ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50289

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 3, 15, 14, 5, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.001, 0.006, 0.011, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.006 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.002, 0.009, 0.015, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.009 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.002, 0.009, 0.016, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.009 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.002, 0.009, 0.017, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.011 std_dev=0.008
N2 A 0, 0.009, 0.018, 0.027, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.018 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.013 std_dev=0.009
N9 A 0, 0.005, 0.016, 0.027, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.016 std_dev=0.011
O6 A 0, 0.009, 0.023, 0.037, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.023 std_dev=0.014
N7 A 0, 0.004, 0.023, 0.042, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.023 std_dev=0.019
C8 A 0, 0.006, 0.028, 0.051, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.028 std_dev=0.022
C2' A 0, 0.058, 0.110, 0.162, 0.276 max_d=0.276 avg_d=0.110 std_dev=0.052
O4' A 0, 0.035, 0.090, 0.145, 0.299 max_d=0.299 avg_d=0.090 std_dev=0.055
O2' A 0, 0.131, 0.199, 0.267, 0.380 max_d=0.380 avg_d=0.199 std_dev=0.068
C3' A 0, 0.133, 0.203, 0.273, 0.449 max_d=0.449 avg_d=0.203 std_dev=0.070
C4' A 0, 0.116, 0.187, 0.257, 0.428 max_d=0.428 avg_d=0.187 std_dev=0.071
O5' A 0, 0.183, 0.279, 0.374, 0.562 max_d=0.562 avg_d=0.279 std_dev=0.095
O3' A 0, 0.219, 0.321, 0.422, 0.668 max_d=0.668 avg_d=0.321 std_dev=0.101
C5' A 0, 0.172, 0.290, 0.407, 0.721 max_d=0.721 avg_d=0.290 std_dev=0.118
P A 0, 0.210, 0.329, 0.448, 0.805 max_d=0.805 avg_d=0.329 std_dev=0.119
O2' B 0, 0.175, 0.298, 0.422, 0.752 max_d=0.752 avg_d=0.298 std_dev=0.123
C2' B 0, 0.188, 0.329, 0.469, 0.896 max_d=0.896 avg_d=0.329 std_dev=0.141
OP2 A 0, 0.216, 0.363, 0.511, 0.914 max_d=0.914 avg_d=0.363 std_dev=0.148
C3' B 0, 0.161, 0.313, 0.465, 0.967 max_d=0.967 avg_d=0.313 std_dev=0.152
OP1 A 0, 0.214, 0.372, 0.531, 0.910 max_d=0.910 avg_d=0.372 std_dev=0.159
O3' B 0, 0.138, 0.309, 0.480, 1.042 max_d=1.042 avg_d=0.309 std_dev=0.171
OP2 B 0, 0.211, 0.389, 0.567, 1.166 max_d=1.166 avg_d=0.389 std_dev=0.178
O5' B 0, 0.237, 0.420, 0.603, 1.182 max_d=1.182 avg_d=0.420 std_dev=0.183
N1 B 0, 0.269, 0.459, 0.648, 1.205 max_d=1.205 avg_d=0.459 std_dev=0.190
C1' B 0, 0.237, 0.427, 0.617, 1.218 max_d=1.218 avg_d=0.427 std_dev=0.190
C2 B 0, 0.252, 0.443, 0.633, 1.274 max_d=1.274 avg_d=0.443 std_dev=0.191
P B 0, 0.221, 0.415, 0.608, 1.279 max_d=1.279 avg_d=0.415 std_dev=0.194
C4' B 0, 0.212, 0.405, 0.599, 1.249 max_d=1.249 avg_d=0.405 std_dev=0.194
C4 B 0, 0.338, 0.535, 0.731, 1.273 max_d=1.273 avg_d=0.535 std_dev=0.196
C5' B 0, 0.237, 0.437, 0.636, 1.281 max_d=1.281 avg_d=0.437 std_dev=0.199
N3 B 0, 0.282, 0.490, 0.699, 1.424 max_d=1.424 avg_d=0.490 std_dev=0.208
O4 B 0, 0.374, 0.589, 0.804, 1.415 max_d=1.415 avg_d=0.589 std_dev=0.215
O2 B 0, 0.233, 0.451, 0.670, 1.494 max_d=1.494 avg_d=0.451 std_dev=0.218
O4' B 0, 0.252, 0.478, 0.704, 1.485 max_d=1.485 avg_d=0.478 std_dev=0.226
OP1 B 0, 0.198, 0.437, 0.675, 1.623 max_d=1.623 avg_d=0.437 std_dev=0.239
C5 B 0, 0.341, 0.581, 0.820, 1.401 max_d=1.401 avg_d=0.581 std_dev=0.239
C6 B 0, 0.307, 0.553, 0.799, 1.496 max_d=1.496 avg_d=0.553 std_dev=0.246

