ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50276

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
O4' A 0, 0.000, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.000, 0.005, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.000, 0.007, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.000, 0.007, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N9 A 0, 0.000, 0.008, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.000, 0.009, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C4' A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.000, 0.009, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.000, 0.011, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C5' A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C8 A 0, 0.000, 0.012, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N7 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
O6 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
N2 A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C2' A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.018
O5' A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C3' A 0, 0.000, 0.019, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.019 std_dev=0.019
O3' B 0, 0.000, 0.023, 0.045, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.023 std_dev=0.023
P A 0, 0.000, 0.023, 0.046, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.023
N3 B 0, 0.000, 0.024, 0.047, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.024 std_dev=0.024
O3' A 0, 0.000, 0.024, 0.048, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.024 std_dev=0.024
OP2 A 0, 0.000, 0.024, 0.048, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.024 std_dev=0.024
C3' B 0, 0.000, 0.025, 0.050, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.025 std_dev=0.025
C4 B 0, 0.000, 0.027, 0.054, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.027 std_dev=0.027
C2' B 0, 0.000, 0.027, 0.054, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.027 std_dev=0.027
C4' B 0, 0.000, 0.029, 0.057, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.029 std_dev=0.029
C1' B 0, 0.000, 0.029, 0.058, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.029 std_dev=0.029
O4' B 0, 0.000, 0.029, 0.058, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.029 std_dev=0.029
C5' B 0, 0.000, 0.030, 0.059, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.030 std_dev=0.030
C2 B 0, 0.000, 0.030, 0.060, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.030 std_dev=0.030
OP1 A 0, 0.000, 0.032, 0.065, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.032 std_dev=0.032
C5 B 0, 0.000, 0.035, 0.069, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.035 std_dev=0.035
O2 B 0, 0.000, 0.037, 0.074, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.037 std_dev=0.037
N1 B 0, 0.000, 0.037, 0.074, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.037 std_dev=0.037
N4 B 0, 0.000, 0.041, 0.082, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.041 std_dev=0.041
O5' B 0, 0.000, 0.042, 0.084, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.042 std_dev=0.042
OP2 B 0, 0.000, 0.043, 0.087, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.043 std_dev=0.043
O2' B 0, 0.000, 0.044, 0.087, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.044 std_dev=0.044
C6 B 0, 0.000, 0.046, 0.093, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.046 std_dev=0.046
P B 0, 0.000, 0.052, 0.105, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.052 std_dev=0.052
O2' A 0, 0.000, 0.072, 0.143, 0.143 max_d=0.143 avg_d=0.072 std_dev=0.072
OP1 B 0, 0.000, 0.072, 0.144, 0.144 max_d=0.144 avg_d=0.072 std_dev=0.072

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01
C2 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
C4 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00
C5 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00
C5' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00
C8 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00
N1 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00
N2 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01
N3 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00
N7 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00
N9 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01
O2' 0.01 0.03 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.02 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01
O3' 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01
O5' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00
O6 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01
OP1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01
C2 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
C2' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01
C3' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00
C4 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
C4' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01
C5 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
C5' 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00
C8 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00
N1 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00
N2 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01
N3 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
N7 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
N9 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01
O2' 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01
O3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00
O4' 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01
O5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01
O6 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01
OP1 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01
OP2 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02
P 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
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