ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50264

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 3, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.009, 0.019, 0.029, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.019 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.014, 0.027, 0.040, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.027 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.015, 0.029, 0.042, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.029 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.010, 0.028, 0.045, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.028 std_dev=0.018
N7 A 0, 0.023, 0.041, 0.059, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.041 std_dev=0.018
N1 A 0, 0.022, 0.041, 0.060, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.041 std_dev=0.019
C2 A 0, 0.005, 0.024, 0.044, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.024 std_dev=0.020
N9 A 0, 0.026, 0.050, 0.073, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.050 std_dev=0.024
C8 A 0, 0.040, 0.069, 0.098, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.069 std_dev=0.029
N3 A 0, 0.021, 0.054, 0.086, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.054 std_dev=0.033
O6 A 0, 0.035, 0.071, 0.108, 0.117 max_d=0.117 avg_d=0.071 std_dev=0.036
N2 A 0, 0.012, 0.050, 0.087, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.050 std_dev=0.037
O2' B 0, 0.283, 0.507, 0.731, 0.700 max_d=0.700 avg_d=0.507 std_dev=0.224
C2' A 0, 0.169, 0.414, 0.658, 0.884 max_d=0.884 avg_d=0.414 std_dev=0.244
O4' A 0, 0.153, 0.405, 0.658, 0.900 max_d=0.900 avg_d=0.405 std_dev=0.252
C2' B 0, 0.318, 0.600, 0.883, 0.905 max_d=0.905 avg_d=0.600 std_dev=0.282
C3' B 0, 0.439, 0.802, 1.165, 1.271 max_d=1.271 avg_d=0.802 std_dev=0.363
O3' B 0, 0.380, 0.826, 1.271, 1.364 max_d=1.364 avg_d=0.826 std_dev=0.446
C1' B 0, 0.311, 0.757, 1.203, 1.513 max_d=1.513 avg_d=0.757 std_dev=0.446
C4' B 0, 0.520, 1.016, 1.512, 1.633 max_d=1.633 avg_d=1.016 std_dev=0.496
N1 B 0, 0.413, 0.945, 1.477, 1.688 max_d=1.688 avg_d=0.945 std_dev=0.532
C3' A 0, 0.224, 0.792, 1.360, 2.002 max_d=2.002 avg_d=0.792 std_dev=0.568
C4' A 0, 0.142, 0.734, 1.327, 2.040 max_d=2.040 avg_d=0.734 std_dev=0.592
O4' B 0, 0.273, 0.877, 1.481, 1.850 max_d=1.850 avg_d=0.877 std_dev=0.604
C5' B 0, 0.823, 1.428, 2.034, 1.965 max_d=1.965 avg_d=1.428 std_dev=0.606
O2' A 0, 0.101, 0.708, 1.315, 1.939 max_d=1.939 avg_d=0.708 std_dev=0.607
C6 B 0, 0.400, 1.017, 1.633, 1.701 max_d=1.701 avg_d=1.017 std_dev=0.617
O5' B 0, 0.644, 1.269, 1.895, 1.788 max_d=1.788 avg_d=1.269 std_dev=0.625
C2 B 0, 0.533, 1.193, 1.853, 2.210 max_d=2.210 avg_d=1.193 std_dev=0.660
P A 0, 0.612, 1.294, 1.977, 2.141 max_d=2.141 avg_d=1.294 std_dev=0.683
O5' A 0, 0.723, 1.425, 2.127, 2.058 max_d=2.058 avg_d=1.425 std_dev=0.702
