ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50278

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
O6 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.000, 0.008, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.000, 0.015, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.015
N7 A 0, 0.000, 0.015, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.015
N1 A 0, 0.000, 0.016, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.016
C8 A 0, 0.000, 0.017, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.017 std_dev=0.017
N3 A 0, 0.000, 0.018, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C2 A 0, 0.000, 0.024, 0.048, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.024 std_dev=0.024
C1' A 0, 0.000, 0.031, 0.061, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.031 std_dev=0.031
N2 A 0, 0.000, 0.051, 0.102, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.051 std_dev=0.051
O4' A 0, 0.000, 0.145, 0.290, 0.290 max_d=0.290 avg_d=0.145 std_dev=0.145
C4 B 0, 0.000, 0.181, 0.361, 0.361 max_d=0.361 avg_d=0.181 std_dev=0.181
N1 B 0, 0.000, 0.209, 0.419, 0.419 max_d=0.419 avg_d=0.209 std_dev=0.209
C2' A 0, 0.000, 0.210, 0.420, 0.420 max_d=0.420 avg_d=0.210 std_dev=0.210
C3' B 0, 0.000, 0.213, 0.426, 0.426 max_d=0.426 avg_d=0.213 std_dev=0.213
O3' B 0, 0.000, 0.229, 0.457, 0.457 max_d=0.457 avg_d=0.229 std_dev=0.229
O5' A 0, 0.000, 0.255, 0.510, 0.510 max_d=0.510 avg_d=0.255 std_dev=0.255
C4' A 0, 0.000, 0.259, 0.518, 0.518 max_d=0.518 avg_d=0.259 std_dev=0.259
P A 0, 0.000, 0.297, 0.594, 0.594 max_d=0.594 avg_d=0.297 std_dev=0.297
C3' A 0, 0.000, 0.314, 0.628, 0.628 max_d=0.628 avg_d=0.314 std_dev=0.314
OP2 A 0, 0.000, 0.315, 0.630, 0.630 max_d=0.630 avg_d=0.315 std_dev=0.315
N4 B 0, 0.000, 0.319, 0.638, 0.638 max_d=0.638 avg_d=0.319 std_dev=0.319
O2' A 0, 0.000, 0.350, 0.701, 0.701 max_d=0.701 avg_d=0.350 std_dev=0.350
C1' B 0, 0.000, 0.368, 0.736, 0.736 max_d=0.736 avg_d=0.368 std_dev=0.368
C5' A 0, 0.000, 0.374, 0.749, 0.749 max_d=0.749 avg_d=0.374 std_dev=0.374
C2' B 0, 0.000, 0.389, 0.777, 0.777 max_d=0.777 avg_d=0.389 std_dev=0.389
OP1 A 0, 0.000, 0.397, 0.793, 0.793 max_d=0.793 avg_d=0.397 std_dev=0.397
C4' B 0, 0.000, 0.424, 0.849, 0.849 max_d=0.849 avg_d=0.424 std_dev=0.424
O5' B 0, 0.000, 0.441, 0.882, 0.882 max_d=0.882 avg_d=0.441 std_dev=0.441
OP2 B 0, 0.000, 0.455, 0.909, 0.909 max_d=0.909 avg_d=0.455 std_dev=0.455
O4' B 0, 0.000, 0.456, 0.911, 0.911 max_d=0.911 avg_d=0.456 std_dev=0.456
O3' A 0, 0.000, 0.477, 0.955, 0.955 max_d=0.955 avg_d=0.477 std_dev=0.477
P B 0, 0.000, 0.496, 0.991, 0.991 max_d=0.991 avg_d=0.496 std_dev=0.496
C5' B 0, 0.000, 0.636, 1.272, 1.272 max_d=1.272 avg_d=0.636 std_dev=0.636
C2 B 0, 0.000, 0.739, 1.477, 1.477 max_d=1.477 avg_d=0.739 std_dev=0.739
O2' B 0, 0.000, 0.774, 1.549, 1.549 max_d=1.549 avg_d=0.774 std_dev=0.774
C5 B 0, 0.000, 0.779, 1.559, 1.559 max_d=1.559 avg_d=0.779 std_dev=0.779
OP1 B 0, 0.000, 0.796, 1.593, 1.593 max_d=1.593 avg_d=0.796 std_dev=0.796
N3 B 0, 0.000, 0.863, 1.725, 1.725 max_d=1.725 avg_d=0.863 std_dev=0.863
C6 B 0, 0.000, 0.899, 1.798, 1.798 max_d=1.798 avg_d=0.899 std_dev=0.899
O2 B 0, 0.000, 1.400, 2.799, 2.799 max_d=2.799 avg_d=1.400 std_dev=1.400

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.05 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.06 0.02 0.13 0.06 0.10
C2 0.04 0.00 0.13 0.10 0.00 0.07 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.17 0.12 0.04 0.06 0.00 0.08 0.02 0.05
C2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.06 0.01 0.03 0.01 0.06 0.04 0.10 0.16 0.12 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.03 0.02 0.02
