ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50274

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.006, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.000, 0.007, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N2 A 0, 0.000, 0.008, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.000, 0.009, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.000, 0.010, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.000, 0.011, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.000, 0.014, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.014
O6 A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.017
N9 A 0, 0.000, 0.021, 0.042, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.021
N7 A 0, 0.000, 0.028, 0.056, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.028 std_dev=0.028
C8 A 0, 0.000, 0.035, 0.071, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.035 std_dev=0.035
O2' A 0, 0.000, 0.150, 0.299, 0.299 max_d=0.299 avg_d=0.150 std_dev=0.150
C2' A 0, 0.000, 0.216, 0.431, 0.431 max_d=0.431 avg_d=0.216 std_dev=0.216
C3' B 0, 0.000, 0.250, 0.500, 0.500 max_d=0.500 avg_d=0.250 std_dev=0.250
O4' A 0, 0.000, 0.274, 0.549, 0.549 max_d=0.549 avg_d=0.274 std_dev=0.274
C4' B 0, 0.000, 0.366, 0.733, 0.733 max_d=0.733 avg_d=0.366 std_dev=0.366
O3' B 0, 0.000, 0.396, 0.793, 0.793 max_d=0.793 avg_d=0.396 std_dev=0.396
C3' A 0, 0.000, 0.402, 0.804, 0.804 max_d=0.804 avg_d=0.402 std_dev=0.402
C4' A 0, 0.000, 0.423, 0.847, 0.847 max_d=0.847 avg_d=0.423 std_dev=0.423
C2' B 0, 0.000, 0.454, 0.909, 0.909 max_d=0.909 avg_d=0.454 std_dev=0.454
O4' B 0, 0.000, 0.500, 1.000, 1.000 max_d=1.000 avg_d=0.500 std_dev=0.500
O3' A 0, 0.000, 0.639, 1.278, 1.278 max_d=1.278 avg_d=0.639 std_dev=0.639
C5' A 0, 0.000, 0.657, 1.314, 1.314 max_d=1.314 avg_d=0.657 std_dev=0.657
C5' B 0, 0.000, 0.812, 1.624, 1.624 max_d=1.624 avg_d=0.812 std_dev=0.812
C1' B 0, 0.000, 0.818, 1.636, 1.636 max_d=1.636 avg_d=0.818 std_dev=0.818
O2' B 0, 0.000, 0.885, 1.769, 1.769 max_d=1.769 avg_d=0.885 std_dev=0.885
N1 B 0, 0.000, 1.648, 3.295, 3.295 max_d=3.295 avg_d=1.648 std_dev=1.648
O5' B 0, 0.000, 1.674, 3.348, 3.348 max_d=3.348 avg_d=1.674 std_dev=1.674
O5' A 0, 0.000, 1.778, 3.556, 3.556 max_d=3.556 avg_d=1.778 std_dev=1.778
C6 B 0, 0.000, 2.007, 4.014, 4.014 max_d=4.014 avg_d=2.007 std_dev=2.007
OP2 A 0, 0.000, 2.022, 4.045, 4.045 max_d=4.045 avg_d=2.022 std_dev=2.022
OP1 A 0, 0.000, 2.072, 4.143, 4.143 max_d=4.143 avg_d=2.072 std_dev=2.072
P A 0, 0.000, 2.118, 4.236, 4.236 max_d=4.236 avg_d=2.118 std_dev=2.118
C2 B 0, 0.000, 2.374, 4.748, 4.748 max_d=4.748 avg_d=2.374 std_dev=2.374
O2 B 0, 0.000, 2.447, 4.894, 4.894 max_d=4.894 avg_d=2.447 std_dev=2.447
