ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50265

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.008, 0.018, 0.027, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.018 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.016, 0.030, 0.043, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.030 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.010, 0.024, 0.038, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.024 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.010, 0.027, 0.043, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.027 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.021, 0.040, 0.059, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.040 std_dev=0.019
N3 A 0, 0.021, 0.040, 0.059, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.040 std_dev=0.019
C1' A 0, 0.017, 0.037, 0.058, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.037 std_dev=0.020
N7 A 0, 0.007, 0.028, 0.050, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.028 std_dev=0.021
N9 A 0, 0.019, 0.042, 0.066, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.042 std_dev=0.023
C8 A 0, 0.019, 0.044, 0.070, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.044 std_dev=0.026
O6 A 0, 0.022, 0.051, 0.079, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.051 std_dev=0.028
N2 A 0, 0.030, 0.062, 0.093, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.062 std_dev=0.031
O4' A 0, 0.075, 0.246, 0.417, 0.463 max_d=0.463 avg_d=0.246 std_dev=0.171
C2' A 0, 0.067, 0.240, 0.413, 0.492 max_d=0.492 avg_d=0.240 std_dev=0.173
O2' A 0, 0.064, 0.287, 0.510, 0.656 max_d=0.656 avg_d=0.287 std_dev=0.223
C3' A 0, 0.183, 0.444, 0.705, 0.798 max_d=0.798 avg_d=0.444 std_dev=0.261
C4' A 0, 0.147, 0.419, 0.692, 0.788 max_d=0.788 avg_d=0.419 std_dev=0.273
C1' B 0, 0.277, 0.579, 0.881, 0.969 max_d=0.969 avg_d=0.579 std_dev=0.302
C2' B 0, 0.098, 0.440, 0.783, 0.952 max_d=0.952 avg_d=0.440 std_dev=0.343
C3' B 0, 0.231, 0.596, 0.960, 1.023 max_d=1.023 avg_d=0.596 std_dev=0.364
O3' A 0, 0.247, 0.617, 0.986, 1.253 max_d=1.253 avg_d=0.617 std_dev=0.369
O4' B 0, 0.319, 0.730, 1.141, 1.323 max_d=1.323 avg_d=0.730 std_dev=0.411
O2' B 0, 0.284, 0.736, 1.187, 1.362 max_d=1.362 avg_d=0.736 std_dev=0.451
C4' B 0, 0.303, 0.783, 1.263, 1.557 max_d=1.557 avg_d=0.783 std_dev=0.480
N1 B 0, 0.287, 0.790, 1.293, 1.444 max_d=1.444 avg_d=0.790 std_dev=0.503
C5' A 0, 0.201, 0.710, 1.219, 1.339 max_d=1.339 avg_d=0.710 std_dev=0.509
O3' B 0, 0.225, 0.811, 1.396, 1.467 max_d=1.467 avg_d=0.811 std_dev=0.586
O2 B 0, 0.380, 1.005, 1.630, 1.903 max_d=1.903 avg_d=1.005 std_dev=0.625
C6 B 0, 0.368, 1.015, 1.662, 1.854 max_d=1.854 avg_d=1.015 std_dev=0.647
P A 0, 0.188, 0.844, 1.501, 1.716 max_d=1.716 avg_d=0.844 std_dev=0.657
C2 B 0, 0.277, 0.944, 1.611, 1.914 max_d=1.914 avg_d=0.944 std_dev=0.667
OP2 A 0, 0.228, 0.906, 1.584, 1.843 max_d=1.843 avg_d=0.906 std_dev=0.678
