ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50252

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 1, 6, 12, 9, 5, 3, 9, 5, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.010, 0.017, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.007, 0.017, 0.026, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.017 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.008, 0.018, 0.029, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.018 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.005, 0.017, 0.030, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.017 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.010, 0.022, 0.035, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.022 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.008, 0.023, 0.038, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.023 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.008, 0.023, 0.038, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.023 std_dev=0.015
N9 A 0, 0.010, 0.027, 0.044, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.027 std_dev=0.017
N7 A 0, 0.016, 0.034, 0.052, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.034 std_dev=0.018
O6 A 0, 0.008, 0.031, 0.053, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.031 std_dev=0.022
N2 A 0, 0.016, 0.039, 0.062, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.039 std_dev=0.023
C8 A 0, 0.016, 0.041, 0.067, 0.124 max_d=0.124 avg_d=0.041 std_dev=0.025
C2' B 0, 0.257, 0.483, 0.709, 0.916 max_d=0.916 avg_d=0.483 std_dev=0.226
O4' A 0, -0.081, 0.195, 0.472, 2.088 max_d=2.088 avg_d=0.195 std_dev=0.277
C1' B 0, 0.303, 0.580, 0.858, 1.351 max_d=1.351 avg_d=0.580 std_dev=0.277
O2' B 0, 0.270, 0.558, 0.847, 1.438 max_d=1.438 avg_d=0.558 std_dev=0.289
C2' A 0, -0.064, 0.247, 0.558, 2.316 max_d=2.316 avg_d=0.247 std_dev=0.311
C3' B 0, 0.285, 0.623, 0.962, 2.164 max_d=2.164 avg_d=0.623 std_dev=0.339
O4' B 0, 0.346, 0.722, 1.098, 2.431 max_d=2.431 avg_d=0.722 std_dev=0.376
C4' A 0, -0.075, 0.310, 0.694, 2.945 max_d=2.945 avg_d=0.310 std_dev=0.384
O2' A 0, -0.040, 0.365, 0.771, 2.926 max_d=2.926 avg_d=0.365 std_dev=0.405
N1 B 0, 0.193, 0.602, 1.011, 2.997 max_d=2.997 avg_d=0.602 std_dev=0.409
C4' B 0, 0.306, 0.748, 1.191, 3.107 max_d=3.107 avg_d=0.748 std_dev=0.443
C3' A 0, -0.102, 0.357, 0.816, 3.491 max_d=3.491 avg_d=0.357 std_dev=0.459
O3' B 0, 0.258, 0.727, 1.197, 2.929 max_d=2.929 avg_d=0.727 std_dev=0.469
O2 B 0, 0.240, 0.732, 1.224, 3.466 max_d=3.466 avg_d=0.732 std_dev=0.492
C2 B 0, 0.140, 0.640, 1.139, 3.756 max_d=3.756 avg_d=0.640 std_dev=0.500
C6 B 0, 0.178, 0.743, 1.307, 4.299 max_d=4.299 avg_d=0.743 std_dev=0.564
O3' A 0, -0.099, 0.540, 1.180, 4.883 max_d=4.883 avg_d=0.540 std_dev=0.639
C5' B 0, 0.278, 0.936, 1.595, 4.889 max_d=4.889 avg_d=0.936 std_dev=0.659
N3 B 0, 0.017, 0.713, 1.409, 5.304 max_d=5.304 avg_d=0.713 std_dev=0.696
