ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50246

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.000, 0.010, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.000, 0.011, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.000, 0.011, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N7 A 0, 0.000, 0.021, 0.041, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.021 std_dev=0.021
C1' A 0, 0.000, 0.021, 0.043, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.021 std_dev=0.021
C8 A 0, 0.000, 0.027, 0.054, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.027 std_dev=0.027
N2 A 0, 0.000, 0.034, 0.068, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.034 std_dev=0.034
N9 A 0, 0.000, 0.041, 0.082, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.041 std_dev=0.041
O6 A 0, 0.000, 0.044, 0.089, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.044 std_dev=0.044
O4' A 0, 0.000, 0.124, 0.247, 0.247 max_d=0.247 avg_d=0.124 std_dev=0.124
C6 B 0, 0.000, 0.153, 0.306, 0.306 max_d=0.306 avg_d=0.153 std_dev=0.153
C4 B 0, 0.000, 0.201, 0.403, 0.403 max_d=0.403 avg_d=0.201 std_dev=0.201
C2' A 0, 0.000, 0.235, 0.471, 0.471 max_d=0.471 avg_d=0.235 std_dev=0.235
C4' A 0, 0.000, 0.330, 0.660, 0.660 max_d=0.660 avg_d=0.330 std_dev=0.330
O5' A 0, 0.000, 0.397, 0.794, 0.794 max_d=0.794 avg_d=0.397 std_dev=0.397
O2' B 0, 0.000, 0.412, 0.824, 0.824 max_d=0.824 avg_d=0.412 std_dev=0.412
N6 B 0, 0.000, 0.429, 0.858, 0.858 max_d=0.858 avg_d=0.429 std_dev=0.429
OP2 A 0, 0.000, 0.452, 0.903, 0.903 max_d=0.903 avg_d=0.452 std_dev=0.452
O3' B 0, 0.000, 0.472, 0.943, 0.943 max_d=0.943 avg_d=0.472 std_dev=0.472
P A 0, 0.000, 0.473, 0.946, 0.946 max_d=0.946 avg_d=0.473 std_dev=0.473
C3' B 0, 0.000, 0.510, 1.020, 1.020 max_d=1.020 avg_d=0.510 std_dev=0.510
C3' A 0, 0.000, 0.516, 1.032, 1.032 max_d=1.032 avg_d=0.516 std_dev=0.516
C5' A 0, 0.000, 0.525, 1.049, 1.049 max_d=1.049 avg_d=0.525 std_dev=0.525
C2' B 0, 0.000, 0.532, 1.065, 1.065 max_d=1.065 avg_d=0.532 std_dev=0.532
O2' A 0, 0.000, 0.549, 1.098, 1.098 max_d=1.098 avg_d=0.549 std_dev=0.549
C4' B 0, 0.000, 0.572, 1.145, 1.145 max_d=1.145 avg_d=0.572 std_dev=0.572
O5' B 0, 0.000, 0.592, 1.185, 1.185 max_d=1.185 avg_d=0.592 std_dev=0.592
OP1 A 0, 0.000, 0.599, 1.199, 1.199 max_d=1.199 avg_d=0.599 std_dev=0.599
C5' B 0, 0.000, 0.618, 1.237, 1.237 max_d=1.237 avg_d=0.618 std_dev=0.618
C1' B 0, 0.000, 0.638, 1.276, 1.276 max_d=1.276 avg_d=0.638 std_dev=0.638
C5 B 0, 0.000, 0.654, 1.307, 1.307 max_d=1.307 avg_d=0.654 std_dev=0.654
O4' B 0, 0.000, 0.674, 1.347, 1.347 max_d=1.347 avg_d=0.674 std_dev=0.674
N9 B 0, 0.000, 0.851, 1.702, 1.702 max_d=1.702 avg_d=0.851 std_dev=0.851
P B 0, 0.000, 0.927, 1.855, 1.855 max_d=1.855 avg_d=0.927 std_dev=0.927
OP1 B 0, 0.000, 0.983, 1.966, 1.966 max_d=1.966 avg_d=0.983 std_dev=0.983
O3' A 0, 0.000, 1.042, 2.085, 2.085 max_d=2.085 avg_d=1.042 std_dev=1.042
OP2 B 0, 0.000, 1.049, 2.098, 2.098 max_d=2.098 avg_d=1.049 std_dev=1.049