O5' A 0, 0.199, 0.943, 1.687, 2.010 max_d=2.010 avg_d=0.943 std_dev=0.744
C5' B 0, 0.493, 1.301, 2.109, 2.488 max_d=2.488 avg_d=1.301 std_dev=0.808
OP1 A 0, 0.249, 1.084, 1.919, 2.204 max_d=2.204 avg_d=1.084 std_dev=0.835
C5 B 0, 0.434, 1.269, 2.104, 2.470 max_d=2.470 avg_d=1.269 std_dev=0.835
N3 B 0, 0.397, 1.238, 2.078, 2.513 max_d=2.513 avg_d=1.238 std_dev=0.840
C4 B 0, 0.452, 1.352, 2.251, 2.730 max_d=2.730 avg_d=1.352 std_dev=0.900
O5' B 0, 0.607, 1.532, 2.457, 2.693 max_d=2.693 avg_d=1.532 std_dev=0.925
P B 0, 0.936, 1.949, 2.962, 3.237 max_d=3.237 avg_d=1.949 std_dev=1.013
OP1 B 0, 1.210, 2.290, 3.370, 3.471 max_d=3.471 avg_d=2.290 std_dev=1.080
N4 B 0, 0.561, 1.657, 2.753, 3.343 max_d=3.343 avg_d=1.657 std_dev=1.096
OP2 B 0, 1.012, 2.124, 3.236, 3.465 max_d=3.465 avg_d=2.124 std_dev=1.112

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.05 0.07 0.06 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.28 0.02 0.05 0.17 0.08
C2 0.06 0.00 0.11 0.22 0.01 0.11 0.02 0.22 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.12 0.25 0.05 0.53 0.03 0.36 0.43 0.33
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.05 0.01 0.03 0.02 0.03 0.10 0.06 0.13 0.12 0.08 0.03 0.00 0.01 0.01 0.34 0.04 0.20 0.23 0.14
C3' 0.01 0.22 0.00 0.00 0.14 0.00 0.14 0.01 0.17 0.19 0.20 0.26 0.21 0.17 0.09 0.02 0.01 0.01 0.38 0.18 0.37 0.21 0.22
C4 0.03 0.01 0.05 0.14 0.00 0.09 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.13 0.02 0.56 0.02 0.34 0.39 0.32
C4' 0.01 0.11 0.01 0.00 0.09 0.00 0.12 0.01 0.14 0.13 0.12 0.11 0.09 0.14 0.07 0.04 0.02 0.00 0.02 0.16 0.06 0.28 0.13
C5 0.02 0.02 0.03 0.14 0.01 0.12 0.00 0.25 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.05 0.15 0.03 0.68 0.01 0.48 0.54 0.46
C5' 0.03 0.22 0.02 0.01 0.19 0.01 0.25 0.00 0.28 0.23 0.26 0.21 0.17 0.27 0.14 0.04 0.03 0.01 0.01 0.32 0.26 0.38 0.01
C6 0.03 0.02 0.03 0.17 0.01 0.14 0.01 0.28 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.07 0.18 0.03 0.69 0.01 0.55 0.61 0.51
C8 0.02 0.02 0.10 0.19 0.01 0.13 0.01 0.23 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.05 0.21 0.05 0.69 0.03 0.41 0.42 0.41
N1 0.05 0.01 0.06 0.20 0.01 0.12 0.01 0.26 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.10 0.21 0.04 0.63 0.03 0.47 0.54 0.44
N2 0.07 0.00 0.13 0.26 0.01 0.11 0.02 0.21 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.15 0.32 0.07 0.49 0.04 0.33 0.41 0.30
N3 0.06 0.01 0.12 0.21 0.01 0.09 0.02 0.17 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.12 0.23 0.05 0.48 0.03 0.28 0.35 0.26
N7 0.02 0.02 0.08 0.17 0.01 0.14 0.01 0.27 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.06 0.21 0.05 0.74 0.03 0.54 0.60 0.54
N9 0.01 0.01 0.03 0.09 0.01 0.07 0.01 0.14 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.08 0.02 0.53 0.02 0.26 0.30 0.25
