ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50261

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 4, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.009, 0.021, 0.032, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.021 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.011, 0.026, 0.041, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.026 std_dev=0.015
C5 A 0, 0.024, 0.044, 0.065, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.044 std_dev=0.021
C2 A 0, -0.002, 0.019, 0.040, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.019 std_dev=0.021
C4 A 0, 0.016, 0.038, 0.060, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.038 std_dev=0.022
N3 A 0, -0.001, 0.022, 0.045, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.022 std_dev=0.023
N9 A 0, 0.023, 0.047, 0.071, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.047 std_dev=0.024
C1' A 0, 0.003, 0.029, 0.055, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.029 std_dev=0.026
O6 A 0, 0.042, 0.078, 0.115, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.078 std_dev=0.036
N2 A 0, 0.006, 0.046, 0.085, 0.151 max_d=0.151 avg_d=0.046 std_dev=0.040
N7 A 0, 0.058, 0.106, 0.155, 0.141 max_d=0.141 avg_d=0.106 std_dev=0.049
C8 A 0, 0.061, 0.116, 0.171, 0.156 max_d=0.156 avg_d=0.116 std_dev=0.055
O2' B 0, 0.241, 0.624, 1.007, 1.197 max_d=1.197 avg_d=0.624 std_dev=0.383
N1 B 0, 0.083, 0.488, 0.893, 1.179 max_d=1.179 avg_d=0.488 std_dev=0.405
C2' B 0, 0.252, 0.663, 1.074, 1.394 max_d=1.394 avg_d=0.663 std_dev=0.411
C2' A 0, -0.126, 0.288, 0.701, 1.506 max_d=1.506 avg_d=0.288 std_dev=0.413
C2 B 0, 0.033, 0.497, 0.960, 1.427 max_d=1.427 avg_d=0.497 std_dev=0.463
O4' A 0, -0.232, 0.244, 0.719, 1.664 max_d=1.664 avg_d=0.244 std_dev=0.475
C1' B 0, 0.002, 0.529, 1.055, 1.820 max_d=1.820 avg_d=0.529 std_dev=0.527
C4' A 0, -0.235, 0.337, 0.909, 2.029 max_d=2.029 avg_d=0.337 std_dev=0.572
N3 B 0, 0.013, 0.609, 1.205, 1.983 max_d=1.983 avg_d=0.609 std_dev=0.596
C4 B 0, 0.080, 0.681, 1.283, 1.978 max_d=1.978 avg_d=0.681 std_dev=0.601
C3' A 0, -0.279, 0.420, 1.119, 2.496 max_d=2.496 avg_d=0.420 std_dev=0.699
O2' A 0, -0.212, 0.496, 1.205, 2.580 max_d=2.580 avg_d=0.496 std_dev=0.709
N4 B 0, 0.020, 0.845, 1.670, 2.907 max_d=2.907 avg_d=0.845 std_dev=0.825
C6 B 0, -0.099, 0.836, 1.771, 3.399 max_d=3.399 avg_d=0.836 std_dev=0.935
O3' A 0, -0.363, 0.603, 1.570, 3.470 max_d=3.470 avg_d=0.603 std_dev=0.966
O2 B 0, -0.274, 0.700, 1.674, 3.470 max_d=3.470 avg_d=0.700 std_dev=0.974
C5 B 0, -0.085, 0.899, 1.884, 3.568 max_d=3.568 avg_d=0.899 std_dev=0.984
C3' B 0, -0.164, 0.987, 2.139, 4.279 max_d=4.279 avg_d=0.987 std_dev=1.151
C5' A 0, -0.650, 0.591, 1.833, 4.290 max_d=4.290 avg_d=0.591 std_dev=1.242
O4' B 0, -0.528, 0.761, 2.050, 4.551 max_d=4.551 avg_d=0.761 std_dev=1.289
O5' A 0, -0.607, 0.824, 2.255, 4.867 max_d=4.867 avg_d=0.824 std_dev=1.431
