ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50257

back

Distances from reference structure (by RMSD)

6, 9, 13, 7, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.006, 0.011, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.006 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.003, 0.008, 0.014, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.008 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.005, 0.012, 0.018, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.005, 0.012, 0.019, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.012 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.002, 0.011, 0.019, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.011 std_dev=0.009
N2 A 0, 0.011, 0.021, 0.031, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.021 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.004, 0.015, 0.026, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.015 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.002, 0.014, 0.027, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.014 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.004, 0.019, 0.034, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.019 std_dev=0.015
O6 A 0, 0.007, 0.025, 0.044, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.025 std_dev=0.018
N7 A 0, 0.011, 0.036, 0.062, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.036 std_dev=0.025
C8 A 0, 0.010, 0.040, 0.070, 0.129 max_d=0.129 avg_d=0.040 std_dev=0.030
O4' A 0, 0.017, 0.047, 0.078, 0.154 max_d=0.154 avg_d=0.047 std_dev=0.031
C2' A 0, 0.025, 0.060, 0.094, 0.145 max_d=0.145 avg_d=0.060 std_dev=0.035
C4' A 0, 0.030, 0.071, 0.111, 0.168 max_d=0.168 avg_d=0.071 std_dev=0.040
C3' A 0, 0.028, 0.074, 0.121, 0.201 max_d=0.201 avg_d=0.074 std_dev=0.046
O2' A 0, 0.044, 0.101, 0.158, 0.219 max_d=0.219 avg_d=0.101 std_dev=0.057
O5' A 0, 0.052, 0.109, 0.166, 0.264 max_d=0.264 avg_d=0.109 std_dev=0.057
C5' A 0, 0.045, 0.103, 0.162, 0.213 max_d=0.213 avg_d=0.103 std_dev=0.058
O3' A 0, 0.036, 0.115, 0.194, 0.353 max_d=0.353 avg_d=0.115 std_dev=0.079
P A 0, 0.091, 0.174, 0.256, 0.325 max_d=0.325 avg_d=0.174 std_dev=0.082
OP1 A 0, 0.106, 0.205, 0.303, 0.376 max_d=0.376 avg_d=0.205 std_dev=0.098
OP2 A 0, 0.105, 0.221, 0.338, 0.473 max_d=0.473 avg_d=0.221 std_dev=0.116
O3' B 0, 0.098, 0.235, 0.373, 0.709 max_d=0.709 avg_d=0.235 std_dev=0.138
C2' B 0, 0.093, 0.235, 0.378, 0.763 max_d=0.763 avg_d=0.235 std_dev=0.143
O2' B 0, 0.095, 0.240, 0.384, 0.734 max_d=0.734 avg_d=0.240 std_dev=0.144
C4' B 0, 0.089, 0.235, 0.382, 0.724 max_d=0.724 avg_d=0.235 std_dev=0.147
C3' B 0, 0.093, 0.240, 0.387, 0.748 max_d=0.748 avg_d=0.240 std_dev=0.147
C6 B 0, 0.104, 0.256, 0.408, 0.627 max_d=0.627 avg_d=0.256 std_dev=0.152
C1' B 0, 0.082, 0.234, 0.387, 0.766 max_d=0.766 avg_d=0.234 std_dev=0.152
O4' B 0, 0.082, 0.240, 0.399, 0.780 max_d=0.780 avg_d=0.240 std_dev=0.158
C5' B 0, 0.104, 0.264, 0.425, 0.741 max_d=0.741 avg_d=0.264 std_dev=0.160
C5 B 0, 0.133, 0.297, 0.461, 0.683 max_d=0.683 avg_d=0.297 std_dev=0.164
N1 B 0, 0.085, 0.252, 0.420, 0.774 max_d=0.774 avg_d=0.252 std_dev=0.168
O5' B 0, 0.120, 0.300, 0.480, 0.932 max_d=0.932 avg_d=0.300 std_dev=0.180
P B 0, 0.174, 0.378, 0.581, 0.885 max_d=0.885 avg_d=0.378 std_dev=0.203
OP1 B 0, 0.242, 0.448, 0.655, 0.774 max_d=0.774 avg_d=0.448 std_dev=0.206
C4 B 0, 0.109, 0.331, 0.553, 1.098 max_d=1.098 avg_d=0.331 std_dev=0.222
OP2 B 0, 0.221, 0.476, 0.731, 1.111 max_d=1.111 avg_d=0.476 std_dev=0.255
N4 B 0, 0.125, 0.382, 0.639, 1.284 max_d=1.284 avg_d=0.382 std_dev=0.257
C2 B 0, 0.024, 0.306, 0.588, 1.687 max_d=1.687 avg_d=0.306 std_dev=0.282
N3 B 0, 0.035, 0.342, 0.649, 1.829 max_d=1.829 avg_d=0.342 std_dev=0.307
