ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50266

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.009, 0.016, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.009 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.007, 0.018, 0.029, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.018 std_dev=0.011
N9 A 0, 0.009, 0.021, 0.033, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.021 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.011, 0.023, 0.035, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.023 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.006, 0.020, 0.033, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.020 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.008, 0.028, 0.049, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.028 std_dev=0.020
N3 A 0, 0.008, 0.031, 0.054, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.031 std_dev=0.023
C8 A 0, 0.011, 0.034, 0.057, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.034 std_dev=0.023
C2 A 0, 0.004, 0.028, 0.051, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.028 std_dev=0.024
N7 A 0, 0.006, 0.034, 0.062, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.034 std_dev=0.028
O6 A 0, 0.004, 0.033, 0.062, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.033 std_dev=0.029
N2 A 0, 0.027, 0.063, 0.098, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.063 std_dev=0.035
C2' B 0, 0.096, 0.269, 0.443, 0.429 max_d=0.429 avg_d=0.269 std_dev=0.173
OP2 B 0, 0.025, 0.419, 0.812, 1.072 max_d=1.072 avg_d=0.419 std_dev=0.394
O2' B 0, 0.128, 0.528, 0.929, 1.111 max_d=1.111 avg_d=0.528 std_dev=0.400
C3' B 0, -0.069, 0.677, 1.422, 1.744 max_d=1.744 avg_d=0.677 std_dev=0.745
O4' A 0, -0.189, 0.634, 1.456, 1.819 max_d=1.819 avg_d=0.634 std_dev=0.822
C2' A 0, -0.183, 0.666, 1.514, 1.890 max_d=1.890 avg_d=0.666 std_dev=0.849
O2' A 0, -0.250, 0.888, 2.026, 2.551 max_d=2.551 avg_d=0.888 std_dev=1.138
O5' B 0, -0.173, 0.985, 2.142, 2.815 max_d=2.815 avg_d=0.985 std_dev=1.158
C1' B 0, -0.206, 0.990, 2.186, 2.885 max_d=2.885 avg_d=0.990 std_dev=1.196
C3' A 0, -0.267, 0.959, 2.184, 2.691 max_d=2.691 avg_d=0.959 std_dev=1.225
C4' A 0, -0.304, 1.022, 2.347, 2.903 max_d=2.903 avg_d=1.022 std_dev=1.325
P B 0, -0.241, 1.121, 2.484, 3.220 max_d=3.220 avg_d=1.121 std_dev=1.363
O3' A 0, -0.275, 1.097, 2.469, 3.078 max_d=3.078 avg_d=1.097 std_dev=1.372
C4' B 0, -0.248, 1.194, 2.637, 3.399 max_d=3.399 avg_d=1.194 std_dev=1.443
O4' B 0, -0.208, 1.355, 2.917, 3.764 max_d=3.764 avg_d=1.355 std_dev=1.562
O3' B 0, -0.460, 1.428, 3.316, 4.218 max_d=4.218 avg_d=1.428 std_dev=1.888
N1 B 0, -0.451, 1.449, 3.349, 4.242 max_d=4.242 avg_d=1.449 std_dev=1.900
C5' B 0, -0.363, 1.543, 3.448, 4.398 max_d=4.398 avg_d=1.543 std_dev=1.906
C6 B 0, -0.426, 1.486, 3.397, 4.342 max_d=4.342 avg_d=1.486 std_dev=1.912
C5' A 0, -0.492, 1.499, 3.489, 4.356 max_d=4.356 avg_d=1.499 std_dev=1.990