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.14 0.10 0.07
C2 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.04 0.06 0.10 0.01 0.10 0.11 0.09
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.20 0.13 0.10
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.06 0.04 0.05 0.04 0.05 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.20 0.12 0.11
C4 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.03 0.07 0.01 0.10 0.10 0.06
C4' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.06 0.05 0.09 0.07 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.12 0.06 0.05
C5 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.09 0.01 0.09 0.11 0.07
C5' 0.01 0.11 0.01 0.01 0.06 0.00 0.07 0.00 0.07 0.09 0.09 0.14 0.10 0.09 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.08 0.05 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.04 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.09 0.00 0.10 0.11 0.08
C8 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.03 0.11 0.01 0.11 0.15 0.09
N1 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.05 0.09 0.00 0.10 0.11 0.08
N2 0.02 0.00 0.02 0.05 0.00 0.09 0.00 0.14 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.05 0.07 0.12 0.01 0.12 0.13 0.11
N3 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.06 0.09 0.01 0.11 0.10 0.08
N7 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.02 0.11 0.01 0.10 0.15 0.09
N9 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.06 0.01 0.11 0.11 0.06
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.05 0.04 0.03 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02 0.03 0.20 0.11 0.09
O3' 0.01 0.04 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.06 0.04 0.05 0.03 0.06 0.03 0.03 0.00 0.01 0.04 0.05 0.23 0.14 0.13
O4' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.05 0.07 0.06 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.03 0.12 0.09 0.06
O5' 0.03 0.10 0.03 0.03 0.07 0.01 0.09 0.00 0.09 0.11 0.09 0.12 0.09 0.11 0.06 0.02 0.04 0.03 0.00 0.10 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.05 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.03 0.10 0.00 0.11 0.12 0.10
OP1 0.14 0.10 0.20 0.20 0.10 0.12 0.09 0.05 0.10 0.11 0.10 0.12 0.11 0.10 0.11 0.20 0.23 0.12 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00
OP2 0.10 0.11 0.13 0.12 0.10 0.06 0.11 0.01 0.11 0.15 0.11 0.13 0.10 0.15 0.11 0.11 0.14 0.09 0.01 0.12 0.01 0.00 0.00
P 0.07 0.09 0.10 0.11 0.06 0.05 0.07 0.01 0.08 0.09 0.08 0.11 0.08 0.09 0.06 0.09 0.13 0.06 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.12 0.08 0.06 0.09 0.06 0.17 0.07 0.20 0.11 0.12 0.18 0.10 0.07 0.09 0.08 0.09 0.13 0.13 0.11
C2 0.07 0.11 0.07 0.05 0.09 0.06 0.13 0.08 0.14 0.09 0.12 0.16 0.10 0.06 0.09 0.06 0.09 0.12 0.15 0.10
C2' 0.10 0.12 0.08 0.06 0.10 0.07 0.20 0.07 0.22 0.12 0.12 0.19 0.08 0.06 0.10 0.09 0.09 0.14 0.13 0.12
C3' 0.07 0.10 0.06 0.08 0.07 0.07 0.18 0.06 0.20 0.07 0.11 0.19 0.08 0.09 0.09 0.06 0.06 0.10 0.09 0.08
C4 0.08 0.11 0.07 0.05 0.08 0.06 0.13 0.08 0.15 0.09 0.12 0.16 0.10 0.06 0.09 0.06 0.08 0.12 0.14 0.10
C4' 0.07 0.11 0.05 0.06 0.07 0.06 0.17 0.06 0.19 0.07 0.12 0.19 0.07 0.06 0.11 0.06 0.06 0.09 0.09 0.07
C5 0.08 0.11 0.08 0.07 0.08 0.07 0.11 0.09 0.12 0.09 0.11 0.15 0.10 0.07 0.08 0.08 0.09 0.12 0.14 0.10
C5' 0.09 0.14 0.09 0.09 0.12 0.09 0.18 0.10 0.19 0.09 0.16 0.20 0.09 0.09 0.16 0.09 0.09 0.10 0.11 0.10
C6 0.08 0.11 0.08 0.07 0.09 0.08 0.10 0.11 0.12 0.09 0.11 0.15 0.11 0.07 0.09 0.09 0.11 0.12 0.15 0.11
C8 0.09 0.12 0.08 0.08 0.07 0.07 0.12 0.08 0.15 0.09 0.11 0.17 0.11 0.08 0.07 0.08 0.09 0.12 0.13 0.10