O2 B 0, -0.027, 0.347, 0.720, 2.347 max_d=2.347 avg_d=0.347 std_dev=0.374

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.07 0.00 0.04 0.01 0.05 0.05 0.04
C2 0.02 0.00 0.06 0.05 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.07 0.04 0.10 0.01 0.11 0.12 0.10
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.03 0.05 0.01 0.06 0.07 0.05 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.05 0.05 0.09 0.08 0.07
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.05 0.06 0.05 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.09 0.06 0.05
C4 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.07 0.02 0.08 0.01 0.08 0.09 0.08
C4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.06 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.05 0.01 0.01
C5 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.08 0.02 0.08 0.01 0.08 0.11 0.08
C5' 0.02 0.08 0.03 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.06 0.03 0.07 0.09 0.07 0.04 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.06 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.08 0.03 0.09 0.00 0.10 0.12 0.10
C8 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.08 0.02 0.06 0.01 0.06 0.08 0.06
N1 0.01 0.00 0.06 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.08 0.04 0.10 0.00 0.11 0.13 0.10
N2 0.02 0.00 0.07 0.06 0.01 0.06 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.08 0.05 0.10 0.01 0.12 0.13 0.12
N3 0.02 0.00 0.05 0.05 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.07 0.04 0.09 0.01 0.09 0.10 0.09
N7 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.08 0.01 0.07 0.01 0.07 0.10 0.07
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.07 0.00 0.06 0.01 0.06 0.08 0.06
O2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.05 0.01 0.05 0.03 0.07 0.03 0.08 0.10 0.07 0.03 0.02 0.00 0.04 0.01 0.07 0.07 0.11 0.12 0.09
O3' 0.07 0.07 0.03 0.01 0.07 0.02 0.08 0.02 0.08 0.08 0.08 0.08 0.07 0.08 0.07 0.04 0.00 0.05 0.03 0.08 0.10 0.07 0.05
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.05 0.04 0.01 0.00 0.01 0.05 0.00 0.03 0.02 0.04 0.06 0.05
O5' 0.04 0.10 0.05 0.03 0.08 0.01 0.08 0.00 0.09 0.06 0.10 0.10 0.09 0.07 0.06 0.07 0.03 0.03 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.05 0.04 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.08 0.02 0.09 0.00 0.10 0.13 0.10
OP1 0.05 0.11 0.09 0.09 0.08 0.05 0.08 0.04 0.10 0.06 0.11 0.12 0.09 0.07 0.06 0.11 0.10 0.04 0.01 0.10 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.12 0.08 0.06 0.09 0.01 0.11 0.01 0.12 0.08 0.13 0.13 0.10 0.10 0.08 0.12 0.07 0.06 0.01 0.13 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.10 0.07 0.05 0.08 0.01 0.08 0.01 0.10 0.06 0.10 0.12 0.09 0.07 0.06 0.09 0.05 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.06 0.09 0.06 0.07 0.07 0.08 0.06 0.09 0.06 0.06 0.09 0.07 0.12 0.08 0.10 0.08 0.09 0.13 0.09 0.09
C2 0.09 0.11 0.10 0.10 0.08 0.11 0.08 0.13 0.08 0.08 0.10 0.08 0.14 0.13 0.09 0.11 0.12 0.19 0.11 0.13
C2' 0.07 0.09 0.06 0.08 0.08 0.08 0.06 0.09 0.07 0.07 0.10 0.08 0.13 0.06 0.11 0.08 0.09 0.13 0.10 0.09
C3' 0.08 0.11 0.07 0.09 0.09 0.09 0.08 0.10 0.07 0.08 0.11 0.10 0.13 0.07 0.12 0.09 0.10 0.12 0.11 0.10
C4 0.07 0.09 0.09 0.09 0.06 0.10 0.06 0.11 0.07 0.07 0.08 0.07 0.12 0.13 0.09 0.09 0.10 0.17 0.10 0.11
C4' 0.08 0.10 0.08 0.10 0.09 0.10 0.08 0.11 0.08 0.08 0.10 0.10 0.13 0.09 0.12 0.10 0.11 0.12 0.12 0.11
C5 0.07 0.09 0.09 0.09 0.07 0.09 0.06 0.11 0.07 0.07 0.08 0.07 0.11 0.13 0.08 0.08 0.11 0.19 0.10 0.12
C5' 0.10 0.11 0.10 0.11 0.10 0.12 0.09 0.12 0.09 0.09 0.12 0.11 0.15 0.10 0.12 0.12 0.12 0.14 0.13 0.12
C6 0.07 0.09 0.09 0.09 0.07 0.10 0.07 0.12 0.07 0.07 0.09 0.07 0.12 0.14 0.08 0.09 0.12 0.20 0.11 0.13