C5' A 0, -0.150, 0.560, 1.271, 5.309 max_d=5.309 avg_d=0.560 std_dev=0.711
O5' B 0, 0.228, 0.974, 1.719, 5.309 max_d=5.309 avg_d=0.974 std_dev=0.746
C5 B 0, 0.101, 0.852, 1.603, 5.720 max_d=5.720 avg_d=0.852 std_dev=0.751
C4 B 0, -0.016, 0.790, 1.596, 6.103 max_d=6.103 avg_d=0.790 std_dev=0.806
O5' A 0, -0.239, 0.611, 1.461, 6.164 max_d=6.164 avg_d=0.611 std_dev=0.850
P B 0, 0.253, 1.268, 2.284, 6.550 max_d=6.550 avg_d=1.268 std_dev=1.015
N4 B 0, -0.089, 0.931, 1.951, 7.667 max_d=7.667 avg_d=0.931 std_dev=1.020
P A 0, -0.272, 0.767, 1.806, 7.567 max_d=7.567 avg_d=0.767 std_dev=1.039
OP2 B 0, 0.264, 1.355, 2.447, 6.664 max_d=6.664 avg_d=1.355 std_dev=1.092
OP1 A 0, -0.197, 0.933, 2.063, 7.593 max_d=7.593 avg_d=0.933 std_dev=1.130
OP1 B 0, 0.257, 1.413, 2.569, 7.056 max_d=7.056 avg_d=1.413 std_dev=1.156
OP2 A 0, -0.299, 0.890, 2.079, 8.641 max_d=8.641 avg_d=0.890 std_dev=1.189

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.16 0.02 0.17 0.26 0.15
C2 0.03 0.00 0.15 0.26 0.01 0.22 0.01 0.35 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.18 0.29 0.13 0.53 0.02 0.55 0.65 0.59
C2' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.08 0.02 0.06 0.03 0.08 0.08 0.12 0.18 0.15 0.07 0.03 0.00 0.03 0.01 0.20 0.08 0.20 0.23 0.15
C3' 0.01 0.26 0.00 0.00 0.12 0.01 0.09 0.03 0.12 0.18 0.19 0.34 0.26 0.15 0.07 0.03 0.01 0.02 0.26 0.11 0.28 0.25 0.21
C4 0.01 0.01 0.08 0.12 0.00 0.10 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.10 0.12 0.07 0.35 0.01 0.35 0.40 0.36
C4' 0.01 0.22 0.02 0.01 0.10 0.00 0.07 0.01 0.10 0.14 0.17 0.28 0.21 0.11 0.04 0.09 0.03 0.01 0.02 0.09 0.11 0.27 0.05
C5 0.01 0.01 0.06 0.09 0.00 0.07 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.12 0.04 0.36 0.01 0.34 0.41 0.34
C5' 0.03 0.35 0.03 0.03 0.18 0.01 0.17 0.00 0.21 0.23 0.29 0.44 0.31 0.22 0.10 0.08 0.06 0.02 0.01 0.21 0.17 0.31 0.02
C6 0.02 0.01 0.08 0.12 0.01 0.10 0.01 0.21 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.15 0.06 0.41 0.00 0.42 0.49 0.42
C8 0.01 0.01 0.08 0.18 0.01 0.14 0.01 0.23 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.19 0.08 0.40 0.02 0.26 0.43 0.29
N1 0.02 0.01 0.12 0.19 0.01 0.17 0.01 0.29 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.16 0.22 0.10 0.48 0.01 0.51 0.60 0.54
N2 0.04 0.00 0.18 0.34 0.01 0.28 0.01 0.44 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.22 0.38 0.15 0.63 0.02 0.64 0.78 0.69
N3 0.03 0.00 0.15 0.26 0.00 0.21 0.01 0.31 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.17 0.26 0.12 0.47 0.01 0.47 0.54 0.50
N7 0.01 0.01 0.07 0.15 0.00 0.11 0.00 0.22 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.18 0.06 0.40 0.02 0.30 0.46 0.31
N9 0.01 0.01 0.03 0.07 0.00 0.04 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.07 0.02 0.27 0.01 0.23 0.31 0.22
