ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50267

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.008, 0.018, 0.027, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.018 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.016, 0.036, 0.055, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.036 std_dev=0.019
C5 A 0, 0.016, 0.036, 0.057, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.036 std_dev=0.020
C4 A 0, 0.019, 0.045, 0.071, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.045 std_dev=0.026
N7 A 0, 0.023, 0.051, 0.079, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.051 std_dev=0.028
N3 A 0, 0.013, 0.041, 0.069, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.041 std_dev=0.028
C2 A 0, 0.016, 0.043, 0.071, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.043 std_dev=0.028
N9 A 0, 0.032, 0.065, 0.097, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.065 std_dev=0.033
C1' A 0, 0.017, 0.051, 0.084, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.051 std_dev=0.034
O6 A 0, 0.021, 0.056, 0.090, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.056 std_dev=0.035
C8 A 0, 0.035, 0.072, 0.108, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.072 std_dev=0.036
N2 A 0, 0.044, 0.117, 0.189, 0.208 max_d=0.208 avg_d=0.117 std_dev=0.073
O3' B 0, 0.114, 0.247, 0.380, 0.383 max_d=0.383 avg_d=0.247 std_dev=0.133
O4' A 0, 0.178, 0.390, 0.601, 0.600 max_d=0.600 avg_d=0.390 std_dev=0.212
C3' B 0, 0.189, 0.416, 0.644, 0.625 max_d=0.625 avg_d=0.416 std_dev=0.228
P A 0, 0.211, 0.455, 0.699, 0.677 max_d=0.677 avg_d=0.455 std_dev=0.244
C4' A 0, 0.225, 0.486, 0.746, 0.726 max_d=0.726 avg_d=0.486 std_dev=0.260
C3' A 0, 0.251, 0.517, 0.783, 0.716 max_d=0.716 avg_d=0.517 std_dev=0.266
C4' B 0, 0.257, 0.541, 0.826, 0.784 max_d=0.784 avg_d=0.541 std_dev=0.285
C2' A 0, 0.285, 0.571, 0.857, 0.739 max_d=0.739 avg_d=0.571 std_dev=0.286
C5' A 0, 0.230, 0.522, 0.814, 0.820 max_d=0.820 avg_d=0.522 std_dev=0.292
C5' B 0, 0.282, 0.581, 0.881, 0.813 max_d=0.813 avg_d=0.581 std_dev=0.299
OP1 B 0, 0.293, 0.594, 0.894, 0.796 max_d=0.796 avg_d=0.594 std_dev=0.301
O5' B 0, 0.301, 0.611, 0.922, 0.827 max_d=0.827 avg_d=0.611 std_dev=0.311
O5' A 0, 0.241, 0.580, 0.918, 0.949 max_d=0.949 avg_d=0.580 std_dev=0.339
P B 0, 0.354, 0.710, 1.067, 0.917 max_d=0.917 avg_d=0.710 std_dev=0.356
C2' B 0, 0.313, 0.674, 1.036, 1.004 max_d=1.004 avg_d=0.674 std_dev=0.361
OP1 A 0, 0.331, 0.697, 1.063, 1.064 max_d=1.064 avg_d=0.697 std_dev=0.366
C6 B 0, 0.321, 0.691, 1.060, 1.040 max_d=1.040 avg_d=0.691 std_dev=0.369
O4' B 0, 0.350, 0.735, 1.119, 1.052 max_d=1.052 avg_d=0.735 std_dev=0.384
C5 B 0, 0.323, 0.709, 1.094, 1.088 max_d=1.088 avg_d=0.709 std_dev=0.386
C1' B 0, 0.353, 0.751, 1.149, 1.095 max_d=1.095 avg_d=0.751 std_dev=0.398
O2' B 0, 0.350, 0.751, 1.152, 1.122 max_d=1.122 avg_d=0.751 std_dev=0.401
N1 B 0, 0.367, 0.789, 1.210, 1.161 max_d=1.161 avg_d=0.789 std_dev=0.421
OP2 B 0, 0.427, 0.861, 1.295, 1.148 max_d=1.148 avg_d=0.861 std_dev=0.434
C4 B 0, 0.353, 0.808, 1.264, 1.254 max_d=1.254 avg_d=0.808 std_dev=0.455
C2 B 0, 0.386, 0.864, 1.342, 1.329 max_d=1.329 avg_d=0.864 std_dev=0.478
N4 B 0, 0.359, 0.842, 1.325, 1.329 max_d=1.329 avg_d=0.842 std_dev=0.483
O2 B 0, 0.394, 0.895, 1.395, 1.416 max_d=1.416 avg_d=0.895 std_dev=0.501
N3 B 0, 0.387, 0.893, 1.399, 1.405 max_d=1.405 avg_d=0.893 std_dev=0.506
OP2 A 0, 0.509, 1.028, 1.547, 1.396 max_d=1.396 avg_d=1.028 std_dev=0.519
O3' A 0, 0.575, 1.160, 1.745, 1.559 max_d=1.559 avg_d=1.160 std_dev=0.585
O2' A 0, 0.760, 1.522, 2.284, 1.965 max_d=1.965 avg_d=1.522 std_dev=0.762