N3 B 0, 0.000, 1.435, 2.870, 2.870 max_d=2.870 avg_d=1.435 std_dev=1.435
N1 B 0, 0.000, 1.451, 2.903, 2.903 max_d=2.903 avg_d=1.451 std_dev=1.451
N7 B 0, 0.000, 2.007, 4.014, 4.014 max_d=4.014 avg_d=2.007 std_dev=2.007
C2 B 0, 0.000, 2.021, 4.042, 4.042 max_d=4.042 avg_d=2.021 std_dev=2.021
C8 B 0, 0.000, 2.058, 4.116, 4.116 max_d=4.116 avg_d=2.058 std_dev=2.058

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.07 0.03 0.15 0.12 0.14
C2 0.02 0.00 0.09 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.25 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.02
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.02 0.06 0.05 0.12 0.10 0.04 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02
C3' 0.03 0.02 0.00 0.00 0.11 0.00 0.19 0.00 0.16 0.26 0.10 0.03 0.01 0.26 0.14 0.00 0.02 0.01 0.10 0.19 0.07 0.17 0.11
C4 0.02 0.00 0.03 0.11 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.13 0.13 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02
C4' 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.06 0.13 0.02 0.05 0.03 0.12 0.05 0.11 0.04 0.01 0.01 0.07 0.05 0.00 0.03
C5 0.02 0.01 0.00 0.19 0.00 0.07 0.00 0.14 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.09 0.27 0.02 0.07 0.01 0.04 0.07 0.04
C5' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.08 0.01 0.14 0.00 0.13 0.18 0.09 0.00 0.02 0.20 0.09 0.11 0.01 0.00 0.00 0.15 0.02 0.02 0.02
C6 0.02 0.01 0.02 0.16 0.00 0.06 0.00 0.13 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.14 0.26 0.02 0.07 0.00 0.06 0.10 0.07
C8 0.01 0.01 0.06 0.26 0.00 0.13 0.00 0.18 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.34 0.03 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01
N1 0.02 0.01 0.05 0.10 0.00 0.02 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.20 0.14 0.02 0.04 0.02 0.02 0.08 0.03
N2 0.02 0.01 0.12 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.31 0.09 0.02 0.03 0.04 0.06 0.03 0.03
N3 0.02 0.00 0.10 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.24 0.03 0.02 0.03 0.01 0.07 0.01 0.06
N7 0.02 0.01 0.04 0.26 0.00 0.12 0.00 0.20 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.38 0.03 0.11 0.01 0.07 0.08 0.08
N9 0.01 0.00 0.01 0.14 0.00 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.15 0.01 0.00 0.02 0.07 0.05 0.06
O2' 0.01 0.25 0.00 0.00 0.13 0.11 0.09 0.11 0.14 0.04 0.20 0.31 0.24 0.01 0.03 0.00 0.14 0.10 0.12 0.12 0.06 0.08 0.06
O3' 0.02 0.01 0.04 0.02 0.13 0.04 0.27 0.01 0.26 0.34 0.14 0.09 0.03 0.38 0.15 0.14 0.00 0.03 0.29 0.32 0.26 0.46 0.32
O4' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.10 0.03 0.00 0.14 0.03 0.21 0.21 0.22
O5' 0.07 0.01 0.01 0.10 0.01 0.01 0.07 0.00 0.07 0.08 0.04 0.03 0.03 0.11 0.00 0.12 0.29 0.14 0.00 0.09 0.01 0.00 0.00
O6 0.03 0.02 0.01 0.19 0.01 0.07 0.01 0.15 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.02 0.12 0.32 0.03 0.09 0.00 0.09 0.13 0.09