O3' B 0, -0.174, 1.270, 2.714, 5.377 max_d=5.377 avg_d=1.270 std_dev=1.444
C4' B 0, -0.560, 0.942, 2.444, 5.375 max_d=5.375 avg_d=0.942 std_dev=1.502
P A 0, -0.583, 1.075, 2.732, 5.971 max_d=5.971 avg_d=1.075 std_dev=1.658
OP1 A 0, -0.542, 1.206, 2.954, 6.348 max_d=6.348 avg_d=1.206 std_dev=1.748
OP2 A 0, -0.755, 1.457, 3.670, 7.981 max_d=7.981 avg_d=1.457 std_dev=2.213
C5' B 0, -0.889, 1.438, 3.764, 8.273 max_d=8.273 avg_d=1.438 std_dev=2.326
O5' B 0, -1.271, 1.292, 3.855, 8.926 max_d=8.926 avg_d=1.292 std_dev=2.563
P B 0, -1.706, 1.633, 4.971, 11.571 max_d=11.571 avg_d=1.633 std_dev=3.339
OP1 B 0, -1.844, 1.693, 5.230, 12.218 max_d=12.218 avg_d=1.693 std_dev=3.537
OP2 B 0, -1.741, 1.834, 5.408, 12.409 max_d=12.409 avg_d=1.834 std_dev=3.575

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.03 0.02 0.04 0.07 0.06 0.01 0.01 0.01 0.24 0.01 0.24 0.02 0.25 0.35 0.13
C2 0.06 0.00 0.13 0.26 0.01 0.24 0.01 0.56 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.10 0.37 0.36 1.06 0.02 0.94 1.18 0.93
C2' 0.00 0.13 0.00 0.01 0.08 0.01 0.04 0.15 0.06 0.06 0.10 0.14 0.14 0.04 0.02 0.01 0.03 0.01 0.16 0.05 0.29 0.31 0.09
C3' 0.01 0.26 0.01 0.00 0.24 0.00 0.26 0.01 0.28 0.16 0.28 0.22 0.23 0.22 0.16 0.02 0.01 0.00 0.12 0.29 0.30 0.32 0.14
C4 0.02 0.01 0.08 0.24 0.00 0.05 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.10 0.15 0.18 0.63 0.02 0.42 0.51 0.34
C4' 0.01 0.24 0.01 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.04 0.21 0.13 0.35 0.24 0.19 0.07 0.19 0.03 0.00 0.03 0.06 0.27 0.33 0.15
C5 0.01 0.01 0.04 0.26 0.01 0.07 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.20 0.12 0.07 0.54 0.01 0.32 0.38 0.23
C5' 0.04 0.56 0.15 0.01 0.18 0.01 0.07 0.00 0.12 0.31 0.36 0.78 0.54 0.27 0.06 0.04 0.13 0.02 0.01 0.08 0.36 0.29 0.02
C6 0.03 0.01 0.06 0.28 0.01 0.04 0.01 0.12 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.19 0.22 0.14 0.69 0.01 0.50 0.60 0.45
C8 0.02 0.02 0.06 0.16 0.01 0.21 0.01 0.31 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.29 0.15 0.19 0.32 0.01 0.33 0.50 0.33
N1 0.04 0.00 0.10 0.28 0.01 0.13 0.01 0.36 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.11 0.33 0.26 0.91 0.02 0.78 0.99 0.76
N2 0.07 0.01 0.14 0.22 0.02 0.35 0.01 0.78 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.16 0.47 0.44 1.27 0.02 1.25 1.57 1.24
N3 0.06 0.01 0.14 0.23 0.01 0.24 0.01 0.54 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.11 0.30 0.36 0.96 0.02 0.77 0.95 0.75
N7 0.01 0.01 0.04 0.22 0.01 0.19 0.00 0.27 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.30 0.05 0.11 0.38 0.02 0.24 0.36 0.20
N9 0.01 0.02 0.02 0.16 0.01 0.07 0.00 0.06 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.15 0.07 0.01 0.36 0.01 0.23 0.32 0.07
O2' 0.01 0.10 0.01 0.02 0.10 0.19 0.20 0.04 0.19 0.29 0.11 0.16 0.11 0.30 0.15 0.00 0.03 0.16 0.15 0.23 0.54 0.49 0.45
