ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50288

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 3, 3, 5, 22, 3, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.008, 0.013, 0.018, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.013 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.016, 0.026, 0.036, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.026 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.009, 0.019, 0.030, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.019 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.013, 0.025, 0.036, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.025 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.009, 0.021, 0.032, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.021 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.009, 0.023, 0.037, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.023 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.007, 0.022, 0.037, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.022 std_dev=0.015
N9 A 0, 0.010, 0.026, 0.041, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.026 std_dev=0.016
N7 A 0, 0.026, 0.045, 0.063, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.045 std_dev=0.018
N2 A 0, 0.016, 0.036, 0.055, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.036 std_dev=0.020
O6 A 0, 0.012, 0.033, 0.054, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.033 std_dev=0.021
C8 A 0, 0.023, 0.046, 0.069, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.046 std_dev=0.023
C2' B 0, 0.344, 0.526, 0.709, 1.070 max_d=1.070 avg_d=0.526 std_dev=0.183
O2' B 0, 0.405, 0.619, 0.833, 1.128 max_d=1.128 avg_d=0.619 std_dev=0.214
C2' A 0, -0.059, 0.215, 0.489, 1.712 max_d=1.712 avg_d=0.215 std_dev=0.274
O4' A 0, -0.077, 0.198, 0.473, 1.711 max_d=1.711 avg_d=0.198 std_dev=0.275
C3' B 0, 0.288, 0.656, 1.024, 2.129 max_d=2.129 avg_d=0.656 std_dev=0.368
O2' A 0, -0.053, 0.316, 0.684, 2.166 max_d=2.166 avg_d=0.316 std_dev=0.368
C4' A 0, -0.106, 0.317, 0.740, 2.670 max_d=2.670 avg_d=0.317 std_dev=0.423
C3' A 0, -0.097, 0.352, 0.800, 2.595 max_d=2.595 avg_d=0.352 std_dev=0.448
O3' B 0, 0.221, 0.682, 1.143, 2.719 max_d=2.719 avg_d=0.682 std_dev=0.461
C1' B 0, 0.448, 0.924, 1.399, 2.387 max_d=2.387 avg_d=0.924 std_dev=0.476
C4' B 0, 0.428, 0.976, 1.525, 2.697 max_d=2.697 avg_d=0.976 std_dev=0.549
O4' B 0, 0.582, 1.131, 1.680, 2.614 max_d=2.614 avg_d=1.131 std_dev=0.549
C5' A 0, -0.104, 0.530, 1.164, 3.739 max_d=3.739 avg_d=0.530 std_dev=0.634
O3' A 0, -0.093, 0.548, 1.188, 3.279 max_d=3.279 avg_d=0.548 std_dev=0.641
N1 B 0, 0.477, 1.176, 1.875, 3.647 max_d=3.647 avg_d=1.176 std_dev=0.699
O5' B 0, 0.813, 1.560, 2.307, 4.314 max_d=4.314 avg_d=1.560 std_dev=0.747
C6 B 0, 0.934, 1.683, 2.432, 4.428 max_d=4.428 avg_d=1.683 std_dev=0.749
O5' A 0, 0.032, 0.788, 1.544, 4.718 max_d=4.718 avg_d=0.788 std_dev=0.756