O2' 0.01 0.12 0.00 0.02 0.06 0.04 0.05 0.04 0.07 0.05 0.10 0.15 0.12 0.06 0.02 0.00 0.05 0.06 0.10 0.06 0.10 0.20 0.15
O3' 0.01 0.25 0.01 0.01 0.13 0.02 0.15 0.03 0.18 0.21 0.21 0.32 0.23 0.21 0.08 0.05 0.00 0.02 0.26 0.19 0.39 0.21 0.19
O4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.05 0.04 0.07 0.05 0.05 0.02 0.06 0.02 0.00 0.10 0.05 0.15 0.27 0.20
O5' 0.28 0.53 0.34 0.38 0.56 0.02 0.68 0.01 0.69 0.69 0.63 0.49 0.48 0.74 0.53 0.10 0.26 0.10 0.00 0.74 0.02 0.01 0.01
O6 0.02 0.03 0.04 0.18 0.02 0.16 0.01 0.32 0.01 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.02 0.06 0.19 0.05 0.74 0.00 0.64 0.70 0.60
OP1 0.05 0.36 0.20 0.37 0.34 0.06 0.48 0.26 0.55 0.41 0.47 0.33 0.28 0.54 0.26 0.10 0.39 0.15 0.02 0.64 0.00 0.01 0.00
OP2 0.17 0.43 0.23 0.21 0.39 0.28 0.54 0.38 0.61 0.42 0.54 0.41 0.35 0.60 0.30 0.20 0.21 0.27 0.01 0.70 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.33 0.14 0.22 0.32 0.13 0.46 0.01 0.51 0.41 0.44 0.30 0.26 0.54 0.25 0.15 0.19 0.20 0.01 0.60 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.15 0.42 0.19 0.20 0.55 0.14 0.48 0.33 0.36 0.29 0.54 0.62 0.45 0.43 0.35 0.12 0.28 0.63 0.78 0.46
C2 0.26 0.38 0.19 0.22 0.80 0.38 0.86 0.76 0.65 0.41 0.54 0.99 0.42 0.36 0.11 0.38 0.83 1.24 1.38 1.10
C2' 0.16 0.40 0.15 0.18 0.53 0.13 0.47 0.34 0.36 0.29 0.51 0.61 0.44 0.39 0.27 0.13 0.27 0.66 0.79 0.48
C3' 0.25 0.42 0.23 0.19 0.42 0.16 0.38 0.32 0.32 0.31 0.45 0.45 0.51 0.38 0.14 0.19 0.21 0.59 0.63 0.37
C4 0.20 0.30 0.20 0.18 0.53 0.30 0.61 0.64 0.48 0.30 0.37 0.59 0.42 0.37 0.11 0.28 0.63 1.03 1.13 0.86
C4' 0.29 0.49 0.28 0.14 0.40 0.08 0.33 0.24 0.27 0.33 0.49 0.42 0.63 0.45 0.23 0.15 0.17 0.52 0.57 0.30
C5 0.17 0.33 0.23 0.20 0.24 0.37 0.41 0.75 0.34 0.17 0.35 0.28 0.52 0.34 0.13 0.28 0.72 1.21 1.23 1.00
C5' 0.39 0.45 0.47 0.23 0.31 0.17 0.29 0.21 0.25 0.33 0.39 0.33 0.61 0.68 0.15 0.26 0.19 0.51 0.51 0.30
C6 0.18 0.36 0.21 0.24 0.30 0.45 0.48 0.87 0.40 0.19 0.42 0.37 0.56 0.33 0.17 0.34 0.89 1.42 1.43 1.21
C8 0.18 0.29 0.28 0.14 0.13 0.21 0.18 0.50 0.15 0.12 0.26 0.17 0.45 0.38 0.09 0.16 0.40 0.84 0.86 0.62
N1 0.22 0.31 0.20 0.23 0.55 0.44 0.72 0.86 0.57 0.31 0.37 0.68 0.47 0.34 0.12 0.39 0.92 1.40 1.47 1.22
N2 0.30 0.46 0.19 0.23 0.94 0.40 0.97 0.77 0.74 0.49 0.67 1.20 0.42 0.37 0.14 0.42 0.87 1.26 1.44 1.14
N3 0.26 0.43 0.19 0.20 0.82 0.32 0.82 0.65 0.63 0.43 0.61 0.96 0.42 0.38 0.15 0.33 0.69 1.06 1.21 0.92
N7 0.20 0.46 0.28 0.20 0.33 0.33 0.19 0.69 0.15 0.20 0.52 0.38 0.58 0.34 0.19 0.21 0.59 1.11 1.05 0.86
N9 0.17 0.27 0.22 0.16 0.39 0.20 0.43 0.48 0.34 0.22 0.31 0.43 0.39 0.40 0.15 0.19 0.43 0.81 0.92 0.64
O2' 0.12 0.47 0.18 0.26 0.65 0.22 0.52 0.32 0.36 0.29 0.65 0.78 0.48 0.45 0.47 0.11 0.25 0.61 0.76 0.42
O3' 0.25 0.44 0.23 0.17 0.43 0.13 0.38 0.29 0.31 0.31 0.47 0.47 0.54 0.39 0.13 0.17 0.18 0.55 0.59 0.32
O4' 0.23 0.50 0.19 0.19 0.46 0.12 0.38 0.26 0.30 0.34 0.53 0.49 0.60 0.40 0.40 0.12 0.18 0.50 0.63 0.33