O2 B 0, 0.547, 1.320, 2.093, 2.641 max_d=2.641 avg_d=1.320 std_dev=0.773
C5' A 0, 0.333, 1.112, 1.891, 2.739 max_d=2.739 avg_d=1.112 std_dev=0.779
C5 B 0, 0.473, 1.270, 2.067, 2.666 max_d=2.666 avg_d=1.270 std_dev=0.797
O3' A 0, 0.315, 1.153, 1.991, 2.883 max_d=2.883 avg_d=1.153 std_dev=0.838
N3 B 0, 0.573, 1.417, 2.261, 3.048 max_d=3.048 avg_d=1.417 std_dev=0.844
OP2 A 0, 0.646, 1.500, 2.353, 2.552 max_d=2.552 avg_d=1.500 std_dev=0.854
P B 0, 0.832, 1.692, 2.551, 2.817 max_d=2.817 avg_d=1.692 std_dev=0.860
C4 B 0, 0.586, 1.472, 2.357, 3.202 max_d=3.202 avg_d=1.472 std_dev=0.886
OP1 B 0, 0.957, 1.911, 2.865, 3.223 max_d=3.223 avg_d=1.911 std_dev=0.954
OP2 B 0, 1.062, 2.058, 3.054, 3.402 max_d=3.402 avg_d=2.058 std_dev=0.996
N4 B 0, 0.699, 1.853, 3.006, 4.246 max_d=4.246 avg_d=1.853 std_dev=1.154
OP1 A 0, 0.837, 1.998, 3.159, 3.260 max_d=3.260 avg_d=1.998 std_dev=1.161

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.06 0.05 0.01 0.01 0.03 0.20 0.01 0.19 0.03 0.39 0.27 0.27
C2 0.05 0.00 0.28 0.36 0.01 0.13 0.01 0.22 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.36 0.34 0.08 0.22 0.02 0.29 0.27 0.18
C2' 0.00 0.28 0.00 0.01 0.16 0.03 0.10 0.12 0.14 0.14 0.22 0.33 0.29 0.09 0.04 0.00 0.02 0.03 0.48 0.13 0.35 0.69 0.49
C3' 0.03 0.36 0.01 0.00 0.32 0.01 0.38 0.01 0.41 0.33 0.40 0.37 0.32 0.38 0.24 0.02 0.01 0.02 0.41 0.45 0.30 0.42 0.34
C4 0.02 0.01 0.16 0.32 0.00 0.14 0.00 0.23 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.29 0.17 0.02 0.24 0.01 0.28 0.24 0.18
C4' 0.02 0.13 0.03 0.01 0.14 0.00 0.22 0.01 0.21 0.25 0.16 0.15 0.12 0.27 0.13 0.28 0.03 0.01 0.02 0.27 0.30 0.13 0.10
C5 0.02 0.01 0.10 0.38 0.00 0.22 0.00 0.35 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.35 0.20 0.05 0.33 0.02 0.22 0.29 0.15
C5' 0.03 0.22 0.12 0.01 0.23 0.01 0.35 0.00 0.37 0.34 0.30 0.20 0.17 0.41 0.18 0.15 0.17 0.03 0.02 0.45 0.17 0.25 0.03
C6 0.02 0.01 0.14 0.41 0.01 0.21 0.01 0.37 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.39 0.24 0.03 0.34 0.00 0.20 0.34 0.16
C8 0.02 0.02 0.14 0.33 0.01 0.25 0.02 0.34 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.29 0.24 0.12 0.33 0.04 0.23 0.20 0.16
N1 0.03 0.01 0.22 0.40 0.01 0.16 0.01 0.30 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.39 0.28 0.04 0.27 0.02 0.24 0.30 0.15
N2 0.06 0.00 0.33 0.37 0.01 0.15 0.02 0.20 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.37 0.44 0.12 0.20 0.02 0.32 0.28 0.20
N3 0.05 0.01 0.29 0.32 0.01 0.12 0.01 0.17 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.31 0.32 0.09 0.20 0.01 0.33 0.26 0.21
N7 0.01 0.02 0.09 0.38 0.01 0.27 0.01 0.41 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.35 0.27 0.10 0.39 0.04 0.19 0.30 0.17
N9 0.01 0.01 0.04 0.24 0.01 0.13 0.02 0.18 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.21 0.08 0.02 0.21 0.03 0.31 0.21 0.21