OP1 B 0, -0.466, 1.768, 4.002, 5.070 max_d=5.070 avg_d=1.768 std_dev=2.234
O5' A 0, -0.662, 1.890, 4.441, 5.544 max_d=5.544 avg_d=1.890 std_dev=2.552
O2 B 0, -0.735, 2.030, 4.795, 6.043 max_d=6.043 avg_d=2.030 std_dev=2.765
C5 B 0, -0.694, 2.084, 4.863, 6.130 max_d=6.130 avg_d=2.084 std_dev=2.779
C2 B 0, -0.743, 2.054, 4.851, 6.024 max_d=6.024 avg_d=2.054 std_dev=2.797
OP1 A 0, -0.736, 2.230, 5.197, 6.430 max_d=6.430 avg_d=2.230 std_dev=2.967
P A 0, -0.846, 2.452, 5.749, 7.129 max_d=7.129 avg_d=2.452 std_dev=3.297
OP2 A 0, -0.827, 2.792, 6.411, 7.914 max_d=7.914 avg_d=2.792 std_dev=3.619
N3 B 0, -0.966, 2.745, 6.457, 8.030 max_d=8.030 avg_d=2.745 std_dev=3.711
C4 B 0, -0.962, 2.764, 6.490, 8.059 max_d=8.059 avg_d=2.764 std_dev=3.726
N4 B 0, -1.161, 3.498, 8.156, 10.098 max_d=10.098 avg_d=3.498 std_dev=4.658

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.04 0.02 0.00 0.04 0.19 0.01 0.38 0.01 0.50 0.44 0.43
C2 0.04 0.00 0.28 0.30 0.02 0.43 0.02 0.70 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.09 0.36 0.21 0.32 0.01 0.36 0.31 0.07
C2' 0.01 0.28 0.00 0.01 0.13 0.01 0.05 0.14 0.12 0.22 0.22 0.35 0.27 0.13 0.03 0.01 0.03 0.02 0.26 0.09 0.08 0.30 0.19
C3' 0.02 0.30 0.01 0.00 0.04 0.01 0.27 0.02 0.15 0.64 0.11 0.51 0.31 0.57 0.27 0.02 0.02 0.01 0.27 0.24 0.11 0.36 0.15
C4 0.01 0.02 0.13 0.04 0.00 0.10 0.01 0.13 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.15 0.09 0.12 0.46 0.01 1.01 0.45 0.70
C4' 0.01 0.43 0.01 0.01 0.10 0.00 0.10 0.01 0.04 0.42 0.25 0.63 0.43 0.35 0.14 0.26 0.03 0.00 0.02 0.07 0.21 0.25 0.04
C5 0.01 0.02 0.05 0.27 0.01 0.10 0.00 0.17 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.23 0.14 0.05 0.82 0.01 1.58 0.76 1.17
C5' 0.02 0.70 0.14 0.02 0.13 0.01 0.17 0.00 0.04 0.59 0.39 1.05 0.67 0.54 0.20 0.09 0.12 0.02 0.01 0.13 0.44 0.37 0.03
C6 0.01 0.01 0.12 0.15 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.24 0.06 0.09 0.61 0.00 1.56 0.60 1.04
C8 0.02 0.03 0.22 0.64 0.01 0.42 0.01 0.59 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.25 0.44 0.08 1.19 0.02 1.55 1.04 1.38
N1 0.02 0.00 0.22 0.11 0.01 0.25 0.01 0.39 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.17 0.18 0.16 0.12 0.01 0.98 0.17 0.48
N2 0.04 0.00 0.35 0.51 0.02 0.63 0.01 1.05 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.04 0.55 0.25 0.87 0.02 0.39 0.92 0.73
N3 0.04 0.00 0.27 0.31 0.01 0.43 0.01 0.67 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.37 0.23 0.25 0.01 0.33 0.18 0.05
N7 0.02 0.02 0.13 0.57 0.01 0.35 0.00 0.54 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.28 0.42 0.05 1.21 0.02 1.85 1.09 1.53
N9 0.00 0.03 0.03 0.27 0.01 0.14 0.01 0.20 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.00 0.15 0.08 0.01 0.75 0.01 1.04 0.67 0.88
O2' 0.04 0.09 0.01 0.02 0.15 0.26 0.23 0.09 0.24 0.25 0.17 0.04 0.06 0.28 0.15 0.00 0.03 0.26 0.37 0.28 0.13 0.51 0.30