P B 0, 0.000, 2.745, 5.489, 5.489 max_d=5.489 avg_d=2.745 std_dev=2.745
C5 B 0, 0.000, 2.884, 5.767, 5.767 max_d=5.767 avg_d=2.884 std_dev=2.884
OP1 B 0, 0.000, 3.045, 6.090, 6.090 max_d=6.090 avg_d=3.045 std_dev=3.045
N3 B 0, 0.000, 3.176, 6.352, 6.352 max_d=6.352 avg_d=3.176 std_dev=3.176
C4 B 0, 0.000, 3.394, 6.788, 6.788 max_d=6.788 avg_d=3.394 std_dev=3.394
OP2 B 0, 0.000, 3.394, 6.788, 6.788 max_d=6.788 avg_d=3.394 std_dev=3.394
N4 B 0, 0.000, 4.273, 8.546, 8.546 max_d=8.546 avg_d=4.273 std_dev=4.273

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.21 0.00 0.63 0.06 0.44
C2 0.01 0.00 0.13 0.18 0.00 0.07 0.00 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.27 0.00 0.58 0.00 0.82 0.51 0.82
C2' 0.00 0.13 0.00 0.02 0.08 0.03 0.06 0.02 0.08 0.02 0.11 0.14 0.12 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.14 0.07 0.27 0.02 0.24
C3' 0.02 0.18 0.02 0.00 0.11 0.01 0.11 0.01 0.15 0.02 0.18 0.20 0.16 0.04 0.03 0.03 0.01 0.00 0.20 0.14 0.13 0.05 0.18
C4 0.00 0.00 0.08 0.11 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.16 0.00 0.59 0.00 0.90 0.47 0.85
C4' 0.03 0.07 0.03 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.07 0.01 0.08 0.07 0.05 0.03 0.00 0.05 0.02 0.01 0.02 0.07 0.25 0.19 0.07
C5 0.00 0.00 0.06 0.11 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.16 0.01 0.76 0.00 1.08 0.67 1.06
C5' 0.02 0.10 0.02 0.01 0.06 0.01 0.08 0.00 0.10 0.00 0.11 0.10 0.07 0.04 0.01 0.03 0.03 0.02 0.00 0.11 0.25 0.29 0.00
C6 0.00 0.01 0.08 0.15 0.00 0.07 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.22 0.00 0.80 0.00 1.10 0.76 1.11
C8 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.67 0.00 1.11 0.51 1.01
N1 0.00 0.00 0.11 0.18 0.00 0.08 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.27 0.00 0.72 0.00 0.97 0.67 0.99
N2 0.01 0.00 0.14 0.20 0.00 0.07 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.31 0.01 0.52 0.01 0.72 0.46 0.73
N3 0.01 0.00 0.12 0.16 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.22 0.01 0.49 0.00 0.75 0.39 0.71
N7 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.01 0.80 0.00 1.20 0.72 1.16
N9 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.50 0.00 0.89 0.33 0.77
O2' 0.03 0.06 0.01 0.03 0.02 0.05 0.01 0.03 0.02 0.03 0.05 0.08 0.05 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.12 0.02 0.04 0.21 0.02
O3' 0.01 0.27 0.01 0.01 0.16 0.02 0.16 0.03 0.22 0.01 0.27 0.31 0.22 0.07 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01 0.22 0.31 0.21 0.12
O4' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.11 0.01 0.67 0.05 0.36
O5' 0.21 0.58 0.14 0.20 0.59 0.02 0.76 0.00 0.80 0.67 0.72 0.52 0.49 0.80 0.50 0.12 0.01 0.11 0.00 0.88 0.02 0.02 0.00
