ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50256

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 4, 5, 5, 5, 4, 6, 5, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.013, 0.022, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.013 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.020, 0.032, 0.045, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.032 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.009, 0.023, 0.036, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.023 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.011, 0.025, 0.038, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.025 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.015, 0.029, 0.044, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.029 std_dev=0.014
C5 A 0, 0.006, 0.021, 0.035, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.021 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.010, 0.030, 0.050, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.030 std_dev=0.020
N9 A 0, 0.005, 0.028, 0.050, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.028 std_dev=0.023
N2 A 0, 0.029, 0.053, 0.076, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.053 std_dev=0.023
O6 A 0, 0.014, 0.040, 0.066, 0.117 max_d=0.117 avg_d=0.040 std_dev=0.026
N7 A 0, 0.000, 0.031, 0.061, 0.128 max_d=0.128 avg_d=0.031 std_dev=0.030
C8 A 0, -0.003, 0.037, 0.077, 0.164 max_d=0.164 avg_d=0.037 std_dev=0.040
O4' A 0, 0.034, 0.213, 0.392, 0.546 max_d=0.546 avg_d=0.213 std_dev=0.179
C2' A 0, 0.069, 0.250, 0.431, 0.820 max_d=0.820 avg_d=0.250 std_dev=0.181
C3' B 0, 0.400, 0.619, 0.838, 1.063 max_d=1.063 avg_d=0.619 std_dev=0.219
C4' A 0, 0.166, 0.388, 0.611, 0.754 max_d=0.754 avg_d=0.388 std_dev=0.223
C3' A 0, 0.213, 0.440, 0.666, 0.870 max_d=0.870 avg_d=0.440 std_dev=0.226
C2' B 0, 0.220, 0.454, 0.688, 0.845 max_d=0.845 avg_d=0.454 std_dev=0.234
O3' B 0, 0.395, 0.664, 0.932, 1.243 max_d=1.243 avg_d=0.664 std_dev=0.269
O2' B 0, 0.237, 0.508, 0.779, 0.995 max_d=0.995 avg_d=0.508 std_dev=0.271
P A 0, 0.312, 0.612, 0.912, 1.260 max_d=1.260 avg_d=0.612 std_dev=0.300
OP2 A 0, 0.310, 0.626, 0.942, 1.712 max_d=1.712 avg_d=0.626 std_dev=0.316
C5' A 0, 0.235, 0.570, 0.905, 1.233 max_d=1.233 avg_d=0.570 std_dev=0.335
O5' A 0, 0.296, 0.641, 0.985, 1.378 max_d=1.378 avg_d=0.641 std_dev=0.344
O2' A 0, 0.042, 0.400, 0.757, 1.840 max_d=1.840 avg_d=0.400 std_dev=0.358
C1' B 0, 0.256, 0.619, 0.981, 1.319 max_d=1.319 avg_d=0.619 std_dev=0.363
O3' A 0, 0.286, 0.687, 1.088, 1.707 max_d=1.707 avg_d=0.687 std_dev=0.401
OP1 A 0, 0.324, 0.726, 1.128, 1.855 max_d=1.855 avg_d=0.726 std_dev=0.402
C4' B 0, 0.376, 0.795, 1.214, 1.801 max_d=1.801 avg_d=0.795 std_dev=0.419
N1 B 0, 0.232, 0.669, 1.105, 1.547 max_d=1.547 avg_d=0.669 std_dev=0.436
O2 B 0, 0.539, 0.977, 1.415, 2.039 max_d=2.039 avg_d=0.977 std_dev=0.438
