ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50258

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 8, 13, 6, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.004, 0.009, 0.014, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.008 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.003, 0.010, 0.016, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.002, 0.011, 0.019, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.011 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.001, 0.010, 0.019, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.010 std_dev=0.009
N2 A 0, 0.007, 0.016, 0.026, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.016 std_dev=0.009
C6 A 0, -0.002, 0.007, 0.017, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.007 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.006, 0.016, 0.026, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.016 std_dev=0.010
N9 A 0, 0.004, 0.016, 0.028, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.016 std_dev=0.012
N7 A 0, 0.015, 0.036, 0.056, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.036 std_dev=0.021
C8 A 0, 0.014, 0.036, 0.058, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.036 std_dev=0.022
O6 A 0, 0.015, 0.039, 0.063, 0.141 max_d=0.141 avg_d=0.039 std_dev=0.024
O4' A 0, 0.030, 0.077, 0.125, 0.187 max_d=0.187 avg_d=0.077 std_dev=0.047
C2' A 0, 0.035, 0.094, 0.153, 0.256 max_d=0.256 avg_d=0.094 std_dev=0.059
C4' A 0, 0.067, 0.139, 0.212, 0.314 max_d=0.314 avg_d=0.139 std_dev=0.072
O2' A 0, 0.055, 0.134, 0.214, 0.392 max_d=0.392 avg_d=0.134 std_dev=0.079
C3' A 0, 0.056, 0.144, 0.232, 0.364 max_d=0.364 avg_d=0.144 std_dev=0.088
C2' B 0, 0.121, 0.230, 0.340, 0.468 max_d=0.468 avg_d=0.230 std_dev=0.110
O2' B 0, 0.136, 0.249, 0.361, 0.536 max_d=0.536 avg_d=0.249 std_dev=0.112
O3' A 0, 0.063, 0.196, 0.330, 0.558 max_d=0.558 avg_d=0.196 std_dev=0.134
C5' A 0, 0.130, 0.264, 0.397, 0.523 max_d=0.523 avg_d=0.264 std_dev=0.134
C3' B 0, 0.159, 0.310, 0.460, 0.741 max_d=0.741 avg_d=0.310 std_dev=0.150
C1' B 0, 0.067, 0.236, 0.406, 1.004 max_d=1.004 avg_d=0.236 std_dev=0.169
C2 B 0, 0.033, 0.205, 0.377, 1.014 max_d=1.014 avg_d=0.205 std_dev=0.172
N1 B 0, 0.040, 0.213, 0.385, 1.025 max_d=1.025 avg_d=0.213 std_dev=0.173
O2 B 0, 0.052, 0.234, 0.417, 1.033 max_d=1.033 avg_d=0.234 std_dev=0.182
N3 B 0, 0.021, 0.205, 0.389, 1.110 max_d=1.110 avg_d=0.205 std_dev=0.184
C6 B 0, 0.056, 0.249, 0.442, 1.172 max_d=1.172 avg_d=0.249 std_dev=0.193
O3' B 0, 0.150, 0.347, 0.543, 1.196 max_d=1.196 avg_d=0.347 std_dev=0.197
C4' B 0, 0.115, 0.331, 0.546, 1.261 max_d=1.261 avg_d=0.331 std_dev=0.216
C4 B 0, 0.007, 0.224, 0.440, 1.322 max_d=1.322 avg_d=0.224 std_dev=0.217
O5' B 0, 0.124, 0.342, 0.560, 1.230 max_d=1.230 avg_d=0.342 std_dev=0.218
C5 B 0, 0.031, 0.259, 0.488, 1.381 max_d=1.381 avg_d=0.259 std_dev=0.228
C5' B 0, 0.129, 0.362, 0.595, 1.351 max_d=1.351 avg_d=0.362 std_dev=0.233
O4' B 0, 0.056, 0.298, 0.540, 1.487 max_d=1.487 avg_d=0.298 std_dev=0.242
N4 B 0, -0.008, 0.246, 0.499, 1.553 max_d=1.553 avg_d=0.246 std_dev=0.253
O5' A 0, 0.174, 0.435, 0.696, 1.621 max_d=1.621 avg_d=0.435 std_dev=0.261
P B 0, 0.148, 0.432, 0.716, 1.640 max_d=1.640 avg_d=0.432 std_dev=0.284
OP1 B 0, 0.234, 0.519, 0.803, 1.308 max_d=1.308 avg_d=0.519 std_dev=0.285
OP2 B 0, 0.108, 0.435, 0.763, 1.995 max_d=1.995 avg_d=0.435 std_dev=0.328
P A 0, -0.110, 0.627, 1.364, 4.691 max_d=4.691 avg_d=0.627 std_dev=0.737
OP2 A 0, -0.089, 0.886, 1.861, 6.265 max_d=6.265 avg_d=0.886 std_dev=0.975