O3' 0.19 0.36 0.03 0.02 0.09 0.03 0.14 0.12 0.06 0.44 0.18 0.55 0.37 0.42 0.08 0.03 0.00 0.15 0.16 0.16 0.20 0.30 0.05
O4' 0.01 0.21 0.02 0.01 0.12 0.00 0.05 0.02 0.09 0.08 0.16 0.25 0.23 0.05 0.01 0.26 0.15 0.00 0.14 0.07 0.25 0.32 0.22
O5' 0.38 0.32 0.26 0.27 0.46 0.02 0.82 0.01 0.61 1.19 0.12 0.87 0.25 1.21 0.75 0.37 0.16 0.14 0.00 0.75 0.01 0.02 0.01
O6 0.01 0.01 0.09 0.24 0.01 0.07 0.01 0.13 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.28 0.16 0.07 0.75 0.00 1.80 0.75 1.25
OP1 0.50 0.36 0.08 0.11 1.01 0.21 1.58 0.44 1.56 1.55 0.98 0.39 0.33 1.85 1.04 0.13 0.20 0.25 0.01 1.80 0.00 0.01 0.00
OP2 0.44 0.31 0.30 0.36 0.45 0.25 0.76 0.37 0.60 1.04 0.17 0.92 0.18 1.09 0.67 0.51 0.30 0.32 0.02 0.75 0.01 0.00 0.00
P 0.43 0.07 0.19 0.15 0.70 0.04 1.17 0.03 1.04 1.38 0.48 0.73 0.05 1.53 0.88 0.30 0.05 0.22 0.01 1.25 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.84 1.56 0.10 0.62 2.00 0.06 1.84 0.14 1.48 1.32 1.87 2.22 1.40 0.18 1.43 0.94 0.07 0.83 0.35 0.17
C2 0.90 2.30 0.04 0.70 3.08 0.48 2.54 0.80 1.84 1.71 2.94 3.62 2.13 0.22 1.63 0.64 0.35 1.58 0.26 0.36
C2' 1.22 1.63 0.45 0.05 1.79 0.60 1.68 0.44 1.53 1.49 1.76 1.87 1.55 0.49 0.62 1.37 0.37 0.71 0.17 0.25
C3' 1.83 2.24 1.11 0.76 2.50 1.32 2.47 1.28 2.30 2.14 2.40 2.57 2.10 1.05 0.16 1.97 1.37 0.36 1.24 1.35
C4 0.90 2.16 0.02 0.71 2.86 0.43 2.44 0.74 1.82 1.67 2.71 3.26 1.97 0.22 1.63 0.71 0.30 1.47 0.28 0.28
C4' 1.60 2.24 0.81 0.45 2.79 0.96 2.73 0.98 2.34 2.08 2.57 3.03 2.03 0.65 0.28 1.70 1.26 0.47 1.66 1.46
C5 0.88 2.39 0.04 0.74 3.16 0.65 2.61 1.01 1.91 1.78 3.03 3.61 2.19 0.26 1.68 0.54 0.44 1.63 0.25 0.45
C5' 1.92 2.80 1.21 0.80 3.55 1.10 3.42 1.01 2.86 2.55 3.25 3.90 2.55 0.99 0.08 1.86 1.45 0.48 2.08 1.57
C6 0.85 2.52 0.06 0.75 3.36 0.75 2.69 1.14 1.91 1.81 3.26 3.95 2.34 0.28 1.69 0.42 0.54 1.77 0.22 0.57
C8 0.92 2.07 0.02 0.73 2.63 0.46 2.33 0.75 1.84 1.69 2.50 2.86 1.84 0.23 1.66 0.74 0.27 1.28 0.30 0.21
N1 0.87 2.46 0.05 0.73 3.30 0.65 2.66 1.02 1.90 1.78 3.18 3.91 2.29 0.26 1.68 0.50 0.48 1.74 0.23 0.51
N2 0.89 2.27 0.03 0.69 3.04 0.44 2.50 0.74 1.81 1.69 2.91 3.62 2.12 0.22 1.61 0.66 0.32 1.53 0.25 0.34
N3 0.90 2.13 0.04 0.68 2.83 0.36 2.40 0.63 1.78 1.64 2.68 3.28 1.96 0.20 1.59 0.74 0.24 1.42 0.29 0.23
N7 0.89 2.39 0.05 0.75 3.08 0.70 2.57 1.05 1.93 1.81 2.98 3.41 2.16 0.27 1.68 0.52 0.44 1.52 0.26 0.42
N9 0.90 1.93 0.04 0.69 2.50 0.29 2.22 0.53 1.73 1.57 2.35 2.78 1.73 0.20 1.59 0.82 0.17 1.24 0.31 0.11
O2' 0.31 0.51 0.40 0.75 0.57 0.06 0.49 0.08 0.41 0.41 0.57 0.63 0.49 0.22 1.16 0.57 0.35 0.91 0.62 0.31
O3' 1.77 1.90 1.13 0.97 2.04 1.64 2.10 1.84 2.06 1.92 1.96 2.04 1.78 1.11 0.48 2.04 1.86 1.31 1.54 2.05
O4' 1.08 1.87 0.19 0.28 2.50 0.30 2.36 0.29 1.90 1.64 2.26 2.80 1.64 0.03 1.11 1.19 0.58 0.21 1.07 0.80
O5' 2.44 3.56 1.62 1.10 4.43 1.39 4.19 1.21 3.50 3.20 4.12 4.87 3.28 1.33 0.24 2.30 1.69 0.52 2.26 1.71
