ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50286

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 1, 1, 5, 10, 14, 8, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.025, 0.035, 0.044, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.035 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.031, 0.048, 0.065, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.048 std_dev=0.017
N3 A 0, 0.043, 0.064, 0.085, 0.158 max_d=0.158 avg_d=0.064 std_dev=0.021
C5 A 0, 0.036, 0.057, 0.078, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.057 std_dev=0.021
C2 A 0, 0.022, 0.044, 0.066, 0.160 max_d=0.160 avg_d=0.044 std_dev=0.022
C1' A 0, 0.052, 0.075, 0.099, 0.187 max_d=0.187 avg_d=0.075 std_dev=0.023
N9 A 0, 0.071, 0.095, 0.118, 0.143 max_d=0.143 avg_d=0.095 std_dev=0.024
C4 A 0, 0.055, 0.079, 0.103, 0.130 max_d=0.130 avg_d=0.079 std_dev=0.024
O6 A 0, 0.082, 0.109, 0.135, 0.166 max_d=0.166 avg_d=0.109 std_dev=0.027
N2 A 0, 0.055, 0.094, 0.133, 0.279 max_d=0.279 avg_d=0.094 std_dev=0.039
N7 A 0, 0.055, 0.097, 0.138, 0.206 max_d=0.206 avg_d=0.097 std_dev=0.041
C8 A 0, 0.081, 0.130, 0.178, 0.242 max_d=0.242 avg_d=0.130 std_dev=0.049
O2' B 0, 0.484, 0.706, 0.927, 1.238 max_d=1.238 avg_d=0.706 std_dev=0.222
C2' B 0, 0.595, 0.849, 1.104, 1.228 max_d=1.228 avg_d=0.849 std_dev=0.254
O3' A 0, 1.352, 1.791, 2.231, 2.156 max_d=2.156 avg_d=1.791 std_dev=0.439
C3' A 0, 0.517, 0.959, 1.400, 2.830 max_d=2.830 avg_d=0.959 std_dev=0.441
C1' B 0, 0.496, 0.939, 1.382, 2.372 max_d=2.372 avg_d=0.939 std_dev=0.443
O4' A 0, -0.075, 0.403, 0.881, 2.573 max_d=2.573 avg_d=0.403 std_dev=0.478
C2' A 0, 0.124, 0.618, 1.113, 2.857 max_d=2.857 avg_d=0.618 std_dev=0.495
O4' B 0, 0.814, 1.313, 1.812, 3.201 max_d=3.201 avg_d=1.313 std_dev=0.499
C3' B 0, 0.818, 1.332, 1.846, 3.033 max_d=3.033 avg_d=1.332 std_dev=0.514
C4' B 0, 1.099, 1.640, 2.180, 3.619 max_d=3.619 avg_d=1.640 std_dev=0.541
C5' B 0, 2.111, 2.686, 3.260, 3.649 max_d=3.649 avg_d=2.686 std_dev=0.574
C4' A 0, 0.024, 0.634, 1.245, 3.413 max_d=3.413 avg_d=0.634 std_dev=0.610
N1 B 0, 1.346, 2.033, 2.721, 3.899 max_d=3.899 avg_d=2.033 std_dev=0.688
O5' B 0, 2.365, 3.075, 3.785, 3.804 max_d=3.804 avg_d=3.075 std_dev=0.710
O2' A 0, 0.918, 1.639, 2.361, 4.590 max_d=4.590 avg_d=1.639 std_dev=0.721
C6 B 0, 1.956, 2.732, 3.509, 4.764 max_d=4.764 avg_d=2.732 std_dev=0.776
OP2 B 0, 2.690, 3.629, 4.568, 6.399 max_d=6.399 avg_d=3.629 std_dev=0.939
O3' B 0, 0.425, 1.367, 2.309, 5.418 max_d=5.418 avg_d=1.367 std_dev=0.942
C2 B 0, 1.753, 2.730, 3.706, 5.377 max_d=5.377 avg_d=2.730 std_dev=0.977
O2 B 0, 1.734, 2.736, 3.739, 6.070 max_d=6.070 avg_d=2.736 std_dev=1.003
P B 0, 3.062, 4.173, 5.285, 5.131 max_d=5.131 avg_d=4.173 std_dev=1.112
C5 B 0, 2.677, 3.791, 4.904, 7.067 max_d=7.067 avg_d=3.791 std_dev=1.114