C5' B 0, 0.665, 1.428, 2.191, 4.257 max_d=4.257 avg_d=1.428 std_dev=0.763
P A 0, -0.199, 0.675, 1.550, 5.669 max_d=5.669 avg_d=0.675 std_dev=0.874
P B 0, 1.403, 2.312, 3.220, 4.468 max_d=4.468 avg_d=2.312 std_dev=0.909
OP2 A 0, -0.186, 0.733, 1.651, 5.709 max_d=5.709 avg_d=0.733 std_dev=0.918
OP2 B 0, 1.491, 2.429, 3.367, 4.972 max_d=4.972 avg_d=2.429 std_dev=0.938
C5 B 0, 1.050, 2.018, 2.987, 5.770 max_d=5.770 avg_d=2.018 std_dev=0.969
C2 B 0, 0.400, 1.406, 2.412, 5.578 max_d=5.578 avg_d=1.406 std_dev=1.006
O2 B 0, 0.661, 1.747, 2.833, 6.660 max_d=6.660 avg_d=1.747 std_dev=1.086
OP1 A 0, -0.293, 0.826, 1.945, 7.218 max_d=7.218 avg_d=0.826 std_dev=1.119
OP1 B 0, 1.657, 2.820, 3.984, 6.595 max_d=6.595 avg_d=2.820 std_dev=1.163
C4 B 0, 0.620, 1.870, 3.121, 6.500 max_d=6.500 avg_d=1.870 std_dev=1.250
N3 B 0, 0.377, 1.668, 2.958, 6.788 max_d=6.788 avg_d=1.668 std_dev=1.291
O4 B 0, 0.654, 2.190, 3.726, 7.761 max_d=7.761 avg_d=2.190 std_dev=1.536

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.02 0.04 0.05 0.04 0.02 0.01 0.02 0.12 0.01 0.16 0.02 0.21 0.23 0.14
C2 0.04 0.00 0.21 0.19 0.01 0.10 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.24 0.18 0.16 0.25 0.02 0.31 0.43 0.27
C2' 0.00 0.21 0.00 0.00 0.11 0.02 0.07 0.09 0.11 0.09 0.17 0.24 0.20 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.15 0.09 0.18 0.26 0.14
C3' 0.02 0.19 0.00 0.00 0.15 0.00 0.19 0.02 0.20 0.19 0.20 0.20 0.16 0.21 0.12 0.02 0.01 0.01 0.17 0.21 0.25 0.18 0.14
C4 0.02 0.01 0.11 0.15 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.12 0.10 0.09 0.29 0.01 0.32 0.40 0.27
C4' 0.01 0.10 0.02 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.06 0.12 0.08 0.13 0.09 0.10 0.04 0.16 0.02 0.00 0.02 0.06 0.14 0.17 0.03
C5 0.02 0.01 0.07 0.19 0.00 0.06 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.11 0.14 0.05 0.38 0.01 0.40 0.52 0.36
C5' 0.05 0.16 0.09 0.02 0.10 0.01 0.11 0.00 0.13 0.13 0.14 0.18 0.14 0.13 0.07 0.09 0.11 0.02 0.01 0.14 0.16 0.19 0.02
C6 0.02 0.01 0.11 0.20 0.01 0.06 0.01 0.13 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.16 0.08 0.38 0.00 0.42 0.57 0.38
C8 0.02 0.01 0.09 0.19 0.01 0.12 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.16 0.15 0.08 0.43 0.02 0.41 0.42 0.35
N1 0.04 0.01 0.17 0.20 0.01 0.08 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.19 0.17 0.13 0.32 0.01 0.37 0.51 0.33
N2 0.05 0.01 0.24 0.20 0.01 0.13 0.01 0.18 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.30 0.23 0.19 0.22 0.02 0.28 0.41 0.24
N3 0.04 0.01 0.20 0.16 0.00 0.09 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.22 0.17 0.15 0.23 0.01 0.27 0.37 0.23
N7 0.02 0.01 0.05 0.21 0.00 0.10 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.14 0.17 0.05 0.46 0.02 0.46 0.55 0.41
N9 0.01 0.02 0.02 0.12 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.08 0.06 0.01 0.29 0.01 0.31 0.33 0.24