O6 0.79 2.61 0.07 0.76 3.49 0.89 2.72 1.29 1.89 1.81 3.43 4.14 2.46 0.32 1.69 0.27 0.64 1.84 0.18 0.68
OP1 2.63 4.12 1.87 1.17 5.07 1.28 4.45 0.87 3.63 3.49 4.84 5.74 3.92 1.62 0.36 2.25 1.31 0.15 1.70 1.09
OP2 2.42 3.73 1.65 1.15 4.84 1.34 4.48 1.21 3.64 3.29 4.45 5.52 3.41 1.27 0.28 2.23 1.83 0.85 2.69 1.96
P 2.66 4.00 1.89 1.31 5.02 1.49 4.60 1.23 3.78 3.51 4.68 5.65 3.73 1.58 0.46 2.41 1.75 0.53 2.36 1.71

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.07 0.02 0.02 0.00 0.05 0.09 0.06 0.03
C2 0.04 0.00 0.07 0.07 0.01 0.02 0.02 0.08 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.21 0.04 0.02 0.09 0.12 0.29 0.18
C2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.06 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.08 0.06 0.11 0.00 0.02 0.01 0.02 0.07 0.02 0.02
C3' 0.02 0.07 0.01 0.00 0.12 0.01 0.16 0.01 0.15 0.10 0.09 0.14 0.07 0.05 0.01 0.02 0.09 0.06 0.04 0.06
C4 0.03 0.01 0.06 0.12 0.00 0.08 0.00 0.19 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.18 0.14 0.04 0.18 0.31 0.46 0.33
C4' 0.02 0.02 0.01 0.01 0.08 0.00 0.13 0.01 0.12 0.04 0.03 0.10 0.08 0.13 0.01 0.00 0.02 0.11 0.02 0.02
C5 0.02 0.02 0.04 0.16 0.00 0.13 0.00 0.23 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.10 0.20 0.06 0.21 0.33 0.44 0.34
C5' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.19 0.01 0.23 0.00 0.19 0.09 0.12 0.22 0.05 0.13 0.03 0.02 0.02 0.13 0.02 0.03
C6 0.02 0.02 0.04 0.15 0.01 0.12 0.00 0.19 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.17 0.05 0.15 0.20 0.28 0.23
N1 0.01 0.01 0.02 0.10 0.02 0.04 0.01 0.09 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.09 0.08 0.02 0.08 0.10 0.21 0.14
N3 0.04 0.00 0.08 0.09 0.00 0.03 0.01 0.12 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.23 0.08 0.02 0.13 0.21 0.39 0.25
N4 0.02 0.01 0.06 0.14 0.01 0.10 0.02 0.22 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.19 0.17 0.05 0.23 0.40 0.56 0.40
O2 0.07 0.01 0.11 0.07 0.02 0.08 0.02 0.05 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.28 0.10 0.06 0.07 0.08 0.23 0.12
O2' 0.02 0.21 0.00 0.05 0.18 0.13 0.10 0.13 0.06 0.09 0.23 0.19 0.28 0.00 0.03 0.13 0.10 0.06 0.07 0.11
O3' 0.02 0.04 0.02 0.01 0.14 0.01 0.20 0.03 0.17 0.08 0.08 0.17 0.10 0.03 0.00 0.02 0.19 0.06 0.10 0.13
O4' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.00 0.06 0.02 0.05 0.02 0.02 0.05 0.06 0.13 0.02 0.00 0.15 0.16 0.07 0.08
O5' 0.05 0.09 0.02 0.09 0.18 0.02 0.21 0.02 0.15 0.08 0.13 0.23 0.07 0.10 0.19 0.15 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.09 0.12 0.07 0.06 0.31 0.11 0.33 0.13 0.20 0.10 0.21 0.40 0.08 0.06 0.06 0.16 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.29 0.02 0.04 0.46 0.02 0.44 0.02 0.28 0.21 0.39 0.56 0.23 0.07 0.10 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.03 0.18 0.02 0.06 0.33 0.02 0.34 0.03 0.23 0.14 0.25 0.40 0.12 0.11 0.13 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00