C3' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.11 0.06 0.15 0.09 0.09 0.04 0.01 0.01 0.00 0.07 0.02 0.05 0.08 0.06
C4 0.02 0.00 0.06 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.09 0.02 0.02 0.03 0.01 0.07 0.01 0.05
C4' 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.08 0.04 0.11 0.07 0.07 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.02 0.03
C5 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.00
C5' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.09 0.01 0.09 0.05 0.09 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.05 0.02 0.03 0.00
C6 0.02 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.10 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.08 0.02
C8 0.01 0.00 0.04 0.11 0.00 0.08 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.01
N1 0.03 0.00 0.10 0.06 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.14 0.07 0.02 0.02 0.00 0.03 0.06 0.01
N2 0.05 0.00 0.16 0.15 0.01 0.11 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.21 0.19 0.05 0.08 0.01 0.10 0.00 0.07
N3 0.03 0.01 0.12 0.09 0.00 0.07 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.16 0.11 0.03 0.07 0.00 0.10 0.01 0.07
N7 0.00 0.00 0.02 0.09 0.00 0.07 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.11 0.01 0.05 0.00 0.02 0.08 0.03
N9 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.01 0.08 0.02 0.06
O2' 0.02 0.17 0.00 0.01 0.09 0.02 0.07 0.02 0.10 0.00 0.14 0.21 0.16 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.09 0.04 0.02 0.02
O3' 0.01 0.12 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.00 0.12 0.07 0.19 0.11 0.11 0.04 0.02 0.00 0.00 0.12 0.03 0.12 0.15 0.12
O4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.05 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.10 0.01 0.17 0.12 0.15
O5' 0.06 0.06 0.01 0.07 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.08 0.07 0.05 0.03 0.02 0.12 0.10 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00
O6 0.02 0.00 0.05 0.02 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.09 0.03 0.01 0.03 0.00 0.04 0.12 0.05
OP1 0.13 0.08 0.03 0.05 0.07 0.05 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.10 0.10 0.02 0.08 0.04 0.12 0.17 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00
OP2 0.06 0.02 0.02 0.08 0.01 0.02 0.06 0.03 0.08 0.02 0.06 0.00 0.01 0.08 0.02 0.02 0.15 0.12 0.02 0.12 0.00 0.00 0.00
P 0.10 0.05 0.02 0.06 0.05 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.07 0.07 0.03 0.06 0.02 0.12 0.15 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.16 0.08 0.20 0.12 0.05 0.04 0.21 0.10 0.25 0.10 0.08 0.04 0.22 0.28 0.13 0.08 0.21 0.33 0.05 0.20
C2 0.10 0.03 0.22 0.10 0.08 0.08 0.11 0.25 0.11 0.08 0.04 0.08 0.01 0.27 0.10 0.04 0.08 0.14 0.11 0.11
C2' 0.07 0.13 0.11 0.06 0.00 0.02 0.14 0.12 0.16 0.03 0.12 0.00 0.26 0.14 0.05 0.01 0.13 0.33 0.05 0.18
C3' 0.05 0.22 0.04 0.05 0.12 0.08 0.00 0.15 0.02 0.09 0.21 0.12 0.33 0.05 0.05 0.07 0.03 0.30 0.04 0.11
C4 0.11 0.02 0.21 0.11 0.08 0.05 0.13 0.21 0.14 0.09 0.03 0.08 0.03 0.25 0.10 0.00 0.14 0.24 0.10 0.16
C4' 0.00 0.25 0.02 0.02 0.12 0.01 0.05 0.08 0.09 0.06 0.25 0.13 0.40 0.01 0.01 0.00 0.11 0.32 0.07 0.13
C5 0.07 0.07 0.19 0.08 0.08 0.10 0.06 0.26 0.05 0.06 0.09 0.10 0.07 0.19 0.06 0.06 0.09 0.20 0.12 0.14
C5' 0.09 0.31 0.16 0.10 0.20 0.03 0.06 0.05 0.02 0.15 0.31 0.22 0.44 0.17 0.10 0.04 0.06 0.31 0.14 0.10
C6 0.05 0.10 0.18 0.07 0.08 0.14 0.02 0.30 0.01 0.05 0.12 0.11 0.13 0.18 0.05 0.10 0.02 0.10 0.14 0.09
C8 0.11 0.04 0.19 0.11 0.08 0.03 0.12 0.16 0.13 0.09 0.04 0.09 0.01 0.20 0.08 0.02 0.19 0.33 0.09 0.21
