ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50263

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.011, 0.019, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.019 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.010, 0.019, 0.028, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.019 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.003, 0.012, 0.022, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.012 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.010, 0.020, 0.030, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.020 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.001, 0.012, 0.023, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.012 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.005, 0.019, 0.033, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.019 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.002, 0.017, 0.032, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.017 std_dev=0.015
N9 A 0, 0.015, 0.030, 0.045, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.030 std_dev=0.015
N7 A 0, 0.025, 0.047, 0.070, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.047 std_dev=0.023
C8 A 0, 0.021, 0.045, 0.069, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.045 std_dev=0.024
N2 A 0, 0.004, 0.029, 0.054, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.029 std_dev=0.025
O6 A 0, 0.004, 0.056, 0.108, 0.179 max_d=0.179 avg_d=0.056 std_dev=0.052
O4' A 0, -0.023, 0.135, 0.293, 0.479 max_d=0.479 avg_d=0.135 std_dev=0.158
C2' A 0, -0.006, 0.162, 0.330, 0.548 max_d=0.548 avg_d=0.162 std_dev=0.168
C4' A 0, -0.076, 0.309, 0.693, 0.999 max_d=0.999 avg_d=0.309 std_dev=0.384
O2' B 0, -0.070, 0.320, 0.710, 1.057 max_d=1.057 avg_d=0.320 std_dev=0.390
C2' B 0, -0.123, 0.444, 1.011, 1.447 max_d=1.447 avg_d=0.444 std_dev=0.567
N1 B 0, -0.108, 0.476, 1.061, 1.679 max_d=1.679 avg_d=0.476 std_dev=0.585
N3 B 0, -0.083, 0.503, 1.088, 1.570 max_d=1.570 avg_d=0.503 std_dev=0.585
C4 B 0, -0.091, 0.518, 1.128, 1.824 max_d=1.824 avg_d=0.518 std_dev=0.609
C2 B 0, -0.142, 0.519, 1.180, 1.929 max_d=1.929 avg_d=0.519 std_dev=0.661
C5' A 0, -0.170, 0.573, 1.316, 2.030 max_d=2.030 avg_d=0.573 std_dev=0.743
O2' A 0, -0.223, 0.542, 1.307, 1.958 max_d=1.958 avg_d=0.542 std_dev=0.765
C3' A 0, -0.235, 0.554, 1.343, 1.970 max_d=1.970 avg_d=0.554 std_dev=0.789
O3' B 0, -0.155, 0.644, 1.444, 2.037 max_d=2.037 avg_d=0.644 std_dev=0.799
C1' B 0, -0.239, 0.639, 1.517, 2.344 max_d=2.344 avg_d=0.639 std_dev=0.878
N4 B 0, -0.199, 0.706, 1.611, 2.695 max_d=2.695 avg_d=0.706 std_dev=0.905
C6 B 0, -0.409, 0.927, 2.263, 3.295 max_d=3.295 avg_d=0.927 std_dev=1.336
O5' A 0, -0.419, 0.932, 2.283, 3.385 max_d=3.385 avg_d=0.932 std_dev=1.351
C3' B 0, -0.410, 0.945, 2.301, 3.311 max_d=3.311 avg_d=0.945 std_dev=1.355
C5 B 0, -0.422, 0.980, 2.383, 3.565 max_d=3.565 avg_d=0.980 std_dev=1.403
