ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50280

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.026, 0.052, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.026 std_dev=0.026
C1' A 0, 0.000, 0.029, 0.058, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.029 std_dev=0.029
N1 A 0, 0.000, 0.032, 0.064, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.032 std_dev=0.032
C4 A 0, 0.000, 0.035, 0.070, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.035 std_dev=0.035
N3 A 0, 0.000, 0.040, 0.079, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.040 std_dev=0.040
C5 A 0, 0.000, 0.041, 0.083, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.041 std_dev=0.041
C6 A 0, 0.000, 0.043, 0.085, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.043 std_dev=0.043
N7 A 0, 0.000, 0.060, 0.119, 0.119 max_d=0.119 avg_d=0.060 std_dev=0.060
O6 A 0, 0.000, 0.060, 0.120, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.060 std_dev=0.060
C8 A 0, 0.000, 0.062, 0.125, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.062 std_dev=0.062
N2 A 0, 0.000, 0.066, 0.132, 0.132 max_d=0.132 avg_d=0.066 std_dev=0.066
C2' B 0, 0.000, 0.086, 0.173, 0.173 max_d=0.173 avg_d=0.086 std_dev=0.086
N9 A 0, 0.000, 0.113, 0.225, 0.225 max_d=0.225 avg_d=0.113 std_dev=0.113
C1' B 0, 0.000, 0.120, 0.240, 0.240 max_d=0.240 avg_d=0.120 std_dev=0.120
O4' B 0, 0.000, 0.140, 0.279, 0.279 max_d=0.279 avg_d=0.140 std_dev=0.140
C2' A 0, 0.000, 0.140, 0.281, 0.281 max_d=0.281 avg_d=0.140 std_dev=0.140
C4' B 0, 0.000, 0.148, 0.297, 0.297 max_d=0.297 avg_d=0.148 std_dev=0.148
O2' B 0, 0.000, 0.164, 0.328, 0.328 max_d=0.328 avg_d=0.164 std_dev=0.164
C3' B 0, 0.000, 0.179, 0.358, 0.358 max_d=0.358 avg_d=0.179 std_dev=0.179
N1 B 0, 0.000, 0.184, 0.367, 0.367 max_d=0.367 avg_d=0.184 std_dev=0.184
O4' A 0, 0.000, 0.224, 0.448, 0.448 max_d=0.448 avg_d=0.224 std_dev=0.224
C6 B 0, 0.000, 0.237, 0.473, 0.473 max_d=0.473 avg_d=0.237 std_dev=0.237
O3' B 0, 0.000, 0.262, 0.524, 0.524 max_d=0.524 avg_d=0.262 std_dev=0.262
C5' B 0, 0.000, 0.263, 0.526, 0.526 max_d=0.526 avg_d=0.263 std_dev=0.263
C2 B 0, 0.000, 0.287, 0.575, 0.575 max_d=0.575 avg_d=0.287 std_dev=0.287
C5 B 0, 0.000, 0.333, 0.665, 0.665 max_d=0.665 avg_d=0.333 std_dev=0.333
C3' A 0, 0.000, 0.349, 0.697, 0.697 max_d=0.697 avg_d=0.349 std_dev=0.349
O2 B 0, 0.000, 0.350, 0.699, 0.699 max_d=0.699 avg_d=0.350 std_dev=0.350
O5' B 0, 0.000, 0.365, 0.729, 0.729 max_d=0.729 avg_d=0.365 std_dev=0.365
C4 B 0, 0.000, 0.386, 0.773, 0.773 max_d=0.773 avg_d=0.386 std_dev=0.386
N3 B 0, 0.000, 0.389, 0.778, 0.778 max_d=0.778 avg_d=0.389 std_dev=0.389
OP2 B 0, 0.000, 0.474, 0.947, 0.947 max_d=0.947 avg_d=0.474 std_dev=0.474
P B 0, 0.000, 0.490, 0.980, 0.980 max_d=0.980 avg_d=0.490 std_dev=0.490