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.06 0.05 0.01 0.00 0.01 0.11 0.00 0.02 0.02 0.09 0.13 0.05
C2 0.04 0.00 0.09 0.07 0.00 0.08 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.11 0.05 0.10 0.13 0.03 0.11 0.05 0.07
C2' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.06 0.01 0.06 0.10 0.07 0.02 0.09 0.09 0.08 0.03 0.03 0.00 0.02 0.01 0.06 0.07 0.20 0.05 0.04
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.05 0.03 0.06 0.09 0.05 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.10 0.08 0.03
C4 0.02 0.00 0.06 0.04 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.04 0.05 0.05 0.02 0.12 0.03 0.02
C4' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.05 0.02 0.07 0.12 0.07 0.02 0.01 0.08 0.03 0.01 0.01 0.05 0.05 0.11 0.06
C5 0.01 0.01 0.06 0.04 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.14 0.05 0.03 0.06 0.01 0.12 0.02 0.03
C5' 0.04 0.05 0.10 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.04 0.04 0.05 0.10 0.04 0.03 0.04 0.03 0.10 0.02 0.00 0.05 0.07 0.02 0.01
C6 0.02 0.01 0.07 0.05 0.01 0.05 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.15 0.03 0.06 0.10 0.01 0.11 0.03 0.06
C8 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.11 0.11 0.02 0.02 0.02 0.12 0.07 0.02
N1 0.03 0.01 0.09 0.06 0.01 0.07 0.01 0.05 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.14 0.03 0.08 0.12 0.03 0.11 0.06 0.07
N2 0.06 0.00 0.09 0.09 0.01 0.12 0.01 0.10 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.09 0.11 0.13 0.18 0.05 0.11 0.10 0.11
N3 0.05 0.00 0.08 0.05 0.00 0.07 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.04 0.10 0.09 0.03 0.11 0.02 0.03
N7 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.14 0.09 0.02 0.04 0.03 0.12 0.04 0.02
N9 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.08 0.09 0.01 0.02 0.01 0.12 0.07 0.02
O2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.11 0.08 0.14 0.03 0.15 0.11 0.14 0.09 0.09 0.14 0.08 0.00 0.01 0.06 0.03 0.17 0.13 0.19 0.10
O3' 0.11 0.05 0.02 0.00 0.04 0.03 0.05 0.10 0.03 0.11 0.03 0.11 0.04 0.09 0.09 0.01 0.00 0.07 0.08 0.04 0.11 0.21 0.18
O4' 0.00 0.10 0.01 0.01 0.05 0.01 0.03 0.02 0.06 0.02 0.08 0.13 0.10 0.02 0.01 0.06 0.07 0.00 0.04 0.05 0.03 0.15 0.08
O5' 0.02 0.13 0.06 0.01 0.05 0.01 0.06 0.00 0.10 0.02 0.12 0.18 0.09 0.04 0.02 0.03 0.08 0.04 0.00 0.11 0.01 0.01 0.00
O6 0.02 0.03 0.07 0.05 0.02 0.05 0.01 0.05 0.01 0.02 0.03 0.05 0.03 0.03 0.01 0.17 0.04 0.05 0.11 0.00 0.12 0.05 0.07
OP1 0.09 0.11 0.20 0.10 0.12 0.05 0.12 0.07 0.11 0.12 0.11 0.11 0.11 0.12 0.12 0.13 0.11 0.03 0.01 0.12 0.00 0.01 0.01
OP2 0.13 0.05 0.05 0.08 0.03 0.11 0.02 0.02 0.03 0.07 0.06 0.10 0.02 0.04 0.07 0.19 0.21 0.15 0.01 0.05 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.07 0.04 0.03 0.02 0.06 0.03 0.01 0.06 0.02 0.07 0.11 0.03 0.02 0.02 0.10 0.18 0.08 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.01 0.02 0.04 0.03 0.02 0.01 0.02 0.06 0.01 0.01 0.03 0.03 0.04 0.05 0.09 0.02 0.11 0.04 0.11 0.02
C2 0.07 0.06 0.06 0.05 0.07 0.08 0.08 0.11 0.08 0.07 0.07 0.07 0.05 0.08 0.07 0.09 0.13 0.11 0.13 0.10
C2' 0.06 0.08 0.09 0.10 0.10 0.04 0.09 0.02 0.07 0.06 0.10 0.10 0.08 0.10 0.14 0.03 0.07 0.08 0.15 0.06
C3' 0.03 0.05 0.06 0.06 0.06 0.04 0.06 0.05 0.04 0.03 0.06 0.07 0.06 0.07 0.10 0.04 0.09 0.07 0.17 0.08
C4 0.06 0.06 0.06 0.05 0.07 0.07 0.07 0.09 0.07 0.06 0.06 0.07 0.05 0.08 0.08 0.07 0.12 0.11 0.12 0.08
C4' 0.02 0.03 0.04 0.04 0.05 0.03 0.05 0.06 0.03 0.02 0.05 0.06 0.04 0.05 0.08 0.03 0.10 0.07 0.16 0.08
C5 0.09 0.08 0.08 0.06 0.09 0.09 0.09 0.11 0.09 0.09 0.08 0.09 0.06 0.09 0.05 0.10 0.14 0.13 0.11 0.10
