ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50273

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.003, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C2 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.000, 0.005, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.000, 0.007, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N2 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.000, 0.014, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.000, 0.014, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.014
O6 A 0, 0.000, 0.027, 0.053, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.027 std_dev=0.027
C8 A 0, 0.000, 0.031, 0.062, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.031 std_dev=0.031
N7 A 0, 0.000, 0.031, 0.063, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.031 std_dev=0.031
C1' B 0, 0.000, 0.068, 0.136, 0.136 max_d=0.136 avg_d=0.068 std_dev=0.068
O4' A 0, 0.000, 0.078, 0.156, 0.156 max_d=0.156 avg_d=0.078 std_dev=0.078
N1 B 0, 0.000, 0.089, 0.179, 0.179 max_d=0.179 avg_d=0.089 std_dev=0.089
C6 B 0, 0.000, 0.094, 0.188, 0.188 max_d=0.188 avg_d=0.094 std_dev=0.094
O4' B 0, 0.000, 0.104, 0.208, 0.208 max_d=0.208 avg_d=0.104 std_dev=0.104
C2' A 0, 0.000, 0.105, 0.210, 0.210 max_d=0.210 avg_d=0.105 std_dev=0.105
O2 B 0, 0.000, 0.105, 0.210, 0.210 max_d=0.210 avg_d=0.105 std_dev=0.105
C2 B 0, 0.000, 0.111, 0.222, 0.222 max_d=0.222 avg_d=0.111 std_dev=0.111
C5 B 0, 0.000, 0.114, 0.228, 0.228 max_d=0.228 avg_d=0.114 std_dev=0.114
C4' B 0, 0.000, 0.118, 0.235, 0.235 max_d=0.235 avg_d=0.118 std_dev=0.118
C4' A 0, 0.000, 0.132, 0.263, 0.263 max_d=0.263 avg_d=0.132 std_dev=0.132
O3' B 0, 0.000, 0.140, 0.280, 0.280 max_d=0.280 avg_d=0.140 std_dev=0.140
C2' B 0, 0.000, 0.140, 0.280, 0.280 max_d=0.280 avg_d=0.140 std_dev=0.140
N3 B 0, 0.000, 0.143, 0.285, 0.285 max_d=0.285 avg_d=0.143 std_dev=0.143
C4 B 0, 0.000, 0.143, 0.286, 0.286 max_d=0.286 avg_d=0.143 std_dev=0.143
O2' B 0, 0.000, 0.146, 0.292, 0.292 max_d=0.292 avg_d=0.146 std_dev=0.146
C3' A 0, 0.000, 0.152, 0.303, 0.303 max_d=0.303 avg_d=0.152 std_dev=0.152
C3' B 0, 0.000, 0.153, 0.306, 0.306 max_d=0.306 avg_d=0.153 std_dev=0.153
O2' A 0, 0.000, 0.160, 0.321, 0.321 max_d=0.321 avg_d=0.160 std_dev=0.160
O5' B 0, 0.000, 0.176, 0.352, 0.352 max_d=0.352 avg_d=0.176 std_dev=0.176
OP1 B 0, 0.000, 0.182, 0.363, 0.363 max_d=0.363 avg_d=0.182 std_dev=0.182
C5' B 0, 0.000, 0.183, 0.367, 0.367 max_d=0.367 avg_d=0.183 std_dev=0.183
N4 B 0, 0.000, 0.184, 0.368, 0.368 max_d=0.368 avg_d=0.184 std_dev=0.184
P B 0, 0.000, 0.196, 0.392, 0.392 max_d=0.392 avg_d=0.196 std_dev=0.196
P A 0, 0.000, 0.196, 0.392, 0.392 max_d=0.392 avg_d=0.196 std_dev=0.196
OP2 B 0, 0.000, 0.206, 0.412, 0.412 max_d=0.412 avg_d=0.206 std_dev=0.206
O3' A 0, 0.000, 0.216, 0.432, 0.432 max_d=0.432 avg_d=0.216 std_dev=0.216
C5' A 0, 0.000, 0.232, 0.463, 0.463 max_d=0.463 avg_d=0.232 std_dev=0.232
O5' A 0, 0.000, 0.242, 0.485, 0.485 max_d=0.485 avg_d=0.242 std_dev=0.242
OP1 A 0, 0.000, 1.148, 2.297, 2.297 max_d=2.297 avg_d=1.148 std_dev=1.148
OP2 A 0, 0.000, 1.419, 2.839, 2.839 max_d=2.839 avg_d=1.419 std_dev=1.419

