ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50277

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C6 A 0, 0.000, 0.003, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.000, 0.004, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N2 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.000, 0.009, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N9 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
O6 A 0, 0.000, 0.012, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C2' A 0, 0.000, 0.018, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.018 std_dev=0.018
N7 A 0, 0.000, 0.018, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.018 std_dev=0.018
O5' A 0, 0.000, 0.020, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.020 std_dev=0.020
OP1 A 0, 0.000, 0.020, 0.040, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.020
C8 A 0, 0.000, 0.022, 0.044, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.022
O4' A 0, 0.000, 0.022, 0.045, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.022 std_dev=0.022
C5' A 0, 0.000, 0.030, 0.060, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.030 std_dev=0.030
C4' A 0, 0.000, 0.031, 0.061, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.031 std_dev=0.031
O2' A 0, 0.000, 0.031, 0.062, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.031 std_dev=0.031
C3' A 0, 0.000, 0.036, 0.072, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.036 std_dev=0.036
P A 0, 0.000, 0.068, 0.137, 0.137 max_d=0.137 avg_d=0.068 std_dev=0.068
O3' A 0, 0.000, 0.070, 0.141, 0.141 max_d=0.141 avg_d=0.070 std_dev=0.070
O2' B 0, 0.000, 0.102, 0.203, 0.203 max_d=0.203 avg_d=0.102 std_dev=0.102
C2' B 0, 0.000, 0.158, 0.315, 0.315 max_d=0.315 avg_d=0.158 std_dev=0.158
O3' B 0, 0.000, 0.161, 0.323, 0.323 max_d=0.323 avg_d=0.161 std_dev=0.161
OP2 A 0, 0.000, 0.162, 0.325, 0.325 max_d=0.325 avg_d=0.162 std_dev=0.162
C3' B 0, 0.000, 0.199, 0.399, 0.399 max_d=0.399 avg_d=0.199 std_dev=0.199
C1' B 0, 0.000, 0.205, 0.411, 0.411 max_d=0.411 avg_d=0.205 std_dev=0.205
C4' B 0, 0.000, 0.242, 0.483, 0.483 max_d=0.483 avg_d=0.242 std_dev=0.242
O4' B 0, 0.000, 0.250, 0.499, 0.499 max_d=0.499 avg_d=0.250 std_dev=0.250
N1 B 0, 0.000, 0.258, 0.517, 0.517 max_d=0.517 avg_d=0.258 std_dev=0.258
O2 B 0, 0.000, 0.271, 0.542, 0.542 max_d=0.542 avg_d=0.271 std_dev=0.271
C6 B 0, 0.000, 0.283, 0.566, 0.566 max_d=0.566 avg_d=0.283 std_dev=0.283
C2 B 0, 0.000, 0.299, 0.599, 0.599 max_d=0.599 avg_d=0.299 std_dev=0.299
C5 B 0, 0.000, 0.363, 0.727, 0.727 max_d=0.727 avg_d=0.363 std_dev=0.363
C5' B 0, 0.000, 0.373, 0.746, 0.746 max_d=0.746 avg_d=0.373 std_dev=0.373
OP2 B 0, 0.000, 0.378, 0.756, 0.756 max_d=0.756 avg_d=0.378 std_dev=0.378
N3 B 0, 0.000, 0.379, 0.759, 0.759 max_d=0.759 avg_d=0.379 std_dev=0.379
OP1 B 0, 0.000, 0.384, 0.767, 0.767 max_d=0.767 avg_d=0.384 std_dev=0.384
P B 0, 0.000, 0.403, 0.805, 0.805 max_d=0.805 avg_d=0.403 std_dev=0.403
C4 B 0, 0.000, 0.418, 0.836, 0.836 max_d=0.836 avg_d=0.418 std_dev=0.418
N4 B 0, 0.000, 0.520, 1.039, 1.039 max_d=1.039 avg_d=0.520 std_dev=0.520
O5' B 0, 0.000, 0.575, 1.149, 1.149 max_d=1.149 avg_d=0.575 std_dev=0.575

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02
C2 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00
C4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00
C5' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00
C8 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.00
N1 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00
N2 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00
N3 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00
N7 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00
N9 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01
O2' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02
O3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.03
O5' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
O6 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00
OP1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.04 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.02 0.02 0.04 0.03 0.01 0.02 0.05 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.02 0.04 0.00 0.05 0.08 0.08 0.08 0.15 0.06 0.04 0.06 0.10 0.01 0.06 0.05 0.05 0.31 0.03 0.08 0.10