O2' 0.03 0.36 0.00 0.02 0.29 0.28 0.35 0.15 0.39 0.29 0.39 0.37 0.31 0.35 0.21 0.00 0.09 0.21 0.27 0.41 0.30 0.58 0.29
O3' 0.20 0.34 0.02 0.01 0.17 0.03 0.20 0.17 0.24 0.24 0.28 0.44 0.32 0.27 0.08 0.09 0.00 0.09 0.48 0.29 0.48 0.48 0.43
O4' 0.01 0.08 0.03 0.02 0.02 0.01 0.05 0.03 0.03 0.12 0.04 0.12 0.09 0.10 0.02 0.21 0.09 0.00 0.30 0.07 0.52 0.26 0.36
O5' 0.19 0.22 0.48 0.41 0.24 0.02 0.33 0.02 0.34 0.33 0.27 0.20 0.20 0.39 0.21 0.27 0.48 0.30 0.00 0.42 0.03 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.13 0.45 0.01 0.27 0.02 0.45 0.00 0.04 0.02 0.02 0.01 0.04 0.03 0.41 0.29 0.07 0.42 0.00 0.19 0.41 0.19
OP1 0.39 0.29 0.35 0.30 0.28 0.30 0.22 0.17 0.20 0.23 0.24 0.32 0.33 0.19 0.31 0.30 0.48 0.52 0.03 0.19 0.00 0.02 0.01
OP2 0.27 0.27 0.69 0.42 0.24 0.13 0.29 0.25 0.34 0.20 0.30 0.28 0.26 0.30 0.21 0.58 0.48 0.26 0.02 0.41 0.02 0.00 0.01
P 0.27 0.18 0.49 0.34 0.18 0.10 0.15 0.03 0.16 0.16 0.15 0.20 0.21 0.17 0.21 0.29 0.43 0.36 0.01 0.19 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.52 0.94 0.26 0.27 1.05 0.38 0.91 0.35 0.78 0.76 1.08 1.15 0.92 0.33 0.46 0.49 0.48 0.63 0.83 0.61
C2 0.42 0.79 0.30 0.27 1.28 0.36 1.16 0.33 0.90 0.69 1.12 1.52 0.58 0.35 0.48 0.45 0.64 0.77 1.07 0.81
C2' 0.29 0.74 0.14 0.40 0.85 0.39 0.67 0.40 0.53 0.52 0.90 0.97 0.75 0.30 0.62 0.30 0.45 0.63 0.60 0.50
C3' 0.53 0.90 0.43 0.30 1.03 0.31 0.90 0.35 0.77 0.74 1.04 1.13 0.86 0.62 0.42 0.37 0.42 0.58 0.68 0.49
C4 0.41 0.79 0.29 0.26 1.15 0.31 1.05 0.28 0.84 0.69 1.05 1.30 0.58 0.35 0.46 0.41 0.57 0.70 0.98 0.73
C4' 0.54 0.86 0.42 0.15 0.92 0.25 0.82 0.28 0.73 0.72 0.95 0.99 0.86 0.64 0.22 0.36 0.30 0.50 0.70 0.43
C5 0.37 0.61 0.32 0.26 1.09 0.28 1.07 0.32 0.85 0.62 0.88 1.24 0.38 0.35 0.42 0.36 0.66 0.81 1.08 0.84
C5' 0.60 0.81 0.50 0.29 0.83 0.44 0.75 0.46 0.69 0.70 0.86 0.88 0.83 0.76 0.38 0.48 0.30 0.45 0.60 0.33
C6 0.37 0.56 0.34 0.27 1.14 0.31 1.13 0.38 0.87 0.58 0.85 1.35 0.43 0.33 0.41 0.38 0.75 0.91 1.19 0.94
C8 0.36 0.64 0.28 0.23 0.90 0.23 0.87 0.21 0.75 0.61 0.80 0.96 0.44 0.35 0.43 0.30 0.53 0.68 0.91 0.69
N1 0.40 0.67 0.33 0.27 1.24 0.33 1.18 0.36 0.90 0.64 0.99 1.50 0.48 0.34 0.44 0.42 0.72 0.86 1.16 0.90
N2 0.44 0.82 0.30 0.28 1.33 0.38 1.19 0.35 0.91 0.71 1.16 1.60 0.62 0.35 0.49 0.48 0.64 0.76 1.07 0.80
N3 0.43 0.85 0.28 0.27 1.24 0.36 1.10 0.31 0.86 0.71 1.14 1.44 0.67 0.35 0.49 0.45 0.57 0.69 0.98 0.72
N7 0.32 0.47 0.33 0.26 0.90 0.25 0.95 0.31 0.79 0.54 0.68 0.99 0.29 0.34 0.40 0.30 0.65 0.81 1.05 0.82
N9 0.43 0.82 0.26 0.25 1.05 0.30 0.95 0.25 0.79 0.70 1.01 1.15 0.67 0.34 0.47 0.39 0.50 0.64 0.88 0.65
O2' 0.45 0.76 0.11 0.32 0.79 0.43 0.63 0.42 0.54 0.58 0.86 0.87 0.84 0.16 0.48 0.53 0.54 0.72 0.73 0.62
O3' 0.57 0.82 0.54 0.41 0.97 0.39 0.89 0.41 0.79 0.73 0.95 1.07 0.77 0.72 0.44 0.44 0.51 0.67 0.79 0.60
O4' 0.52 0.87 0.35 0.27 0.93 0.35 0.82 0.34 0.72 0.72 0.96 0.99 0.87 0.47 0.41 0.41 0.43 0.62 0.82 0.57
