ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50259

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 2, 4, 0, 0, 2, 0, 1, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.011, 0.016, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.011 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.008, 0.020, 0.032, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.020 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.006, 0.020, 0.034, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.020 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.011, 0.026, 0.040, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.026 std_dev=0.015
N9 A 0, 0.013, 0.029, 0.045, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.029 std_dev=0.016
N3 A 0, 0.004, 0.022, 0.040, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.022 std_dev=0.018
C2 A 0, -0.003, 0.017, 0.038, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.017 std_dev=0.020
O6 A 0, 0.013, 0.033, 0.053, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.033 std_dev=0.020
C1' A 0, 0.001, 0.024, 0.047, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.024 std_dev=0.023
N7 A 0, 0.014, 0.041, 0.068, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.041 std_dev=0.027
C8 A 0, 0.017, 0.047, 0.077, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.047 std_dev=0.030
N2 A 0, 0.001, 0.040, 0.078, 0.167 max_d=0.167 avg_d=0.040 std_dev=0.038
C2' B 0, 0.205, 0.497, 0.788, 1.318 max_d=1.318 avg_d=0.497 std_dev=0.291
O2' B 0, 0.212, 0.661, 1.109, 1.297 max_d=1.297 avg_d=0.661 std_dev=0.448
C3' B 0, 0.425, 0.947, 1.470, 2.104 max_d=2.104 avg_d=0.947 std_dev=0.523
O4' A 0, -0.336, 0.318, 0.972, 2.651 max_d=2.651 avg_d=0.318 std_dev=0.654
C2' A 0, -0.291, 0.388, 1.067, 2.808 max_d=2.808 avg_d=0.388 std_dev=0.679
O2' A 0, -0.104, 0.617, 1.339, 3.117 max_d=3.117 avg_d=0.617 std_dev=0.721
O5' B 0, 0.778, 1.501, 2.224, 3.114 max_d=3.114 avg_d=1.501 std_dev=0.723
C1' B 0, 0.214, 0.976, 1.737, 3.136 max_d=3.136 avg_d=0.976 std_dev=0.762
C4' B 0, 0.242, 1.047, 1.853, 2.838 max_d=2.838 avg_d=1.047 std_dev=0.805
O4' B 0, 0.362, 1.255, 2.148, 3.859 max_d=3.859 avg_d=1.255 std_dev=0.893
C4' A 0, -0.388, 0.546, 1.480, 3.871 max_d=3.871 avg_d=0.546 std_dev=0.934
P B 0, 0.979, 1.964, 2.949, 4.418 max_d=4.418 avg_d=1.964 std_dev=0.985
O3' B 0, 0.737, 1.770, 2.802, 3.727 max_d=3.727 avg_d=1.770 std_dev=1.032
C3' A 0, -0.347, 0.696, 1.739, 4.392 max_d=4.392 avg_d=0.696 std_dev=1.043
C5' B 0, 0.326, 1.380, 2.433, 3.872 max_d=3.872 avg_d=1.380 std_dev=1.054
OP2 B 0, 0.998, 2.107, 3.216, 4.957 max_d=4.957 avg_d=2.107 std_dev=1.109
OP1 B 0, 1.217, 2.459, 3.701, 4.916 max_d=4.916 avg_d=2.459 std_dev=1.242
N1 B 0, 0.058, 1.392, 2.725, 5.193 max_d=5.193 avg_d=1.392 std_dev=1.333
C6 B 0, 0.260, 1.694, 3.128, 5.705 max_d=5.705 avg_d=1.694 std_dev=1.434