N1 0.08 0.11 0.07 0.06 0.09 0.07 0.11 0.10 0.13 0.09 0.12 0.15 0.10 0.06 0.09 0.07 0.10 0.12 0.15 0.11
N2 0.07 0.11 0.07 0.05 0.09 0.06 0.13 0.09 0.15 0.09 0.12 0.16 0.10 0.07 0.10 0.06 0.09 0.12 0.15 0.11
N3 0.08 0.11 0.07 0.05 0.08 0.06 0.14 0.07 0.16 0.09 0.12 0.17 0.10 0.06 0.09 0.06 0.08 0.12 0.14 0.10
N7 0.09 0.12 0.09 0.09 0.08 0.09 0.10 0.10 0.12 0.09 0.11 0.15 0.11 0.09 0.08 0.09 0.10 0.12 0.14 0.10
N9 0.08 0.12 0.07 0.06 0.08 0.06 0.14 0.07 0.17 0.09 0.12 0.17 0.10 0.07 0.08 0.07 0.08 0.12 0.13 0.10
O2' 0.15 0.14 0.12 0.11 0.13 0.12 0.22 0.11 0.25 0.16 0.14 0.20 0.13 0.11 0.12 0.14 0.13 0.16 0.15 0.14
O3' 0.09 0.11 0.09 0.10 0.07 0.09 0.18 0.08 0.20 0.08 0.12 0.20 0.11 0.12 0.09 0.09 0.07 0.10 0.08 0.07
O4' 0.07 0.10 0.05 0.05 0.07 0.05 0.17 0.05 0.19 0.08 0.11 0.18 0.07 0.06 0.09 0.06 0.07 0.11 0.12 0.09
O5' 0.09 0.14 0.10 0.11 0.10 0.11 0.15 0.12 0.15 0.08 0.15 0.20 0.10 0.10 0.14 0.10 0.11 0.11 0.12 0.11
O6 0.09 0.11 0.09 0.08 0.10 0.10 0.10 0.13 0.11 0.09 0.11 0.14 0.11 0.08 0.10 0.10 0.12 0.12 0.16 0.12
OP1 0.11 0.11 0.09 0.07 0.09 0.07 0.18 0.07 0.19 0.12 0.11 0.15 0.12 0.09 0.09 0.08 0.07 0.10 0.11 0.09
OP2 0.15 0.14 0.13 0.11 0.14 0.11 0.21 0.11 0.22 0.16 0.14 0.15 0.15 0.12 0.12 0.13 0.12 0.14 0.14 0.13
P 0.08 0.10 0.06 0.05 0.08 0.05 0.17 0.05 0.18 0.09 0.10 0.13 0.09 0.06 0.09 0.06 0.06 0.10 0.09 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.04 0.04 0.02
C2 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.11 0.04 0.01 0.08 0.07 0.07 0.07 0.06
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.05 0.01 0.05 0.07 0.00 0.01 0.04 0.01 0.03 0.08 0.05 0.05
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.09 0.04 0.05
C4 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.03 0.00 0.02 0.07 0.07 0.10 0.07
C4' 0.00 0.06 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.09 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.03 0.00 0.05 0.08 0.09 0.12 0.10
C5' 0.01 0.09 0.02 0.01 0.06 0.00 0.05 0.00 0.07 0.03 0.09 0.12 0.02 0.01 0.07 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.05 0.02 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.03 0.01 0.07 0.08 0.08 0.11 0.10
N1 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.05 0.05 0.07 0.04
N3 0.01 0.00 0.05 0.02 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.11 0.04 0.00 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07
O2 0.02 0.00 0.07 0.02 0.01 0.09 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00 0.17 0.06 0.01 0.13 0.09 0.09 0.06 0.07
O2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.06 0.01 0.06 0.02 0.09 0.02 0.11 0.17 0.00 0.03 0.09 0.01 0.04 0.11 0.07 0.07
O3' 0.02 0.04 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.06 0.03 0.00 0.04 0.02 0.03 0.09 0.04 0.04
O4 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.04 0.00 0.03 0.08 0.08 0.11 0.08
O4' 0.00 0.08 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.07 0.01 0.07 0.13 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.03 0.06 0.04
O5' 0.03 0.07 0.03 0.03 0.07 0.01 0.08 0.00 0.08 0.05 0.08 0.09 0.04 0.03 0.08 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.07 0.08 0.09 0.07 0.04 0.09 0.03 0.08 0.05 0.07 0.09 0.11 0.09 0.08 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.04 0.07 0.05 0.04 0.10 0.02 0.12 0.01 0.11 0.07 0.08 0.06 0.07 0.04 0.11 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.06 0.05 0.05 0.07 0.01 0.10 0.01 0.10 0.04 0.07 0.07 0.07 0.04 0.08 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00