ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50272

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.006, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.000, 0.016, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.000, 0.018, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C2 A 0, 0.000, 0.019, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.019 std_dev=0.019
C5 A 0, 0.000, 0.020, 0.041, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.020 std_dev=0.020
C4 A 0, 0.000, 0.024, 0.047, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.024 std_dev=0.024
N7 A 0, 0.000, 0.033, 0.066, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.033 std_dev=0.033
N9 A 0, 0.000, 0.035, 0.071, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.035 std_dev=0.035
C8 A 0, 0.000, 0.039, 0.078, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.039 std_dev=0.039
O6 A 0, 0.000, 0.042, 0.084, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.042 std_dev=0.042
N2 A 0, 0.000, 0.068, 0.136, 0.136 max_d=0.136 avg_d=0.068 std_dev=0.068
O2' A 0, 0.000, 0.068, 0.136, 0.136 max_d=0.136 avg_d=0.068 std_dev=0.068
O4' A 0, 0.000, 0.072, 0.144, 0.144 max_d=0.144 avg_d=0.072 std_dev=0.072
C2' A 0, 0.000, 0.096, 0.192, 0.192 max_d=0.192 avg_d=0.096 std_dev=0.096
OP2 B 0, 0.000, 0.128, 0.256, 0.256 max_d=0.256 avg_d=0.128 std_dev=0.128
C4' A 0, 0.000, 0.139, 0.278, 0.278 max_d=0.278 avg_d=0.139 std_dev=0.139
O3' B 0, 0.000, 0.150, 0.301, 0.301 max_d=0.301 avg_d=0.150 std_dev=0.150
C3' A 0, 0.000, 0.156, 0.312, 0.312 max_d=0.312 avg_d=0.156 std_dev=0.156
P A 0, 0.000, 0.206, 0.412, 0.412 max_d=0.412 avg_d=0.206 std_dev=0.206
C3' B 0, 0.000, 0.206, 0.413, 0.413 max_d=0.413 avg_d=0.206 std_dev=0.206
OP1 A 0, 0.000, 0.221, 0.442, 0.442 max_d=0.442 avg_d=0.221 std_dev=0.221
O3' A 0, 0.000, 0.224, 0.447, 0.447 max_d=0.447 avg_d=0.224 std_dev=0.224
OP2 A 0, 0.000, 0.237, 0.474, 0.474 max_d=0.474 avg_d=0.237 std_dev=0.237
C5' A 0, 0.000, 0.238, 0.475, 0.475 max_d=0.475 avg_d=0.238 std_dev=0.238
P B 0, 0.000, 0.253, 0.507, 0.507 max_d=0.507 avg_d=0.253 std_dev=0.253
O5' A 0, 0.000, 0.262, 0.524, 0.524 max_d=0.524 avg_d=0.262 std_dev=0.262
C2' B 0, 0.000, 0.264, 0.529, 0.529 max_d=0.529 avg_d=0.264 std_dev=0.264
O2' B 0, 0.000, 0.271, 0.542, 0.542 max_d=0.542 avg_d=0.271 std_dev=0.271
C4' B 0, 0.000, 0.290, 0.579, 0.579 max_d=0.579 avg_d=0.290 std_dev=0.290
C5' B 0, 0.000, 0.291, 0.582, 0.582 max_d=0.582 avg_d=0.291 std_dev=0.291
O5' B 0, 0.000, 0.301, 0.602, 0.602 max_d=0.602 avg_d=0.301 std_dev=0.301
C1' B 0, 0.000, 0.350, 0.700, 0.700 max_d=0.700 avg_d=0.350 std_dev=0.350
O4' B 0, 0.000, 0.362, 0.725, 0.725 max_d=0.725 avg_d=0.362 std_dev=0.362
OP1 B 0, 0.000, 0.365, 0.731, 0.731 max_d=0.731 avg_d=0.365 std_dev=0.365
N3 B 0, 0.000, 0.382, 0.763, 0.763 max_d=0.763 avg_d=0.382 std_dev=0.382
N4 B 0, 0.000, 0.382, 0.763, 0.763 max_d=0.763 avg_d=0.382 std_dev=0.382
C2 B 0, 0.000, 0.387, 0.773, 0.773 max_d=0.773 avg_d=0.387 std_dev=0.387
C4 B 0, 0.000, 0.396, 0.792, 0.792 max_d=0.792 avg_d=0.396 std_dev=0.396
N1 B 0, 0.000, 0.399, 0.798, 0.798 max_d=0.798 avg_d=0.399 std_dev=0.399
C6 B 0, 0.000, 0.420, 0.840, 0.840 max_d=0.840 avg_d=0.420 std_dev=0.420
C5 B 0, 0.000, 0.421, 0.842, 0.842 max_d=0.842 avg_d=0.421 std_dev=0.421
O2 B 0, 0.000, 0.429, 0.857, 0.857 max_d=0.857 avg_d=0.429 std_dev=0.429

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.01 0.04 0.02 0.02
C2 0.01 0.00 0.06 0.09 0.02 0.05 0.02 0.09 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.11 0.00 0.15 0.03 0.09 0.07 0.09