O5' A 0, 0.000, 0.502, 1.004, 1.004 max_d=1.004 avg_d=0.502 std_dev=0.502
N4 B 0, 0.000, 0.510, 1.021, 1.021 max_d=1.021 avg_d=0.510 std_dev=0.510
P A 0, 0.000, 0.537, 1.074, 1.074 max_d=1.074 avg_d=0.537 std_dev=0.537
OP2 A 0, 0.000, 0.547, 1.094, 1.094 max_d=1.094 avg_d=0.547 std_dev=0.547
OP1 B 0, 0.000, 0.553, 1.107, 1.107 max_d=1.107 avg_d=0.553 std_dev=0.553
O2' A 0, 0.000, 0.560, 1.120, 1.120 max_d=1.120 avg_d=0.560 std_dev=0.560
C4' A 0, 0.000, 0.592, 1.184, 1.184 max_d=1.184 avg_d=0.592 std_dev=0.592
OP1 A 0, 0.000, 0.766, 1.531, 1.531 max_d=1.531 avg_d=0.766 std_dev=0.766
O3' A 0, 0.000, 0.779, 1.557, 1.557 max_d=1.557 avg_d=0.779 std_dev=0.779
C5' A 0, 0.000, 1.008, 2.017, 2.017 max_d=2.017 avg_d=1.008 std_dev=1.008

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.12 0.04 0.04 0.01 0.03 0.02 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.27 0.05 0.21 0.18 0.19
C2 0.01 0.00 0.08 0.12 0.00 0.37 0.02 0.71 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.30 0.07 0.16 0.05 0.03 0.05 0.03 0.05
C2' 0.00 0.08 0.00 0.01 0.08 0.01 0.10 0.11 0.12 0.06 0.10 0.06 0.07 0.09 0.03 0.01 0.02 0.01 0.33 0.13 0.33 0.33 0.31
C3' 0.02 0.12 0.01 0.00 0.04 0.02 0.01 0.03 0.01 0.07 0.07 0.17 0.11 0.06 0.00 0.02 0.01 0.04 0.12 0.01 0.15 0.09 0.09
C4 0.01 0.00 0.08 0.04 0.00 0.21 0.02 0.49 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.25 0.02 0.10 0.14 0.03 0.09 0.09 0.09
C4' 0.01 0.37 0.01 0.02 0.21 0.00 0.17 0.01 0.23 0.01 0.32 0.43 0.33 0.07 0.07 0.00 0.04 0.01 0.03 0.21 0.00 0.16 0.10
C5 0.03 0.02 0.10 0.01 0.02 0.17 0.00 0.48 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.29 0.08 0.07 0.13 0.02 0.06 0.04 0.05
C5' 0.12 0.71 0.11 0.03 0.49 0.01 0.48 0.00 0.57 0.24 0.67 0.75 0.64 0.35 0.28 0.10 0.03 0.03 0.01 0.56 0.19 0.29 0.04
C6 0.04 0.02 0.12 0.01 0.03 0.23 0.01 0.57 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.35 0.08 0.09 0.06 0.01 0.02 0.03 0.02
C8 0.04 0.00 0.06 0.07 0.00 0.01 0.01 0.24 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.14 0.01 0.24 0.03 0.16 0.12 0.14
N1 0.01 0.01 0.10 0.07 0.01 0.32 0.01 0.67 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.35 0.00 0.14 0.03 0.02 0.08 0.08 0.07
N2 0.03 0.00 0.06 0.17 0.00 0.43 0.02 0.75 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.28 0.14 0.18 0.17 0.04 0.14 0.11 0.13
N3 0.02 0.00 0.07 0.11 0.00 0.33 0.02 0.64 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.25 0.08 0.14 0.06 0.04 0.06 0.09 0.06
N7 0.05 0.02 0.09 0.06 0.02 0.07 0.01 0.35 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.24 0.15 0.02 0.20 0.03 0.10 0.07 0.09
N9 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.07 0.02 0.28 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.11 0.04 0.01 0.24 0.04 0.18 0.15 0.17
