09 0.03 0.29 0.04 0.22 0.48 0.01 0.14 0.36 0.53 0.20 0.06 0.06 0.01 0.19 0.94 0.24 0.19
C2' 0.15 0.15 0.16 0.16 0.13 0.13 0.29 0.13 0.20 0.52 0.02 0.12 0.30 0.52 0.27 0.06 0.14 0.14 0.05 0.69 0.39 0.21
C3' 0.16 0.13 0.19 0.17 0.13 0.12 0.27 0.10 0.18 0.48 0.01 0.09 0.27 0.47 0.26 0.10 0.16 0.14 0.07 0.59 0.29 0.16
C4 0.06 0.16 0.03 0.05 0.10 0.06 0.28 0.09 0.21 0.49 0.01 0.14 0.33 0.53 0.21 0.05 0.07 0.05 0.13 0.86 0.34 0.21
C4' 0.14 0.16 0.17 0.15 0.11 0.09 0.26 0.08 0.16 0.47 0.03 0.12 0.25 0.46 0.25 0.06 0.09 0.12 0.05 0.41 0.37 0.13
C5 0.01 0.17 0.03 0.00 0.06 0.03 0.24 0.07 0.17 0.44 0.03 0.16 0.30 0.47 0.16 0.09 0.04 0.01 0.18 0.93 0.24 0.20
C5' 0.12 0.14 0.17 0.12 0.09 0.05 0.21 0.01 0.13 0.40 0.03 0.11 0.20 0.38 0.21 0.08 0.04 0.09 0.09 0.24 0.25 0.04
C6 0.03 0.17 0.06 0.04 0.04 0.00 0.23 0.02 0.17 0.40 0.03 0.17 0.30 0.45 0.13 0.11 0.02 0.03 0.24 1.00 0.12 0.17
C8 0.06 0.17 0.02 0.07 0.08 0.11 0.25 0.16 0.16 0.48 0.04 0.16 0.27 0.49 0.20 0.06 0.08 0.08 0.07 0.76 0.41 0.23
N1 0.00 0.16 0.03 0.02 0.06 0.00 0.26 0.01 0.20 0.43 0.01 0.16 0.33 0.49 0.16 0.09 0.04 0.02 0.23 0.99 0.15 0.17
N2 0.04 0.14 0.03 0.03 0.11 0.02 0.31 0.03 0.25 0.50 0.02 0.13 0.39 0.55 0.21 0.05 0.06 0.02 0.19 0.96 0.24 0.20
N3 0.06 0.15 0.05 0.06 0.11 0.06 0.31 0.07 0.23 0.51 0.01 0.13 0.36 0.55 0.23 0.04 0.07 0.05 0.14 0.88 0.33 0.21
N7 0.00 0.18 0.04 0.01 0.04 0.05 0.21 0.11 0.14 0.42 0.05 0.17 0.25 0.44 0.15 0.10 0.04 0.02 0.16 0.89 0.28 0.20
N9 0.09 0.16 0.07 0.10 0.11 0.10 0.29 0.13 0.20 0.51 0.01 0.14 0.32 0.53 0.24 0.03 0.09 0.09 0.07 0.76 0.42 0.23
O2' 0.13 0.20 0.15 0.15 0.11 0.11 0.27 0.12 0.17 0.50 0.06 0.15 0.27 0.51 0.25 0.05 0.11 0.13 0.04 0.61 0.43 0.20
O3' 0.15 0.15 0.20 0.17 0.11 0.10 0.23 0.06 0.14 0.43 0.04 0.10 0.22 0.42 0.24 0.13 0.14 0.13 0.09 0.53 0.22 0.13
O4' 0.15 0.15 0.14 0.17 0.14 0.13 0.31 0.15 0.21 0.54 0.01 0.12 0.32 0.55 0.28 0.01 0.10 0.14 0.02 0.51 0.52 0.21
O5' 0.06 0.15 0.09 0.03 0.03 0.00 0.12 0.07 0.06 0.29 0.07 0.13 0.11 0.27 0.13 0.08 0.00 0.04 0.24 0.24 0.01 0.08
O6 0.07 0.18 0.10 0.09 0.01 0.04 0.18 0.02 0.14 0.34 0.04 0.18 0.26 0.39 0.08 0.14 0.01 0.08 0.30 1.04 0.01 0.13
OP1 0.11 0.05 0.17 0.06 0.07 0.01 0.12 0.10 0.07 0.22 0.00 0.03 0.10 0.20 0.14 0.20 0.02 0.09 0.14 0.03 0.05 0.11
OP2 0.03 0.14 0.01 0.09 0.03 0.07 0.03 0.19 0.01 0.13 0.09 0.13 0.03 0.12 0.03 0.05 0.00 0.04 0.41 0.23 0.34 0.20
P 0.03 0.13 0.07 0.00 0.01 0.01 0.09 0.09 0.03 0.22 0.07 0.12 0.08 0.21 0.10 0.07 0.00 0.03 0.23 0.13 0.06 0.11

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.12 0.72 0.18 0.18