C5' 0.01 0.03 0.03 0.03 0.05 0.02 0.04 0.05 0.03 0.02 0.04 0.05 0.04 0.04 0.07 0.03 0.09 0.07 0.18 0.08
C6 0.11 0.10 0.09 0.07 0.10 0.11 0.11 0.13 0.11 0.10 0.10 0.10 0.08 0.11 0.04 0.12 0.14 0.14 0.12 0.10
C8 0.05 0.05 0.06 0.05 0.07 0.06 0.08 0.08 0.07 0.06 0.06 0.08 0.04 0.07 0.08 0.06 0.12 0.13 0.10 0.07
N1 0.09 0.08 0.08 0.06 0.09 0.10 0.09 0.12 0.09 0.09 0.09 0.09 0.07 0.10 0.04 0.11 0.13 0.12 0.12 0.10
N2 0.07 0.07 0.07 0.06 0.07 0.08 0.08 0.11 0.08 0.07 0.07 0.07 0.05 0.09 0.07 0.09 0.13 0.11 0.15 0.11
N3 0.06 0.05 0.06 0.05 0.06 0.07 0.07 0.09 0.06 0.05 0.06 0.06 0.05 0.08 0.09 0.07 0.12 0.10 0.13 0.08
N7 0.08 0.08 0.08 0.06 0.09 0.09 0.10 0.11 0.10 0.09 0.08 0.09 0.06 0.09 0.05 0.10 0.13 0.15 0.11 0.09
N9 0.04 0.04 0.05 0.05 0.06 0.05 0.06 0.07 0.06 0.04 0.05 0.06 0.04 0.07 0.09 0.05 0.12 0.09 0.11 0.06
O2' 0.18 0.15 0.15 0.16 0.13 0.20 0.14 0.28 0.16 0.16 0.13 0.11 0.16 0.13 0.16 0.22 0.28 0.41 0.35 0.37
O3' 0.18 0.18 0.21 0.18 0.14 0.14 0.12 0.13 0.13 0.17 0.17 0.13 0.21 0.21 0.19 0.15 0.13 0.06 0.15 0.07
O4' 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02 0.06 0.02 0.01 0.02 0.03 0.04 0.04 0.06 0.03 0.11 0.07 0.13 0.05
O5' 0.04 0.05 0.05 0.05 0.07 0.06 0.06 0.07 0.05 0.04 0.06 0.07 0.05 0.06 0.09 0.06 0.10 0.12 0.19 0.12
O6 0.14 0.13 0.12 0.10 0.13 0.14 0.13 0.14 0.13 0.14 0.13 0.13 0.13 0.14 0.06 0.15 0.15 0.14 0.11 0.11
OP1 0.11 0.10 0.09 0.09 0.10 0.10 0.10 0.13 0.11 0.11 0.10 0.09 0.11 0.06 0.08 0.11 0.13 0.10 0.13 0.09
OP2 0.11 0.12 0.12 0.11 0.13 0.11 0.13 0.11 0.12 0.11 0.13 0.14 0.11 0.14 0.14 0.11 0.15 0.08 0.17 0.09
P 0.04 0.05 0.05 0.05 0.07 0.05 0.07 0.06 0.05 0.05 0.07 0.08 0.05 0.07 0.09 0.05 0.09 0.05 0.17 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.06 0.08 0.04
C2 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.05 0.04 0.10 0.05
C2' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.10 0.05 0.04
C3' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.13 0.05 0.05
C4 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.05 0.04 0.13 0.07
C4' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.10 0.02 0.01
C5 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.03 0.05 0.04 0.13 0.07
C5' 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.08 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.05 0.03 0.12 0.06
N1 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.05 0.04 0.10 0.05
N3 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.05 0.03 0.11 0.05
N4 0.02 0.02 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.03 0.05 0.03 0.05 0.05 0.14 0.07
O2 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.02 0.02 0.05 0.06 0.09 0.04
O2' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.03 0.04 0.00 0.03 0.02 0.01 0.11 0.03 0.02
O3' 0.02 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.04 0.03 0.03 0.02 0.02 0.05 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.18 0.10 0.08
O4' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.00 0.05 0.06 0.08 0.04
O5' 0.04 0.05 0.03 0.02 0.05 0.01 0.05 0.00 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.01 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.06 0.04 0.10 0.13 0.04 0.10 0.04 0.08 0.03 0.04 0.03 0.05 0.06 0.11 0.18 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.08 0.10 0.05 0.05 0.13 0.02 0.13 0.01 0.12 0.10 0.11 0.14 0.09 0.03 0.10 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.05 0.04 0.05 0.07 0.01 0.07 0.01 0.06 0.05 0.05 0.07 0.04 0.02 0.08 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00