O4' B 0, 0.363, 0.805, 1.246, 1.820 max_d=1.820 avg_d=0.805 std_dev=0.441
C2 B 0, 0.335, 0.795, 1.255, 1.634 max_d=1.634 avg_d=0.795 std_dev=0.460
C6 B 0, 0.383, 0.848, 1.313, 1.867 max_d=1.867 avg_d=0.848 std_dev=0.465
N3 B 0, 0.320, 0.867, 1.414, 2.029 max_d=2.029 avg_d=0.867 std_dev=0.547
C5 B 0, 0.392, 0.947, 1.503, 2.158 max_d=2.158 avg_d=0.947 std_dev=0.556
C4 B 0, 0.260, 0.864, 1.469, 2.111 max_d=2.111 avg_d=0.864 std_dev=0.604
C5' B 0, 0.454, 1.087, 1.720, 2.510 max_d=2.510 avg_d=1.087 std_dev=0.633
N4 B 0, 0.270, 0.974, 1.678, 2.537 max_d=2.537 avg_d=0.974 std_dev=0.704
O5' B 0, 0.474, 1.212, 1.950, 2.573 max_d=2.573 avg_d=1.212 std_dev=0.738
P B 0, 0.591, 1.533, 2.475, 3.117 max_d=3.117 avg_d=1.533 std_dev=0.942
OP2 B 0, 0.701, 1.708, 2.714, 4.484 max_d=4.484 avg_d=1.708 std_dev=1.007
OP1 B 0, 0.665, 1.760, 2.856, 4.635 max_d=4.635 avg_d=1.760 std_dev=1.096

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.05 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.02 0.11 0.00 0.12 0.02 0.15 0.22 0.16
C2 0.03 0.00 0.15 0.20 0.01 0.06 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.20 0.19 0.05 0.15 0.01 0.21 0.38 0.25
C2' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.07 0.02 0.05 0.10 0.06 0.11 0.10 0.19 0.16 0.10 0.03 0.00 0.03 0.01 0.22 0.06 0.35 0.33 0.27
C3' 0.02 0.20 0.00 0.00 0.15 0.00 0.17 0.02 0.19 0.19 0.19 0.22 0.18 0.20 0.12 0.02 0.01 0.01 0.09 0.20 0.27 0.13 0.10
C4 0.02 0.01 0.07 0.15 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.16 0.10 0.03 0.16 0.01 0.19 0.33 0.22
C4' 0.00 0.06 0.02 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.08 0.12 0.07 0.08 0.06 0.12 0.06 0.16 0.03 0.00 0.02 0.10 0.14 0.08 0.06
C5 0.02 0.01 0.05 0.17 0.00 0.08 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.20 0.14 0.02 0.21 0.01 0.24 0.38 0.26
C5' 0.05 0.09 0.10 0.02 0.10 0.01 0.15 0.00 0.15 0.19 0.12 0.09 0.08 0.20 0.10 0.07 0.10 0.01 0.01 0.18 0.12 0.04 0.01
C6 0.02 0.01 0.06 0.19 0.01 0.08 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.23 0.16 0.03 0.21 0.00 0.28 0.42 0.28
C8 0.01 0.01 0.11 0.19 0.00 0.12 0.01 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.15 0.18 0.04 0.28 0.02 0.19 0.28 0.20
N1 0.03 0.00 0.10 0.19 0.01 0.07 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.22 0.17 0.04 0.18 0.01 0.26 0.41 0.27
N2 0.04 0.00 0.19 0.22 0.01 0.08 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.20 0.25 0.06 0.15 0.01 0.21 0.38 0.25
N3 0.03 0.00 0.16 0.18 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.16 0.17 0.05 0.13 0.01 0.18 0.34 0.23
N7 0.01 0.01 0.10 0.20 0.00 0.12 0.00 0.20 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.20 0.19 0.03 0.28 0.02 0.25 0.37 0.25
N9 0.01 0.01 0.03 0.12 0.00 0.06 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.11 0.07 0.01 0.17 0.01 0.15 0.27 0.18