C8 0.08 0.10 0.09 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.08 0.09 0.07 0.13 0.14 0.08 0.07 0.08 0.15 0.08 0.09
N1 0.08 0.10 0.10 0.10 0.08 0.11 0.08 0.13 0.08 0.08 0.10 0.08 0.14 0.13 0.08 0.10 0.13 0.20 0.12 0.14
N2 0.10 0.12 0.11 0.10 0.09 0.12 0.09 0.13 0.09 0.09 0.12 0.10 0.16 0.13 0.09 0.12 0.13 0.19 0.12 0.13
N3 0.08 0.10 0.10 0.10 0.07 0.11 0.07 0.12 0.08 0.08 0.09 0.07 0.13 0.13 0.09 0.10 0.11 0.18 0.11 0.12
N7 0.08 0.09 0.09 0.08 0.07 0.08 0.07 0.10 0.07 0.07 0.08 0.07 0.11 0.14 0.08 0.07 0.09 0.18 0.09 0.11
N9 0.06 0.08 0.08 0.08 0.06 0.08 0.06 0.09 0.06 0.06 0.08 0.06 0.11 0.11 0.09 0.07 0.09 0.15 0.09 0.10
O2' 0.10 0.14 0.09 0.11 0.11 0.11 0.09 0.11 0.09 0.10 0.14 0.12 0.17 0.09 0.14 0.10 0.12 0.13 0.12 0.11
O3' 0.11 0.15 0.12 0.12 0.13 0.12 0.11 0.12 0.10 0.12 0.16 0.14 0.19 0.11 0.14 0.11 0.12 0.12 0.12 0.12
O4' 0.08 0.10 0.09 0.10 0.07 0.11 0.06 0.11 0.07 0.07 0.10 0.08 0.14 0.10 0.12 0.10 0.11 0.14 0.11 0.11
O5' 0.09 0.11 0.09 0.10 0.08 0.11 0.07 0.12 0.07 0.08 0.11 0.09 0.15 0.10 0.10 0.11 0.11 0.16 0.10 0.11
O6 0.07 0.09 0.09 0.09 0.08 0.10 0.08 0.13 0.08 0.07 0.09 0.08 0.12 0.14 0.08 0.09 0.13 0.22 0.12 0.14
OP1 0.10 0.13 0.11 0.11 0.11 0.11 0.09 0.12 0.08 0.09 0.14 0.13 0.19 0.12 0.13 0.11 0.11 0.15 0.11 0.11
OP2 0.08 0.12 0.08 0.08 0.10 0.10 0.08 0.12 0.08 0.08 0.12 0.11 0.17 0.10 0.07 0.09 0.10 0.18 0.08 0.11
P 0.07 0.12 0.08 0.08 0.09 0.09 0.07 0.10 0.06 0.07 0.13 0.11 0.17 0.09 0.09 0.09 0.09 0.15 0.08 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.04 0.04 0.08 0.05
C2 0.02 0.00 0.07 0.07 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.08 0.02 0.07 0.08 0.14 0.10
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.05 0.03 0.13 0.00 0.01 0.00 0.04 0.06 0.07 0.05
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.11 0.03 0.05 0.05 0.13 0.01 0.00 0.01 0.04 0.07 0.04 0.04
C4 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.06 0.02 0.08 0.12 0.16 0.12
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.06 0.02 0.03 0.04 0.06 0.04 0.01 0.00 0.01 0.05 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.05 0.10 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.12 0.02 0.13 0.15 0.18 0.14
C5' 0.02 0.05 0.01 0.01 0.06 0.00 0.09 0.00 0.08 0.04 0.05 0.07 0.07 0.04 0.01 0.01 0.00 0.05 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.06 0.11 0.00 0.06 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.12 0.02 0.13 0.13 0.15 0.12
N1 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.06 0.07 0.11 0.08
N3 0.02 0.00 0.05 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.06 0.02 0.07 0.10 0.16 0.11
N4 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.06 0.02 0.09 0.13 0.17 0.13
O2 0.03 0.01 0.13 0.13 0.01 0.06 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.12 0.16 0.03 0.10 0.11 0.16 0.12
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.05 0.04 0.03 0.04 0.03 0.02 0.07 0.05 0.12 0.00 0.03 0.03 0.02 0.07 0.05 0.02
O3' 0.02 0.08 0.01 0.00 0.06 0.01 0.12 0.01 0.12 0.03 0.06 0.06 0.16 0.03 0.00 0.01 0.04 0.11 0.08 0.06
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.00 0.03 0.03 0.07 0.04
O5' 0.04 0.07 0.04 0.04 0.08 0.01 0.13 0.00 0.13 0.06 0.07 0.09 0.10 0.02 0.04 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.08 0.06 0.07 0.12 0.05 0.15 0.05 0.13 0.07 0.10 0.13 0.11 0.07 0.11 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.08 0.14 0.07 0.04 0.16 0.02 0.18 0.01 0.15 0.11 0.16 0.17 0.16 0.05 0.08 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.10 0.05 0.04 0.12 0.01 0.14 0.01 0.12 0.08 0.11 0.13 0.12 0.02 0.06 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00