ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50285

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 6, 8, 13, 0, 6, 7, 1, 2, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.012, 0.019, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.012 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.006, 0.019, 0.031, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.019 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.009, 0.022, 0.035, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.022 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.010, 0.024, 0.039, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.024 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.010, 0.025, 0.040, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.025 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.000, 0.016, 0.032, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.016 std_dev=0.016
N3 A 0, 0.005, 0.021, 0.037, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.021 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.006, 0.023, 0.040, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.023 std_dev=0.017
O6 A 0, 0.017, 0.040, 0.063, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.040 std_dev=0.023
N7 A 0, 0.016, 0.040, 0.063, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.040 std_dev=0.024
N2 A 0, 0.011, 0.037, 0.063, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.037 std_dev=0.026
C8 A 0, 0.016, 0.042, 0.069, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.042 std_dev=0.026
C2' A 0, 0.006, 0.129, 0.252, 0.475 max_d=0.475 avg_d=0.129 std_dev=0.123
O4' A 0, -0.027, 0.107, 0.242, 0.532 max_d=0.532 avg_d=0.107 std_dev=0.134
O2' A 0, 0.052, 0.206, 0.360, 0.643 max_d=0.643 avg_d=0.206 std_dev=0.154
C4' A 0, -0.017, 0.177, 0.370, 0.732 max_d=0.732 avg_d=0.177 std_dev=0.193
C3' A 0, -0.009, 0.190, 0.388, 0.768 max_d=0.768 avg_d=0.190 std_dev=0.199
C3' B 0, 0.158, 0.382, 0.607, 1.056 max_d=1.056 avg_d=0.382 std_dev=0.224
C4' B 0, 0.155, 0.400, 0.645, 1.270 max_d=1.270 avg_d=0.400 std_dev=0.245
C2' B 0, 0.179, 0.432, 0.684, 1.013 max_d=1.013 avg_d=0.432 std_dev=0.253
O2' B 0, 0.158, 0.414, 0.670, 1.146 max_d=1.146 avg_d=0.414 std_dev=0.256
O3' B 0, 0.090, 0.351, 0.613, 1.417 max_d=1.417 avg_d=0.351 std_dev=0.261
O3' A 0, 0.013, 0.280, 0.547, 1.020 max_d=1.020 avg_d=0.280 std_dev=0.267
O4' B 0, 0.184, 0.487, 0.789, 1.339 max_d=1.339 avg_d=0.487 std_dev=0.303
C5' B 0, 0.142, 0.459, 0.776, 1.433 max_d=1.433 avg_d=0.459 std_dev=0.317
C1' B 0, 0.172, 0.504, 0.837, 1.339 max_d=1.339 avg_d=0.504 std_dev=0.332
O5' B 0, 0.146, 0.506, 0.866, 1.760 max_d=1.760 avg_d=0.506 std_dev=0.360
C5' A 0, -0.044, 0.318, 0.680, 1.445 max_d=1.445 avg_d=0.318 std_dev=0.362
OP1 B 0, 0.099, 0.532, 0.965, 1.990 max_d=1.990 avg_d=0.532 std_dev=0.433