O2' 0.02 0.18 0.00 0.03 0.10 0.09 0.09 0.08 0.12 0.05 0.16 0.22 0.17 0.06 0.04 0.00 0.07 0.06 0.12 0.11 0.20 0.25 0.13
O3' 0.02 0.29 0.03 0.01 0.12 0.03 0.12 0.06 0.15 0.19 0.22 0.38 0.26 0.18 0.07 0.07 0.00 0.02 0.25 0.16 0.38 0.36 0.29
O4' 0.00 0.13 0.01 0.02 0.07 0.01 0.04 0.02 0.06 0.08 0.10 0.15 0.12 0.06 0.02 0.06 0.02 0.00 0.14 0.06 0.21 0.30 0.18
O5' 0.16 0.53 0.20 0.26 0.35 0.02 0.36 0.01 0.41 0.40 0.48 0.63 0.47 0.40 0.27 0.12 0.25 0.14 0.00 0.41 0.02 0.03 0.01
O6 0.02 0.02 0.08 0.11 0.01 0.09 0.01 0.21 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.11 0.16 0.06 0.41 0.00 0.42 0.50 0.41
OP1 0.17 0.55 0.20 0.28 0.35 0.11 0.34 0.17 0.42 0.26 0.51 0.64 0.47 0.30 0.23 0.20 0.38 0.21 0.02 0.42 0.00 0.02 0.01
OP2 0.26 0.65 0.23 0.25 0.40 0.27 0.41 0.31 0.49 0.43 0.60 0.78 0.54 0.46 0.31 0.25 0.36 0.30 0.03 0.50 0.02 0.00 0.01
P 0.15 0.59 0.15 0.21 0.36 0.05 0.34 0.02 0.42 0.29 0.54 0.69 0.50 0.31 0.22 0.13 0.29 0.18 0.01 0.41 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.22 0.39 0.18 0.26 0.42 0.27 0.36 0.29 0.30 0.28 0.45 0.47 0.47 0.20 0.37 0.22 0.31 0.36 0.48 0.34
C2 0.22 0.47 0.16 0.26 0.72 0.21 0.65 0.27 0.50 0.39 0.66 0.87 0.43 0.20 0.35 0.21 0.41 0.47 0.73 0.51
C2' 0.20 0.36 0.17 0.24 0.41 0.28 0.36 0.30 0.28 0.25 0.43 0.49 0.44 0.22 0.33 0.22 0.33 0.42 0.58 0.40
C3' 0.27 0.42 0.27 0.27 0.47 0.23 0.44 0.24 0.39 0.34 0.47 0.52 0.48 0.22 0.32 0.22 0.36 0.47 0.64 0.45
C4 0.20 0.42 0.16 0.26 0.60 0.20 0.55 0.25 0.44 0.34 0.56 0.69 0.42 0.19 0.34 0.19 0.38 0.44 0.66 0.46
C4' 0.33 0.43 0.30 0.19 0.42 0.18 0.40 0.14 0.37 0.36 0.45 0.45 0.49 0.33 0.21 0.23 0.24 0.36 0.47 0.30
C5 0.20 0.38 0.15 0.28 0.63 0.22 0.61 0.31 0.49 0.35 0.53 0.71 0.35 0.19 0.33 0.21 0.46 0.54 0.76 0.57
C5' 0.52 0.51 0.52 0.43 0.51 0.42 0.53 0.36 0.53 0.51 0.50 0.51 0.54 0.56 0.43 0.47 0.41 0.51 0.58 0.46
C6 0.22 0.40 0.16 0.29 0.72 0.24 0.70 0.35 0.54 0.38 0.58 0.85 0.34 0.20 0.33 0.24 0.52 0.61 0.85 0.65
C8 0.18 0.31 0.15 0.26 0.41 0.21 0.43 0.25 0.38 0.28 0.37 0.44 0.35 0.17 0.31 0.18 0.38 0.44 0.61 0.45
N1 0.22 0.45 0.16 0.28 0.75 0.22 0.70 0.31 0.54 0.39 0.64 0.91 0.38 0.20 0.34 0.23 0.48 0.56 0.82 0.60
N2 0.23 0.50 0.17 0.26 0.75 0.22 0.67 0.27 0.50 0.40 0.69 0.92 0.46 0.20 0.36 0.21 0.40 0.46 0.73 0.50
N3 0.21 0.46 0.16 0.26 0.65 0.21 0.58 0.25 0.45 0.36 0.62 0.77 0.46 0.19 0.36 0.19 0.36 0.42 0.65 0.44
N7 0.19 0.31 0.14 0.29 0.50 0.24 0.55 0.33 0.47 0.31 0.41 0.55 0.32 0.18 0.32 0.22 0.48 0.56 0.74 0.58
N9 0.20 0.39 0.16 0.25 0.48 0.21 0.44 0.24 0.37 0.30 0.47 0.53 0.43 0.18 0.34 0.18 0.33 0.39 0.57 0.40
O2' 0.29 0.35 0.25 0.34 0.37 0.45 0.30 0.48 0.27 0.26 0.41 0.44 0.45 0.33 0.41 0.38 0.41 0.48 0.55 0.46
O3' 0.25 0.40 0.26 0.26 0.45 0.25 0.42 0.27 0.36 0.32 0.45 0.51 0.46 0.23 0.32 0.21 0.37 0.51 0.66 0.47
O4' 0.31 0.43 0.25 0.18 0.41 0.17 0.38 0.18 0.35 0.36 0.44 0.43 0.50 0.26 0.26 0.22 0.23 0.31 0.40 0.26