O2' 0.01 0.30 0.01 0.02 0.25 0.00 0.29 0.10 0.35 0.15 0.35 0.28 0.25 0.24 0.11 0.00 0.05 0.00 0.35 0.37 0.38 0.45 0.37
O3' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.02 0.04 0.08 0.03 0.08 0.14 0.00 0.14 0.08 0.15 0.04 0.05 0.00 0.12 0.00 0.11 0.01 0.02 0.05
O4' 0.01 0.16 0.01 0.04 0.10 0.01 0.07 0.03 0.09 0.01 0.14 0.18 0.14 0.02 0.01 0.00 0.12 0.00 0.19 0.08 0.12 0.04 0.08
O5' 0.27 0.05 0.33 0.12 0.14 0.03 0.13 0.01 0.06 0.24 0.03 0.17 0.06 0.20 0.24 0.35 0.00 0.19 0.00 0.06 0.03 0.02 0.02
O6 0.05 0.03 0.13 0.01 0.03 0.21 0.02 0.56 0.01 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03 0.04 0.37 0.11 0.08 0.06 0.00 0.04 0.06 0.04
OP1 0.21 0.05 0.33 0.15 0.09 0.00 0.06 0.19 0.02 0.16 0.08 0.14 0.06 0.10 0.18 0.38 0.01 0.12 0.03 0.04 0.00 0.00 0.01
OP2 0.18 0.03 0.33 0.09 0.09 0.16 0.04 0.29 0.03 0.12 0.08 0.11 0.09 0.07 0.15 0.45 0.02 0.04 0.02 0.06 0.00 0.00 0.00
P 0.19 0.05 0.31 0.09 0.09 0.10 0.05 0.04 0.02 0.14 0.07 0.13 0.06 0.09 0.17 0.37 0.05 0.08 0.02 0.04 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.04 0.10 0.04 0.09 0.09 0.05 0.05 0.07 0.03 0.05 0.11 0.10 0.12 0.04 0.15 0.04 0.07 0.08 0.07 0.07
C2 0.01 0.08 0.07 0.12 0.04 0.09 0.02 0.10 0.04 0.01 0.09 0.05 0.13 0.07 0.18 0.00 0.09 0.08 0.10 0.10
C2' 0.02 0.06 0.07 0.12 0.06 0.06 0.03 0.08 0.02 0.03 0.08 0.08 0.07 0.06 0.19 0.03 0.10 0.12 0.10 0.10
C3' 0.09 0.15 0.06 0.02 0.16 0.03 0.13 0.00 0.10 0.11 0.18 0.19 0.17 0.06 0.01 0.08 0.01 0.01 0.02 0.00
C4 0.00 0.08 0.06 0.12 0.05 0.09 0.01 0.11 0.02 0.02 0.09 0.05 0.12 0.06 0.18 0.00 0.10 0.10 0.11 0.11
C4' 0.20 0.36 0.18 0.09 0.34 0.05 0.26 0.02 0.21 0.25 0.39 0.38 0.41 0.14 0.04 0.14 0.06 0.02 0.08 0.04
C5 0.01 0.06 0.05 0.11 0.02 0.09 0.03 0.12 0.04 0.01 0.07 0.02 0.11 0.04 0.16 0.01 0.12 0.10 0.13 0.13
C5' 0.15 0.43 0.09 0.05 0.41 0.11 0.26 0.18 0.17 0.25 0.50 0.47 0.52 0.05 0.15 0.04 0.10 0.19 0.07 0.13
C6 0.00 0.07 0.04 0.09 0.01 0.08 0.05 0.11 0.05 0.01 0.07 0.01 0.12 0.03 0.13 0.01 0.10 0.07 0.12 0.11
C8 0.01 0.06 0.05 0.12 0.03 0.09 0.00 0.12 0.01 0.02 0.07 0.04 0.09 0.02 0.18 0.00 0.12 0.12 0.12 0.13
N1 0.01 0.07 0.05 0.10 0.02 0.08 0.04 0.10 0.05 0.01 0.08 0.03 0.13 0.05 0.15 0.01 0.09 0.06 0.11 0.10
N2 0.01 0.09 0.07 0.12 0.05 0.08 0.02 0.10 0.03 0.02 0.10 0.06 0.14 0.09 0.18 0.00 0.08 0.07 0.09 0.09
N3 0.01 0.09 0.07 0.12 0.06 0.08 0.00 0.10 0.01 0.03 0.11 0.07 0.14 0.07 0.19 0.01 0.09 0.09 0.10 0.10
N7 0.01 0.05 0.05 0.11 0.00 0.10 0.04 0.13 0.04 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.16 0.02 0.13 0.12 0.14 0.14
N9 0.04 0.11 0.04 0.12 0.09 0.07 0.04 0.09 0.03 0.06 0.12 0.10 0.14 0.04 0.20 0.04 0.09 0.10 0.09 0.10
O2' 0.07 0.10 0.17 0.19 0.09 0.07 0.07 0.08 0.07 0.09 0.10 0.08 0.12 0.13 0.24 0.01 0.14 0.14 0.15 0.13