O6 0.00 0.00 0.07 0.14 0.00 0.07 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.22 0.01 0.88 0.00 1.19 0.89 1.22
OP1 0.63 0.82 0.27 0.13 0.90 0.25 1.08 0.25 1.10 1.11 0.97 0.72 0.75 1.20 0.89 0.04 0.31 0.67 0.02 1.19 0.00 0.00 0.00
OP2 0.06 0.51 0.02 0.05 0.47 0.19 0.67 0.29 0.76 0.51 0.67 0.46 0.39 0.72 0.33 0.21 0.21 0.05 0.02 0.89 0.00 0.00 0.01
P 0.44 0.82 0.24 0.18 0.85 0.07 1.06 0.00 1.11 1.01 0.99 0.73 0.71 1.16 0.77 0.02 0.12 0.36 0.00 1.22 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.46 0.93 0.21 0.10 0.67 0.14 0.32 0.33 0.23 0.55 0.94 0.71 1.22 0.36 0.26 0.09 0.44 1.15 0.70 0.89
C2 0.47 1.38 0.09 0.11 1.35 0.12 0.93 0.21 0.68 0.86 1.57 1.52 1.62 0.10 0.26 0.11 0.48 1.17 0.77 0.97
C2' 0.54 1.11 0.31 0.00 0.95 0.07 0.61 0.23 0.47 0.72 1.18 1.03 1.34 0.43 0.18 0.17 0.28 0.95 0.48 0.71
C3' 0.48 0.92 0.31 0.04 0.77 0.01 0.49 0.12 0.39 0.61 0.96 0.82 1.10 0.48 0.12 0.18 0.09 0.61 0.17 0.42
C4 0.48 1.16 0.13 0.11 0.99 0.13 0.64 0.25 0.48 0.72 1.23 1.08 1.44 0.03 0.26 0.11 0.45 1.11 0.69 0.90
C4' 0.36 0.65 0.20 0.06 0.37 0.06 0.08 0.20 0.05 0.36 0.62 0.37 0.90 0.45 0.18 0.10 0.17 0.69 0.29 0.48
C5 0.44 1.11 0.05 0.12 0.96 0.12 0.65 0.18 0.49 0.70 1.17 1.04 1.38 0.17 0.24 0.10 0.41 0.96 0.59 0.79
C5' 0.24 0.35 0.14 0.03 0.03 0.01 0.19 0.11 0.16 0.14 0.27 0.00 0.59 0.43 0.09 0.08 0.00 0.34 0.03 0.19
C6 0.38 1.24 0.01 0.11 1.19 0.10 0.86 0.12 0.63 0.77 1.38 1.31 1.47 0.32 0.23 0.10 0.39 0.91 0.58 0.77
C8 0.42 0.76 0.15 0.11 0.51 0.13 0.24 0.26 0.18 0.46 0.73 0.52 1.01 0.18 0.25 0.09 0.37 0.91 0.51 0.71
N1 0.41 1.35 0.03 0.11 1.37 0.11 0.97 0.16 0.71 0.84 1.57 1.54 1.58 0.24 0.24 0.10 0.44 1.04 0.69 0.88
N2 0.47 1.44 0.10 0.10 1.48 0.12 1.03 0.22 0.74 0.90 1.70 1.69 1.66 0.08 0.26 0.11 0.50 1.24 0.83 1.02
N3 0.49 1.29 0.14 0.11 1.18 0.13 0.78 0.26 0.57 0.80 1.42 1.30 1.56 0.04 0.26 0.11 0.49 1.21 0.78 0.98
N7 0.41 0.83 0.05 0.12 0.63 0.12 0.39 0.18 0.30 0.53 0.82 0.66 1.05 0.15 0.22 0.10 0.34 0.81 0.46 0.66
N9 0.47 0.97 0.18 0.10 0.73 0.14 0.41 0.29 0.30 0.59 0.98 0.78 1.24 0.22 0.26 0.10 0.43 1.08 0.65 0.85
O2' 0.54 1.13 0.31 0.01 0.95 0.07 0.57 0.26 0.44 0.72 1.21 1.04 1.39 0.45 0.18 0.16 0.34 1.07 0.58 0.80
O3' 0.48 0.94 0.32 0.08 0.87 0.02 0.60 0.08 0.48 0.65 1.02 0.94 1.07 0.47 0.07 0.20 0.00 0.49 0.04 0.31
O4' 0.35 0.65 0.16 0.12 0.32 0.13 0.01 0.30 0.02 0.33 0.60 0.32 0.95 0.39 0.25 0.06 0.35 0.97 0.56 0.72
O5' 0.73 0.65 0.83 0.89 0.96 0.82 1.15 0.81 1.12 0.85 0.74 0.98 0.41 0.52 0.85 0.81 0.72 0.83 0.68 0.81
O6 0.28 1.15 0.08 0.10 1.19 0.07 0.89 0.04 0.66 0.72 1.33 1.32 1.29 0.45 0.20 0.08 0.31 0.73 0.46 0.63
OP1 1.15 1.15 1.09 1.42 1.53 1.47 1.75 1.64 1.68 1.34 1.27 1.58 0.87 0.63 1.41 1.36 1.42 1.56 1.36 1.50
