ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50271

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N2 A 0, 0.001, 0.005, 0.010, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C6 A 0, -0.001, 0.009, 0.019, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.009 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.003, 0.015, 0.027, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.002, 0.016, 0.031, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.016 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.000, 0.018, 0.037, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C5 A 0, -0.003, 0.019, 0.041, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.019 std_dev=0.022
C4 A 0, -0.003, 0.021, 0.044, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.021 std_dev=0.024
O6 A 0, 0.000, 0.031, 0.062, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.031 std_dev=0.031
N9 A 0, -0.006, 0.030, 0.066, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.030 std_dev=0.036
N7 A 0, -0.009, 0.042, 0.093, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.042 std_dev=0.051
C8 A 0, -0.014, 0.047, 0.108, 0.133 max_d=0.133 avg_d=0.047 std_dev=0.061
C4' A 0, -0.011, 0.101, 0.213, 0.257 max_d=0.257 avg_d=0.101 std_dev=0.112
C5' B 0, 0.002, 0.125, 0.247, 0.291 max_d=0.291 avg_d=0.125 std_dev=0.123
O4' A 0, -0.014, 0.139, 0.291, 0.351 max_d=0.351 avg_d=0.139 std_dev=0.152
C3' A 0, -0.028, 0.133, 0.294, 0.359 max_d=0.359 avg_d=0.133 std_dev=0.161
O3' A 0, -0.033, 0.144, 0.321, 0.394 max_d=0.394 avg_d=0.144 std_dev=0.177
C5' A 0, -0.040, 0.144, 0.328, 0.404 max_d=0.404 avg_d=0.144 std_dev=0.184
C4' B 0, -0.018, 0.173, 0.364, 0.439 max_d=0.439 avg_d=0.173 std_dev=0.191
O3' B 0, -0.018, 0.176, 0.371, 0.447 max_d=0.447 avg_d=0.176 std_dev=0.194
C3' B 0, -0.029, 0.185, 0.399, 0.485 max_d=0.485 avg_d=0.185 std_dev=0.214
O2 B 0, -0.012, 0.217, 0.446, 0.533 max_d=0.533 avg_d=0.217 std_dev=0.229
OP1 A 0, -0.024, 0.227, 0.479, 0.578 max_d=0.578 avg_d=0.227 std_dev=0.251
P A 0, -0.033, 0.231, 0.494, 0.599 max_d=0.599 avg_d=0.231 std_dev=0.263
C2 B 0, -0.030, 0.250, 0.531, 0.642 max_d=0.642 avg_d=0.250 std_dev=0.281
O4' B 0, -0.045, 0.242, 0.529, 0.645 max_d=0.645 avg_d=0.242 std_dev=0.287
N3 B 0, -0.038, 0.261, 0.561, 0.681 max_d=0.681 avg_d=0.261 std_dev=0.299
C2' B 0, -0.065, 0.266, 0.598, 0.734 max_d=0.734 avg_d=0.266 std_dev=0.332
C1' B 0, -0.060, 0.279, 0.618, 0.756 max_d=0.756 avg_d=0.279 std_dev=0.339
C2' A 0, -0.088, 0.257, 0.602, 0.745 max_d=0.745 avg_d=0.257 std_dev=0.345
N1 B 0, -0.060, 0.303, 0.666, 0.813 max_d=0.813 avg_d=0.303 std_dev=0.363
O2' B 0, -0.093, 0.303, 0.699, 0.863 max_d=0.863 avg_d=0.303 std_dev=0.396
