ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50262

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 3, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.004, 0.012, 0.020, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.004, 0.012, 0.021, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.007, 0.017, 0.026, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.017 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.006, 0.016, 0.026, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.016 std_dev=0.010
N9 A 0, 0.007, 0.017, 0.028, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.009, 0.021, 0.032, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.021 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.009, 0.021, 0.033, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.021 std_dev=0.012
N7 A 0, 0.011, 0.024, 0.037, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.024 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.009, 0.023, 0.036, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.023 std_dev=0.014
C8 A 0, 0.013, 0.028, 0.042, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.028 std_dev=0.015
O6 A 0, 0.011, 0.041, 0.070, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.041 std_dev=0.030
N2 A 0, 0.017, 0.050, 0.083, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.050 std_dev=0.033
O4' A 0, 0.175, 0.321, 0.468, 0.544 max_d=0.544 avg_d=0.321 std_dev=0.147
C2' A 0, 0.181, 0.341, 0.501, 0.565 max_d=0.565 avg_d=0.341 std_dev=0.160
O2' A 0, 0.169, 0.337, 0.506, 0.543 max_d=0.543 avg_d=0.337 std_dev=0.169
O2 B 0, 0.268, 0.468, 0.668, 0.726 max_d=0.726 avg_d=0.468 std_dev=0.200
C2 B 0, 0.235, 0.439, 0.643, 0.619 max_d=0.619 avg_d=0.439 std_dev=0.204
N1 B 0, 0.269, 0.473, 0.678, 0.684 max_d=0.684 avg_d=0.473 std_dev=0.204
C1' B 0, 0.281, 0.495, 0.709, 0.766 max_d=0.766 avg_d=0.495 std_dev=0.214
N3 B 0, 0.299, 0.537, 0.774, 0.774 max_d=0.774 avg_d=0.537 std_dev=0.238
C4' A 0, 0.288, 0.526, 0.764, 0.881 max_d=0.881 avg_d=0.526 std_dev=0.238
C2' B 0, 0.346, 0.585, 0.824, 0.805 max_d=0.805 avg_d=0.585 std_dev=0.239
C6 B 0, 0.356, 0.600, 0.844, 0.875 max_d=0.875 avg_d=0.600 std_dev=0.244
C3' A 0, 0.299, 0.550, 0.800, 0.921 max_d=0.921 avg_d=0.550 std_dev=0.251
C4 B 0, 0.394, 0.679, 0.963, 0.881 max_d=0.881 avg_d=0.679 std_dev=0.285
O2' B 0, 0.413, 0.711, 1.008, 0.972 max_d=0.972 avg_d=0.711 std_dev=0.297
C5 B 0, 0.406, 0.708, 1.010, 1.058 max_d=1.058 avg_d=0.708 std_dev=0.302
O4' B 0, 0.286, 0.592, 0.898, 1.196 max_d=1.196 avg_d=0.592 std_dev=0.306
O3' A 0, 0.383, 0.707, 1.031, 1.195 max_d=1.195 avg_d=0.707 std_dev=0.324
C3' B 0, 0.519, 0.892, 1.265, 1.170 max_d=1.170 avg_d=0.892 std_dev=0.373
N4 B 0, 0.453, 0.828, 1.203, 1.162 max_d=1.162 avg_d=0.828 std_dev=0.375
C4' B 0, 0.478, 0.861, 1.243, 1.439 max_d=1.439 avg_d=0.861 std_dev=0.383