O3' 0.24 0.37 0.03 0.01 0.15 0.03 0.12 0.13 0.22 0.15 0.33 0.47 0.30 0.05 0.07 0.03 0.00 0.18 0.29 0.21 0.35 0.37 0.27
O4' 0.01 0.36 0.01 0.00 0.18 0.00 0.07 0.02 0.14 0.19 0.26 0.44 0.36 0.11 0.01 0.16 0.18 0.00 0.25 0.10 0.22 0.36 0.13
O5' 0.24 1.06 0.16 0.12 0.63 0.03 0.54 0.01 0.69 0.32 0.91 1.27 0.96 0.38 0.36 0.15 0.29 0.25 0.00 0.65 0.01 0.01 0.01
O6 0.02 0.02 0.05 0.29 0.02 0.06 0.01 0.08 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.23 0.21 0.10 0.65 0.00 0.44 0.52 0.39
OP1 0.25 0.94 0.29 0.30 0.42 0.27 0.32 0.36 0.50 0.33 0.78 1.25 0.77 0.24 0.23 0.54 0.35 0.22 0.01 0.44 0.00 0.01 0.01
OP2 0.35 1.18 0.31 0.32 0.51 0.33 0.38 0.29 0.60 0.50 0.99 1.57 0.95 0.36 0.32 0.49 0.37 0.36 0.01 0.52 0.01 0.00 0.00
P 0.13 0.93 0.09 0.14 0.34 0.15 0.23 0.02 0.45 0.33 0.76 1.24 0.75 0.20 0.07 0.45 0.27 0.13 0.01 0.39 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.12 0.14 0.20 0.15 0.18 0.25 0.22 0.23 0.09 0.10 0.17 0.28 0.10 0.22 0.11 0.19 0.18 0.21 0.21
C2 0.21 0.13 0.14 0.16 0.15 0.26 0.17 0.31 0.14 0.14 0.12 0.19 0.22 0.14 0.17 0.29 0.36 0.67 0.33 0.40
C2' 0.10 0.25 0.07 0.18 0.12 0.28 0.25 0.41 0.24 0.09 0.21 0.14 0.49 0.15 0.25 0.17 0.34 0.27 0.41 0.41
C3' 0.07 0.27 0.09 0.39 0.15 0.46 0.38 0.68 0.36 0.08 0.20 0.19 0.59 0.19 0.54 0.23 0.58 0.62 0.65 0.71
C4 0.21 0.13 0.15 0.19 0.16 0.33 0.16 0.40 0.14 0.15 0.14 0.19 0.18 0.16 0.23 0.32 0.43 0.68 0.41 0.47
C4' 0.40 0.27 0.57 0.92 0.67 0.85 0.90 1.06 0.85 0.52 0.39 0.71 0.14 0.25 1.10 0.59 0.97 1.07 1.02 1.10
C5 0.28 0.17 0.18 0.33 0.19 0.60 0.18 0.78 0.22 0.20 0.20 0.22 0.19 0.21 0.39 0.52 0.80 1.11 0.83 0.90
C5' 0.69 0.71 0.88 1.21 1.18 1.01 1.36 1.21 1.25 0.90 0.88 1.26 0.36 0.46 1.38 0.79 1.15 1.33 1.22 1.32
C6 0.30 0.18 0.18 0.35 0.20 0.64 0.20 0.86 0.24 0.21 0.22 0.24 0.20 0.21 0.39 0.56 0.89 1.27 0.94 1.03
C8 0.27 0.18 0.18 0.37 0.18 0.62 0.17 0.77 0.20 0.19 0.20 0.20 0.20 0.23 0.47 0.50 0.76 0.94 0.78 0.81
N1 0.26 0.15 0.17 0.25 0.18 0.46 0.17 0.60 0.18 0.18 0.17 0.23 0.17 0.18 0.27 0.44 0.65 1.01 0.66 0.75
N2 0.18 0.14 0.12 0.13 0.14 0.17 0.19 0.17 0.15 0.12 0.10 0.18 0.28 0.12 0.14 0.22 0.24 0.53 0.20 0.26
N3 0.17 0.14 0.13 0.14 0.14 0.17 0.18 0.16 0.15 0.12 0.11 0.17 0.26 0.13 0.15 0.21 0.22 0.47 0.19 0.24
N7 0.32 0.21 0.20 0.46 0.21 0.79 0.23 1.04 0.29 0.23 0.25 0.24 0.26 0.24 0.54 0.64 1.03 1.31 1.07 1.14
N9 0.18 0.13 0.14 0.18 0.15 0.28 0.15 0.33 0.13 0.13 0.13 0.17 0.19 0.16 0.23 0.27 0.35 0.53 0.34 0.36
O2' 0.15 0.36 0.20 0.17 0.19 0.33 0.22 0.50 0.23 0.16 0.34 0.20 0.59 0.26 0.34 0.25 0.43 0.28 0.50 0.48
O3' 0.55 0.87 0.54 0.28 0.44 0.20 0.14 0.52 0.14 0.52 0.78 0.42 1.26 0.76 0.41 0.20 0.39 0.50 0.51 0.59
O4' 0.40 0.35 0.62 0.78 0.62 0.65 0.76 0.72 0.72 0.50 0.44 0.65 0.15 0.40 0.86 0.48 0.66 0.69 0.68 0.72
O5' 0.85 0.96 1.05 1.48 1.53 1.22 1.73 1.50 1.57 1.15 1.18 1.65 0.55 0.52 1.67 0.96 1.45 1.76 1.58 1.68