O2' 0.02 0.20 0.00 0.02 0.16 0.16 0.20 0.07 0.23 0.15 0.22 0.20 0.16 0.20 0.11 0.00 0.05 0.12 0.17 0.25 0.32 0.38 0.25
O3' 0.11 0.19 0.03 0.01 0.10 0.03 0.14 0.10 0.16 0.18 0.17 0.25 0.17 0.19 0.07 0.05 0.00 0.09 0.18 0.19 0.34 0.23 0.18
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.04 0.06 0.05 0.03 0.01 0.12 0.09 0.00 0.09 0.03 0.11 0.21 0.18
O5' 0.12 0.15 0.22 0.09 0.16 0.02 0.21 0.01 0.21 0.28 0.18 0.15 0.13 0.28 0.17 0.17 0.18 0.09 0.00 0.24 0.01 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.06 0.20 0.01 0.10 0.01 0.18 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.25 0.19 0.03 0.24 0.00 0.33 0.46 0.31
OP1 0.15 0.21 0.35 0.27 0.19 0.14 0.24 0.12 0.28 0.19 0.26 0.21 0.18 0.25 0.15 0.32 0.34 0.11 0.01 0.33 0.00 0.01 0.01
OP2 0.22 0.38 0.33 0.13 0.33 0.08 0.38 0.04 0.42 0.28 0.41 0.38 0.34 0.37 0.27 0.38 0.23 0.21 0.02 0.46 0.01 0.00 0.00
P 0.16 0.25 0.27 0.10 0.22 0.06 0.26 0.01 0.28 0.20 0.27 0.25 0.23 0.25 0.18 0.25 0.18 0.18 0.01 0.31 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.22 0.45 0.16 0.35 0.43 0.27 0.45 0.40 0.41 0.31 0.48 0.45 0.64 0.22 0.41 0.22 0.44 0.49 0.60 0.47
C2 0.25 0.39 0.13 0.33 0.58 0.32 0.64 0.52 0.54 0.35 0.50 0.67 0.51 0.25 0.36 0.29 0.63 0.73 0.92 0.73
C2' 0.20 0.43 0.16 0.28 0.41 0.23 0.45 0.37 0.41 0.28 0.47 0.46 0.64 0.31 0.34 0.18 0.47 0.56 0.63 0.51
C3' 0.24 0.40 0.22 0.18 0.36 0.15 0.43 0.31 0.40 0.27 0.42 0.40 0.60 0.41 0.23 0.16 0.43 0.53 0.56 0.45
C4 0.21 0.40 0.12 0.34 0.49 0.31 0.57 0.49 0.50 0.32 0.47 0.53 0.56 0.24 0.36 0.26 0.58 0.65 0.81 0.65
C4' 0.24 0.38 0.20 0.20 0.29 0.15 0.33 0.27 0.33 0.25 0.37 0.31 0.58 0.40 0.29 0.15 0.36 0.44 0.45 0.37
C5 0.19 0.34 0.11 0.32 0.43 0.34 0.57 0.54 0.50 0.28 0.40 0.46 0.52 0.23 0.33 0.28 0.64 0.72 0.88 0.72
C5' 0.34 0.38 0.34 0.14 0.26 0.14 0.30 0.20 0.33 0.29 0.34 0.25 0.55 0.55 0.18 0.22 0.35 0.44 0.37 0.34
C6 0.20 0.31 0.12 0.31 0.46 0.35 0.61 0.57 0.52 0.29 0.38 0.52 0.46 0.22 0.32 0.30 0.69 0.80 0.99 0.80
C8 0.15 0.36 0.09 0.34 0.31 0.33 0.43 0.48 0.42 0.24 0.36 0.31 0.57 0.22 0.34 0.25 0.53 0.57 0.67 0.56
N1 0.23 0.33 0.12 0.32 0.53 0.34 0.64 0.55 0.53 0.32 0.42 0.63 0.46 0.24 0.34 0.30 0.67 0.79 0.99 0.79
N2 0.27 0.41 0.14 0.33 0.61 0.31 0.66 0.51 0.55 0.37 0.52 0.73 0.51 0.25 0.36 0.30 0.63 0.74 0.94 0.74
N3 0.24 0.43 0.13 0.34 0.56 0.30 0.61 0.49 0.52 0.35 0.52 0.63 0.56 0.25 0.37 0.27 0.58 0.66 0.84 0.66
N7 0.16 0.34 0.10 0.32 0.32 0.35 0.49 0.54 0.46 0.23 0.37 0.32 0.54 0.22 0.30 0.28 0.63 0.68 0.81 0.68
N9 0.20 0.41 0.12 0.35 0.42 0.30 0.49 0.45 0.45 0.30 0.44 0.44 0.60 0.23 0.38 0.24 0.51 0.56 0.69 0.55
O2' 0.21 0.47 0.16 0.30 0.46 0.23 0.47 0.36 0.41 0.31 0.52 0.52 0.67 0.24 0.36 0.19 0.44 0.53 0.61 0.49
O3' 0.26 0.39 0.25 0.19 0.36 0.16 0.43 0.30 0.41 0.27 0.41 0.40 0.61 0.44 0.21 0.17 0.44 0.57 0.57 0.47
O4' 0.22 0.39 0.18 0.35 0.33 0.26 0.36 0.38 0.35 0.27 0.39 0.34 0.60 0.27 0.45 0.20 0.38 0.43 0.50 0.40
