ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50260

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 2, 3, 0, 4, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.008, 0.014, 0.020, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.014 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.006, 0.013, 0.019, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.012, 0.020, 0.028, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.020 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.009, 0.017, 0.026, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.006, 0.015, 0.023, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.015 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.006, 0.016, 0.025, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.016 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.010, 0.021, 0.032, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.021 std_dev=0.011
N2 A 0, 0.025, 0.041, 0.057, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.041 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.020, 0.038, 0.057, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.038 std_dev=0.018
O6 A 0, 0.023, 0.042, 0.061, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.042 std_dev=0.019
N7 A 0, 0.003, 0.026, 0.049, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.026 std_dev=0.023
C8 A 0, 0.010, 0.034, 0.059, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.034 std_dev=0.025
O4' A 0, 0.084, 0.159, 0.235, 0.275 max_d=0.275 avg_d=0.159 std_dev=0.076
C2' A 0, 0.075, 0.178, 0.282, 0.459 max_d=0.459 avg_d=0.178 std_dev=0.104
C4' A 0, 0.164, 0.316, 0.468, 0.561 max_d=0.561 avg_d=0.316 std_dev=0.152
C3' A 0, 0.172, 0.353, 0.534, 0.692 max_d=0.692 avg_d=0.353 std_dev=0.181
O2' A 0, 0.007, 0.198, 0.388, 0.757 max_d=0.757 avg_d=0.198 std_dev=0.191
C2' B 0, 0.392, 0.630, 0.869, 1.001 max_d=1.001 avg_d=0.630 std_dev=0.238
C5' A 0, 0.160, 0.439, 0.718, 1.107 max_d=1.107 avg_d=0.439 std_dev=0.279
C3' B 0, 0.377, 0.689, 1.000, 1.404 max_d=1.404 avg_d=0.689 std_dev=0.312
O3' A 0, 0.293, 0.629, 0.965, 1.283 max_d=1.283 avg_d=0.629 std_dev=0.336
O3' B 0, 0.491, 0.869, 1.246, 1.769 max_d=1.769 avg_d=0.869 std_dev=0.378
O2' B 0, 0.347, 0.727, 1.107, 1.456 max_d=1.456 avg_d=0.727 std_dev=0.380
P A 0, 1.051, 1.511, 1.971, 1.884 max_d=1.884 avg_d=1.511 std_dev=0.460
C1' B 0, 0.550, 1.042, 1.534, 2.027 max_d=2.027 avg_d=1.042 std_dev=0.492
C4' B 0, 0.555, 1.048, 1.542, 2.111 max_d=2.111 avg_d=1.048 std_dev=0.494
O4' B 0, 0.718, 1.295, 1.871, 2.530 max_d=2.530 avg_d=1.295 std_dev=0.576
O2 B 0, 0.706, 1.288, 1.871, 2.040 max_d=2.040 avg_d=1.288 std_dev=0.582
N1 B 0, 0.504, 1.092, 1.680, 2.050 max_d=2.050 avg_d=1.092 std_dev=0.588
O5' A 0, 1.139, 1.733, 2.327, 2.202 max_d=2.202 avg_d=1.733 std_dev=0.594
OP1 B 0, 1.296, 1.923, 2.549, 2.632 max_d=2.632 avg_d=1.923 std_dev=0.627