OP1 0.15 0.04 0.03 0.07 0.04 0.05 0.04 0.02 0.06 0.01 0.02 0.06 0.07 0.07 0.07 0.06 0.26 0.21 0.01 0.09 0.00 0.00 0.00
OP2 0.12 0.03 0.02 0.17 0.00 0.00 0.07 0.02 0.10 0.00 0.08 0.03 0.01 0.08 0.05 0.08 0.46 0.21 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00
P 0.14 0.02 0.02 0.11 0.02 0.03 0.04 0.02 0.07 0.01 0.03 0.03 0.06 0.08 0.06 0.06 0.32 0.22 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.40 1.11 0.31 0.24 0.05 0.23 0.37 0.24 0.04 1.30 0.70 0.89 0.21 1.12 0.55 0.26 0.21 0.34 0.27 0.11 0.19 0.23
C2 0.24 1.30 0.18 0.12 0.12 0.13 0.36 0.18 0.10 1.21 0.92 0.94 0.23 1.21 0.44 0.12 0.07 0.22 0.16 0.09 0.01 0.05
C2' 0.32 1.13 0.20 0.13 0.08 0.15 0.37 0.14 0.03 1.26 0.72 0.90 0.25 1.14 0.50 0.15 0.10 0.28 0.20 0.02 0.10 0.14
C3' 0.12 1.14 0.02 0.05 0.25 0.01 0.13 0.03 0.20 0.90 0.78 0.97 0.04 0.79 0.25 0.08 0.06 0.10 0.05 0.11 0.05 0.00
C4 0.26 1.21 0.20 0.13 0.12 0.13 0.33 0.17 0.08 1.21 0.80 0.94 0.19 1.12 0.45 0.16 0.08 0.21 0.18 0.05 0.03 0.08
C4' 0.23 0.94 0.12 0.08 0.15 0.09 0.19 0.06 0.11 0.91 0.62 0.80 0.10 0.78 0.33 0.06 0.07 0.19 0.15 0.04 0.10 0.13
C5 0.16 1.01 0.13 0.06 0.13 0.06 0.25 0.11 0.09 0.95 0.67 0.80 0.15 0.90 0.34 0.10 0.00 0.12 0.13 0.14 0.05 0.00
C5' 0.02 0.86 0.07 0.08 0.28 0.09 0.02 0.12 0.24 0.52 0.62 0.77 0.09 0.41 0.08 0.09 0.07 0.02 0.02 0.03 0.00 0.03
C6 0.12 0.98 0.09 0.03 0.13 0.04 0.23 0.10 0.09 0.85 0.68 0.75 0.15 0.85 0.29 0.06 0.02 0.10 0.10 0.19 0.11 0.05
C8 0.21 0.85 0.18 0.10 0.11 0.07 0.21 0.11 0.07 0.88 0.53 0.74 0.11 0.74 0.35 0.19 0.03 0.13 0.17 0.06 0.03 0.07
N1 0.17 1.15 0.12 0.06 0.13 0.08 0.30 0.13 0.10 1.01 0.82 0.84 0.20 1.03 0.35 0.08 0.02 0.15 0.11 0.16 0.08 0.02
N2 0.25 1.34 0.18 0.13 0.11 0.15 0.37 0.20 0.10 1.23 0.97 0.95 0.25 1.26 0.45 0.12 0.09 0.24 0.16 0.08 0.00 0.06
N3 0.29 1.34 0.22 0.15 0.11 0.17 0.38 0.20 0.09 1.31 0.91 0.99 0.23 1.27 0.49 0.17 0.11 0.26 0.19 0.03 0.05 0.10
N7 0.11 0.77 0.10 0.02 0.13 0.01 0.17 0.06 0.08 0.73 0.50 0.67 0.10 0.65 0.26 0.10 0.04 0.06 0.12 0.16 0.06 0.02
N9 0.30 1.11 0.24 0.16 0.11 0.14 0.30 0.17 0.08 1.18 0.71 0.92 0.16 1.02 0.47 0.21 0.12 0.23 0.21 0.00 0.08 0.12
O2' 0.35 1.09 0.21 0.10 0.00 0.13 0.50 0.11 0.10 1.38 0.64 0.86 0.41 1.31 0.57 0.15 0.06 0.30 0.16 0.02 0.10 0.12
O3' 0.07 1.12 0.14 0.18 0.25 0.07 0.14 0.11 0.17 0.88 0.76 0.95 0.08 0.80 0.22 0.25 0.19 0.08 0.04 0.26 0.16 0.12
O4' 0.36 0.96 0.31 0.26 0.09 0.22 0.25 0.20 0.09 1.05 0.61 0.81 0.11 0.86 0.45 0.27 0.26 0.29 0.27 0.16 0.22 0.25
O5' 0.10 0.65 0.01 0.01 0.16 0.02 0.06 0.05 0.13 0.51 0.44 0.57 0.00 0.42 0.15 0.01 0.01 0.05 0.12 0.01 0.04 0.07
O6 0.06 0.77 0.04 0.00 0.12 0.00 0.16 0.07 0.09 0.62 0.55 0.59 0.11 0.63 0.19 0.02 0.05 0.05 0.07 0.25 0.17 0.10
OP1 0.07 0.17 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.02 0.15 0.11 0.15 0.02 0.12 0.07 0.03 0.01 0.05 0.18 0.07 0.13 0.14
OP2 0.06 0.26 0.00 0.03 0.06 0.03 0.01 0.02 0.07 0.19 0.18 0.23 0.01 0.14 0.07 0.02 0.01 0.05 0.22 0.00 0.07 0.10