O3' 0.04 0.01 0.07 0.10 0.05 0.08 0.06 0.09 0.05 0.03 0.03 0.06 0.02 0.07 0.14 0.06 0.07 0.10 0.07 0.07
O4' 0.11 0.22 0.05 0.01 0.20 0.01 0.13 0.03 0.10 0.14 0.24 0.22 0.27 0.02 0.07 0.08 0.00 0.02 0.00 0.01
O5' 0.28 0.38 0.24 0.18 0.36 0.18 0.28 0.15 0.26 0.30 0.41 0.38 0.44 0.21 0.13 0.25 0.18 0.16 0.18 0.16
O6 0.00 0.07 0.02 0.07 0.00 0.06 0.06 0.09 0.05 0.01 0.06 0.01 0.12 0.00 0.10 0.01 0.09 0.05 0.12 0.11
OP1 0.16 0.29 0.15 0.09 0.26 0.07 0.16 0.04 0.12 0.19 0.33 0.29 0.37 0.13 0.06 0.13 0.07 0.06 0.06 0.05
OP2 0.10 0.22 0.07 0.01 0.17 0.00 0.07 0.03 0.05 0.12 0.24 0.19 0.30 0.06 0.02 0.07 0.01 0.01 0.03 0.03
P 0.14 0.27 0.11 0.06 0.22 0.04 0.13 0.02 0.10 0.17 0.29 0.25 0.34 0.09 0.01 0.11 0.04 0.04 0.03 0.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02
C2 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.04 0.01
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.06 0.02 0.02 0.06 0.05 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.01 0.09 0.02 0.09 0.02 0.02 0.06 0.05 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.03
C4 0.02 0.01 0.05 0.06 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.06 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01
C4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02
C5 0.01 0.01 0.07 0.09 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.10 0.02 0.07 0.05 0.03 0.05
C5' 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.00 0.05 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.06 0.09 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.09 0.03 0.08 0.07 0.03 0.06
N1 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01
N3 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.04 0.05 0.01
N4 0.02 0.02 0.06 0.06 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.05 0.07 0.01 0.02 0.03 0.04 0.00
O2 0.04 0.00 0.05 0.05 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.07 0.05 0.03 0.06 0.06 0.03
O2' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.03 0.00 0.02 0.05 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02
O3' 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.02 0.10 0.03 0.09 0.02 0.02 0.07 0.07 0.01 0.00 0.02 0.05 0.05 0.01 0.05
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.02
O5' 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.01 0.07 0.01 0.08 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.05 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.05 0.03 0.07 0.00 0.04 0.03 0.06 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.04 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.05 0.04 0.06 0.02 0.01 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.05 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00