O5' B 0, 0.537, 0.959, 1.381, 1.632 max_d=1.632 avg_d=0.959 std_dev=0.422
P A 0, 0.566, 0.991, 1.417, 1.345 max_d=1.345 avg_d=0.991 std_dev=0.426
C5' A 0, 0.526, 0.997, 1.469, 1.600 max_d=1.600 avg_d=0.997 std_dev=0.472
O3' B 0, 0.692, 1.165, 1.637, 1.519 max_d=1.519 avg_d=1.165 std_dev=0.473
O5' A 0, 0.548, 1.028, 1.508, 1.700 max_d=1.700 avg_d=1.028 std_dev=0.480
C5' B 0, 0.500, 0.981, 1.461, 1.842 max_d=1.842 avg_d=0.981 std_dev=0.481
P B 0, 0.835, 1.353, 1.870, 1.701 max_d=1.701 avg_d=1.353 std_dev=0.518
OP1 B 0, 0.986, 1.599, 2.213, 2.045 max_d=2.045 avg_d=1.599 std_dev=0.613
OP2 B 0, 1.111, 1.861, 2.610, 2.389 max_d=2.389 avg_d=1.861 std_dev=0.750
OP1 A 0, 1.394, 2.268, 3.142, 2.899 max_d=2.899 avg_d=2.268 std_dev=0.874
OP2 A 0, 1.475, 2.662, 3.849, 3.528 max_d=3.528 avg_d=2.662 std_dev=1.187

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.17 0.03 0.31 0.54 0.22
C2 0.03 0.00 0.08 0.09 0.02 0.05 0.02 0.09 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.08 0.11 0.04 0.21 0.02 0.31 0.53 0.21
C2' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.04 0.04 0.07 0.10 0.08 0.05 0.02 0.01 0.02 0.01 0.06 0.03 0.29 0.54 0.17
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.04 0.06 0.04 0.08 0.11 0.09 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.15 0.06 0.24 0.46 0.10
C4 0.01 0.02 0.04 0.05 0.00 0.04 0.00 0.10 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.05 0.02 0.26 0.03 0.27 0.47 0.19
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.06 0.04 0.06 0.06 0.04 0.04 0.03 0.03 0.03 0.00 0.03 0.07 0.25 0.50 0.16
C5 0.01 0.02 0.04 0.04 0.00 0.05 0.00 0.12 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.04 0.02 0.32 0.03 0.26 0.42 0.21
C5' 0.03 0.09 0.02 0.04 0.10 0.00 0.12 0.00 0.14 0.10 0.12 0.09 0.08 0.11 0.08 0.02 0.04 0.02 0.02 0.16 0.26 0.31 0.01
C6 0.02 0.01 0.04 0.06 0.01 0.06 0.01 0.14 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.06 0.03 0.32 0.01 0.26 0.43 0.21
C8 0.01 0.03 0.04 0.04 0.01 0.04 0.01 0.10 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.04 0.03 0.35 0.04 0.26 0.40 0.22
N1 0.03 0.01 0.07 0.08 0.02 0.06 0.02 0.12 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.06 0.09 0.03 0.26 0.02 0.28 0.47 0.19
N2 0.05 0.00 0.10 0.11 0.03 0.06 0.02 0.09 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.03 0.04 0.10 0.14 0.05 0.18 0.03 0.35 0.59 0.24
N3 0.03 0.01 0.08 0.09 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.07 0.10 0.03 0.19 0.02 0.32 0.54 0.22
N7 0.02 0.02 0.05 0.03 0.02 0.04 0.01 0.11 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.04 0.05 0.03 0.36 0.04 0.26 0.40 0.24
N9 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.08 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.26 0.03 0.27 0.46 0.19
O2' 0.01 0.08 0.01 0.02 0.04 0.03 0.04 0.02 0.04 0.03 0.06 0.10 0.07 0.04 0.02 0.00 0.02 0.02 0.12 0.03 0.36 0.65 0.27