O3' A 0, -0.343, 1.114, 2.571, 6.214 max_d=6.214 avg_d=1.114 std_dev=1.457
C5' A 0, -0.713, 0.934, 2.581, 6.779 max_d=6.779 avg_d=0.934 std_dev=1.647
O2 B 0, 0.005, 1.751, 3.498, 6.537 max_d=6.537 avg_d=1.751 std_dev=1.747
C2 B 0, -0.167, 1.716, 3.598, 7.042 max_d=7.042 avg_d=1.716 std_dev=1.883
O5' A 0, -0.714, 1.237, 3.187, 7.996 max_d=7.996 avg_d=1.237 std_dev=1.950
C5 B 0, 0.069, 2.150, 4.232, 7.970 max_d=7.970 avg_d=2.150 std_dev=2.082
OP2 A 0, -0.304, 1.968, 4.240, 9.743 max_d=9.743 avg_d=1.968 std_dev=2.272
P A 0, -0.859, 1.455, 3.768, 9.565 max_d=9.565 avg_d=1.455 std_dev=2.314
N3 B 0, -0.403, 2.163, 4.728, 9.450 max_d=9.450 avg_d=2.163 std_dev=2.565
OP1 A 0, -0.282, 2.340, 4.962, 11.500 max_d=11.500 avg_d=2.340 std_dev=2.622
C4 B 0, -0.343, 2.333, 5.009, 9.929 max_d=9.929 avg_d=2.333 std_dev=2.676
N4 B 0, -0.562, 2.819, 6.199, 12.379 max_d=12.379 avg_d=2.819 std_dev=3.381

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.04 0.06 0.05 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.18 0.02 0.14 0.44 0.22
C2 0.05 0.00 0.25 0.17 0.01 0.43 0.01 0.77 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.42 0.14 0.45 0.67 0.01 1.06 1.35 1.06
C2' 0.01 0.25 0.00 0.00 0.14 0.01 0.09 0.03 0.14 0.11 0.20 0.29 0.24 0.07 0.04 0.00 0.03 0.01 0.23 0.12 0.28 0.25 0.13
C3' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.12 0.00 0.16 0.03 0.16 0.18 0.16 0.20 0.15 0.19 0.11 0.02 0.01 0.01 0.29 0.18 0.44 0.18 0.19
C4 0.02 0.01 0.14 0.12 0.00 0.19 0.00 0.33 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.20 0.13 0.23 0.37 0.01 0.47 0.68 0.49
C4' 0.01 0.43 0.01 0.00 0.19 0.00 0.11 0.01 0.17 0.27 0.31 0.55 0.41 0.21 0.07 0.04 0.05 0.00 0.02 0.15 0.15 0.40 0.16
C5 0.02 0.01 0.09 0.16 0.00 0.11 0.00 0.24 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.11 0.19 0.09 0.55 0.01 0.46 0.53 0.44
C5' 0.03 0.77 0.03 0.03 0.33 0.01 0.24 0.00 0.34 0.45 0.58 1.01 0.70 0.38 0.14 0.04 0.07 0.02 0.01 0.30 0.24 0.34 0.02
C6 0.02 0.01 0.14 0.16 0.01 0.17 0.01 0.34 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.19 0.20 0.18 0.52 0.01 0.57 0.69 0.54
C8 0.01 0.01 0.11 0.18 0.00 0.27 0.00 0.45 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.17 0.17 0.24 0.88 0.02 0.64 0.54 0.61
N1 0.04 0.00 0.20 0.16 0.01 0.31 0.01 0.58 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.33 0.18 0.34 0.54 0.01 0.83 1.04 0.81
N2 0.06 0.01 0.29 0.20 0.02 0.55 0.01 1.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.53 0.14 0.55 0.96 0.01 1.46 1.76 1.42
N3 0.05 0.00 0.24 0.15 0.00 0.41 0.01 0.70 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.40 0.11 0.46 0.59 0.01 0.91 1.23 0.96
N7 0.01 0.01 0.07 0.19 0.01 0.21 0.00 0.38 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.10 0.21 0.14 0.87 0.01 0.67 0.63 0.65
N9 0.01 0.02 0.04 0.11 0.01 0.07 0.01 0.14 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.10 0.01 0.44 0.01 0.27 0.35 0.23