O2' 0.02 0.24 0.00 0.02 0.12 0.16 0.11 0.09 0.14 0.16 0.19 0.30 0.22 0.14 0.08 0.00 0.06 0.11 0.09 0.13 0.17 0.27 0.09
O3' 0.12 0.18 0.02 0.01 0.10 0.02 0.14 0.11 0.16 0.15 0.17 0.23 0.17 0.17 0.06 0.06 0.00 0.10 0.21 0.19 0.41 0.23 0.24
O4' 0.01 0.16 0.01 0.01 0.09 0.00 0.05 0.02 0.08 0.08 0.13 0.19 0.15 0.05 0.01 0.11 0.10 0.00 0.15 0.07 0.24 0.23 0.16
O5' 0.16 0.25 0.15 0.17 0.29 0.02 0.38 0.01 0.38 0.43 0.32 0.22 0.23 0.46 0.29 0.09 0.21 0.15 0.00 0.42 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.02 0.09 0.21 0.01 0.06 0.01 0.14 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.13 0.19 0.07 0.42 0.00 0.47 0.64 0.43
OP1 0.21 0.31 0.18 0.25 0.32 0.14 0.40 0.16 0.42 0.41 0.37 0.28 0.27 0.46 0.31 0.17 0.41 0.24 0.02 0.47 0.00 0.02 0.01
OP2 0.23 0.43 0.26 0.18 0.40 0.17 0.52 0.19 0.57 0.42 0.51 0.41 0.37 0.55 0.33 0.27 0.23 0.23 0.02 0.64 0.02 0.00 0.01
P 0.14 0.27 0.14 0.14 0.27 0.03 0.36 0.02 0.38 0.35 0.33 0.24 0.23 0.41 0.24 0.09 0.24 0.16 0.01 0.43 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.34 0.67 0.20 0.20 0.82 0.17 0.77 0.22 0.63 0.53 0.79 0.76 0.24 0.31 0.89 0.28 0.35 0.54 0.40 0.41
C2 0.39 0.85 0.20 0.24 1.04 0.26 0.96 0.45 0.75 0.62 1.03 1.01 0.21 0.28 1.19 0.38 0.63 0.98 0.78 0.78
C2' 0.39 0.69 0.28 0.26 0.83 0.24 0.75 0.23 0.61 0.54 0.81 0.78 0.36 0.35 0.93 0.32 0.33 0.47 0.44 0.39
C3' 0.29 0.58 0.24 0.28 0.68 0.22 0.60 0.21 0.48 0.42 0.68 0.69 0.29 0.41 0.76 0.21 0.30 0.42 0.44 0.33
C4 0.35 0.78 0.20 0.24 0.89 0.22 0.83 0.37 0.68 0.56 0.90 0.94 0.22 0.29 0.98 0.32 0.53 0.83 0.64 0.65
C4' 0.28 0.57 0.23 0.30 0.60 0.24 0.51 0.23 0.42 0.40 0.64 0.68 0.26 0.46 0.67 0.21 0.22 0.37 0.29 0.24
C5 0.36 0.84 0.20 0.26 0.89 0.26 0.77 0.44 0.63 0.56 0.98 1.02 0.22 0.29 0.97 0.32 0.59 0.93 0.72 0.73
C5' 0.31 0.50 0.30 0.39 0.45 0.36 0.36 0.37 0.31 0.35 0.52 0.65 0.34 0.57 0.49 0.28 0.31 0.40 0.37 0.29
C6 0.39 0.92 0.21 0.27 1.01 0.29 0.84 0.50 0.66 0.60 1.11 1.09 0.22 0.29 1.15 0.36 0.66 1.08 0.84 0.84
C8 0.28 0.63 0.19 0.25 0.62 0.21 0.58 0.31 0.50 0.43 0.68 0.80 0.24 0.30 0.66 0.24 0.42 0.66 0.51 0.52
N1 0.39 0.90 0.20 0.25 1.03 0.28 0.90 0.50 0.71 0.61 1.08 1.07 0.21 0.28 1.19 0.38 0.67 1.08 0.85 0.85
N2 0.41 0.86 0.21 0.23 1.09 0.27 1.01 0.47 0.79 0.64 1.05 1.01 0.20 0.28 1.27 0.40 0.65 1.00 0.81 0.80
N3 0.38 0.81 0.20 0.23 1.00 0.23 0.94 0.39 0.75 0.60 0.97 0.95 0.21 0.29 1.13 0.35 0.56 0.86 0.68 0.68
N7 0.34 0.80 0.21 0.28 0.77 0.27 0.65 0.41 0.55 0.53 0.89 0.96 0.24 0.30 0.82 0.30 0.53 0.84 0.65 0.66
N9 0.32 0.67 0.19 0.22 0.77 0.19 0.74 0.29 0.62 0.50 0.77 0.82 0.23 0.30 0.83 0.27 0.43 0.67 0.51 0.52
O2' 0.41 0.75 0.29 0.25 0.95 0.24 0.84 0.23 0.68 0.60 0.91 0.79 0.34 0.32 1.07 0.35 0.35 0.46 0.43 0.39
O3' 0.26 0.55 0.23 0.33 0.65 0.27 0.56 0.29 0.43 0.38 0.65 0.67 0.29 0.49 0.75 0.20 0.33 0.50 0.49 0.37
O4' 0.32 0.60 0.26 0.30 0.68 0.24 0.62 0.25 0.53 0.47 0.69 0.69 0.28 0.44 0.73 0.26 0.30 0.47 0.30 0.33