O3' 0.02 0.11 0.02 0.01 0.05 0.03 0.04 0.04 0.06 0.04 0.09 0.14 0.10 0.05 0.01 0.02 0.00 0.03 0.34 0.05 0.25 0.42 0.10
O4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.05 0.03 0.03 0.01 0.02 0.03 0.00 0.24 0.04 0.30 0.52 0.24
O5' 0.17 0.21 0.06 0.15 0.26 0.03 0.32 0.02 0.32 0.35 0.26 0.18 0.19 0.36 0.26 0.12 0.34 0.24 0.00 0.36 0.04 0.03 0.01
O6 0.03 0.02 0.03 0.06 0.03 0.07 0.03 0.16 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.04 0.03 0.03 0.05 0.04 0.36 0.00 0.26 0.42 0.26
OP1 0.31 0.31 0.29 0.24 0.27 0.25 0.26 0.26 0.26 0.26 0.28 0.35 0.32 0.26 0.27 0.36 0.25 0.30 0.04 0.26 0.00 0.01 0.01
OP2 0.54 0.53 0.54 0.46 0.47 0.50 0.42 0.31 0.43 0.40 0.47 0.59 0.54 0.40 0.46 0.65 0.42 0.52 0.03 0.42 0.01 0.00 0.01
P 0.22 0.21 0.17 0.10 0.19 0.16 0.21 0.01 0.21 0.22 0.19 0.24 0.22 0.24 0.19 0.27 0.10 0.24 0.01 0.26 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.19 0.13 0.16 0.20 0.10 0.11 0.12 0.07 0.06 0.26 0.26 0.27 0.14 0.17 0.11 0.15 0.23 0.31 0.18
C2 0.18 0.11 0.18 0.19 0.15 0.18 0.11 0.19 0.12 0.13 0.17 0.23 0.14 0.19 0.19 0.17 0.21 0.22 0.26 0.20
C2' 0.08 0.18 0.14 0.20 0.21 0.11 0.14 0.15 0.10 0.07 0.26 0.27 0.26 0.12 0.22 0.09 0.20 0.30 0.39 0.26
C3' 0.06 0.19 0.14 0.23 0.20 0.15 0.16 0.19 0.13 0.07 0.25 0.25 0.28 0.10 0.26 0.08 0.24 0.36 0.43 0.30
C4 0.16 0.13 0.17 0.18 0.19 0.16 0.11 0.17 0.10 0.10 0.23 0.26 0.17 0.19 0.18 0.15 0.20 0.23 0.29 0.21
C4' 0.04 0.21 0.09 0.16 0.19 0.08 0.11 0.11 0.08 0.07 0.26 0.24 0.32 0.08 0.18 0.05 0.16 0.27 0.34 0.21
C5 0.20 0.14 0.19 0.20 0.20 0.19 0.13 0.21 0.13 0.15 0.23 0.27 0.16 0.21 0.19 0.19 0.23 0.23 0.28 0.21
C5' 0.05 0.22 0.08 0.15 0.18 0.10 0.10 0.14 0.09 0.08 0.25 0.21 0.33 0.10 0.19 0.06 0.16 0.28 0.34 0.21
C6 0.22 0.16 0.20 0.20 0.18 0.20 0.14 0.22 0.16 0.18 0.19 0.26 0.19 0.21 0.19 0.20 0.24 0.22 0.25 0.21
C8 0.14 0.19 0.16 0.18 0.22 0.16 0.13 0.17 0.09 0.09 0.27 0.27 0.26 0.21 0.17 0.14 0.20 0.24 0.33 0.22
N1 0.21 0.14 0.20 0.20 0.15 0.20 0.12 0.22 0.15 0.17 0.16 0.22 0.18 0.21 0.19 0.20 0.23 0.21 0.24 0.20
N2 0.18 0.10 0.18 0.19 0.13 0.17 0.10 0.19 0.12 0.13 0.14 0.20 0.14 0.19 0.19 0.17 0.21 0.21 0.25 0.19
N3 0.16 0.11 0.17 0.19 0.17 0.16 0.11 0.17 0.10 0.10 0.20 0.24 0.14 0.18 0.18 0.15 0.20 0.23 0.29 0.20
N7 0.20 0.16 0.20 0.20 0.21 0.20 0.13 0.21 0.13 0.14 0.26 0.27 0.20 0.23 0.19 0.19 0.23 0.23 0.30 0.22
N9 0.13 0.17 0.15 0.17 0.21 0.14 0.12 0.15 0.08 0.08 0.26 0.27 0.24 0.17 0.17 0.13 0.18 0.24 0.31 0.20
O2' 0.08 0.18 0.12 0.17 0.21 0.08 0.13 0.11 0.08 0.06 0.26 0.27 0.26 0.11 0.20 0.09 0.16 0.27 0.36 0.22
O3' 0.05 0.19 0.14 0.24 0.22 0.15 0.18 0.22 0.14 0.08 0.26 0.27 0.29 0.10 0.28 0.08 0.26 0.40 0.48 0.34
O4' 0.06 0.22 0.12 0.16 0.21 0.08 0.12 0.10 0.07 0.07 0.28 0.26 0.32 0.11 0.18 0.08 0.14 0.24 0.32 0.18
O5' 0.56 0.61 0.50 0.45 0.50 0.48 0.44 0.44 0.46 0.53 0.58 0.48 0.72 0.57 0.39 0.54 0.41 0.39 0.50 0.42
