ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50253

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 3, 11, 11, 6, 8, 9, 4, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.015, 0.026, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.015 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.007, 0.020, 0.033, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.020 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.008, 0.022, 0.037, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.022 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.008, 0.025, 0.041, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.025 std_dev=0.017
N3 A 0, 0.003, 0.021, 0.039, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.021 std_dev=0.018
C2 A 0, -0.003, 0.015, 0.033, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.015 std_dev=0.018
N9 A 0, 0.011, 0.030, 0.048, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.030 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.001, 0.022, 0.043, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.022 std_dev=0.021
O6 A 0, 0.017, 0.045, 0.074, 0.154 max_d=0.154 avg_d=0.045 std_dev=0.028
N7 A 0, 0.013, 0.044, 0.075, 0.136 max_d=0.136 avg_d=0.044 std_dev=0.031
C8 A 0, 0.016, 0.049, 0.081, 0.141 max_d=0.141 avg_d=0.049 std_dev=0.033
N2 A 0, 0.003, 0.037, 0.071, 0.172 max_d=0.172 avg_d=0.037 std_dev=0.034
O4' A 0, 0.051, 0.149, 0.246, 0.586 max_d=0.586 avg_d=0.149 std_dev=0.097
C2' A 0, 0.039, 0.154, 0.269, 0.807 max_d=0.807 avg_d=0.154 std_dev=0.115
C4' A 0, 0.111, 0.259, 0.406, 0.592 max_d=0.592 avg_d=0.259 std_dev=0.147
C3' A 0, 0.039, 0.205, 0.370, 1.118 max_d=1.118 avg_d=0.205 std_dev=0.166
O2 B 0, 0.263, 0.451, 0.639, 0.925 max_d=0.925 avg_d=0.451 std_dev=0.188
O2' A 0, 0.063, 0.264, 0.465, 1.522 max_d=1.522 avg_d=0.264 std_dev=0.201
C1' B 0, 0.220, 0.426, 0.632, 0.848 max_d=0.848 avg_d=0.426 std_dev=0.206
C2' B 0, 0.307, 0.518, 0.729, 1.017 max_d=1.017 avg_d=0.518 std_dev=0.211
O3' B 0, 0.301, 0.513, 0.724, 0.940 max_d=0.940 avg_d=0.513 std_dev=0.211
C2 B 0, 0.307, 0.536, 0.764, 1.106 max_d=1.106 avg_d=0.536 std_dev=0.228
O2' B 0, 0.345, 0.579, 0.812, 1.110 max_d=1.110 avg_d=0.579 std_dev=0.233
N1 B 0, 0.291, 0.530, 0.769, 1.062 max_d=1.062 avg_d=0.530 std_dev=0.239
C3' B 0, 0.243, 0.492, 0.740, 0.994 max_d=0.994 avg_d=0.492 std_dev=0.249
C4' B 0, 0.227, 0.480, 0.734, 1.030 max_d=1.030 avg_d=0.480 std_dev=0.254
C5' A 0, 0.272, 0.528, 0.785, 1.083 max_d=1.083 avg_d=0.528 std_dev=0.256
O4' B 0, 0.234, 0.491, 0.747, 1.085 max_d=1.085 avg_d=0.491 std_dev=0.257
N3 B 0, 0.408, 0.687, 0.967, 1.434 max_d=1.434 avg_d=0.687 std_dev=0.280
C6 B 0, 0.385, 0.679, 0.972, 1.367 max_d=1.367 avg_d=0.679 std_dev=0.294
O3' A 0, -0.042, 0.258, 0.559, 2.199 max_d=2.199 avg_d=0.258 std_dev=0.300
O5' A 0, 0.173, 0.493, 0.814, 1.326 max_d=1.326 avg_d=0.493 std_dev=0.320