C2 0.00 0.00 0.15 0.08 0.01 0.02 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.24 0.23 0.06 0.27 0.83 0.55 0.05
C2' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.04 0.12 0.11 0.15 0.02 0.09 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.51 0.21 0.18
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.03 0.00 0.12 0.00 0.07 0.26 0.01 0.08 0.12 0.23 0.11 0.03 0.00 0.01 0.07 0.23 0.17 0.13
C4 0.00 0.01 0.05 0.03 0.00 0.04 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.12 0.05 0.04 0.33 0.82 0.54 0.03
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.07 0.16 0.02 0.03 0.10 0.15 0.07 0.02 0.03 0.00 0.00 0.23 0.01 0.10
C5 0.00 0.01 0.00 0.12 0.00 0.09 0.00 0.21 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.06 0.03 0.46 0.82 0.73 0.08
C5' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.13 0.00 0.21 0.00 0.20 0.25 0.14 0.05 0.24 0.28 0.14 0.03 0.06 0.01 0.00 0.07 0.13 0.01
C6 0.00 0.01 0.04 0.07 0.01 0.07 0.00 0.20 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.01 0.04 0.45 0.82 0.78 0.10
C8 0.00 0.01 0.12 0.26 0.01 0.16 0.00 0.25 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.26 0.01 0.52 0.81 0.66 0.08
N1 0.01 0.00 0.11 0.01 0.01 0.02 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.20 0.14 0.05 0.36 0.83 0.69 0.03
N3 0.00 0.00 0.15 0.08 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.23 0.23 0.05 0.23 0.81 0.46 0.09
N6 0.00 0.01 0.02 0.12 0.01 0.10 0.00 0.24 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.06 0.04 0.52 0.78 0.90 0.17
N7 0.00 0.01 0.09 0.23 0.01 0.15 0.00 0.28 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.23 0.01 0.57 0.79 0.83 0.16
N9 0.00 0.01 0.03 0.11 0.00 0.07 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.01 0.33 0.81 0.45 0.06
O2' 0.00 0.24 0.00 0.03 0.12 0.02 0.07 0.03 0.13 0.06 0.20 0.23 0.11 0.02 0.01 0.00 0.13 0.03 0.04 0.41 0.14 0.17
O3' 0.04 0.23 0.06 0.00 0.05 0.03 0.06 0.06 0.01 0.26 0.14 0.23 0.06 0.23 0.06 0.13 0.00 0.00 0.08 0.12 0.22 0.00
O4' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.05 0.05 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.09 0.69 0.02 0.22
O5' 0.12 0.27 0.00 0.07 0.33 0.00 0.46 0.00 0.45 0.52 0.36 0.23 0.52 0.57 0.33 0.04 0.08 0.09 0.00 0.00 0.06 0.00
OP1 0.72 0.83 0.51 0.23 0.82 0.23 0.82 0.07 0.82 0.81 0.83 0.81 0.78 0.79 0.81 0.41 0.12 0.69 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.18 0.55 0.21 0.17 0.54 0.01 0.73 0.13 0.78 0.66 0.69 0.46 0.90 0.83 0.45 0.14 0.22 0.02 0.06 0.00 0.00 0.01
P 0.18 0.05 0.18 0.13 0.03 0.10 0.08 0.01 0.10 0.08 0.03 0.09 0.17 0.16 0.06 0.17 0.00 0.22 0.00 0.00 0.01 0.00