C4 B 0, -0.077, 0.331, 0.739, 0.906 max_d=0.906 avg_d=0.331 std_dev=0.408
OP2 A 0, -0.089, 0.352, 0.793, 0.973 max_d=0.973 avg_d=0.352 std_dev=0.441
N4 B 0, -0.088, 0.358, 0.804, 0.987 max_d=0.987 avg_d=0.358 std_dev=0.446
C6 B 0, -0.098, 0.373, 0.844, 1.037 max_d=1.037 avg_d=0.373 std_dev=0.471
O5' B 0, -0.109, 0.363, 0.834, 1.029 max_d=1.029 avg_d=0.363 std_dev=0.472
C5 B 0, -0.109, 0.394, 0.896, 1.102 max_d=1.102 avg_d=0.394 std_dev=0.502
O5' A 0, -0.128, 0.405, 0.939, 1.159 max_d=1.159 avg_d=0.405 std_dev=0.534
P B 0, -0.108, 0.431, 0.970, 1.191 max_d=1.191 avg_d=0.431 std_dev=0.539
OP2 B 0, -0.121, 0.490, 1.101, 1.351 max_d=1.351 avg_d=0.490 std_dev=0.611
OP1 B 0, -0.132, 0.493, 1.118, 1.374 max_d=1.374 avg_d=0.493 std_dev=0.625
O2' A 0, -0.166, 0.491, 1.149, 1.420 max_d=1.420 avg_d=0.491 std_dev=0.657

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.17 0.00 0.08 0.01 0.11 0.22 0.03
C2 0.01 0.00 0.26 0.11 0.00 0.06 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.28 0.16 0.05 0.48 0.00 0.23 0.07 0.19
C2' 0.00 0.26 0.00 0.01 0.16 0.01 0.12 0.09 0.18 0.05 0.23 0.28 0.25 0.02 0.04 0.00 0.02 0.02 0.20 0.16 0.23 0.08 0.15
C3' 0.02 0.11 0.01 0.00 0.06 0.00 0.05 0.03 0.08 0.02 0.10 0.13 0.11 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02 0.08 0.07 0.16 0.19 0.07
C4 0.01 0.00 0.16 0.06 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.18 0.16 0.02 0.34 0.01 0.19 0.11 0.14
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.06 0.07 0.06 0.02 0.02 0.10 0.06 0.00 0.02 0.05 0.12 0.20 0.03
C5 0.01 0.00 0.12 0.05 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.16 0.15 0.02 0.35 0.01 0.21 0.05 0.17
C5' 0.00 0.12 0.09 0.03 0.08 0.01 0.09 0.00 0.11 0.04 0.12 0.14 0.11 0.06 0.04 0.02 0.02 0.03 0.00 0.11 0.13 0.19 0.03
C6 0.01 0.00 0.18 0.08 0.01 0.05 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.22 0.16 0.01 0.42 0.00 0.23 0.01 0.20
C8 0.00 0.00 0.05 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.13 0.04 0.21 0.01 0.17 0.10 0.12
N1 0.01 0.00 0.23 0.10 0.00 0.06 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.27 0.16 0.03 0.46 0.00 0.23 0.02 0.20
N2 0.00 0.00 0.28 0.13 0.01 0.07 0.00 0.14 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.30 0.15 0.07 0.51 0.00 0.24 0.07 0.19
N3 0.01 0.00 0.25 0.11 0.00 0.06 0.00 0.11 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.24 0.16 0.05 0.42 0.01 0.20 0.14 0.15
N7 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.13 0.03 0.28 0.02 0.19 0.06 0.15
N9 0.00 0.01 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.15 0.02 0.22 0.01 0.16 0.15 0.10
O2' 0.03 0.28 0.00 0.03 0.18 0.10 0.16 0.02 0.22 0.03 0.27 0.30 0.24 0.05 0.05 0.00 0.05 0.05 0.00 0.22 0.09 0.19 0.01