N1 0.06 0.07 0.20 0.08 0.08 0.12 0.05 0.29 0.03 0.06 0.09 0.10 0.08 0.22 0.07 0.09 0.03 0.09 0.12 0.08
N2 0.11 0.02 0.23 0.11 0.07 0.07 0.12 0.24 0.12 0.08 0.03 0.08 0.03 0.29 0.11 0.03 0.07 0.12 0.10 0.09
N3 0.13 0.01 0.23 0.12 0.08 0.04 0.15 0.21 0.16 0.09 0.01 0.08 0.06 0.28 0.12 0.00 0.13 0.21 0.10 0.15
N7 0.06 0.09 0.17 0.08 0.09 0.10 0.05 0.25 0.03 0.06 0.10 0.10 0.10 0.15 0.04 0.05 0.12 0.27 0.12 0.18
N9 0.14 0.01 0.21 0.12 0.07 0.00 0.16 0.15 0.18 0.10 0.00 0.07 0.09 0.25 0.11 0.04 0.19 0.31 0.08 0.19
O2' 0.11 0.15 0.14 0.08 0.04 0.01 0.23 0.10 0.26 0.07 0.14 0.03 0.33 0.19 0.07 0.05 0.17 0.35 0.08 0.20
O3' 0.11 0.28 0.11 0.09 0.16 0.12 0.04 0.17 0.02 0.14 0.27 0.16 0.39 0.13 0.09 0.12 0.03 0.27 0.07 0.07
O4' 0.13 0.16 0.14 0.09 0.02 0.07 0.16 0.05 0.22 0.06 0.16 0.04 0.31 0.23 0.12 0.10 0.22 0.35 0.01 0.20
O5' 0.04 0.14 0.09 0.02 0.09 0.01 0.04 0.01 0.03 0.08 0.14 0.10 0.19 0.16 0.03 0.00 0.08 0.36 0.05 0.15
O6 0.01 0.15 0.15 0.05 0.09 0.18 0.05 0.33 0.08 0.03 0.17 0.12 0.21 0.14 0.02 0.15 0.03 0.01 0.16 0.05
OP1 0.05 0.17 0.16 0.03 0.10 0.08 0.03 0.09 0.01 0.08 0.16 0.11 0.24 0.30 0.01 0.04 0.06 0.29 0.13 0.09
OP2 0.06 0.08 0.09 0.02 0.03 0.03 0.14 0.11 0.17 0.05 0.07 0.02 0.19 0.22 0.01 0.01 0.01 0.31 0.07 0.11
P 0.05 0.09 0.10 0.01 0.07 0.04 0.06 0.05 0.06 0.07 0.08 0.07 0.10 0.20 0.00 0.01 0.07 0.31 0.10 0.12

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.13 0.10 0.22 0.01
C2 0.00 0.00 0.25 0.09 0.01 0.17 0.01 0.31 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.30 0.15 0.29 0.51 0.39 0.11 0.37
C2' 0.00 0.25 0.00 0.01 0.03 0.01 0.14 0.01 0.20 0.03 0.19 0.04 0.42 0.00 0.02 0.00 0.25 0.26 0.07 0.14
C3' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.07 0.00 0.04 0.01 0.03 0.06 0.09 0.07 0.11 0.01 0.01 0.01 0.24 0.28 0.10 0.14
C4 0.01 0.01 0.03 0.07 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.01 0.23 0.03 0.15 0.02
C4' 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.00 0.18 0.00 0.23 0.02 0.13 0.01 0.34 0.05 0.01 0.00 0.01 0.10 0.25 0.03
C5 0.01 0.01 0.14 0.04 0.00 0.18 0.00 0.27 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.25 0.00 0.22 0.10 0.33 0.53 0.38
C5' 0.02 0.31 0.01 0.01 0.02 0.00 0.27 0.00 0.33 0.01 0.26 0.03 0.56 0.04 0.03 0.02 0.00 0.08 0.25 0.01
C6 0.01 0.00 0.20 0.03 0.01 0.23 0.00 0.33 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.31 0.03 0.30 0.18 0.35 0.60 0.44
N1 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.00 0.18 0.06 0.22 0.01
N3 0.01 0.00 0.19 0.09 0.00 0.13 0.00 0.26 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.23 0.14 0.21 0.49 0.34 0.11 0.34
N4 0.01 0.00 0.04 0.07 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.01 0.25 0.03 0.10 0.04
O2 0.01 0.01 0.42 0.11 0.01 0.34 0.01 0.56 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.60 0.23 0.52 0.73 0.67 0.32 0.64
O2' 0.00 0.30 0.00 0.01 0.01 0.05 0.25 0.04 0.31 0.01 0.23 0.01 0.60 0.00 0.03 0.03 0.14 0.21 0.10 0.07
O3' 0.00 0.15 0.02 0.01 0.08 0.01 0.00 0.03 0.03 0.05 0.14 0.08 0.23 0.03 0.00 0.01 0.17 0.31 0.09 0.13
O4' 0.00 0.29 0.00 0.01 0.01 0.00 0.22 0.02 0.30 0.00 0.21 0.01 0.52 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.32 0.11
O5' 0.13 0.51 0.25 0.24 0.23 0.01 0.10 0.00 0.18 0.18 0.49 0.25 0.73 0.14 0.17 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.10 0.39 0.26 0.28 0.03 0.10 0.33 0.08 0.35 0.06 0.34 0.03 0.67 0.21 0.31 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.22 0.11 0.07 0.10 0.15 0.25 0.53 0.25 0.60 0.22 0.11 0.10 0.32 0.10 0.09 0.32 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.37 0.14 0.14 0.02 0.03 0.38 0.01 0.44 0.01 0.34 0.04 0.64 0.07 0.13 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00