C6 B 0, 0.648, 1.303, 1.957, 2.189 max_d=2.189 avg_d=1.303 std_dev=0.654
OP2 B 0, 1.012, 1.683, 2.354, 2.857 max_d=2.857 avg_d=1.683 std_dev=0.671
C2 B 0, 0.495, 1.178, 1.862, 2.007 max_d=2.007 avg_d=1.178 std_dev=0.684
P B 0, 1.068, 1.770, 2.472, 2.990 max_d=2.990 avg_d=1.770 std_dev=0.702
OP2 A 0, 1.561, 2.285, 3.009, 2.853 max_d=2.853 avg_d=2.285 std_dev=0.724
C5' B 0, 0.811, 1.536, 2.261, 3.132 max_d=3.132 avg_d=1.536 std_dev=0.725
C5 B 0, 0.721, 1.497, 2.274, 2.427 max_d=2.427 avg_d=1.497 std_dev=0.777
N3 B 0, 0.602, 1.398, 2.194, 2.511 max_d=2.511 avg_d=1.398 std_dev=0.796
C4 B 0, 0.674, 1.511, 2.348, 2.735 max_d=2.735 avg_d=1.511 std_dev=0.837
OP1 A 0, 2.083, 2.959, 3.835, 3.578 max_d=3.578 avg_d=2.959 std_dev=0.876
O5' B 0, 0.978, 1.889, 2.799, 3.819 max_d=3.819 avg_d=1.889 std_dev=0.911
N4 B 0, 0.925, 1.836, 2.748, 3.541 max_d=3.541 avg_d=1.836 std_dev=0.912

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.08 0.03 0.07 0.35 0.12
C2 0.02 0.00 0.12 0.19 0.01 0.07 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.25 0.03 0.21 0.01 0.17 0.36 0.17
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.08 0.01 0.08 0.03 0.09 0.07 0.11 0.14 0.12 0.07 0.03 0.00 0.02 0.01 0.12 0.09 0.09 0.32 0.10
C3' 0.02 0.19 0.00 0.00 0.17 0.01 0.21 0.02 0.23 0.18 0.22 0.19 0.17 0.21 0.12 0.02 0.01 0.01 0.21 0.25 0.16 0.23 0.12
C4 0.01 0.01 0.08 0.17 0.00 0.07 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.20 0.02 0.22 0.01 0.16 0.36 0.16
C4' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.07 0.00 0.12 0.01 0.12 0.13 0.10 0.07 0.06 0.14 0.06 0.08 0.04 0.01 0.02 0.14 0.08 0.25 0.05
C5 0.02 0.01 0.08 0.21 0.00 0.12 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.27 0.03 0.32 0.01 0.23 0.35 0.22
C5' 0.04 0.12 0.03 0.02 0.12 0.01 0.18 0.00 0.19 0.19 0.16 0.10 0.10 0.22 0.11 0.07 0.06 0.03 0.01 0.23 0.12 0.24 0.01
C6 0.02 0.01 0.09 0.23 0.01 0.12 0.01 0.19 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.31 0.04 0.34 0.00 0.26 0.36 0.24
C8 0.02 0.01 0.07 0.18 0.00 0.13 0.01 0.19 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.21 0.04 0.30 0.03 0.19 0.35 0.19
N1 0.02 0.00 0.11 0.22 0.01 0.10 0.01 0.16 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.09 0.29 0.03 0.29 0.01 0.22 0.36 0.21
N2 0.03 0.00 0.14 0.19 0.01 0.07 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.17 0.25 0.05 0.18 0.01 0.15 0.36 0.16
N3 0.02 0.01 0.12 0.17 0.01 0.06 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.20 0.03 0.17 0.01 0.14 0.36 0.15
N7 0.02 0.01 0.07 0.21 0.01 0.14 0.00 0.22 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.27 0.04 0.36 0.03 0.26 0.35 0.25
N9 0.01 0.01 0.03 0.12 0.00 0.06 0.01 0.11 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.12 0.02 0.18 0.02 0.13 0.35 0.14
O2' 0.01 0.13 0.00 0.02 0.05 0.08 0.03 0.07 0.05 0.05 0.09 0.17 0.12 0.03 0.02 0.00 0.05 0.07 0.05 0.04 0.10 0.28 0.04