O5' 0.63 0.59 0.64 0.63 0.66 0.60 0.71 0.55 0.71 0.65 0.61 0.66 0.55 0.62 0.61 0.62 0.69 0.73 0.86 0.73
O6 0.23 0.37 0.17 0.31 0.73 0.28 0.74 0.42 0.58 0.38 0.55 0.88 0.31 0.21 0.34 0.28 0.59 0.71 0.95 0.75
OP1 0.65 0.45 0.62 0.73 0.49 0.81 0.62 0.80 0.66 0.58 0.42 0.47 0.41 0.63 0.85 0.75 0.88 1.00 0.98 0.94
OP2 0.83 0.74 0.80 0.96 0.89 0.95 1.02 1.01 1.02 0.87 0.76 0.88 0.61 0.66 0.94 0.92 1.22 1.36 1.44 1.34
P 0.72 0.56 0.70 0.83 0.63 0.84 0.75 0.83 0.79 0.69 0.54 0.60 0.48 0.63 0.92 0.80 0.95 1.03 1.06 1.00

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.05 0.00 0.08 0.18 0.18 0.12
C2 0.02 0.00 0.11 0.13 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.13 0.05 0.16 0.18 0.35 0.22
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.07 0.02 0.09 0.07 0.10 0.03 0.10 0.08 0.19 0.00 0.03 0.01 0.10 0.24 0.20 0.12
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.15 0.01 0.17 0.03 0.16 0.09 0.14 0.16 0.17 0.02 0.01 0.02 0.14 0.25 0.20 0.14
C4 0.01 0.01 0.07 0.15 0.00 0.08 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.16 0.03 0.22 0.28 0.49 0.32
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.08 0.00 0.10 0.01 0.09 0.04 0.06 0.08 0.05 0.11 0.03 0.01 0.02 0.23 0.08 0.10
C5 0.01 0.01 0.09 0.17 0.00 0.10 0.00 0.19 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.19 0.05 0.24 0.29 0.49 0.34
C5' 0.05 0.10 0.07 0.03 0.16 0.01 0.19 0.00 0.17 0.10 0.13 0.18 0.09 0.08 0.07 0.02 0.01 0.10 0.05 0.02
C6 0.01 0.01 0.10 0.16 0.01 0.09 0.00 0.17 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.17 0.06 0.21 0.22 0.38 0.26
N1 0.01 0.01 0.03 0.09 0.01 0.04 0.01 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.07 0.02 0.15 0.16 0.30 0.19
N3 0.01 0.01 0.10 0.14 0.01 0.06 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.15 0.05 0.19 0.22 0.43 0.27
N4 0.02 0.01 0.08 0.16 0.00 0.08 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.18 0.03 0.24 0.32 0.55 0.36
O2 0.02 0.01 0.19 0.17 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.18 0.21 0.09 0.14 0.19 0.31 0.19
O2' 0.02 0.11 0.00 0.02 0.08 0.11 0.08 0.08 0.08 0.04 0.11 0.09 0.18 0.00 0.07 0.07 0.11 0.25 0.20 0.12
O3' 0.05 0.13 0.03 0.01 0.16 0.03 0.19 0.07 0.17 0.07 0.15 0.18 0.21 0.07 0.00 0.05 0.17 0.36 0.29 0.22
O4' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.03 0.01 0.05 0.02 0.06 0.02 0.05 0.03 0.09 0.07 0.05 0.00 0.09 0.20 0.18 0.16
O5' 0.08 0.16 0.10 0.14 0.22 0.02 0.24 0.01 0.21 0.15 0.19 0.24 0.14 0.11 0.17 0.09 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.18 0.18 0.24 0.25 0.28 0.23 0.29 0.10 0.22 0.16 0.22 0.32 0.19 0.25 0.36 0.20 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.18 0.35 0.20 0.20 0.49 0.08 0.49 0.05 0.38 0.30 0.43 0.55 0.31 0.20 0.29 0.18 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.12 0.22 0.12 0.14 0.32 0.10 0.34 0.02 0.26 0.19 0.27 0.36 0.19 0.12 0.22 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00