O6 0.22 0.19 0.20 0.19 0.18 0.20 0.15 0.23 0.18 0.20 0.18 0.26 0.21 0.22 0.19 0.20 0.24 0.19 0.22 0.20
OP1 0.38 0.34 0.35 0.40 0.33 0.47 0.35 0.47 0.37 0.35 0.33 0.33 0.39 0.36 0.43 0.44 0.49 0.47 0.44 0.45
OP2 0.41 0.53 0.38 0.38 0.46 0.43 0.37 0.43 0.38 0.41 0.55 0.48 0.66 0.42 0.42 0.42 0.46 0.36 0.33 0.37
P 0.36 0.39 0.32 0.33 0.33 0.38 0.31 0.36 0.34 0.34 0.38 0.34 0.48 0.37 0.36 0.39 0.41 0.33 0.33 0.34

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.04 0.04 0.11 0.02 0.02 0.01 0.04 0.08 0.19 0.08
C2 0.06 0.00 0.12 0.09 0.01 0.05 0.03 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.10 0.04 0.06 0.10 0.18 0.09
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.05 0.01 0.04 0.01 0.07 0.02 0.10 0.06 0.23 0.00 0.03 0.00 0.09 0.07 0.19 0.07
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.06 0.01 0.09 0.01 0.09 0.03 0.07 0.07 0.19 0.01 0.01 0.01 0.15 0.08 0.16 0.06
C4 0.04 0.01 0.05 0.06 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.08 0.04 0.07 0.07 0.13 0.08
C4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.04 0.00 0.06 0.01 0.06 0.04 0.04 0.05 0.12 0.02 0.02 0.01 0.02 0.08 0.14 0.05
C5 0.03 0.03 0.04 0.09 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.11 0.07 0.09 0.08 0.13 0.09
C5' 0.02 0.05 0.01 0.01 0.08 0.01 0.10 0.00 0.08 0.05 0.07 0.09 0.08 0.02 0.03 0.01 0.01 0.09 0.08 0.03
C6 0.02 0.02 0.07 0.09 0.01 0.06 0.00 0.08 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.04 0.10 0.08 0.07 0.07 0.14 0.09
N1 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.04 0.02 0.05 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.04 0.03 0.04 0.05 0.09 0.18 0.09
N3 0.04 0.00 0.10 0.07 0.01 0.04 0.02 0.07 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.12 0.09 0.03 0.06 0.07 0.14 0.07
N4 0.04 0.01 0.06 0.07 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.08 0.10 0.04 0.09 0.09 0.13 0.09
O2 0.11 0.01 0.23 0.19 0.01 0.12 0.03 0.08 0.04 0.04 0.02 0.02 0.00 0.27 0.22 0.07 0.10 0.16 0.22 0.12
O2' 0.02 0.14 0.00 0.01 0.07 0.02 0.03 0.02 0.04 0.04 0.12 0.08 0.27 0.00 0.07 0.03 0.07 0.07 0.18 0.05
O3' 0.02 0.10 0.03 0.01 0.08 0.02 0.11 0.03 0.10 0.03 0.09 0.10 0.22 0.07 0.00 0.02 0.18 0.13 0.16 0.10
O4' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.08 0.04 0.03 0.04 0.07 0.03 0.02 0.00 0.12 0.11 0.20 0.11
O5' 0.04 0.06 0.09 0.15 0.07 0.02 0.09 0.01 0.07 0.05 0.06 0.09 0.10 0.07 0.18 0.12 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.08 0.10 0.07 0.08 0.07 0.08 0.08 0.09 0.07 0.09 0.07 0.09 0.16 0.07 0.13 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.19 0.18 0.19 0.16 0.13 0.14 0.13 0.08 0.14 0.18 0.14 0.13 0.22 0.18 0.16 0.20 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.09 0.07 0.06 0.08 0.05 0.09 0.03 0.09 0.09 0.07 0.09 0.12 0.05 0.10 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00