O2' 0.02 0.42 0.00 0.02 0.20 0.04 0.11 0.04 0.19 0.17 0.33 0.53 0.40 0.10 0.03 0.00 0.06 0.06 0.08 0.15 0.24 0.34 0.22
O3' 0.03 0.14 0.03 0.01 0.13 0.05 0.19 0.07 0.20 0.17 0.18 0.14 0.11 0.21 0.10 0.06 0.00 0.04 0.19 0.23 0.55 0.23 0.25
O4' 0.00 0.45 0.01 0.01 0.23 0.00 0.09 0.02 0.18 0.24 0.34 0.55 0.46 0.14 0.01 0.06 0.04 0.00 0.07 0.13 0.16 0.61 0.33
O5' 0.18 0.67 0.23 0.29 0.37 0.02 0.55 0.01 0.52 0.88 0.54 0.96 0.59 0.87 0.44 0.08 0.19 0.07 0.00 0.61 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.12 0.18 0.01 0.15 0.01 0.30 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.23 0.13 0.61 0.00 0.60 0.67 0.56
OP1 0.14 1.06 0.28 0.44 0.47 0.15 0.46 0.24 0.57 0.64 0.83 1.46 0.91 0.67 0.27 0.24 0.55 0.16 0.02 0.60 0.00 0.01 0.00
OP2 0.44 1.35 0.25 0.18 0.68 0.40 0.53 0.34 0.69 0.54 1.04 1.76 1.23 0.63 0.35 0.34 0.23 0.61 0.02 0.67 0.01 0.00 0.01
P 0.22 1.06 0.13 0.19 0.49 0.16 0.44 0.02 0.54 0.61 0.81 1.42 0.96 0.65 0.23 0.22 0.25 0.33 0.01 0.56 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.41 0.79 0.31 0.29 0.99 0.48 0.86 0.52 0.68 0.59 0.98 1.11 0.82 0.40 0.20 0.53 0.53 0.60 0.76 0.64
C2 0.49 1.35 0.29 0.40 1.86 0.75 1.53 0.93 1.09 0.93 1.81 2.24 1.35 0.50 0.44 0.65 0.85 1.20 1.22 1.08
C2' 0.59 0.69 0.43 0.38 0.84 0.65 0.75 0.64 0.61 0.56 0.83 0.98 0.77 0.64 0.28 0.69 0.58 0.66 0.72 0.65
C3' 0.22 0.57 0.32 0.32 0.74 0.22 0.66 0.28 0.48 0.39 0.72 0.87 0.65 0.37 0.32 0.24 0.43 0.48 0.70 0.51
C4 0.46 1.22 0.30 0.38 1.59 0.71 1.33 0.84 0.98 0.85 1.59 1.84 1.25 0.50 0.38 0.63 0.76 1.00 1.04 0.93
C4' 0.45 0.69 0.70 0.73 0.81 0.39 0.78 0.41 0.68 0.60 0.79 0.88 0.71 0.58 0.81 0.34 0.64 0.57 0.88 0.68
C5 0.51 1.43 0.30 0.46 1.83 0.82 1.51 0.99 1.11 0.98 1.85 2.11 1.43 0.50 0.53 0.68 0.87 1.18 1.15 1.05
C5' 0.91 0.98 1.19 1.30 1.08 0.96 1.12 0.97 1.07 0.99 1.02 1.11 0.94 1.03 1.42 0.83 1.15 1.08 1.33 1.16
C6 0.54 1.57 0.29 0.50 2.11 0.87 1.71 1.10 1.22 1.07 2.09 2.50 1.54 0.49 0.62 0.71 0.96 1.38 1.31 1.20
C8 0.44 1.08 0.31 0.40 1.25 0.71 1.07 0.77 0.84 0.76 1.29 1.38 1.13 0.50 0.38 0.62 0.68 0.82 0.84 0.78
N1 0.52 1.51 0.29 0.46 2.06 0.82 1.68 1.05 1.19 1.03 2.02 2.48 1.49 0.50 0.56 0.69 0.93 1.35 1.31 1.18
N2 0.49 1.33 0.29 0.38 1.87 0.73 1.54 0.92 1.09 0.92 1.80 2.29 1.31 0.50 0.41 0.65 0.84 1.22 1.25 1.09
N3 0.46 1.20 0.29 0.36 1.64 0.68 1.36 0.82 0.99 0.84 1.60 1.94 1.21 0.49 0.34 0.62 0.76 1.02 1.09 0.96
N7 0.51 1.39 0.30 0.49 1.69 0.85 1.41 0.99 1.07 0.97 1.73 1.87 1.39 0.48 0.56 0.70 0.85 1.09 1.03 0.98
N9 0.42 1.01 0.30 0.34 1.26 0.62 1.07 0.70 0.82 0.72 1.26 1.42 1.06 0.48 0.27 0.58 0.64 0.79 0.87 0.78
O2' 0.85 0.89 0.65 0.55 0.95 0.79 0.88 0.77 0.82 0.82 0.95 1.04 0.97 0.73 0.38 0.91 0.73 0.75 0.79 0.76
O3' 0.27 0.49 0.28 0.25 0.59 0.22 0.51 0.27 0.36 0.31 0.59 0.70 0.64 0.39 0.29 0.28 0.39 0.53 0.62 0.47