OP1 A 0, -0.323, 0.713, 1.750, 6.497 max_d=6.497 avg_d=0.713 std_dev=1.036

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.03 0.19 0.37 0.14
C2 0.01 0.00 0.04 0.04 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.07 0.02 0.15 0.01 0.18 0.71 0.37
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.04 0.05 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.07 0.05 0.13 0.36 0.18
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.06 0.05 0.05 0.04 0.06 0.03 0.01 0.00 0.01 0.11 0.07 0.15 0.34 0.21
C4 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.01 0.15 0.01 0.15 0.71 0.36
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.05 0.03 0.02 0.02 0.05 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.04 0.21 0.13 0.06
C5 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.08 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.06 0.02 0.19 0.01 0.21 0.84 0.45
C5' 0.02 0.05 0.01 0.01 0.06 0.00 0.08 0.00 0.08 0.09 0.07 0.05 0.04 0.10 0.06 0.04 0.02 0.01 0.01 0.08 0.17 0.13 0.01
C6 0.02 0.01 0.04 0.05 0.01 0.03 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.07 0.02 0.20 0.00 0.25 0.88 0.48
C8 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.02 0.18 0.02 0.13 0.75 0.38
N1 0.02 0.00 0.04 0.05 0.01 0.03 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.07 0.02 0.18 0.01 0.23 0.82 0.44
N2 0.02 0.00 0.05 0.05 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.08 0.02 0.14 0.02 0.18 0.66 0.35
N3 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.06 0.01 0.13 0.01 0.15 0.63 0.31
N7 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.07 0.02 0.21 0.02 0.21 0.87 0.47
N9 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.14 0.02 0.11 0.62 0.30
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.04 0.04 0.03 0.04 0.05 0.02 0.06 0.08 0.06 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.05 0.05 0.21 0.16 0.11
O3' 0.01 0.07 0.02 0.00 0.05 0.01 0.06 0.02 0.07 0.06 0.07 0.08 0.06 0.07 0.03 0.03 0.00 0.01 0.09 0.09 0.21 0.18 0.16
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.33 0.22 0.08
O5' 0.06 0.15 0.07 0.11 0.15 0.01 0.19 0.01 0.20 0.18 0.18 0.14 0.13 0.21 0.14 0.05 0.09 0.01 0.00 0.21 0.01 0.01 0.00
O6 0.03 0.01 0.05 0.07 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.05 0.09 0.03 0.21 0.00 0.30 0.93 0.52
OP1 0.19 0.18 0.13 0.15 0.15 0.21 0.21 0.17 0.25 0.13 0.23 0.18 0.15 0.21 0.11 0.21 0.21 0.33 0.01 0.30 0.00 0.01 0.00
OP2 0.37 0.71 0.36 0.34 0.71 0.13 0.84 0.13 0.88 0.75 0.82 0.66 0.63 0.87 0.62 0.16 0.18 0.22 0.01 0.93 0.01 0.00 0.00
P 0.14 0.37 0.18 0.21 0.36 0.06 0.45 0.01 0.48 0.38 0.44 0.35 0.31 0.47 0.30 0.11 0.16 0.08 0.00 0.52 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.11 0.15 0.08 0.08 0.09 0.10 0.08 0.09 0.09 0.11 0.13 0.08 0.21 0.09 0.09 0.13 0.09 0.14 0.09 0.09
C2 0.05 0.07 0.06 0.06 0.07 0.06 0.08 0.07 0.07 0.06 0.08 0.08 0.10 0.07 0.05 0.06 0.08 0.13 0.10 0.09
C2' 0.09 0.13 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.09 0.12 0.08 0.20 0.08 0.09 0.10 0.08 0.16 0.12 0.10
C3' 0.07 0.10 0.06 0.06 0.05 0.06 0.07 0.05 0.06 0.05 0.09 0.07 0.18 0.06 0.10 0.08 0.08 0.16 0.15 0.11
C4 0.06 0.10 0.07 0.06 0.07 0.06 0.07 0.07 0.07 0.07 0.10 0.07 0.14 0.07 0.06 0.07 0.08 0.13 0.09 0.09
C4' 0.12 0.13 0.07 0.08 0.07 0.11 0.07 0.09 0.08 0.10 0.11 0.06 0.20 0.07 0.12 0.14 0.06 0.13 0.08 0.06
C5 0.06 0.09 0.07 0.07 0.08 0.07 0.08 0.08 0.08 0.07 0.10 0.08 0.12 0.07 0.06 0.06 0.09 0.14 0.10 0.10
C5' 0.14 0.14 0.09 0.09 0.10 0.12 0.12 0.09 0.12 0.12 0.12 0.09 0.18 0.08 0.14 0.14 0.08 0.11 0.08 0.07