O3' 0.17 0.16 0.02 0.02 0.16 0.06 0.15 0.02 0.16 0.13 0.16 0.15 0.16 0.13 0.15 0.05 0.00 0.11 0.04 0.17 0.08 0.20 0.02
O4' 0.00 0.05 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.04 0.03 0.07 0.05 0.03 0.02 0.05 0.11 0.00 0.09 0.01 0.10 0.23 0.03
O5' 0.08 0.48 0.20 0.08 0.34 0.02 0.35 0.00 0.42 0.21 0.46 0.51 0.42 0.28 0.22 0.00 0.04 0.09 0.00 0.42 0.01 0.02 0.00
O6 0.01 0.00 0.16 0.07 0.01 0.05 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.22 0.17 0.01 0.42 0.00 0.23 0.02 0.20
OP1 0.11 0.23 0.23 0.16 0.19 0.12 0.21 0.13 0.23 0.17 0.23 0.24 0.20 0.19 0.16 0.09 0.08 0.10 0.01 0.23 0.00 0.00 0.00
OP2 0.22 0.07 0.08 0.19 0.11 0.20 0.05 0.19 0.01 0.10 0.02 0.07 0.14 0.06 0.15 0.19 0.20 0.23 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01
P 0.03 0.19 0.15 0.07 0.14 0.03 0.17 0.03 0.20 0.12 0.20 0.19 0.15 0.15 0.10 0.01 0.02 0.03 0.00 0.20 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.02 0.11 0.08 0.05 0.07 0.05 0.01 0.06 0.01 0.04 0.12 0.08 0.17 0.05 0.09 0.01 0.11 0.04 0.10 0.07
C2 0.10 0.14 0.13 0.08 0.11 0.02 0.07 0.02 0.06 0.10 0.14 0.11 0.17 0.15 0.08 0.07 0.02 0.22 0.06 0.09
C2' 0.21 0.35 0.27 0.26 0.31 0.15 0.23 0.14 0.20 0.26 0.36 0.33 0.40 0.17 0.28 0.18 0.06 0.16 0.09 0.09
C3' 0.00 0.13 0.07 0.08 0.10 0.03 0.03 0.01 0.00 0.04 0.15 0.12 0.19 0.04 0.12 0.02 0.11 0.03 0.10 0.07
C4 0.07 0.13 0.12 0.07 0.09 0.00 0.04 0.03 0.03 0.08 0.13 0.09 0.17 0.13 0.09 0.05 0.02 0.16 0.02 0.04
C4' 0.01 0.10 0.08 0.06 0.08 0.07 0.02 0.07 0.01 0.03 0.12 0.10 0.15 0.01 0.11 0.05 0.12 0.02 0.15 0.09
C5 0.11 0.14 0.14 0.08 0.10 0.04 0.06 0.01 0.06 0.11 0.14 0.11 0.18 0.16 0.09 0.09 0.03 0.23 0.09 0.10
C5' 0.02 0.14 0.11 0.07 0.13 0.06 0.06 0.08 0.03 0.06 0.16 0.15 0.18 0.06 0.11 0.03 0.10 0.03 0.14 0.08
C6 0.13 0.16 0.15 0.09 0.12 0.06 0.09 0.01 0.09 0.13 0.15 0.12 0.19 0.18 0.08 0.11 0.07 0.29 0.15 0.15
C8 0.05 0.11 0.11 0.07 0.07 0.00 0.02 0.04 0.01 0.07 0.11 0.08 0.16 0.11 0.10 0.03 0.05 0.12 0.00 0.01
N1 0.12 0.15 0.15 0.08 0.12 0.05 0.08 0.00 0.08 0.12 0.15 0.13 0.19 0.18 0.08 0.10 0.06 0.27 0.12 0.14
N2 0.09 0.14 0.13 0.08 0.11 0.02 0.07 0.02 0.06 0.10 0.14 0.12 0.17 0.14 0.09 0.07 0.02 0.22 0.06 0.09
N3 0.07 0.12 0.12 0.06 0.09 0.00 0.04 0.04 0.03 0.08 0.12 0.10 0.16 0.12 0.08 0.04 0.02 0.16 0.01 0.04
N7 0.10 0.14 0.13 0.09 0.10 0.05 0.05 0.00 0.05 0.10 0.13 0.10 0.17 0.15 0.09 0.08 0.02 0.21 0.09 0.09
N9 0.04 0.11 0.10 0.06 0.07 0.03 0.01 0.05 0.00 0.06 0.11 0.08 0.16 0.10 0.09 0.01 0.07 0.10 0.04 0.02
O2' 0.47 0.64 0.50 0.42 0.56 0.33 0.46 0.28 0.43 0.52 0.64 0.57 0.72 0.38 0.35 0.41 0.17 0.16 0.19 0.17
O3' 0.21 0.03 0.15 0.11 0.05 0.22 0.14 0.18 0.19 0.14 0.01 0.02 0.03 0.30 0.07 0.22 0.31 0.20 0.31 0.28