C4 B 0, 0.467, 0.793, 1.118, 1.630 max_d=1.630 avg_d=0.793 std_dev=0.326
C5 B 0, 0.462, 0.794, 1.127, 1.611 max_d=1.611 avg_d=0.794 std_dev=0.332
C5' B 0, 0.229, 0.566, 0.903, 1.519 max_d=1.519 avg_d=0.566 std_dev=0.337
N4 B 0, 0.561, 0.938, 1.315, 1.924 max_d=1.924 avg_d=0.938 std_dev=0.377
P A 0, 0.212, 0.597, 0.982, 1.565 max_d=1.565 avg_d=0.597 std_dev=0.385
O5' B 0, 0.233, 0.625, 1.017, 1.659 max_d=1.659 avg_d=0.625 std_dev=0.392
P B 0, 0.287, 0.728, 1.168, 1.889 max_d=1.889 avg_d=0.728 std_dev=0.441
OP2 B 0, 0.353, 0.804, 1.254, 1.861 max_d=1.861 avg_d=0.804 std_dev=0.450
OP1 B 0, 0.317, 0.794, 1.271, 2.146 max_d=2.146 avg_d=0.794 std_dev=0.477
OP2 A 0, 0.222, 1.040, 1.858, 3.059 max_d=3.059 avg_d=1.040 std_dev=0.818
OP1 A 0, 0.137, 0.979, 1.821, 2.895 max_d=2.895 avg_d=0.979 std_dev=0.842

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.07 0.03 0.02 0.04 0.06 0.04 0.02 0.00 0.03 0.12 0.01 0.14 0.03 0.24 0.28 0.09
C2 0.05 0.00 0.10 0.09 0.01 0.08 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.17 0.24 0.07 0.13 0.02 0.23 0.30 0.07
C2' 0.00 0.10 0.00 0.01 0.05 0.01 0.04 0.12 0.06 0.08 0.08 0.12 0.10 0.06 0.02 0.01 0.03 0.03 0.24 0.06 0.29 0.37 0.21
C3' 0.02 0.09 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.03 0.04 0.09 0.06 0.12 0.09 0.08 0.02 0.03 0.01 0.01 0.12 0.06 0.38 0.21 0.16
C4 0.02 0.01 0.05 0.03 0.00 0.04 0.01 0.13 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.15 0.04 0.15 0.02 0.23 0.36 0.07
C4' 0.02 0.08 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.08 0.05 0.12 0.08 0.07 0.03 0.05 0.03 0.01 0.02 0.05 0.31 0.26 0.08
C5 0.02 0.01 0.04 0.04 0.01 0.04 0.00 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.12 0.03 0.18 0.02 0.26 0.44 0.10
C5' 0.07 0.09 0.12 0.03 0.13 0.01 0.19 0.00 0.18 0.25 0.13 0.09 0.08 0.25 0.15 0.09 0.06 0.02 0.01 0.21 0.24 0.28 0.02
C6 0.03 0.01 0.06 0.04 0.02 0.04 0.01 0.18 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.10 0.14 0.04 0.17 0.01 0.26 0.44 0.10
C8 0.02 0.01 0.08 0.09 0.01 0.08 0.00 0.25 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.10 0.07 0.04 0.21 0.02 0.28 0.49 0.13
N1 0.04 0.01 0.08 0.06 0.01 0.05 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.14 0.20 0.05 0.15 0.02 0.23 0.36 0.07
N2 0.06 0.00 0.12 0.12 0.01 0.12 0.01 0.09 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.21 0.28 0.09 0.13 0.03 0.25 0.25 0.09
N3 0.04 0.01 0.10 0.09 0.00 0.08 0.01 0.08 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.17 0.23 0.07 0.13 0.02 0.23 0.28 0.07
N7 0.02 0.01 0.06 0.08 0.01 0.07 0.00 0.25 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.07 0.03 0.22 0.02 0.31 0.52 0.14
N9 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.15 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.04 0.10 0.02 0.16 0.03 0.23 0.37 0.08