O5' 0.27 0.41 0.42 0.56 0.46 0.44 0.45 0.48 0.40 0.33 0.44 0.50 0.28 0.69 0.50 0.30 0.50 0.52 0.60 0.46
O6 0.42 1.00 0.22 0.28 1.12 0.32 0.85 0.55 0.66 0.64 1.22 1.15 0.23 0.29 1.30 0.38 0.70 1.17 0.92 0.91
OP1 0.24 0.31 0.27 0.39 0.37 0.23 0.43 0.41 0.36 0.26 0.33 0.43 0.42 0.54 0.42 0.12 0.54 0.74 0.68 0.58
OP2 0.37 0.52 0.40 0.59 0.75 0.58 0.80 0.71 0.69 0.51 0.63 0.48 0.35 0.54 0.82 0.48 0.78 0.73 0.96 0.74
P 0.15 0.25 0.28 0.54 0.40 0.45 0.46 0.55 0.40 0.23 0.31 0.32 0.18 0.69 0.45 0.28 0.59 0.62 0.70 0.55

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.10 0.03 0.00 0.09 0.21 0.21 0.14
C2 0.02 0.00 0.13 0.16 0.01 0.05 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.10 0.01 0.08 0.19 0.35 0.43 0.26
C2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.06 0.02 0.11 0.07 0.13 0.03 0.09 0.22 0.00 0.02 0.07 0.01 0.17 0.29 0.17 0.22
C3' 0.02 0.16 0.00 0.00 0.22 0.01 0.23 0.03 0.20 0.13 0.19 0.17 0.02 0.01 0.24 0.02 0.16 0.19 0.16 0.18
C4 0.03 0.01 0.06 0.22 0.00 0.12 0.01 0.22 0.01 0.02 0.01 0.01 0.17 0.19 0.01 0.05 0.30 0.46 0.69 0.40
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.12 0.00 0.15 0.01 0.15 0.06 0.07 0.07 0.15 0.02 0.13 0.00 0.02 0.12 0.11 0.05
C5 0.02 0.01 0.11 0.23 0.01 0.15 0.00 0.26 0.00 0.01 0.01 0.01 0.22 0.23 0.01 0.07 0.33 0.47 0.71 0.43
C5' 0.04 0.12 0.07 0.03 0.22 0.01 0.26 0.00 0.23 0.12 0.16 0.10 0.09 0.09 0.24 0.02 0.01 0.17 0.18 0.02
C6 0.02 0.01 0.13 0.20 0.01 0.15 0.00 0.23 0.00 0.01 0.01 0.01 0.21 0.19 0.02 0.09 0.28 0.36 0.54 0.33
N1 0.01 0.01 0.03 0.13 0.02 0.06 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.02 0.09 0.08 0.02 0.03 0.18 0.29 0.39 0.22
N3 0.02 0.00 0.09 0.19 0.01 0.07 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.01 0.11 0.14 0.01 0.07 0.24 0.41 0.57 0.33
O2 0.04 0.01 0.22 0.17 0.01 0.07 0.01 0.10 0.01 0.02 0.01 0.00 0.19 0.17 0.01 0.12 0.16 0.37 0.36 0.23
O2' 0.02 0.09 0.00 0.02 0.17 0.15 0.22 0.09 0.21 0.09 0.11 0.19 0.00 0.05 0.18 0.11 0.14 0.29 0.15 0.20
O3' 0.10 0.10 0.02 0.01 0.19 0.02 0.23 0.09 0.19 0.08 0.14 0.17 0.05 0.00 0.22 0.07 0.22 0.30 0.22 0.23
O4 0.03 0.01 0.07 0.24 0.01 0.13 0.01 0.24 0.02 0.02 0.01 0.01 0.18 0.22 0.00 0.05 0.33 0.51 0.76 0.45
O4' 0.00 0.08 0.01 0.02 0.05 0.00 0.07 0.02 0.09 0.03 0.07 0.12 0.11 0.07 0.05 0.00 0.10 0.22 0.19 0.15
O5' 0.09 0.19 0.17 0.16 0.30 0.02 0.33 0.01 0.28 0.18 0.24 0.16 0.14 0.22 0.33 0.10 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.21 0.35 0.29 0.19 0.46 0.12 0.47 0.17 0.36 0.29 0.41 0.37 0.29 0.30 0.51 0.22 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.21 0.43 0.17 0.16 0.69 0.11 0.71 0.18 0.54 0.39 0.57 0.36 0.15 0.22 0.76 0.19 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.14 0.26 0.22 0.18 0.40 0.05 0.43 0.02 0.33 0.22 0.33 0.23 0.20 0.23 0.45 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00