O5' 0.62 0.79 0.54 0.17 0.81 0.10 0.77 0.10 0.73 0.73 0.82 0.83 0.78 0.77 0.01 0.38 0.38 0.64 0.86 0.60
O6 0.35 0.44 0.36 0.28 1.06 0.31 1.13 0.47 0.86 0.52 0.67 1.29 0.53 0.31 0.36 0.36 0.84 1.04 1.30 1.06
OP1 0.11 0.24 0.06 0.22 0.15 0.43 0.16 0.70 0.16 0.13 0.22 0.16 0.37 0.29 0.02 0.22 0.63 0.84 0.59 0.66
OP2 0.29 0.30 0.30 0.12 0.32 0.07 0.36 0.08 0.36 0.31 0.30 0.32 0.31 0.40 0.01 0.16 0.53 0.85 0.83 0.73
P 0.26 0.33 0.22 0.02 0.29 0.11 0.27 0.25 0.27 0.28 0.32 0.29 0.39 0.39 0.01 0.09 0.39 0.64 0.63 0.51

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.03 0.03 0.06 0.03 0.09 0.00 0.33 0.34 0.42 0.26
C2 0.03 0.00 0.09 0.04 0.02 0.08 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.17 0.11 0.12 0.41 0.30 0.47 0.29
C2' 0.00 0.09 0.00 0.01 0.07 0.00 0.07 0.04 0.08 0.03 0.09 0.07 0.14 0.01 0.02 0.02 0.50 0.62 0.66 0.57
C3' 0.02 0.04 0.01 0.00 0.05 0.01 0.08 0.02 0.07 0.01 0.03 0.06 0.09 0.02 0.01 0.01 0.35 0.57 0.49 0.45
C4 0.02 0.02 0.07 0.05 0.00 0.07 0.01 0.18 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.10 0.05 0.05 0.57 0.45 0.64 0.47
C4' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.07 0.00 0.10 0.01 0.10 0.04 0.07 0.07 0.13 0.01 0.03 0.01 0.03 0.32 0.29 0.08
C5 0.02 0.01 0.07 0.08 0.01 0.10 0.00 0.21 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.13 0.05 0.09 0.64 0.54 0.70 0.55
C5' 0.04 0.15 0.04 0.02 0.18 0.01 0.21 0.00 0.20 0.12 0.17 0.20 0.18 0.03 0.02 0.02 0.01 0.32 0.36 0.01
C6 0.02 0.01 0.08 0.07 0.01 0.10 0.01 0.20 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.06 0.11 0.61 0.49 0.61 0.48
N1 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.02 0.12 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.07 0.04 0.45 0.36 0.49 0.33
N3 0.03 0.01 0.09 0.03 0.01 0.07 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.16 0.09 0.10 0.48 0.35 0.54 0.36
N4 0.03 0.03 0.07 0.06 0.01 0.07 0.01 0.20 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.11 0.06 0.06 0.59 0.49 0.70 0.51
O2 0.06 0.00 0.14 0.09 0.02 0.13 0.02 0.18 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.28 0.17 0.20 0.31 0.26 0.41 0.21
O2' 0.03 0.17 0.01 0.02 0.10 0.01 0.13 0.03 0.15 0.04 0.16 0.11 0.28 0.00 0.03 0.02 0.53 0.74 0.82 0.68
O3' 0.09 0.11 0.02 0.01 0.05 0.03 0.05 0.02 0.06 0.07 0.09 0.06 0.17 0.03 0.00 0.09 0.23 0.50 0.48 0.35
O4' 0.00 0.12 0.02 0.01 0.05 0.01 0.09 0.02 0.11 0.04 0.10 0.06 0.20 0.02 0.09 0.00 0.24 0.26 0.32 0.12
O5' 0.33 0.41 0.50 0.35 0.57 0.03 0.64 0.01 0.61 0.45 0.48 0.59 0.31 0.53 0.23 0.24 0.00 0.03 0.05 0.01
OP1 0.34 0.30 0.62 0.57 0.45 0.32 0.54 0.32 0.49 0.36 0.35 0.49 0.26 0.74 0.50 0.26 0.03 0.00 0.03 0.01
OP2 0.42 0.47 0.66 0.49 0.64 0.29 0.70 0.36 0.61 0.49 0.54 0.70 0.41 0.82 0.48 0.32 0.05 0.03 0.00 0.01
P 0.26 0.29 0.57 0.45 0.47 0.08 0.55 0.01 0.48 0.33 0.36 0.51 0.21 0.68 0.35 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00