P A 0, -0.444, 0.981, 2.406, 3.672 max_d=3.672 avg_d=0.981 std_dev=1.425
OP1 A 0, -0.410, 1.026, 2.461, 3.661 max_d=3.661 avg_d=1.026 std_dev=1.435
O3' A 0, -0.518, 0.958, 2.435, 3.561 max_d=3.561 avg_d=0.958 std_dev=1.477
O2 B 0, -0.502, 1.010, 2.522, 3.837 max_d=3.837 avg_d=1.010 std_dev=1.512
OP2 A 0, -0.599, 1.187, 2.973, 4.535 max_d=4.535 avg_d=1.187 std_dev=1.786
O4' B 0, -0.649, 1.285, 3.219, 4.728 max_d=4.728 avg_d=1.285 std_dev=1.934
C4' B 0, -0.730, 1.400, 3.529, 5.097 max_d=5.097 avg_d=1.400 std_dev=2.130
C5' B 0, -1.138, 2.100, 5.338, 7.729 max_d=7.729 avg_d=2.100 std_dev=3.238
O5' B 0, -1.199, 2.221, 5.642, 8.219 max_d=8.219 avg_d=2.221 std_dev=3.420
P B 0, -1.737, 2.939, 7.616, 11.065 max_d=11.065 avg_d=2.939 std_dev=4.677
OP2 B 0, -1.727, 3.047, 7.821, 11.447 max_d=11.447 avg_d=3.047 std_dev=4.774
OP1 B 0, -1.985, 3.309, 8.602, 12.529 max_d=12.529 avg_d=3.309 std_dev=5.293

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.26 0.00 0.07 0.04 0.41 0.21 0.09
C2 0.02 0.00 0.04 0.16 0.01 0.20 0.00 0.44 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.28 0.32 0.16 0.82 0.02 1.06 0.98 0.84
C2' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.20 0.02 0.04 0.04 0.04 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.49 0.04 0.20 0.55 0.32
C3' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.25 0.01 0.39 0.01 0.39 0.46 0.28 0.09 0.12 0.48 0.27 0.03 0.01 0.02 0.16 0.47 0.60 0.08 0.15
C4 0.01 0.01 0.02 0.25 0.00 0.19 0.01 0.28 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.27 0.09 0.09 0.49 0.02 0.88 0.51 0.52
C4' 0.01 0.20 0.01 0.01 0.19 0.00 0.23 0.01 0.26 0.16 0.24 0.19 0.17 0.22 0.13 0.31 0.00 0.00 0.01 0.31 0.37 0.06 0.08
C5 0.02 0.00 0.02 0.39 0.01 0.23 0.00 0.31 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.34 0.14 0.07 0.47 0.03 0.98 0.53 0.56
C5' 0.05 0.44 0.20 0.01 0.28 0.01 0.31 0.00 0.41 0.06 0.46 0.49 0.36 0.18 0.09 0.09 0.19 0.01 0.01 0.44 0.16 0.02 0.02
C6 0.02 0.01 0.02 0.39 0.01 0.26 0.01 0.41 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.38 0.10 0.10 0.66 0.00 1.13 0.84 0.77
C8 0.01 0.01 0.04 0.46 0.00 0.16 0.01 0.06 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.26 0.38 0.05 0.11 0.06 0.63 0.42 0.17
N1 0.02 0.01 0.04 0.28 0.01 0.24 0.01 0.46 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.35 0.13 0.14 0.81 0.02 1.15 1.03 0.89
N2 0.02 0.00 0.04 0.09 0.01 0.19 0.00 0.49 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.24 0.47 0.19 0.91 0.04 1.08 1.10 0.92
N3 0.02 0.00 0.03 0.12 0.00 0.17 0.01 0.36 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.22 0.35 0.15 0.68 0.02 0.92 0.74 0.67
N7 0.01 0.01 0.03 0.48 0.01 0.22 0.01 0.18 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.35 0.39 0.01 0.14 0.07 0.84 0.23 0.29
N9 0.01 0.01 0.02 0.27 0.01 0.13 0.02 0.09 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.21 0.03 0.01 0.12 0.05 0.65 0.19 0.20