OP2 1.04 1.28 1.01 0.95 1.68 0.82 1.80 0.76 1.67 1.36 1.45 1.75 1.01 0.56 0.63 0.95 0.56 0.32 0.39 0.45
P 1.24 1.28 1.25 1.40 1.63 1.33 1.80 1.33 1.75 1.45 1.40 1.67 1.01 0.82 1.32 1.32 1.16 1.11 1.05 1.16

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.07 0.00 0.01 0.07 0.12 0.02
C2 0.00 0.00 0.01 0.14 0.01 0.06 0.01 0.22 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.16 0.02 0.02 0.18 0.21 0.04 0.14
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.05 0.02 0.05 0.02 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.01 0.15 0.05 0.29 0.10
C3' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.31 0.00 0.38 0.00 0.36 0.19 0.21 0.33 0.02 0.00 0.00 0.02 0.23 0.11 0.31 0.18
C4 0.00 0.01 0.02 0.31 0.00 0.21 0.00 0.43 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.16 0.28 0.01 0.17 0.21 0.15 0.04
C4' 0.02 0.06 0.02 0.00 0.21 0.00 0.28 0.00 0.26 0.12 0.12 0.22 0.05 0.13 0.01 0.00 0.01 0.18 0.01 0.10
C5 0.00 0.01 0.05 0.38 0.00 0.28 0.00 0.49 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.10 0.40 0.01 0.07 0.13 0.35 0.08
C5' 0.04 0.22 0.02 0.00 0.43 0.00 0.49 0.00 0.42 0.25 0.32 0.47 0.09 0.12 0.01 0.01 0.00 0.12 0.05 0.01
C6 0.00 0.00 0.05 0.36 0.00 0.26 0.00 0.42 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.36 0.01 0.01 0.09 0.37 0.10
N1 0.00 0.00 0.02 0.19 0.00 0.12 0.00 0.25 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.08 0.12 0.01 0.07 0.13 0.15 0.03
N3 0.00 0.00 0.00 0.21 0.01 0.12 0.00 0.32 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.18 0.12 0.01 0.21 0.24 0.02 0.14
N4 0.01 0.01 0.02 0.33 0.00 0.22 0.00 0.47 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.18 0.32 0.01 0.19 0.23 0.15 0.04
O2 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.05 0.01 0.09 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.17 0.15 0.02 0.22 0.23 0.20 0.23
O2' 0.02 0.16 0.00 0.00 0.16 0.13 0.10 0.12 0.05 0.08 0.18 0.18 0.17 0.00 0.11 0.17 0.09 0.23 0.02 0.21
O3' 0.07 0.02 0.03 0.00 0.28 0.01 0.40 0.01 0.36 0.12 0.12 0.32 0.15 0.11 0.00 0.03 0.14 0.04 0.16 0.04
O4' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.17 0.03 0.00 0.04 0.14 0.03 0.08
O5' 0.01 0.18 0.15 0.23 0.17 0.01 0.07 0.00 0.01 0.07 0.21 0.19 0.22 0.09 0.14 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.07 0.21 0.05 0.11 0.21 0.18 0.13 0.12 0.09 0.13 0.24 0.23 0.23 0.23 0.04 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.12 0.04 0.29 0.31 0.15 0.01 0.35 0.05 0.37 0.15 0.02 0.15 0.20 0.02 0.16 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.14 0.10 0.18 0.04 0.10 0.08 0.01 0.10 0.03 0.14 0.04 0.23 0.21 0.04 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00