C5' A 0, -0.593, 0.643, 1.879, 6.275 max_d=6.275 avg_d=0.643 std_dev=1.236
OP1 B 0, 3.785, 5.035, 6.286, 6.264 max_d=6.264 avg_d=5.035 std_dev=1.251
O5' A 0, 0.746, 2.006, 3.267, 7.638 max_d=7.638 avg_d=2.006 std_dev=1.261
N3 B 0, 2.524, 3.818, 5.112, 7.473 max_d=7.473 avg_d=3.818 std_dev=1.294
C4 B 0, 2.918, 4.313, 5.708, 8.539 max_d=8.539 avg_d=4.313 std_dev=1.395
O4 B 0, 3.566, 5.313, 7.061, 10.757 max_d=10.757 avg_d=5.313 std_dev=1.747
P A 0, -0.199, 1.733, 3.665, 10.543 max_d=10.543 avg_d=1.733 std_dev=1.932
OP1 A 0, -0.247, 1.867, 3.982, 11.562 max_d=11.562 avg_d=1.867 std_dev=2.115
OP2 A 0, -0.546, 1.684, 3.915, 11.902 max_d=11.902 avg_d=1.684 std_dev=2.230

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01 0.03 0.05 0.04 0.01 0.00 0.01 0.16 0.01 0.08 0.02 0.15 0.10 0.11
C2 0.04 0.00 0.29 0.22 0.02 0.14 0.02 0.27 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.33 0.33 0.10 0.32 0.02 0.51 0.34 0.38
C2' 0.00 0.29 0.00 0.00 0.13 0.01 0.07 0.12 0.12 0.16 0.22 0.35 0.28 0.10 0.03 0.00 0.02 0.01 0.23 0.11 0.34 0.14 0.18
C3' 0.01 0.22 0.00 0.00 0.08 0.00 0.17 0.02 0.13 0.37 0.13 0.33 0.22 0.33 0.15 0.01 0.01 0.01 0.08 0.17 0.14 0.18 0.10
C4 0.01 0.02 0.13 0.08 0.00 0.06 0.00 0.12 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.24 0.14 0.05 0.14 0.02 0.18 0.15 0.16
C4' 0.01 0.14 0.01 0.00 0.06 0.00 0.12 0.01 0.10 0.21 0.09 0.20 0.14 0.21 0.09 0.18 0.02 0.00 0.02 0.13 0.08 0.08 0.04
C5 0.01 0.02 0.07 0.17 0.00 0.12 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.27 0.05 0.05 0.33 0.02 0.40 0.39 0.42
C5' 0.05 0.27 0.12 0.02 0.12 0.01 0.19 0.00 0.18 0.32 0.19 0.38 0.26 0.33 0.12 0.06 0.14 0.02 0.01 0.23 0.12 0.08 0.01
C6 0.02 0.02 0.12 0.13 0.01 0.10 0.01 0.18 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.32 0.08 0.07 0.28 0.01 0.36 0.33 0.35
C8 0.01 0.02 0.16 0.37 0.01 0.21 0.01 0.32 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.17 0.22 0.04 0.58 0.03 0.66 0.68 0.71
N1 0.03 0.01 0.22 0.13 0.02 0.09 0.01 0.19 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.34 0.21 0.09 0.20 0.01 0.30 0.20 0.23
N2 0.05 0.01 0.35 0.33 0.02 0.20 0.02 0.38 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.35 0.44 0.11 0.51 0.03 0.83 0.60 0.64
N3 0.04 0.01 0.28 0.22 0.01 0.14 0.01 0.26 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.28 0.32 0.09 0.30 0.02 0.46 0.30 0.34
N7 0.01 0.02 0.10 0.33 0.01 0.21 0.00 0.33 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.23 0.20 0.04 0.59 0.03 0.74 0.71 0.75
N9 0.00 0.02 0.03 0.15 0.01 0.09 0.01 0.12 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.14 0.04 0.02 0.24 0.02 0.26 0.29 0.29
O2' 0.01 0.33 0.00 0.01 0.24 0.18 0.27 0.06 0.32 0.17 0.34 0.35 0.28 0.23 0.14 0.00 0.04 0.15 0.17 0.34 0.34 0.13 0.15