P B 0, 0.074, 0.519, 0.964, 2.128 max_d=2.128 avg_d=0.519 std_dev=0.445
N1 B 0, 0.166, 0.620, 1.075, 1.906 max_d=1.906 avg_d=0.620 std_dev=0.454
O5' A 0, -0.135, 0.356, 0.847, 3.182 max_d=3.182 avg_d=0.356 std_dev=0.491
C6 B 0, 0.157, 0.675, 1.193, 2.186 max_d=2.186 avg_d=0.675 std_dev=0.518
C2 B 0, 0.171, 0.712, 1.253, 2.263 max_d=2.263 avg_d=0.712 std_dev=0.541
O2 B 0, 0.187, 0.732, 1.277, 2.234 max_d=2.234 avg_d=0.732 std_dev=0.545
OP2 B 0, 0.036, 0.587, 1.137, 2.343 max_d=2.343 avg_d=0.587 std_dev=0.550
P A 0, -0.231, 0.370, 0.972, 4.381 max_d=4.381 avg_d=0.370 std_dev=0.602
C5 B 0, 0.134, 0.780, 1.426, 2.730 max_d=2.730 avg_d=0.780 std_dev=0.646
N3 B 0, 0.154, 0.813, 1.471, 2.812 max_d=2.812 avg_d=0.813 std_dev=0.658
OP1 A 0, -0.244, 0.415, 1.075, 4.794 max_d=4.794 avg_d=0.415 std_dev=0.660
OP2 A 0, -0.142, 0.559, 1.260, 4.602 max_d=4.602 avg_d=0.559 std_dev=0.701
C4 B 0, 0.127, 0.840, 1.552, 3.074 max_d=3.074 avg_d=0.840 std_dev=0.712
O4 B 0, 0.092, 0.910, 1.728, 3.563 max_d=3.563 avg_d=0.910 std_dev=0.818

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.15 0.02 0.16 0.27 0.18
C2 0.03 0.00 0.08 0.14 0.01 0.07 0.01 0.13 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.09 0.16 0.02 0.30 0.02 0.26 0.42 0.33
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.04 0.04 0.06 0.09 0.08 0.03 0.02 0.00 0.03 0.01 0.19 0.04 0.16 0.23 0.10
C3' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.08 0.00 0.07 0.02 0.09 0.09 0.12 0.16 0.13 0.08 0.04 0.02 0.01 0.01 0.27 0.10 0.24 0.23 0.13
C4 0.02 0.01 0.04 0.08 0.00 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.09 0.01 0.31 0.02 0.29 0.39 0.34
C4' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.07 0.07 0.07 0.08 0.06 0.07 0.04 0.04 0.02 0.00 0.02 0.09 0.14 0.29 0.04
C5 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01 0.06 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.08 0.02 0.38 0.02 0.39 0.46 0.44
C5' 0.02 0.13 0.02 0.02 0.10 0.01 0.13 0.00 0.15 0.13 0.14 0.14 0.11 0.14 0.08 0.04 0.05 0.01 0.01 0.17 0.21 0.33 0.01
C6 0.02 0.01 0.04 0.09 0.01 0.07 0.01 0.15 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.05 0.11 0.02 0.40 0.01 0.41 0.51 0.46
C8 0.01 0.02 0.04 0.09 0.01 0.07 0.01 0.13 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.09 0.03 0.36 0.02 0.38 0.37 0.41
N1 0.03 0.01 0.06 0.12 0.01 0.07 0.01 0.14 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.07 0.14 0.02 0.36 0.01 0.34 0.47 0.41
N2 0.04 0.01 0.09 0.16 0.01 0.08 0.02 0.14 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.10 0.20 0.03 0.27 0.03 0.21 0.40 0.29
N3 0.03 0.00 0.08 0.13 0.00 0.06 0.01 0.11 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.15 0.02 0.26 0.02 0.22 0.37 0.28
N7 0.01 0.02 0.03 0.08 0.01 0.07 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.09 0.03 0.41 0.02 0.45 0.47 0.48
N9 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01 0.28 0.02 0.27 0.33 0.30