O2' 0.03 0.17 0.01 0.03 0.09 0.05 0.07 0.09 0.10 0.10 0.14 0.21 0.17 0.09 0.04 0.00 0.07 0.03 0.23 0.10 0.37 0.40 0.25
O3' 0.12 0.24 0.03 0.01 0.15 0.03 0.12 0.06 0.14 0.07 0.20 0.28 0.23 0.07 0.10 0.07 0.00 0.09 0.13 0.12 0.48 0.24 0.18
O4' 0.01 0.07 0.03 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.04 0.04 0.05 0.09 0.07 0.03 0.02 0.03 0.09 0.00 0.12 0.04 0.30 0.28 0.04
O5' 0.14 0.13 0.24 0.12 0.15 0.02 0.18 0.01 0.17 0.21 0.15 0.13 0.13 0.22 0.16 0.23 0.13 0.12 0.00 0.19 0.03 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.06 0.06 0.02 0.05 0.02 0.21 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.10 0.12 0.04 0.19 0.00 0.29 0.49 0.13
OP1 0.24 0.23 0.29 0.38 0.23 0.31 0.26 0.24 0.26 0.28 0.23 0.25 0.23 0.31 0.23 0.37 0.48 0.30 0.03 0.29 0.00 0.02 0.01
OP2 0.28 0.30 0.37 0.21 0.36 0.26 0.44 0.28 0.44 0.49 0.36 0.25 0.28 0.52 0.37 0.40 0.24 0.28 0.02 0.49 0.02 0.00 0.01
P 0.09 0.07 0.21 0.16 0.07 0.08 0.10 0.02 0.10 0.13 0.07 0.09 0.07 0.14 0.08 0.25 0.18 0.04 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.11 0.12 0.14 0.10 0.11 0.14 0.11 0.16 0.11 0.11 0.13 0.12 0.14 0.23 0.15 0.16 0.13 0.24 0.14 0.16
C2 0.15 0.19 0.14 0.12 0.21 0.18 0.18 0.23 0.16 0.16 0.22 0.22 0.20 0.22 0.14 0.24 0.22 0.29 0.19 0.23
C2' 0.12 0.12 0.15 0.14 0.11 0.14 0.12 0.14 0.13 0.11 0.12 0.12 0.15 0.20 0.21 0.14 0.12 0.19 0.13 0.13
C3' 0.15 0.13 0.18 0.16 0.13 0.17 0.14 0.18 0.15 0.13 0.13 0.13 0.15 0.21 0.17 0.17 0.16 0.25 0.19 0.19
C4 0.12 0.14 0.13 0.10 0.14 0.16 0.13 0.20 0.12 0.12 0.15 0.15 0.16 0.23 0.13 0.21 0.18 0.27 0.16 0.19
C4' 0.13 0.13 0.16 0.12 0.13 0.15 0.13 0.16 0.13 0.12 0.13 0.13 0.15 0.21 0.14 0.16 0.15 0.27 0.19 0.19
C5 0.15 0.15 0.14 0.13 0.15 0.19 0.14 0.23 0.14 0.14 0.15 0.16 0.15 0.22 0.13 0.24 0.22 0.29 0.19 0.22
C5' 0.32 0.31 0.31 0.32 0.32 0.31 0.33 0.30 0.33 0.32 0.31 0.32 0.31 0.32 0.32 0.32 0.32 0.40 0.36 0.35
C6 0.17 0.18 0.16 0.16 0.19 0.22 0.19 0.28 0.18 0.17 0.19 0.20 0.18 0.22 0.14 0.28 0.28 0.33 0.23 0.27
C8 0.14 0.13 0.15 0.10 0.14 0.15 0.14 0.18 0.14 0.13 0.14 0.14 0.14 0.25 0.13 0.19 0.16 0.26 0.16 0.18
N1 0.17 0.20 0.15 0.14 0.22 0.21 0.20 0.27 0.19 0.18 0.22 0.23 0.20 0.22 0.14 0.27 0.26 0.32 0.23 0.26
N2 0.16 0.21 0.15 0.11 0.24 0.18 0.21 0.24 0.18 0.18 0.25 0.27 0.22 0.22 0.14 0.24 0.23 0.29 0.19 0.23
N3 0.13 0.16 0.13 0.10 0.17 0.16 0.15 0.20 0.13 0.13 0.18 0.18 0.18 0.22 0.14 0.21 0.18 0.27 0.16 0.19
N7 0.15 0.15 0.16 0.14 0.15 0.19 0.15 0.22 0.15 0.15 0.15 0.16 0.15 0.23 0.14 0.24 0.21 0.29 0.18 0.21
N9 0.11 0.12 0.13 0.09 0.12 0.15 0.11 0.17 0.11 0.11 0.13 0.12 0.14 0.23 0.14 0.18 0.15 0.25 0.14 0.17
O2' 0.21 0.20 0.24 0.23 0.21 0.19 0.24 0.18 0.24 0.22 0.20 0.21 0.19 0.26 0.28 0.19 0.20 0.21 0.22 0.19
O3' 0.15 0.14 0.21 0.18 0.15 0.17 0.16 0.18 0.17 0.15 0.15 0.15 0.16 0.23 0.20 0.17 0.16 0.25 0.19 0.18
O4' 0.12 0.11 0.16 0.12 0.10 0.17 0.11 0.20 0.11 0.10 0.11 0.11 0.13 0.25 0.14 0.18 0.18 0.30 0.20 0.22