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.04 0.08 0.07 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.05 0.02
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.07 0.01 0.05 0.00 0.07 0.01 0.08 0.11 0.09 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.07 0.01 0.07 0.05
C4 0.01 0.02 0.04 0.07 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.00 0.17 0.01 0.10 0.08 0.10
C4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.06 0.05 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.02 0.05 0.03
C5 0.00 0.02 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.02 0.17 0.01 0.10 0.10 0.11
C5' 0.02 0.09 0.00 0.00 0.09 0.00 0.09 0.00 0.09 0.05 0.09 0.09 0.09 0.06 0.07 0.01 0.02 0.01 0.00 0.11 0.02 0.01 0.01
C6 0.01 0.02 0.03 0.07 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.02 0.18 0.00 0.10 0.11 0.12
C8 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.05 0.15 0.02 0.09 0.06 0.09
N1 0.01 0.01 0.04 0.08 0.01 0.04 0.02 0.09 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.10 0.01 0.16 0.02 0.09 0.10 0.10
N2 0.03 0.01 0.08 0.11 0.02 0.06 0.03 0.09 0.04 0.02 0.03 0.00 0.00 0.04 0.02 0.06 0.14 0.02 0.15 0.06 0.09 0.07 0.08
N3 0.02 0.01 0.07 0.09 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.10 0.01 0.15 0.01 0.09 0.07 0.08
N7 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.16 0.02 0.09 0.09 0.11
N9 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.15 0.01 0.09 0.06 0.09
O2' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.06 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.06 0.03
O3' 0.00 0.11 0.01 0.00 0.07 0.01 0.06 0.02 0.08 0.01 0.10 0.14 0.10 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.07 0.08 0.03 0.08 0.07
O4' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.05 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.07 0.03
O5' 0.07 0.15 0.01 0.02 0.17 0.00 0.17 0.00 0.18 0.15 0.16 0.15 0.15 0.16 0.15 0.00 0.07 0.03 0.00 0.20 0.01 0.02 0.01
O6 0.01 0.03 0.03 0.07 0.01 0.05 0.01 0.11 0.00 0.02 0.02 0.06 0.01 0.02 0.01 0.01 0.08 0.01 0.20 0.00 0.13 0.15 0.14
OP1 0.04 0.09 0.01 0.01 0.10 0.02 0.10 0.02 0.10 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.01 0.03 0.01 0.01 0.13 0.00 0.02 0.01
OP2 0.02 0.07 0.05 0.07 0.08 0.05 0.10 0.01 0.11 0.06 0.10 0.07 0.07 0.09 0.06 0.06 0.08 0.07 0.02 0.15 0.02 0.00 0.02
P 0.02 0.09 0.02 0.05 0.10 0.03 0.11 0.01 0.12 0.09 0.10 0.08 0.08 0.11 0.09 0.03 0.07 0.03 0.01 0.14 0.01 0.02 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.14 0.20 0.12 0.09 0.15 0.13 0.10 0.10 0.10 0.14 0.19 0.16 0.26 0.15 0.05 0.15 0.03 0.14 0.04 0.04
C2 0.10 0.15 0.07 0.03 0.12 0.07 0.07 0.04 0.06 0.10 0.15 0.13 0.21 0.10 0.01 0.10 0.03 0.16 0.05 0.07
C2' 0.14 0.21 0.12 0.11 0.17 0.15 0.12 0.13 0.11 0.15 0.20 0.18 0.27 0.15 0.08 0.16 0.07 0.11 0.02 0.01
C3' 0.15 0.21 0.12 0.12 0.18 0.17 0.13 0.17 0.12 0.15 0.21 0.19 0.26 0.14 0.11 0.17 0.11 0.07 0.02 0.03
C4 0.08 0.14 0.06 0.02 0.10 0.05 0.05 0.02 0.04 0.08 0.14 0.11 0.21 0.09 0.02 0.09 0.05 0.19 0.06 0.09
C4' 0.16 0.21 0.13 0.13 0.18 0.19 0.13 0.19 0.13 0.16 0.21 0.18 0.27 0.15 0.10 0.19 0.14 0.05 0.05 0.06
C5 0.05 0.12 0.04 0.01 0.08 0.01 0.03 0.02 0.02 0.06 0.12 0.10 0.19 0.06 0.05 0.05 0.08 0.21 0.07 0.12
C5' 0.12 0.19 0.09 0.11 0.16 0.17 0.12 0.19 0.11 0.14 0.19 0.17 0.23 0.09 0.08 0.16 0.16 0.02 0.08 0.09
C6 0.04 0.11 0.03 0.01 0.08 0.01 0.03 0.02 0.01 0.05 0.11 0.10 0.17 0.05 0.05 0.04 0.09 0.20 0.07 0.12
C8 0.07 0.14 0.06 0.01 0.10 0.03 0.04 0.01 0.03 0.07 0.13 0.11 0.21 0.10 0.03 0.07 0.06 0.21 0.06 0.10