O3' 0.16 0.33 0.02 0.01 0.14 0.02 0.05 0.14 0.08 0.22 0.21 0.44 0.32 0.20 0.04 0.04 0.00 0.12 0.12 0.07 0.16 0.40 0.25
O4' 0.01 0.10 0.01 0.01 0.05 0.00 0.05 0.02 0.07 0.04 0.09 0.11 0.09 0.04 0.02 0.15 0.12 0.00 0.14 0.07 0.19 0.12 0.15
O5' 0.08 0.32 0.23 0.08 0.14 0.02 0.33 0.01 0.28 0.58 0.20 0.51 0.30 0.59 0.24 0.17 0.12 0.14 0.00 0.38 0.02 0.01 0.01
O6 0.02 0.02 0.11 0.17 0.02 0.13 0.02 0.23 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.34 0.07 0.07 0.38 0.00 0.53 0.47 0.50
OP1 0.15 0.51 0.34 0.14 0.18 0.08 0.40 0.12 0.36 0.66 0.30 0.83 0.46 0.74 0.26 0.34 0.16 0.19 0.02 0.53 0.00 0.02 0.01
OP2 0.10 0.34 0.14 0.18 0.15 0.08 0.39 0.08 0.33 0.68 0.20 0.60 0.30 0.71 0.29 0.13 0.40 0.12 0.01 0.47 0.02 0.00 0.01
P 0.11 0.38 0.18 0.10 0.16 0.04 0.42 0.01 0.35 0.71 0.23 0.64 0.34 0.75 0.29 0.15 0.25 0.15 0.01 0.50 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.27 0.87 0.10 0.26 1.05 0.26 0.81 0.27 0.60 0.58 1.09 0.90 0.12 0.46 1.20 0.12 0.17 0.41 0.21 0.28
C2 0.21 0.92 0.13 0.37 1.20 0.64 0.87 0.74 0.57 0.56 1.22 0.95 0.16 0.63 1.46 0.28 0.38 0.66 0.28 0.37
C2' 0.24 0.49 0.49 0.63 0.75 0.56 0.57 0.56 0.40 0.29 0.74 0.52 0.50 0.73 0.93 0.30 0.45 0.68 0.50 0.54
C3' 0.39 0.42 0.70 0.76 0.40 0.67 0.15 0.66 0.15 0.23 0.53 0.59 0.69 0.87 0.54 0.43 0.53 0.62 0.60 0.53
C4 0.19 0.85 0.12 0.37 1.10 0.58 0.80 0.64 0.54 0.53 1.12 0.87 0.15 0.63 1.31 0.24 0.30 0.52 0.21 0.27
C4' 0.12 0.55 0.33 0.44 0.52 0.33 0.29 0.40 0.17 0.26 0.66 0.72 0.26 0.56 0.63 0.10 0.30 0.43 0.41 0.34
C5 0.21 0.85 0.14 0.45 1.07 0.74 0.76 0.83 0.50 0.51 1.10 0.90 0.19 0.72 1.29 0.37 0.45 0.71 0.34 0.45
C5' 0.26 0.26 0.57 0.74 0.24 0.63 0.24 0.74 0.30 0.18 0.35 0.44 0.38 0.82 0.32 0.35 0.67 0.76 0.82 0.69
C6 0.25 0.91 0.16 0.49 1.13 0.83 0.79 0.98 0.50 0.53 1.18 1.00 0.20 0.75 1.38 0.45 0.57 0.91 0.45 0.61
C8 0.18 0.75 0.12 0.40 0.94 0.57 0.70 0.57 0.48 0.48 0.96 0.75 0.18 0.67 1.09 0.24 0.26 0.41 0.19 0.22
N1 0.23 0.93 0.14 0.44 1.19 0.76 0.84 0.90 0.54 0.55 1.22 0.99 0.18 0.70 1.45 0.39 0.51 0.85 0.40 0.54
N2 0.21 0.94 0.12 0.35 1.25 0.61 0.90 0.72 0.59 0.58 1.26 0.96 0.16 0.59 1.52 0.26 0.37 0.66 0.27 0.36
N3 0.20 0.89 0.11 0.33 1.16 0.54 0.85 0.60 0.58 0.56 1.18 0.90 0.15 0.58 1.40 0.20 0.27 0.51 0.20 0.24
N7 0.22 0.79 0.16 0.48 0.97 0.77 0.69 0.83 0.45 0.47 1.00 0.84 0.20 0.77 1.15 0.40 0.45 0.67 0.34 0.44
N9 0.19 0.82 0.10 0.33 1.03 0.46 0.77 0.47 0.54 0.53 1.06 0.83 0.14 0.58 1.21 0.15 0.19 0.38 0.15 0.17
O2' 0.31 0.75 0.43 0.52 1.13 0.40 0.96 0.45 0.73 0.57 1.06 0.68 0.45 0.61 1.34 0.26 0.52 0.91 0.59 0.72
O3' 0.51 0.71 0.73 0.67 0.60 0.55 0.35 0.47 0.31 0.48 0.77 0.89 0.70 0.75 0.70 0.45 0.36 0.49 0.44 0.33
O4' 0.40 0.88 0.11 0.18 0.90 0.16 0.68 0.22 0.54 0.61 1.00 1.00 0.20 0.34 1.00 0.26 0.20 0.38 0.19 0.25
O5' 0.66 0.21 0.95 1.19 0.21 1.12 0.47 1.22 0.62 0.48 0.18 0.25 0.74 1.33 0.18 0.81 1.12 1.21 1.23 1.12