O5' 0.28 0.30 0.34 0.34 0.32 0.29 0.32 0.30 0.31 0.30 0.32 0.34 0.29 0.33 0.35 0.27 0.29 0.24 0.26 0.25
O6 0.20 0.20 0.18 0.20 0.22 0.25 0.22 0.32 0.22 0.20 0.22 0.23 0.19 0.21 0.16 0.31 0.33 0.36 0.28 0.32
OP1 0.13 0.16 0.16 0.17 0.22 0.23 0.23 0.30 0.20 0.15 0.19 0.26 0.19 0.25 0.20 0.18 0.26 0.37 0.29 0.31
OP2 0.80 0.74 0.90 0.84 0.84 0.81 0.92 0.80 0.91 0.82 0.75 0.85 0.64 0.87 0.79 0.81 0.85 0.92 0.96 0.90
P 0.26 0.26 0.33 0.24 0.32 0.24 0.35 0.23 0.33 0.28 0.28 0.34 0.23 0.36 0.22 0.25 0.24 0.34 0.33 0.29

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.05 0.02 0.05 0.00 0.05 0.08 0.09 0.05
C2 0.02 0.00 0.04 0.03 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.08 0.06 0.07 0.07 0.09 0.11 0.07
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.01 0.06 0.03 0.06 0.02 0.04 0.04 0.07 0.00 0.03 0.02 0.09 0.15 0.12 0.10
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.05 0.03 0.03 0.05 0.04 0.02 0.01 0.02 0.04 0.15 0.11 0.09
C4 0.02 0.01 0.04 0.05 0.00 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.09 0.04 0.03 0.08 0.10 0.17 0.11
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.04 0.04 0.07 0.08 0.02 0.00 0.02 0.09 0.03 0.03
C5 0.02 0.01 0.06 0.06 0.01 0.04 0.00 0.07 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.12 0.05 0.06 0.11 0.13 0.20 0.14
C5' 0.02 0.07 0.03 0.01 0.07 0.01 0.07 0.00 0.06 0.03 0.07 0.08 0.11 0.06 0.06 0.01 0.01 0.06 0.02 0.02
C6 0.02 0.01 0.06 0.05 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.05 0.07 0.11 0.11 0.17 0.13
N1 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.06 0.03 0.01 0.06 0.08 0.12 0.07
N3 0.02 0.01 0.04 0.03 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.09 0.05 0.06 0.07 0.08 0.14 0.08
N4 0.02 0.02 0.04 0.05 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.09 0.04 0.04 0.09 0.11 0.19 0.13
O2 0.05 0.01 0.07 0.04 0.02 0.07 0.02 0.11 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.13 0.09 0.12 0.09 0.12 0.09 0.08
O2' 0.02 0.08 0.00 0.02 0.09 0.08 0.12 0.06 0.12 0.06 0.09 0.09 0.13 0.00 0.05 0.04 0.06 0.16 0.12 0.09
O3' 0.05 0.06 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.06 0.05 0.03 0.05 0.04 0.09 0.05 0.00 0.03 0.08 0.26 0.19 0.17
O4' 0.00 0.07 0.02 0.02 0.03 0.00 0.06 0.01 0.07 0.01 0.06 0.04 0.12 0.04 0.03 0.00 0.08 0.06 0.13 0.09
O5' 0.05 0.07 0.09 0.04 0.08 0.02 0.11 0.01 0.11 0.06 0.07 0.09 0.09 0.06 0.08 0.08 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.08 0.09 0.15 0.15 0.10 0.09 0.13 0.06 0.11 0.08 0.08 0.11 0.12 0.16 0.26 0.06 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.09 0.11 0.12 0.11 0.17 0.03 0.20 0.02 0.17 0.12 0.14 0.19 0.09 0.12 0.19 0.13 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.07 0.10 0.09 0.11 0.03 0.14 0.02 0.13 0.07 0.08 0.13 0.08 0.09 0.17 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00