O2' 0.03 0.28 0.00 0.03 0.27 0.31 0.34 0.09 0.38 0.26 0.35 0.24 0.22 0.35 0.21 0.00 0.02 0.26 0.35 0.39 0.19 0.62 0.28
O3' 0.26 0.32 0.01 0.01 0.09 0.00 0.14 0.19 0.10 0.38 0.13 0.47 0.35 0.39 0.03 0.02 0.00 0.18 0.04 0.24 0.90 0.13 0.35
O4' 0.00 0.16 0.01 0.02 0.09 0.00 0.07 0.01 0.10 0.05 0.14 0.19 0.15 0.01 0.01 0.26 0.18 0.00 0.13 0.11 0.35 0.12 0.08
O5' 0.07 0.82 0.49 0.16 0.49 0.01 0.47 0.01 0.66 0.11 0.81 0.91 0.68 0.14 0.12 0.35 0.04 0.13 0.00 0.65 0.02 0.01 0.00
O6 0.04 0.02 0.04 0.47 0.02 0.31 0.03 0.44 0.00 0.06 0.02 0.04 0.02 0.07 0.05 0.39 0.24 0.11 0.65 0.00 1.19 0.85 0.80
OP1 0.41 1.06 0.20 0.60 0.88 0.37 0.98 0.16 1.13 0.63 1.15 1.08 0.92 0.84 0.65 0.19 0.90 0.35 0.02 1.19 0.00 0.01 0.01
OP2 0.21 0.98 0.55 0.08 0.51 0.06 0.53 0.02 0.84 0.42 1.03 1.10 0.74 0.23 0.19 0.62 0.13 0.12 0.01 0.85 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.84 0.32 0.15 0.52 0.08 0.56 0.02 0.77 0.17 0.89 0.92 0.67 0.29 0.20 0.28 0.35 0.08 0.00 0.80 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.46 0.11 0.20 0.05 0.47 0.98 0.52 0.90 0.28 0.09 0.24 0.64 0.33 0.32 0.13 1.11 0.09 0.15 0.64 0.09
C2 0.21 0.18 0.41 0.60 0.55 0.20 0.86 0.21 0.68 0.15 0.13 0.70 0.64 0.15 0.43 0.50 1.07 1.61 1.95 1.43
C2' 0.48 0.14 0.09 0.24 0.51 1.28 0.45 1.29 0.20 0.08 0.37 0.67 0.13 0.35 0.14 1.26 0.51 0.59 0.16 0.44
C3' 0.36 0.38 0.27 0.26 0.84 1.35 0.71 1.48 0.37 0.17 0.69 1.05 0.21 0.62 0.19 1.30 0.64 0.76 0.14 0.59
C4 0.26 0.18 0.38 0.52 0.53 0.31 0.82 0.11 0.64 0.13 0.14 0.67 0.62 0.18 0.38 0.58 0.92 1.36 1.75 1.24
C4' 0.74 0.12 0.03 0.37 0.45 1.46 0.38 1.51 0.05 0.25 0.25 0.70 0.31 0.33 0.23 1.59 0.69 0.64 0.15 0.58
C5 0.15 0.23 0.46 0.73 0.55 0.09 0.97 0.61 0.83 0.20 0.10 0.67 0.77 0.10 0.49 0.28 1.45 2.07 2.34 1.88
C5' 1.28 0.71 0.42 0.75 0.06 1.76 0.07 1.69 0.44 0.80 0.35 0.26 0.96 0.13 0.57 2.04 0.90 0.62 0.10 0.67
C6 0.08 0.24 0.50 0.86 0.58 0.29 1.06 0.91 0.93 0.25 0.09 0.70 0.83 0.07 0.55 0.12 1.76 2.57 2.71 2.29
C8 0.26 0.20 0.40 0.51 0.52 0.24 0.85 0.23 0.70 0.15 0.12 0.64 0.67 0.18 0.37 0.51 1.00 1.37 1.78 1.31
N1 0.12 0.22 0.47 0.77 0.57 0.11 0.98 0.64 0.83 0.20 0.10 0.70 0.76 0.10 0.51 0.26 1.50 2.24 2.44 1.98
N2 0.23 0.17 0.39 0.57 0.54 0.27 0.83 0.10 0.63 0.13 0.14 0.71 0.60 0.16 0.40 0.56 0.95 1.47 1.83 1.29
N3 0.28 0.16 0.36 0.47 0.53 0.42 0.77 0.14 0.57 0.11 0.16 0.68 0.55 0.20 0.36 0.68 0.75 1.14 1.57 1.03
N7 0.13 0.25 0.47 0.74 0.54 0.18 1.00 0.75 0.88 0.21 0.09 0.65 0.84 0.07 0.48 0.20 1.57 2.15 2.43 2.00
N9 0.33 0.16 0.33 0.36 0.51 0.53 0.73 0.25 0.54 0.10 0.17 0.65 0.53 0.24 0.30 0.76 0.60 0.89 1.37 0.84
O2' 0.58 0.15 0.29 0.69 0.47 1.65 0.31 1.77 0.06 0.14 0.40 0.65 0.11 0.05 0.60 1.39 1.02 1.30 0.44 1.03
O3' 0.23 1.20 0.65 0.08 1.66 1.08 1.37 1.41 0.96 0.85 1.57 1.90 1.06 1.00 0.13 0.81 0.58 1.00 0.14 0.66
O4' 0.72 0.27 0.05 0.16 0.32 1.22 0.36 1.15 0.08 0.29 0.11 0.54 0.53 0.23 0.08 1.42 0.32 0.21 0.50 0.17