O2' 0.01 0.09 0.00 0.02 0.04 0.04 0.03 0.04 0.05 0.02 0.07 0.10 0.08 0.02 0.02 0.00 0.06 0.04 0.09 0.04 0.15 0.25 0.05
O3' 0.02 0.16 0.03 0.01 0.09 0.02 0.08 0.05 0.11 0.09 0.14 0.20 0.15 0.09 0.05 0.06 0.00 0.02 0.31 0.11 0.34 0.28 0.20
O4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.04 0.02 0.00 0.19 0.03 0.19 0.31 0.20
O5' 0.15 0.30 0.19 0.27 0.31 0.02 0.38 0.01 0.40 0.36 0.36 0.27 0.26 0.41 0.28 0.09 0.31 0.19 0.00 0.43 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.02 0.04 0.10 0.02 0.09 0.02 0.17 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.04 0.11 0.03 0.43 0.00 0.48 0.57 0.52
OP1 0.16 0.26 0.16 0.24 0.29 0.14 0.39 0.21 0.41 0.38 0.34 0.21 0.22 0.45 0.27 0.15 0.34 0.19 0.02 0.48 0.00 0.01 0.01
OP2 0.27 0.42 0.23 0.23 0.39 0.29 0.46 0.33 0.51 0.37 0.47 0.40 0.37 0.47 0.33 0.25 0.28 0.31 0.02 0.57 0.01 0.00 0.01
P 0.18 0.33 0.10 0.13 0.34 0.04 0.44 0.01 0.46 0.41 0.41 0.29 0.28 0.48 0.30 0.05 0.20 0.20 0.01 0.52 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.16 0.17 0.12 0.10 0.14 0.17 0.16 0.25 0.15 0.14 0.16 0.22 0.21 0.15 0.14 0.20 0.25 0.30 0.25 0.26
C2 0.24 0.31 0.18 0.11 0.26 0.17 0.21 0.21 0.21 0.24 0.31 0.37 0.25 0.12 0.27 0.23 0.20 0.25 0.24 0.21
C2' 0.14 0.14 0.12 0.07 0.10 0.16 0.13 0.24 0.13 0.11 0.13 0.21 0.21 0.12 0.10 0.18 0.22 0.31 0.23 0.25
C3' 0.16 0.15 0.17 0.14 0.15 0.18 0.20 0.24 0.19 0.14 0.14 0.20 0.23 0.18 0.16 0.18 0.22 0.32 0.26 0.25
C4 0.22 0.26 0.16 0.10 0.21 0.17 0.19 0.21 0.19 0.21 0.25 0.32 0.24 0.12 0.22 0.22 0.20 0.24 0.23 0.20
C4' 0.10 0.08 0.12 0.13 0.13 0.15 0.19 0.25 0.17 0.10 0.08 0.13 0.17 0.19 0.13 0.16 0.24 0.32 0.26 0.27
C5 0.25 0.31 0.19 0.12 0.27 0.19 0.23 0.20 0.22 0.25 0.31 0.36 0.25 0.14 0.28 0.24 0.19 0.22 0.25 0.19
C5' 0.21 0.16 0.21 0.23 0.21 0.27 0.28 0.33 0.28 0.21 0.17 0.17 0.20 0.25 0.21 0.26 0.30 0.37 0.32 0.32
C6 0.28 0.36 0.22 0.15 0.32 0.19 0.27 0.20 0.26 0.29 0.37 0.41 0.26 0.15 0.34 0.26 0.19 0.22 0.27 0.19
C8 0.20 0.22 0.15 0.10 0.19 0.18 0.17 0.21 0.17 0.19 0.21 0.27 0.23 0.13 0.19 0.22 0.19 0.23 0.24 0.20
N1 0.27 0.35 0.21 0.13 0.31 0.18 0.26 0.20 0.24 0.28 0.35 0.41 0.26 0.14 0.32 0.25 0.19 0.23 0.25 0.19
N2 0.24 0.31 0.18 0.10 0.26 0.17 0.21 0.21 0.21 0.24 0.31 0.37 0.25 0.12 0.27 0.23 0.21 0.26 0.23 0.21
N3 0.22 0.26 0.16 0.09 0.21 0.17 0.18 0.22 0.18 0.21 0.26 0.32 0.24 0.12 0.22 0.22 0.21 0.26 0.23 0.22
N7 0.24 0.29 0.19 0.13 0.26 0.19 0.23 0.20 0.22 0.24 0.29 0.33 0.25 0.15 0.27 0.24 0.19 0.22 0.27 0.20
N9 0.19 0.21 0.14 0.09 0.17 0.17 0.16 0.22 0.16 0.17 0.20 0.26 0.22 0.13 0.17 0.21 0.21 0.25 0.23 0.21
O2' 0.13 0.14 0.10 0.09 0.11 0.17 0.14 0.27 0.13 0.11 0.12 0.20 0.20 0.14 0.11 0.19 0.27 0.37 0.28 0.31
O3' 0.17 0.16 0.20 0.18 0.21 0.19 0.26 0.25 0.25 0.18 0.17 0.20 0.24 0.21 0.22 0.19 0.25 0.36 0.31 0.29