C6 0.08 0.09 0.08 0.08 0.09 0.08 0.10 0.09 0.09 0.08 0.10 0.10 0.10 0.08 0.07 0.08 0.11 0.14 0.12 0.11
C8 0.08 0.13 0.07 0.07 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.12 0.08 0.18 0.08 0.07 0.08 0.09 0.14 0.09 0.09
N1 0.06 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.09 0.08 0.08 0.07 0.09 0.10 0.09 0.07 0.06 0.07 0.10 0.14 0.11 0.10
N2 0.05 0.07 0.06 0.05 0.07 0.06 0.08 0.06 0.07 0.06 0.08 0.08 0.10 0.07 0.05 0.06 0.08 0.13 0.10 0.09
N3 0.06 0.09 0.06 0.06 0.07 0.06 0.07 0.07 0.07 0.07 0.10 0.07 0.13 0.07 0.06 0.07 0.08 0.13 0.09 0.09
N7 0.07 0.11 0.07 0.07 0.08 0.07 0.08 0.08 0.08 0.08 0.12 0.09 0.15 0.07 0.07 0.07 0.10 0.14 0.10 0.10
N9 0.08 0.12 0.07 0.07 0.08 0.08 0.07 0.08 0.08 0.09 0.12 0.08 0.18 0.08 0.07 0.09 0.08 0.14 0.09 0.09
O2' 0.11 0.15 0.07 0.07 0.09 0.10 0.08 0.08 0.08 0.10 0.14 0.09 0.22 0.08 0.10 0.13 0.07 0.14 0.10 0.08
O3' 0.07 0.10 0.05 0.05 0.06 0.06 0.08 0.05 0.06 0.04 0.09 0.09 0.17 0.05 0.12 0.08 0.08 0.17 0.18 0.12
O4' 0.13 0.16 0.10 0.09 0.10 0.12 0.09 0.11 0.10 0.13 0.14 0.09 0.21 0.10 0.10 0.15 0.10 0.15 0.09 0.09
O5' 0.17 0.18 0.15 0.13 0.19 0.14 0.21 0.13 0.20 0.18 0.18 0.19 0.20 0.16 0.14 0.16 0.15 0.12 0.13 0.13
O6 0.11 0.12 0.10 0.10 0.14 0.11 0.14 0.12 0.13 0.12 0.14 0.15 0.12 0.09 0.09 0.12 0.14 0.15 0.14 0.13
OP1 0.19 0.17 0.14 0.22 0.12 0.25 0.14 0.20 0.12 0.13 0.14 0.15 0.27 0.12 0.34 0.24 0.14 0.14 0.18 0.14
OP2 0.53 0.65 0.51 0.35 0.78 0.37 0.79 0.41 0.72 0.65 0.72 0.82 0.56 0.54 0.24 0.46 0.52 0.46 0.62 0.54
P 0.24 0.30 0.26 0.16 0.40 0.16 0.42 0.19 0.38 0.32 0.35 0.42 0.25 0.29 0.11 0.20 0.27 0.25 0.34 0.29

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.07 0.05 0.03
C2 0.02 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.04 0.03 0.06 0.08 0.07 0.05
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.02 0.05 0.01 0.03 0.02 0.06 0.00 0.01 0.00 0.03 0.08 0.06 0.04
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.05 0.01 0.00 0.00 0.03 0.09 0.05 0.03
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.07 0.08 0.10 0.07
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.03 0.03 0.07 0.08 0.10 0.07
C5' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.03 0.04 0.05 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.01 0.01
C6 0.00 0.01 0.05 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.03 0.03 0.07 0.07 0.07 0.06
N1 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.05 0.07 0.06 0.04
N3 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.03 0.02 0.06 0.08 0.09 0.06
N4 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.07 0.09 0.12 0.08
O2 0.02 0.00 0.06 0.05 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.12 0.06 0.04 0.05 0.08 0.06 0.04
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.06 0.02 0.05 0.03 0.12 0.00 0.03 0.01 0.04 0.09 0.08 0.05
O3' 0.02 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.06 0.03 0.00 0.02 0.03 0.09 0.05 0.03
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.02 0.00 0.03 0.06 0.04 0.03
O5' 0.03 0.06 0.03 0.03 0.07 0.01 0.07 0.00 0.07 0.05 0.06 0.07 0.05 0.04 0.03 0.03 0.00 0.03 0.02 0.00
OP1 0.07 0.08 0.08 0.09 0.08 0.07 0.08 0.06 0.07 0.07 0.08 0.09 0.08 0.09 0.09 0.06 0.03 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.07 0.06 0.05 0.10 0.02 0.10 0.01 0.07 0.06 0.09 0.12 0.06 0.08 0.05 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.03 0.05 0.04 0.03 0.07 0.01 0.07 0.01 0.06 0.04 0.06 0.08 0.04 0.05 0.03 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00