O6 0.33 0.21 0.19 0.43 0.22 0.79 0.24 1.10 0.31 0.24 0.26 0.26 0.27 0.23 0.48 0.68 1.13 1.58 1.23 1.32
OP1 1.52 1.51 1.56 2.20 2.23 2.10 2.59 2.60 2.43 1.85 1.74 2.33 0.97 0.91 2.23 1.80 2.60 3.07 2.81 2.95
OP2 1.79 2.12 1.96 2.34 2.75 1.93 2.88 2.16 2.64 2.23 2.40 2.87 1.67 1.26 2.32 1.77 2.19 2.64 2.32 2.43
P 1.46 1.55 1.63 2.16 2.15 1.87 2.40 2.18 2.25 1.79 1.77 2.24 1.10 1.00 2.29 1.60 2.14 2.51 2.26 2.38

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.04 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.07 0.01 0.02 0.01 0.04 0.37 0.14 0.09
C2 0.03 0.00 0.10 0.15 0.01 0.06 0.01 0.14 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.17 0.15 0.02 0.10 0.75 0.17 0.22
C2' 0.00 0.10 0.00 0.01 0.04 0.03 0.09 0.02 0.11 0.02 0.07 0.04 0.20 0.01 0.02 0.01 0.15 0.26 0.21 0.13
C3' 0.04 0.15 0.01 0.00 0.25 0.01 0.33 0.01 0.32 0.16 0.19 0.26 0.18 0.01 0.00 0.01 0.24 0.24 0.22 0.20
C4 0.03 0.01 0.04 0.25 0.00 0.14 0.01 0.25 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.09 0.34 0.03 0.15 1.06 0.19 0.34
C4' 0.01 0.06 0.03 0.01 0.14 0.00 0.18 0.00 0.17 0.08 0.09 0.14 0.06 0.12 0.03 0.01 0.01 0.10 0.09 0.03
C5 0.02 0.01 0.09 0.33 0.01 0.18 0.00 0.28 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.44 0.04 0.17 1.08 0.19 0.36
C5' 0.02 0.14 0.02 0.01 0.25 0.00 0.28 0.00 0.24 0.13 0.20 0.27 0.10 0.12 0.05 0.01 0.01 0.15 0.13 0.01
C6 0.02 0.01 0.11 0.32 0.01 0.17 0.01 0.24 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.07 0.38 0.04 0.15 0.85 0.19 0.28
N1 0.01 0.00 0.02 0.16 0.02 0.08 0.02 0.13 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.16 0.01 0.10 0.67 0.16 0.20
N3 0.03 0.00 0.07 0.19 0.00 0.09 0.01 0.20 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.16 0.23 0.02 0.13 0.93 0.19 0.30
N4 0.03 0.01 0.04 0.26 0.01 0.14 0.01 0.27 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.10 0.38 0.03 0.16 1.15 0.20 0.38
O2 0.07 0.01 0.20 0.18 0.01 0.06 0.01 0.10 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.30 0.20 0.06 0.09 0.63 0.16 0.18
O2' 0.01 0.17 0.01 0.01 0.09 0.12 0.05 0.12 0.07 0.05 0.16 0.10 0.30 0.00 0.10 0.11 0.11 0.24 0.12 0.14
O3' 0.02 0.15 0.02 0.00 0.34 0.03 0.44 0.05 0.38 0.16 0.23 0.38 0.20 0.10 0.00 0.03 0.25 0.26 0.23 0.24
O4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.02 0.03 0.06 0.11 0.03 0.00 0.11 0.23 0.14 0.09
O5' 0.04 0.10 0.15 0.24 0.15 0.01 0.17 0.01 0.15 0.10 0.13 0.16 0.09 0.11 0.25 0.11 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.37 0.75 0.26 0.24 1.06 0.10 1.08 0.15 0.85 0.67 0.93 1.15 0.63 0.24 0.26 0.23 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.14 0.17 0.21 0.22 0.19 0.09 0.19 0.13 0.19 0.16 0.19 0.20 0.16 0.12 0.23 0.14 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.09 0.22 0.13 0.20 0.34 0.03 0.36 0.01 0.28 0.20 0.30 0.38 0.18 0.14 0.24 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00