O5' 0.41 0.42 0.48 0.15 0.28 0.09 0.35 0.17 0.39 0.35 0.37 0.27 0.58 0.64 0.02 0.24 0.37 0.44 0.38 0.34
O6 0.20 0.29 0.13 0.30 0.42 0.37 0.60 0.60 0.50 0.27 0.37 0.49 0.43 0.21 0.30 0.32 0.72 0.87 1.06 0.86
OP1 0.06 0.22 0.14 0.07 0.22 0.28 0.28 0.49 0.26 0.11 0.24 0.25 0.34 0.25 0.02 0.20 0.44 0.70 0.58 0.53
OP2 0.10 0.35 0.16 0.08 0.36 0.28 0.38 0.51 0.34 0.22 0.39 0.40 0.44 0.20 0.02 0.21 0.51 0.68 0.61 0.55
P 0.10 0.24 0.21 0.02 0.21 0.15 0.26 0.33 0.25 0.12 0.26 0.24 0.37 0.29 0.01 0.07 0.36 0.52 0.43 0.38

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.03 0.00 0.16 0.17 0.26 0.17
C2 0.02 0.00 0.15 0.17 0.01 0.05 0.01 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.13 0.19 0.08 0.34 0.32 0.50 0.37
C2' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.04 0.02 0.10 0.01 0.14 0.02 0.12 0.05 0.27 0.00 0.02 0.01 0.24 0.24 0.24 0.22
C3' 0.02 0.17 0.00 0.00 0.14 0.00 0.15 0.02 0.16 0.09 0.18 0.15 0.23 0.02 0.01 0.01 0.33 0.33 0.21 0.27
C4 0.01 0.01 0.04 0.14 0.00 0.11 0.00 0.23 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.16 0.04 0.44 0.44 0.67 0.48
C4' 0.01 0.05 0.02 0.00 0.11 0.00 0.14 0.01 0.13 0.06 0.08 0.12 0.05 0.08 0.03 0.00 0.02 0.13 0.17 0.04
C5 0.01 0.01 0.10 0.15 0.00 0.14 0.00 0.26 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.18 0.10 0.45 0.44 0.65 0.48
C5' 0.02 0.11 0.01 0.02 0.23 0.01 0.26 0.00 0.22 0.12 0.17 0.25 0.08 0.07 0.04 0.01 0.01 0.17 0.28 0.02
C6 0.02 0.00 0.14 0.16 0.01 0.13 0.00 0.22 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.18 0.12 0.40 0.36 0.51 0.39
N1 0.01 0.00 0.02 0.09 0.01 0.06 0.01 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.08 0.02 0.31 0.28 0.42 0.31
N3 0.02 0.00 0.12 0.18 0.00 0.08 0.00 0.17 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.20 0.06 0.40 0.39 0.61 0.44
N4 0.02 0.01 0.05 0.15 0.00 0.12 0.01 0.25 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.18 0.04 0.47 0.49 0.74 0.52
O2 0.04 0.00 0.27 0.23 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.24 0.28 0.15 0.31 0.30 0.46 0.35
O2' 0.02 0.13 0.00 0.02 0.08 0.08 0.10 0.07 0.10 0.03 0.12 0.09 0.24 0.00 0.05 0.08 0.07 0.15 0.14 0.07
O3' 0.03 0.19 0.02 0.01 0.16 0.03 0.18 0.04 0.18 0.08 0.20 0.18 0.28 0.05 0.00 0.03 0.30 0.38 0.21 0.26
O4' 0.00 0.08 0.01 0.01 0.04 0.00 0.10 0.01 0.12 0.02 0.06 0.04 0.15 0.08 0.03 0.00 0.12 0.16 0.25 0.14
O5' 0.16 0.34 0.24 0.33 0.44 0.02 0.45 0.01 0.40 0.31 0.40 0.47 0.31 0.07 0.30 0.12 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.17 0.32 0.24 0.33 0.44 0.13 0.44 0.17 0.36 0.28 0.39 0.49 0.30 0.15 0.38 0.16 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.26 0.50 0.24 0.21 0.67 0.17 0.65 0.28 0.51 0.42 0.61 0.74 0.46 0.14 0.21 0.25 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.17 0.37 0.22 0.27 0.48 0.04 0.48 0.02 0.39 0.31 0.44 0.52 0.35 0.07 0.26 0.14 0.01 0.01 0.00 0.00