O4' 0.09 0.02 0.01 0.02 0.03 0.15 0.08 0.16 0.10 0.06 0.03 0.02 0.06 0.02 0.05 0.13 0.18 0.02 0.20 0.14
O5' 0.20 0.39 0.26 0.13 0.38 0.02 0.28 0.09 0.23 0.27 0.43 0.42 0.44 0.24 0.11 0.09 0.05 0.02 0.09 0.05
O6 0.15 0.16 0.15 0.09 0.13 0.08 0.10 0.03 0.10 0.14 0.16 0.13 0.19 0.19 0.07 0.14 0.11 0.33 0.20 0.20
OP1 0.04 0.08 0.05 0.02 0.09 0.16 0.03 0.20 0.01 0.02 0.12 0.13 0.11 0.02 0.01 0.11 0.18 0.05 0.24 0.16
OP2 0.18 0.25 0.29 0.23 0.25 0.07 0.20 0.02 0.18 0.20 0.27 0.27 0.27 0.30 0.28 0.10 0.06 0.22 0.01 0.08
P 0.05 0.16 0.14 0.06 0.16 0.09 0.10 0.15 0.07 0.09 0.19 0.20 0.19 0.12 0.08 0.04 0.11 0.02 0.16 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.07 0.04 0.23 0.11
C2 0.01 0.00 0.07 0.10 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.12 0.03 0.09 0.12 0.33 0.17
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.02 0.02 0.07 0.03 0.08 0.01 0.04 0.02 0.14 0.00 0.03 0.00 0.16 0.11 0.26 0.17
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.03 0.07 0.03 0.08 0.02 0.16 0.01 0.00 0.00 0.20 0.13 0.21 0.18
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.11 0.23 0.41 0.24
C4' 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.05 0.07 0.03
C5 0.01 0.00 0.07 0.05 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.05 0.01 0.12 0.26 0.42 0.25
C5' 0.03 0.01 0.03 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.04 0.04 0.01 0.07 0.02 0.02
C6 0.01 0.00 0.08 0.07 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.06 0.00 0.12 0.20 0.36 0.22
N1 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.09 0.12 0.31 0.17
N3 0.01 0.00 0.04 0.08 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.11 0.03 0.10 0.17 0.37 0.21
N4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02 0.11 0.26 0.42 0.25
O2 0.01 0.00 0.14 0.16 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.20 0.03 0.07 0.06 0.29 0.14
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.03 0.05 0.01 0.01 0.02 0.08 0.00 0.02 0.02 0.10 0.02 0.19 0.09
O3' 0.03 0.12 0.03 0.00 0.03 0.01 0.05 0.04 0.06 0.04 0.11 0.04 0.20 0.02 0.00 0.01 0.20 0.12 0.17 0.17
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.16 0.06
O5' 0.07 0.09 0.16 0.20 0.11 0.03 0.12 0.01 0.12 0.09 0.10 0.11 0.07 0.10 0.20 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.04 0.12 0.11 0.13 0.23 0.05 0.26 0.07 0.20 0.12 0.17 0.26 0.06 0.02 0.12 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00
OP2 0.23 0.33 0.26 0.21 0.41 0.07 0.42 0.02 0.36 0.31 0.37 0.42 0.29 0.19 0.17 0.16 0.02 0.02 0.00 0.00
P 0.11 0.17 0.17 0.18 0.24 0.03 0.25 0.02 0.22 0.17 0.21 0.25 0.14 0.09 0.17 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00