O3' 0.02 0.25 0.02 0.01 0.20 0.04 0.27 0.06 0.31 0.21 0.29 0.25 0.20 0.27 0.12 0.05 0.00 0.03 0.28 0.35 0.26 0.13 0.18
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.04 0.03 0.05 0.03 0.04 0.02 0.07 0.03 0.00 0.14 0.05 0.10 0.33 0.14
O5' 0.08 0.21 0.12 0.21 0.22 0.02 0.32 0.01 0.34 0.30 0.29 0.18 0.17 0.36 0.18 0.05 0.28 0.14 0.00 0.39 0.02 0.02 0.00
O6 0.03 0.01 0.09 0.25 0.01 0.14 0.01 0.23 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.04 0.35 0.05 0.39 0.00 0.31 0.38 0.29
OP1 0.07 0.17 0.09 0.16 0.16 0.08 0.23 0.12 0.26 0.19 0.22 0.15 0.14 0.26 0.13 0.10 0.26 0.10 0.02 0.31 0.00 0.01 0.01
OP2 0.35 0.36 0.32 0.23 0.36 0.25 0.35 0.24 0.36 0.35 0.36 0.36 0.36 0.35 0.35 0.28 0.13 0.33 0.02 0.38 0.01 0.00 0.00
P 0.12 0.17 0.10 0.12 0.16 0.05 0.22 0.01 0.24 0.19 0.21 0.16 0.15 0.25 0.14 0.04 0.18 0.14 0.00 0.29 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.31 0.40 0.25 0.19 0.61 0.23 0.64 0.35 0.56 0.41 0.53 0.69 0.33 0.33 0.14 0.32 0.81 0.80 0.64 0.72
C2 0.31 0.31 0.20 0.25 0.75 0.42 0.95 0.62 0.77 0.42 0.44 0.93 0.46 0.23 0.10 0.49 1.21 1.26 1.20 1.20
C2' 0.29 0.36 0.25 0.21 0.54 0.23 0.55 0.39 0.48 0.36 0.47 0.62 0.32 0.33 0.17 0.30 0.83 0.84 0.67 0.75
C3' 0.24 0.27 0.24 0.22 0.29 0.23 0.27 0.38 0.27 0.24 0.32 0.34 0.31 0.32 0.23 0.25 0.68 0.69 0.48 0.58
C4 0.27 0.29 0.21 0.23 0.53 0.36 0.70 0.55 0.62 0.34 0.40 0.60 0.43 0.25 0.09 0.42 1.11 1.11 0.98 1.04
C4' 0.32 0.41 0.30 0.21 0.42 0.20 0.37 0.27 0.35 0.35 0.46 0.45 0.46 0.37 0.20 0.27 0.57 0.55 0.36 0.46
C5 0.22 0.39 0.19 0.24 0.36 0.41 0.50 0.63 0.48 0.24 0.49 0.41 0.57 0.21 0.13 0.43 1.23 1.22 1.08 1.16
C5' 0.30 0.36 0.32 0.23 0.26 0.22 0.21 0.26 0.23 0.27 0.35 0.28 0.46 0.39 0.23 0.25 0.46 0.46 0.23 0.33
C6 0.23 0.45 0.18 0.26 0.42 0.47 0.58 0.70 0.53 0.26 0.59 0.51 0.65 0.19 0.16 0.48 1.32 1.37 1.29 1.31
C8 0.17 0.32 0.19 0.19 0.24 0.29 0.22 0.46 0.26 0.16 0.37 0.28 0.44 0.24 0.09 0.30 0.98 0.94 0.69 0.84
N1 0.27 0.35 0.19 0.25 0.54 0.46 0.81 0.68 0.68 0.33 0.43 0.67 0.58 0.21 0.13 0.51 1.30 1.35 1.30 1.30
N2 0.34 0.33 0.21 0.25 0.87 0.42 1.05 0.63 0.84 0.47 0.49 1.11 0.42 0.24 0.10 0.51 1.21 1.28 1.23 1.22
N3 0.32 0.34 0.22 0.23 0.78 0.37 0.92 0.55 0.76 0.45 0.51 0.92 0.39 0.26 0.09 0.45 1.12 1.14 1.05 1.08
N7 0.17 0.48 0.18 0.23 0.41 0.39 0.22 0.60 0.25 0.21 0.58 0.47 0.58 0.20 0.15 0.37 1.18 1.14 0.90 1.05
N9 0.24 0.27 0.22 0.20 0.43 0.28 0.53 0.44 0.49 0.29 0.36 0.47 0.36 0.28 0.09 0.34 0.96 0.94 0.76 0.86
O2' 0.34 0.53 0.26 0.15 0.78 0.17 0.73 0.30 0.60 0.48 0.70 0.91 0.44 0.36 0.18 0.30 0.74 0.75 0.63 0.68
O3' 0.26 0.30 0.27 0.24 0.28 0.26 0.24 0.40 0.24 0.24 0.34 0.33 0.35 0.36 0.29 0.25 0.60 0.61 0.41 0.50
O4' 0.33 0.46 0.28 0.20 0.55 0.20 0.53 0.27 0.48 0.42 0.55 0.60 0.45 0.33 0.18 0.30 0.65 0.61 0.45 0.55
O5' 0.19 0.29 0.26 0.11 0.32 0.10 0.29 0.26 0.24 0.20 0.34 0.37 0.34 0.40 0.01 0.12 0.46 0.50 0.30 0.34