O4' 0.12 0.13 0.11 0.12 0.13 0.15 0.16 0.24 0.15 0.11 0.13 0.17 0.18 0.20 0.14 0.17 0.25 0.29 0.25 0.25
O5' 0.31 0.37 0.33 0.33 0.36 0.38 0.36 0.50 0.35 0.34 0.37 0.38 0.33 0.35 0.36 0.35 0.41 0.42 0.40 0.41
O6 0.31 0.41 0.24 0.18 0.38 0.21 0.32 0.20 0.30 0.33 0.42 0.46 0.27 0.18 0.40 0.28 0.20 0.22 0.29 0.20
OP1 0.63 0.75 0.68 0.62 0.74 0.46 0.71 0.38 0.69 0.70 0.77 0.77 0.60 0.55 0.73 0.51 0.45 0.32 0.42 0.34
OP2 0.38 0.46 0.47 0.23 0.45 0.09 0.44 0.21 0.42 0.42 0.47 0.49 0.50 0.21 0.45 0.18 0.15 0.46 0.34 0.30
P 0.44 0.51 0.53 0.45 0.46 0.29 0.44 0.23 0.44 0.46 0.50 0.55 0.53 0.48 0.45 0.31 0.19 0.28 0.23 0.17

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02 0.00 0.04 0.08 0.22 0.10
C2 0.02 0.00 0.08 0.10 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.12 0.01 0.03 0.08 0.16 0.28 0.15
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.07 0.02 0.07 0.14 0.00 0.02 0.05 0.01 0.06 0.11 0.22 0.08
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.08 0.00 0.11 0.02 0.12 0.05 0.09 0.15 0.02 0.01 0.08 0.01 0.10 0.14 0.20 0.09
C4 0.02 0.01 0.04 0.08 0.00 0.06 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.09 0.00 0.03 0.13 0.20 0.27 0.19
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.08 0.03 0.05 0.06 0.05 0.03 0.07 0.00 0.02 0.07 0.14 0.04
C5 0.02 0.01 0.06 0.11 0.00 0.08 0.00 0.13 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.12 0.01 0.03 0.14 0.19 0.25 0.18
C5' 0.02 0.06 0.01 0.02 0.11 0.01 0.13 0.00 0.11 0.05 0.08 0.06 0.05 0.03 0.12 0.02 0.01 0.06 0.07 0.02
C6 0.01 0.01 0.07 0.12 0.01 0.08 0.00 0.11 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.13 0.01 0.03 0.12 0.15 0.23 0.14
N1 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.05 0.02 0.01 0.06 0.12 0.25 0.13
N3 0.02 0.01 0.07 0.09 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.11 0.01 0.03 0.10 0.19 0.29 0.18
O2 0.04 0.01 0.14 0.15 0.01 0.06 0.02 0.06 0.02 0.02 0.01 0.00 0.12 0.19 0.02 0.05 0.08 0.16 0.28 0.15
O2' 0.02 0.07 0.00 0.02 0.05 0.05 0.04 0.05 0.04 0.03 0.07 0.12 0.00 0.05 0.06 0.04 0.05 0.12 0.21 0.07
O3' 0.02 0.12 0.02 0.01 0.09 0.03 0.12 0.03 0.13 0.05 0.11 0.19 0.05 0.00 0.10 0.02 0.12 0.20 0.21 0.12
O4 0.02 0.01 0.05 0.08 0.00 0.07 0.01 0.12 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.10 0.00 0.04 0.14 0.23 0.27 0.21
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.05 0.04 0.02 0.04 0.00 0.08 0.09 0.20 0.12
O5' 0.04 0.08 0.06 0.10 0.13 0.02 0.14 0.01 0.12 0.06 0.10 0.08 0.05 0.12 0.14 0.08 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.08 0.16 0.11 0.14 0.20 0.07 0.19 0.06 0.15 0.12 0.19 0.16 0.12 0.20 0.23 0.09 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.22 0.28 0.22 0.20 0.27 0.14 0.25 0.07 0.23 0.25 0.29 0.28 0.21 0.21 0.27 0.20 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.15 0.08 0.09 0.19 0.04 0.18 0.02 0.14 0.13 0.18 0.15 0.07 0.12 0.21 0.12 0.01 0.00 0.01 0.00