C2 0.00 0.03 0.03 0.01 0.08 0.05 0.08 0.11 0.05 0.03 0.05 0.10 0.00 0.07 0.01 0.03 0.27 0.01 0.00 0.07
C2' 0.00 0.02 0.00 0.04 0.06 0.06 0.07 0.13 0.05 0.02 0.04 0.09 0.01 0.06 0.04 0.03 0.29 0.02 0.07 0.08
C3' 0.02 0.01 0.01 0.03 0.03 0.04 0.03 0.10 0.02 0.00 0.01 0.04 0.03 0.06 0.04 0.01 0.25 0.00 0.07 0.05
C4 0.00 0.02 0.03 0.01 0.06 0.05 0.06 0.12 0.04 0.02 0.04 0.08 0.00 0.07 0.01 0.03 0.26 0.01 0.02 0.06
C4' 0.00 0.00 0.00 0.06 0.03 0.06 0.04 0.12 0.03 0.01 0.02 0.05 0.02 0.06 0.07 0.03 0.26 0.00 0.09 0.06
C5 0.02 0.00 0.05 0.02 0.04 0.03 0.04 0.08 0.02 0.00 0.02 0.05 0.02 0.07 0.02 0.02 0.21 0.05 0.02 0.02
C5' 0.02 0.03 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.08 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.06 0.05 0.01 0.20 0.03 0.08 0.01
C6 0.02 0.00 0.05 0.03 0.03 0.02 0.04 0.07 0.02 0.00 0.02 0.05 0.02 0.07 0.02 0.01 0.19 0.05 0.05 0.01
C8 0.02 0.00 0.05 0.01 0.03 0.04 0.04 0.10 0.02 0.00 0.01 0.04 0.02 0.07 0.01 0.02 0.23 0.04 0.02 0.03
N1 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.03 0.06 0.09 0.04 0.01 0.03 0.08 0.01 0.07 0.01 0.02 0.23 0.03 0.03 0.04
N2 0.01 0.04 0.02 0.02 0.09 0.05 0.09 0.13 0.07 0.04 0.07 0.12 0.01 0.07 0.01 0.04 0.28 0.03 0.01 0.09
N3 0.01 0.03 0.02 0.02 0.08 0.05 0.08 0.13 0.06 0.03 0.05 0.10 0.01 0.07 0.02 0.04 0.29 0.02 0.03 0.08
N7 0.03 0.01 0.06 0.04 0.02 0.02 0.02 0.07 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.07 0.03 0.01 0.18 0.07 0.03 0.01
N9 0.00 0.02 0.03 0.02 0.06 0.05 0.06 0.13 0.04 0.02 0.04 0.08 0.00 0.07 0.02 0.04 0.28 0.00 0.04 0.07
O2' 0.03 0.05 0.02 0.07 0.09 0.08 0.09 0.15 0.07 0.05 0.07 0.12 0.02 0.05 0.07 0.06 0.32 0.05 0.09 0.11
O3' 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.09 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.06 0.04 0.00 0.23 0.01 0.07 0.04
O4' 0.02 0.03 0.00 0.06 0.06 0.09 0.06 0.15 0.05 0.03 0.04 0.07 0.01 0.06 0.07 0.06 0.30 0.01 0.09 0.08
O5' 0.03 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.03 0.03 0.01 0.05 0.04 0.02 0.01 0.15 0.05 0.06 0.02
O6 0.03 0.01 0.06 0.04 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.07 0.03 0.00 0.15 0.08 0.09 0.02
OP1 0.07 0.09 0.04 0.02 0.08 0.03 0.07 0.01 0.06 0.08 0.09 0.08 0.09 0.01 0.01 0.05 0.04 0.08 0.06 0.06
OP2 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.11 0.02 0.09 0.00
P 0.03 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02 0.05 0.02 0.00 0.01 0.11 0.06 0.07 0.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.01
C2 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.17 0.03
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.06 0.07 0.07 0.05
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.09 0.07 0.05 0.05
C4 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.03 0.10 0.17 0.06
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.11 0.03
C5 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.09 0.17 0.07
C5' 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.03 0.00 0.00 0.01 0.11 0.00
C6 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.05 0.17 0.04
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.16 0.02
N3 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.08 0.17 0.05
N4 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.12 0.17 0.08
O2 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.17 0.02
O2' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.07 0.08 0.04
O3' 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.14 0.06 0.04 0.04
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.06 0.01 0.15 0.01
O5' 0.01 0.02 0.06 0.09 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.02 0.07 0.14 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.01 0.05 0.07 0.07 0.10 0.03 0.09 0.01 0.05 0.03 0.08 0.12 0.04 0.07 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.14 0.17 0.07 0.05 0.17 0.11 0.17 0.11 0.17 0.16 0.17 0.17 0.17 0.08 0.04 0.15 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.03 0.05 0.05 0.06 0.03 0.07 0.00 0.04 0.02 0.05 0.08 0.02 0.04 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00