O6 0.23 0.58 0.18 0.27 0.58 0.50 0.43 0.76 0.42 0.26 0.80 0.79 0.73 0.18 0.20 0.49 1.38 1.47 1.41 1.41
OP1 0.14 0.22 0.13 0.08 0.36 0.21 0.43 0.31 0.36 0.19 0.29 0.42 0.29 0.23 0.02 0.19 0.32 0.37 0.38 0.25
OP2 0.18 0.39 0.15 0.12 0.61 0.23 0.64 0.42 0.53 0.37 0.51 0.67 0.31 0.14 0.02 0.21 0.45 0.52 0.39 0.34
P 0.05 0.22 0.11 0.02 0.37 0.12 0.40 0.25 0.33 0.18 0.31 0.42 0.24 0.19 0.01 0.08 0.35 0.42 0.27 0.23

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.02 0.05 0.01 0.01 0.00 0.12 0.12 0.39 0.23
C2 0.02 0.00 0.11 0.18 0.01 0.09 0.01 0.20 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.12 0.18 0.02 0.26 0.25 0.50 0.31
C2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.03 0.01 0.06 0.03 0.09 0.02 0.09 0.04 0.20 0.00 0.01 0.01 0.21 0.16 0.25 0.16
C3' 0.02 0.18 0.01 0.00 0.20 0.00 0.22 0.04 0.21 0.12 0.20 0.21 0.24 0.02 0.01 0.01 0.31 0.27 0.17 0.17
C4 0.02 0.01 0.03 0.20 0.00 0.16 0.00 0.31 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.23 0.05 0.41 0.46 0.65 0.47
C4' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.16 0.00 0.19 0.01 0.18 0.08 0.12 0.17 0.12 0.08 0.02 0.00 0.02 0.08 0.32 0.12
C5 0.02 0.01 0.06 0.22 0.00 0.19 0.00 0.35 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.26 0.07 0.45 0.50 0.66 0.51
C5' 0.04 0.20 0.03 0.04 0.31 0.01 0.35 0.00 0.30 0.17 0.26 0.35 0.18 0.08 0.04 0.02 0.01 0.16 0.33 0.01
C6 0.02 0.01 0.09 0.21 0.01 0.18 0.00 0.30 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.24 0.06 0.38 0.38 0.55 0.40
N1 0.01 0.01 0.02 0.12 0.01 0.08 0.01 0.17 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.12 0.02 0.26 0.23 0.47 0.30
N3 0.02 0.01 0.09 0.20 0.01 0.12 0.01 0.26 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.21 0.03 0.34 0.35 0.58 0.39
N4 0.02 0.02 0.04 0.21 0.01 0.17 0.01 0.35 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.08 0.26 0.05 0.45 0.54 0.70 0.53
O2 0.05 0.01 0.20 0.24 0.02 0.12 0.02 0.18 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.21 0.26 0.05 0.20 0.19 0.46 0.26
O2' 0.01 0.12 0.00 0.02 0.07 0.08 0.05 0.08 0.06 0.03 0.12 0.08 0.21 0.00 0.05 0.10 0.06 0.07 0.32 0.18
O3' 0.01 0.18 0.01 0.01 0.23 0.02 0.26 0.04 0.24 0.12 0.21 0.26 0.26 0.05 0.00 0.01 0.29 0.38 0.16 0.19
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.05 0.00 0.07 0.02 0.06 0.02 0.03 0.05 0.05 0.10 0.01 0.00 0.14 0.15 0.42 0.26
O5' 0.12 0.26 0.21 0.31 0.41 0.02 0.45 0.01 0.38 0.26 0.34 0.45 0.20 0.06 0.29 0.14 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.12 0.25 0.16 0.27 0.46 0.08 0.50 0.16 0.38 0.23 0.35 0.54 0.19 0.07 0.38 0.15 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.39 0.50 0.25 0.17 0.65 0.32 0.66 0.33 0.55 0.47 0.58 0.70 0.46 0.32 0.16 0.42 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.23 0.31 0.16 0.17 0.47 0.12 0.51 0.01 0.40 0.30 0.39 0.53 0.26 0.18 0.19 0.26 0.01 0.00 0.01 0.00