P 0.08 0.33 0.00 0.00 0.07 0.01 0.03 0.02 0.06 0.27 0.22 0.29 0.01 0.21 0.09 0.02 0.01 0.05 0.17 0.00 0.07 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.08 0.00 0.02 0.05 0.00 0.03 0.02 0.04 0.02 0.05 0.09 0.02 0.01 0.01 0.01 0.08 0.00 0.09 0.26 0.22 0.16
C2 0.08 0.00 0.28 0.13 0.01 0.16 0.02 0.57 0.03 0.00 0.01 0.00 0.04 0.02 0.01 0.13 0.26 0.08 0.65 0.39 0.84 0.66
C2' 0.00 0.28 0.00 0.00 0.12 0.01 0.02 0.05 0.09 0.21 0.21 0.28 0.05 0.15 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.29 0.17 0.14
C3' 0.02 0.13 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.04 0.09 0.10 0.12 0.03 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.16 0.03 0.02
C4 0.05 0.01 0.12 0.05 0.00 0.06 0.02 0.22 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.07 0.03 0.12 0.09 0.05 0.05
C4' 0.00 0.16 0.01 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.05 0.12 0.12 0.15 0.03 0.09 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.12 0.00 0.01
C5 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.07 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.15 0.32 0.33 0.23
C5' 0.02 0.57 0.05 0.01 0.22 0.00 0.07 0.00 0.20 0.31 0.43 0.53 0.12 0.22 0.02 0.05 0.00 0.00 0.00 0.12 0.07 0.00
C6 0.04 0.03 0.09 0.04 0.01 0.05 0.01 0.20 0.00 0.03 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.05 0.03 0.05 0.15 0.04 0.01
C8 0.02 0.00 0.21 0.09 0.01 0.12 0.02 0.31 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.00 0.02 0.10 0.23 0.08 0.68 0.78 1.04 0.80
N1 0.05 0.01 0.21 0.10 0.02 0.12 0.01 0.43 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.10 0.17 0.07 0.41 0.19 0.50 0.40
N3 0.09 0.00 0.28 0.12 0.00 0.15 0.03 0.53 0.03 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.12 0.25 0.08 0.60 0.32 0.71 0.57
N6 0.02 0.04 0.05 0.03 0.00 0.03 0.01 0.12 0.00 0.04 0.03 0.03 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.02 0.08 0.27 0.25 0.17
N7 0.01 0.02 0.15 0.07 0.03 0.09 0.00 0.22 0.02 0.00 0.01 0.04 0.04 0.00 0.03 0.08 0.17 0.06 0.58 0.71 0.95 0.72
N9 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.08 0.02 0.23 0.38 0.40 0.31
O2' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.05 0.00 0.00 0.05 0.03 0.10 0.10 0.12 0.02 0.08 0.01 0.00 0.02 0.01 0.08 0.26 0.16 0.11
O3' 0.08 0.26 0.01 0.00 0.07 0.01 0.03 0.00 0.05 0.23 0.17 0.25 0.01 0.17 0.08 0.02 0.00 0.05 0.11 0.09 0.00 0.03
O4' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.03 0.08 0.07 0.08 0.02 0.06 0.02 0.01 0.05 0.00 0.14 0.22 0.16 0.14
O5' 0.09 0.65 0.02 0.11 0.12 0.01 0.15 0.00 0.05 0.68 0.41 0.60 0.08 0.58 0.23 0.08 0.11 0.14 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.26 0.39 0.29 0.16 0.09 0.12 0.32 0.12 0.15 0.78 0.19 0.32 0.27 0.71 0.38 0.26 0.09 0.22 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.22 0.84 0.17 0.03 0.05 0.00 0.33 0.07 0.04 1.04 0.50 0.71 0.25 0.95 0.40 0.16 0.00 0.16 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.16 0.66 0.14 0.02 0.05 0.01 0.23 0.00 0.01 0.80 0.40 0.57 0.17 0.72 0.31 0.11 0.03 0.14 0.00 0.01 0.00 0.00