O4' 0.55 0.91 0.75 0.68 1.03 0.34 0.95 0.34 0.83 0.76 1.02 1.10 0.92 0.67 0.69 0.38 0.59 0.49 0.87 0.66
O5' 1.22 1.23 1.58 1.76 1.44 1.33 1.53 1.38 1.48 1.33 1.31 1.47 1.06 1.35 1.89 1.15 1.62 1.58 1.84 1.65
O6 0.59 1.70 0.28 0.54 2.33 0.93 1.86 1.20 1.31 1.16 2.28 2.80 1.63 0.48 0.72 0.75 1.04 1.54 1.42 1.31
OP1 1.29 1.10 1.66 2.06 1.31 1.66 1.50 1.78 1.50 1.30 1.13 1.31 0.92 1.40 2.37 1.32 1.99 2.16 2.20 2.04
OP2 1.18 1.25 1.53 1.82 1.64 1.33 1.77 1.49 1.66 1.38 1.41 1.72 0.98 1.25 1.87 1.11 1.88 1.89 2.19 1.93
P 1.25 1.14 1.63 1.99 1.40 1.52 1.56 1.62 1.53 1.32 1.21 1.42 0.92 1.33 2.22 1.23 1.87 1.90 2.08 1.89

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.21 0.00 0.16 0.25 0.17 0.23
C2 0.01 0.00 0.17 0.21 0.01 0.05 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.20 0.20 0.10 0.23 0.42 0.29 0.24
C2' 0.00 0.17 0.00 0.00 0.10 0.02 0.16 0.15 0.19 0.05 0.14 0.12 0.30 0.00 0.03 0.01 0.33 0.42 0.51 0.50
C3' 0.02 0.21 0.00 0.00 0.26 0.01 0.25 0.02 0.22 0.16 0.25 0.28 0.21 0.02 0.01 0.03 0.09 0.22 0.25 0.15
C4 0.01 0.01 0.10 0.26 0.00 0.12 0.01 0.21 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.33 0.18 0.04 0.34 0.60 0.56 0.32
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.12 0.00 0.16 0.01 0.15 0.07 0.08 0.13 0.08 0.23 0.04 0.01 0.02 0.14 0.22 0.07
C5 0.01 0.01 0.16 0.25 0.01 0.16 0.00 0.25 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.36 0.19 0.10 0.36 0.63 0.56 0.35
C5' 0.06 0.12 0.15 0.02 0.21 0.01 0.25 0.00 0.22 0.12 0.16 0.23 0.13 0.09 0.17 0.02 0.01 0.19 0.25 0.02
C6 0.01 0.01 0.19 0.22 0.01 0.15 0.00 0.22 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.32 0.15 0.12 0.32 0.52 0.36 0.29
N1 0.01 0.01 0.05 0.16 0.01 0.07 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.18 0.11 0.02 0.23 0.39 0.23 0.24
N3 0.01 0.00 0.14 0.25 0.00 0.08 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.26 0.20 0.08 0.28 0.51 0.44 0.28
N4 0.01 0.01 0.12 0.28 0.01 0.13 0.01 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.37 0.21 0.05 0.36 0.66 0.67 0.36
O2 0.02 0.00 0.30 0.21 0.01 0.08 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.26 0.30 0.17 0.20 0.36 0.23 0.24
O2' 0.02 0.20 0.00 0.02 0.33 0.23 0.36 0.09 0.32 0.18 0.26 0.37 0.26 0.00 0.08 0.15 0.23 0.35 0.56 0.46
O3' 0.21 0.20 0.03 0.01 0.18 0.04 0.19 0.17 0.15 0.11 0.20 0.21 0.30 0.08 0.00 0.15 0.19 0.43 0.16 0.14
O4' 0.00 0.10 0.01 0.03 0.04 0.01 0.10 0.02 0.12 0.02 0.08 0.05 0.17 0.15 0.15 0.00 0.12 0.14 0.20 0.18
O5' 0.16 0.23 0.33 0.09 0.34 0.02 0.36 0.01 0.32 0.23 0.28 0.36 0.20 0.23 0.19 0.12 0.00 0.03 0.02 0.00
OP1 0.25 0.42 0.42 0.22 0.60 0.14 0.63 0.19 0.52 0.39 0.51 0.66 0.36 0.35 0.43 0.14 0.03 0.00 0.01 0.00
OP2 0.17 0.29 0.51 0.25 0.56 0.22 0.56 0.25 0.36 0.23 0.44 0.67 0.23 0.56 0.16 0.20 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.23 0.24 0.50 0.15 0.32 0.07 0.35 0.02 0.29 0.24 0.28 0.36 0.24 0.46 0.14 0.18 0.00 0.00 0.01 0.00