O6 0.31 0.95 0.19 0.54 1.13 0.93 0.76 1.13 0.48 0.54 1.20 1.08 0.22 0.79 1.38 0.56 0.71 1.13 0.58 0.79
OP1 1.07 0.49 1.28 1.69 0.60 1.69 1.00 1.94 1.14 0.90 0.37 0.36 0.93 1.81 0.47 1.33 1.90 2.18 2.10 1.98
OP2 1.18 0.85 1.47 1.69 1.08 1.56 1.35 1.72 1.41 1.17 0.85 0.56 1.07 1.61 1.01 1.29 1.77 1.79 1.99 1.80
P 1.08 0.56 1.34 1.66 0.69 1.59 1.03 1.75 1.16 0.95 0.47 0.31 1.00 1.75 0.57 1.27 1.70 1.81 1.86 1.73

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.18 0.02 0.00 0.14 0.44 0.09 0.21
C2 0.02 0.00 0.09 0.11 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.16 0.16 0.02 0.05 0.11 0.54 0.25 0.20
C2' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.05 0.02 0.09 0.14 0.11 0.02 0.06 0.17 0.00 0.02 0.06 0.02 0.26 0.48 0.18 0.34
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.19 0.00 0.22 0.02 0.20 0.12 0.15 0.11 0.01 0.01 0.20 0.01 0.08 0.14 0.15 0.05
C4 0.02 0.01 0.05 0.19 0.00 0.08 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.02 0.26 0.11 0.01 0.03 0.13 0.59 0.47 0.18
C4' 0.01 0.03 0.02 0.00 0.08 0.00 0.12 0.01 0.11 0.05 0.04 0.06 0.17 0.02 0.09 0.00 0.01 0.15 0.11 0.04
C5 0.02 0.01 0.09 0.22 0.01 0.12 0.00 0.11 0.00 0.01 0.01 0.02 0.27 0.17 0.02 0.05 0.15 0.59 0.48 0.17
C5' 0.06 0.06 0.14 0.02 0.09 0.01 0.11 0.00 0.09 0.05 0.07 0.08 0.04 0.12 0.11 0.01 0.01 0.15 0.19 0.02
C6 0.02 0.01 0.11 0.20 0.01 0.11 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.02 0.23 0.14 0.02 0.06 0.11 0.56 0.34 0.18
N1 0.01 0.01 0.02 0.12 0.01 0.05 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.02 0.15 0.09 0.02 0.01 0.10 0.52 0.22 0.19
N3 0.02 0.01 0.06 0.15 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.02 0.22 0.11 0.01 0.04 0.12 0.58 0.37 0.19
O2 0.04 0.01 0.17 0.11 0.02 0.06 0.02 0.08 0.02 0.02 0.02 0.00 0.18 0.26 0.03 0.08 0.13 0.51 0.18 0.20
O2' 0.02 0.16 0.00 0.01 0.26 0.17 0.27 0.04 0.23 0.15 0.22 0.18 0.00 0.03 0.29 0.11 0.19 0.45 0.18 0.28
O3' 0.18 0.16 0.02 0.01 0.11 0.02 0.17 0.12 0.14 0.09 0.11 0.26 0.03 0.00 0.12 0.11 0.17 0.32 0.30 0.19
O4 0.02 0.02 0.06 0.20 0.01 0.09 0.02 0.11 0.02 0.02 0.01 0.03 0.29 0.12 0.00 0.04 0.15 0.60 0.53 0.18
O4' 0.00 0.05 0.02 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.04 0.08 0.11 0.11 0.04 0.00 0.07 0.34 0.10 0.11
O5' 0.14 0.11 0.26 0.08 0.13 0.01 0.15 0.01 0.11 0.10 0.12 0.13 0.19 0.17 0.15 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.44 0.54 0.48 0.14 0.59 0.15 0.59 0.15 0.56 0.52 0.58 0.51 0.45 0.32 0.60 0.34 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.09 0.25 0.18 0.15 0.47 0.11 0.48 0.19 0.34 0.22 0.37 0.18 0.18 0.30 0.53 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.21 0.20 0.34 0.05 0.18 0.04 0.17 0.02 0.18 0.19 0.19 0.20 0.28 0.19 0.18 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00