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.39 0.75 0.12
C2 0.01 0.00 0.05 0.05 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.06 0.00 0.03 0.00 0.54 0.84 0.09
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.06 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.28 0.52 0.07
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.06 0.05 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.15 0.27 0.03
C4 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.05 0.00 0.53 0.85 0.10
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.13 0.32 0.06
C5 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.07 0.00 0.59 0.85 0.07
C5' 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.06 0.02 0.01 0.00 0.07 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.02 0.00 0.00
C6 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.07 0.00 0.59 0.83 0.06
C8 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.09 0.00 0.57 0.87 0.08
N1 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.00 0.05 0.00 0.57 0.84 0.08
N2 0.01 0.00 0.06 0.06 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.09 0.00 0.02 0.01 0.52 0.84 0.10
N3 0.01 0.00 0.05 0.05 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.06 0.00 0.03 0.00 0.50 0.84 0.11
N7 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.09 0.00 0.61 0.83 0.06
N9 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.00 0.50 0.85 0.11
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.07 0.05 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.24 0.49 0.08
O3' 0.00 0.06 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.04 0.09 0.06 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.31 0.70 0.14
O5' 0.02 0.03 0.03 0.02 0.05 0.00 0.07 0.00 0.07 0.09 0.05 0.02 0.03 0.09 0.05 0.02 0.00 0.00 0.00 0.08 0.02 0.02 0.00
O6 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.08 0.00 0.60 0.79 0.04
OP1 0.39 0.54 0.28 0.15 0.53 0.13 0.59 0.02 0.59 0.57 0.57 0.52 0.50 0.61 0.50 0.24 0.03 0.31 0.02 0.60 0.00 0.01 0.00
OP2 0.75 0.84 0.52 0.27 0.85 0.32 0.85 0.00 0.83 0.87 0.84 0.84 0.84 0.83 0.85 0.49 0.06 0.70 0.02 0.79 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.09 0.07 0.03 0.10 0.06 0.07 0.00 0.06 0.08 0.08 0.10 0.11 0.06 0.11 0.08 0.00 0.14 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.08 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01
C2 0.01 0.05 0.01 0.02 0.05 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.06 0.06 0.05 0.03 0.06 0.04 0.05 0.07 0.03 0.06
C2' 0.04 0.05 0.00 0.02 0.05 0.02 0.04 0.01 0.04 0.04 0.05 0.06 0.06 0.01 0.03 0.05 0.02 0.05 0.01 0.02
C3' 0.05 0.04 0.02 0.01 0.05 0.04 0.05 0.03 0.05 0.05 0.04 0.05 0.04 0.02 0.00 0.06 0.05 0.08 0.02 0.05
C4 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.03 0.03 0.07 0.02 0.03 0.05 0.00 0.03
C4' 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.02 0.07 0.00 0.03
C5 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.04 0.03 0.02 0.05 0.03 0.05 0.06 0.02 0.05
C5' 0.03 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.04 0.05 0.04 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.06 0.07 0.12 0.06 0.08
C6 0.02 0.05 0.01 0.00 0.05 0.03 0.03 0.05 0.02 0.03 0.06 0.06 0.06 0.01 0.04 0.05 0.07 0.07 0.04 0.07
C8 0.02 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01
N1 0.02 0.05 0.00 0.01 0.06 0.03 0.03 0.05 0.03 0.03 0.07 0.07 0.06 0.02 0.05 0.05 0.07 0.08 0.04 0.07
N2 0.02 0.05 0.01 0.02 0.06 0.02 0.04 0.03 0.03 0.03 0.06 0.07 0.05 0.03 0.06 0.05 0.06 0.07 0.04 0.06
N3 0.00 0.03 0.02 0.04 0.04 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.05 0.04 0.04 0.07 0.03 0.03 0.05 0.01 0.03
N7 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.04 0.05 0.00 0.04
N9 0.01 0.01 0.04 0.05 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.04 0.07 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01
O2' 0.04 0.06 0.00 0.02 0.06 0.01 0.05 0.01 0.04 0.05 0.07 0.07 0.07 0.02 0.03 0.04 0.01 0.03 0.04 0.00
O3' 0.07 0.06 0.04 0.03 0.07 0.06 0.08 0.05 0.08 0.07 0.06 0.07 0.06 0.05 0.02 0.08 0.06 0.10 0.03 0.06
O4' 0.04 0.03 0.07 0.08 0.03 0.05 0.03 0.05 0.04 0.04 0.02 0.02 0.03 0.06 0.10 0.03 0.02 0.02 0.04 0.01
O5' 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.04 0.07 0.04 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.07 0.09 0.13 0.09 0.11
O6 0.03 0.07 0.03 0.02 0.07 0.05 0.04 0.07 0.03 0.05 0.08 0.08 0.07 0.01 0.02 0.06 0.08 0.08 0.05 0.07
OP1 0.10 0.06 0.10 0.01 0.06 0.32 0.07 0.34 0.08 0.07 0.05 0.06 0.05 0.26 0.01 0.29 0.49 0.44 0.55 0.53
OP2 0.08 0.05 0.17 0.01 0.00 0.36 0.02 0.37 0.00 0.04 0.03 0.00 0.08 0.41 0.01 0.31 0.54 0.33 0.64 0.55
P 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.05 0.01 0.00 0.00 0.07 0.01 0.01

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00
C2 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.03 0.02 0.02 0.04 0.03
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.02
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.06 0.02 0.03
C4 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.05 0.03
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01
C5 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00
C5' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.04 0.05 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00
N3 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.03 0.02 0.06 0.04
N4 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.07 0.04
O2 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.02 0.04 0.03 0.03 0.04 0.03
O2' 0.00 0.05 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.04 0.02 0.07 0.00 0.03 0.01 0.01 0.06 0.03 0.03
O3' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.06 0.00 0.01
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.04 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01
O5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.01 0.02 0.04 0.06 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.06 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.00 0.04 0.02 0.02 0.05 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.06 0.07 0.04 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.00 0.03 0.02 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.04 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00