N1 0.07 0.13 0.05 0.01 0.10 0.04 0.05 0.01 0.04 0.07 0.13 0.12 0.19 0.07 0.03 0.07 0.06 0.17 0.05 0.09
N2 0.11 0.16 0.08 0.04 0.12 0.07 0.07 0.04 0.07 0.11 0.16 0.14 0.23 0.11 0.00 0.11 0.03 0.15 0.05 0.07
N3 0.10 0.15 0.07 0.03 0.11 0.07 0.06 0.04 0.06 0.10 0.15 0.12 0.22 0.10 0.01 0.11 0.03 0.16 0.06 0.08
N7 0.04 0.12 0.03 0.01 0.08 0.00 0.02 0.03 0.01 0.05 0.12 0.10 0.19 0.06 0.05 0.03 0.09 0.22 0.07 0.12
N9 0.09 0.15 0.07 0.03 0.11 0.06 0.05 0.03 0.05 0.09 0.14 0.11 0.22 0.11 0.02 0.10 0.03 0.19 0.06 0.09
O2' 0.15 0.21 0.13 0.11 0.17 0.16 0.12 0.14 0.12 0.16 0.20 0.17 0.27 0.15 0.08 0.17 0.08 0.08 0.03 0.00
O3' 0.15 0.21 0.12 0.14 0.19 0.19 0.14 0.20 0.13 0.16 0.22 0.20 0.26 0.13 0.12 0.18 0.16 0.01 0.06 0.07
O4' 0.19 0.24 0.17 0.14 0.19 0.18 0.14 0.14 0.14 0.19 0.23 0.19 0.31 0.20 0.10 0.20 0.08 0.14 0.01 0.01
O5' 0.02 0.12 0.01 0.03 0.11 0.05 0.06 0.08 0.03 0.05 0.14 0.13 0.16 0.01 0.02 0.04 0.04 0.14 0.03 0.04
O6 0.01 0.06 0.02 0.05 0.04 0.05 0.02 0.07 0.03 0.00 0.07 0.06 0.12 0.01 0.08 0.01 0.13 0.23 0.09 0.15
OP1 0.03 0.14 0.01 0.03 0.13 0.05 0.07 0.07 0.04 0.07 0.16 0.15 0.17 0.00 0.01 0.04 0.08 0.11 0.03 0.00
OP2 0.03 0.08 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.10 0.11 0.12 0.06 0.02 0.01 0.01 0.14 0.00 0.04
P 0.00 0.11 0.01 0.01 0.10 0.02 0.04 0.04 0.01 0.04 0.13 0.12 0.15 0.02 0.01 0.02 0.03 0.15 0.01 0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.07 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.16 0.08
C2 0.03 0.00 0.08 0.09 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.11 0.01 0.09 0.04 0.19 0.12
C2' 0.00 0.08 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.07 0.06 0.14 0.00 0.01 0.00 0.02 0.07 0.09 0.03
C3' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.09 0.07 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.11 0.04 0.01
C4 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.08 0.01 0.10 0.05 0.20 0.13
C4' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.03 0.09 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.05 0.01
C5 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.10 0.05 0.21 0.13
C5' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.05 0.03 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.00 0.00
C6 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.11 0.05 0.21 0.13
N1 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.09 0.04 0.20 0.12
N3 0.02 0.00 0.07 0.09 0.00 0.04 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.11 0.00 0.09 0.05 0.19 0.12
N4 0.02 0.01 0.06 0.07 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.09 0.01 0.10 0.05 0.19 0.12
O2 0.07 0.00 0.14 0.14 0.02 0.09 0.02 0.09 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.11 0.16 0.05 0.10 0.06 0.20 0.13
O2' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.05 0.11 0.00 0.02 0.01 0.00 0.08 0.08 0.01
O3' 0.01 0.11 0.01 0.01 0.08 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.11 0.09 0.16 0.02 0.00 0.01 0.02 0.17 0.03 0.07
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.15 0.09
O5' 0.04 0.09 0.02 0.01 0.10 0.01 0.10 0.00 0.11 0.09 0.09 0.10 0.10 0.00 0.02 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.01 0.04 0.07 0.11 0.05 0.06 0.05 0.06 0.05 0.04 0.05 0.05 0.06 0.08 0.17 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.16 0.19 0.09 0.04 0.20 0.05 0.21 0.00 0.21 0.20 0.19 0.19 0.20 0.08 0.03 0.15 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.12 0.03 0.01 0.13 0.01 0.13 0.00 0.13 0.12 0.12 0.12 0.13 0.01 0.07 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00