O5' 1.89 1.46 0.98 1.15 0.70 2.07 0.55 1.80 0.92 1.43 1.10 0.41 1.78 0.72 1.00 2.47 1.00 0.50 0.16 0.63
O6 0.11 0.24 0.58 1.03 0.63 0.60 1.20 1.36 1.09 0.35 0.10 0.73 0.89 0.04 0.65 0.20 2.19 3.20 3.21 2.83
OP1 1.43 1.40 0.47 0.60 0.63 1.22 0.32 0.87 0.61 1.19 1.11 0.39 1.72 0.30 0.48 1.73 0.24 0.45 0.84 0.24
OP2 2.10 2.15 1.25 1.09 1.14 1.66 0.67 1.05 0.94 1.75 1.79 0.88 2.72 1.26 1.08 2.17 0.27 0.65 0.96 0.37
P 1.83 1.68 0.88 0.93 0.79 1.64 0.47 1.21 0.79 1.46 1.33 0.51 2.11 0.73 0.83 2.13 0.45 0.30 0.72 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.33 0.01 0.15 0.12 0.28 0.20
C2 0.02 0.00 0.25 0.27 0.01 0.04 0.02 0.08 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.11 0.20 0.10 0.09 0.09 0.07
C2' 0.00 0.25 0.00 0.01 0.04 0.00 0.17 0.21 0.24 0.01 0.20 0.05 0.42 0.00 0.03 0.02 0.42 0.34 0.56 0.47
C3' 0.01 0.27 0.01 0.00 0.37 0.00 0.32 0.01 0.24 0.21 0.35 0.42 0.20 0.01 0.00 0.01 0.06 0.15 0.11 0.05
C4 0.01 0.01 0.04 0.37 0.00 0.13 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.34 0.11 0.02 0.31 0.24 0.13 0.18
C4' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.13 0.00 0.22 0.01 0.22 0.08 0.04 0.15 0.17 0.28 0.02 0.00 0.01 0.15 0.06 0.02
C5 0.01 0.02 0.17 0.32 0.01 0.22 0.00 0.23 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.52 0.12 0.13 0.36 0.24 0.10 0.22
C5' 0.08 0.08 0.21 0.01 0.12 0.01 0.23 0.00 0.21 0.02 0.02 0.15 0.22 0.06 0.20 0.01 0.01 0.14 0.05 0.02
C6 0.01 0.02 0.24 0.24 0.01 0.22 0.00 0.21 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.51 0.04 0.20 0.26 0.16 0.10 0.11
N1 0.01 0.01 0.01 0.21 0.00 0.08 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.21 0.10 0.01 0.12 0.09 0.16 0.08
N3 0.01 0.00 0.20 0.35 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.12 0.03 0.15 0.20 0.17 0.05 0.08
N4 0.01 0.01 0.05 0.42 0.01 0.15 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.36 0.17 0.02 0.36 0.30 0.23 0.25
O2 0.04 0.01 0.42 0.20 0.01 0.17 0.03 0.22 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.30 0.24 0.35 0.08 0.04 0.15 0.16
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.34 0.28 0.52 0.06 0.51 0.21 0.12 0.36 0.30 0.00 0.03 0.19 0.33 0.25 0.64 0.41
O3' 0.33 0.11 0.03 0.00 0.11 0.02 0.12 0.20 0.04 0.10 0.03 0.17 0.24 0.03 0.00 0.22 0.23 0.61 0.38 0.36
O4' 0.01 0.20 0.02 0.01 0.02 0.00 0.13 0.01 0.20 0.01 0.15 0.02 0.35 0.19 0.22 0.00 0.08 0.11 0.14 0.07
O5' 0.15 0.10 0.42 0.06 0.31 0.01 0.36 0.01 0.26 0.12 0.20 0.36 0.08 0.33 0.23 0.08 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.12 0.09 0.34 0.15 0.24 0.15 0.24 0.14 0.16 0.09 0.17 0.30 0.04 0.25 0.61 0.11 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.28 0.09 0.56 0.11 0.13 0.06 0.10 0.05 0.10 0.16 0.05 0.23 0.15 0.64 0.38 0.14 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.20 0.07 0.47 0.05 0.18 0.02 0.22 0.02 0.11 0.08 0.08 0.25 0.16 0.41 0.36 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00