O5' 0.30 0.56 0.36 0.17 0.52 0.11 0.38 0.27 0.31 0.40 0.60 0.56 0.62 0.34 0.02 0.15 0.24 0.62 0.42 0.34
O6 0.17 0.47 0.23 0.27 0.36 0.50 0.31 0.95 0.29 0.17 0.61 0.52 0.64 0.31 0.26 0.35 0.98 1.59 1.51 1.33
OP1 0.23 0.14 0.09 0.15 0.24 0.45 0.29 0.60 0.31 0.20 0.20 0.28 0.12 0.13 0.02 0.40 0.56 0.65 0.56 0.56
OP2 0.05 0.25 0.15 0.03 0.30 0.21 0.23 0.43 0.17 0.14 0.32 0.36 0.26 0.12 0.01 0.11 0.29 0.73 0.40 0.41
P 0.04 0.21 0.11 0.02 0.25 0.20 0.20 0.34 0.16 0.11 0.26 0.29 0.23 0.10 0.01 0.12 0.28 0.56 0.37 0.32

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.02 0.00 0.15 0.24 0.51 0.18
C2 0.02 0.00 0.05 0.08 0.01 0.06 0.01 0.18 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.07 0.02 0.31 0.36 0.58 0.27
C2' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.06 0.01 0.06 0.03 0.05 0.03 0.06 0.07 0.06 0.00 0.02 0.01 0.16 0.35 0.51 0.22
C3' 0.02 0.08 0.01 0.00 0.12 0.01 0.13 0.04 0.12 0.07 0.10 0.13 0.07 0.02 0.01 0.01 0.24 0.41 0.41 0.24
C4 0.01 0.01 0.06 0.12 0.00 0.11 0.00 0.29 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.14 0.02 0.43 0.40 0.55 0.32
C4' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.11 0.00 0.13 0.01 0.12 0.07 0.09 0.12 0.05 0.06 0.02 0.00 0.01 0.24 0.34 0.06
C5 0.01 0.01 0.06 0.13 0.00 0.13 0.00 0.30 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.15 0.03 0.45 0.36 0.51 0.31
C5' 0.05 0.18 0.03 0.04 0.29 0.01 0.30 0.00 0.26 0.18 0.24 0.31 0.13 0.06 0.03 0.01 0.00 0.25 0.31 0.01
C6 0.01 0.01 0.05 0.12 0.01 0.12 0.00 0.26 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.13 0.03 0.40 0.32 0.52 0.26
N1 0.00 0.01 0.03 0.07 0.01 0.07 0.01 0.18 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.07 0.01 0.30 0.31 0.55 0.24
N3 0.02 0.00 0.06 0.10 0.01 0.09 0.01 0.24 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.11 0.02 0.38 0.39 0.58 0.30
N4 0.01 0.01 0.07 0.13 0.00 0.12 0.01 0.31 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.09 0.16 0.02 0.45 0.41 0.51 0.33
O2 0.05 0.01 0.06 0.07 0.01 0.05 0.02 0.13 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.11 0.07 0.05 0.25 0.34 0.59 0.25
O2' 0.01 0.09 0.00 0.02 0.08 0.06 0.05 0.06 0.03 0.04 0.09 0.09 0.11 0.00 0.04 0.05 0.06 0.25 0.45 0.12
O3' 0.02 0.07 0.02 0.01 0.14 0.02 0.15 0.03 0.13 0.07 0.11 0.16 0.07 0.04 0.00 0.02 0.23 0.44 0.32 0.22
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.05 0.05 0.02 0.00 0.14 0.18 0.44 0.14
O5' 0.15 0.31 0.16 0.24 0.43 0.01 0.45 0.00 0.40 0.30 0.38 0.45 0.25 0.06 0.23 0.14 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.24 0.36 0.35 0.41 0.40 0.24 0.36 0.25 0.32 0.31 0.39 0.41 0.34 0.25 0.44 0.18 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.51 0.58 0.51 0.41 0.55 0.34 0.51 0.31 0.52 0.55 0.58 0.51 0.59 0.45 0.32 0.44 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.18 0.27 0.22 0.24 0.32 0.06 0.31 0.01 0.26 0.24 0.30 0.33 0.25 0.12 0.22 0.14 0.00 0.01 0.00 0.00