ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50290

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 3, 3, 6, 6, 5, 8, 3, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.013, 0.019, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.013 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.008, 0.015, 0.023, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.015 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.006, 0.019, 0.031, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.019 std_dev=0.013
O6 A 0, 0.019, 0.032, 0.045, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.032 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.010, 0.023, 0.036, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.023 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.005, 0.018, 0.032, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.018 std_dev=0.014
N7 A 0, 0.014, 0.028, 0.043, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.028 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.007, 0.021, 0.036, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.021 std_dev=0.015
C2 A 0, -0.001, 0.014, 0.029, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.014 std_dev=0.015
N9 A 0, 0.012, 0.028, 0.043, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.028 std_dev=0.016
N2 A 0, 0.009, 0.031, 0.053, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.031 std_dev=0.022
C8 A 0, 0.015, 0.038, 0.060, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.038 std_dev=0.023
O4' A 0, -0.002, 0.178, 0.358, 0.976 max_d=0.976 avg_d=0.178 std_dev=0.180
C2' A 0, 0.059, 0.251, 0.442, 1.107 max_d=1.107 avg_d=0.251 std_dev=0.192
O2' B 0, 0.305, 0.502, 0.699, 1.055 max_d=1.055 avg_d=0.502 std_dev=0.197
O2' A 0, 0.606, 0.822, 1.038, 1.447 max_d=1.447 avg_d=0.822 std_dev=0.216
C3' A 0, 0.439, 0.668, 0.896, 1.489 max_d=1.489 avg_d=0.668 std_dev=0.228
C3' B 0, 0.452, 0.689, 0.926, 1.309 max_d=1.309 avg_d=0.689 std_dev=0.237
C4' A 0, 0.122, 0.366, 0.610, 1.450 max_d=1.450 avg_d=0.366 std_dev=0.244
C2' B 0, 0.383, 0.636, 0.889, 1.083 max_d=1.083 avg_d=0.636 std_dev=0.253
C5' A 0, 0.697, 1.003, 1.309, 2.247 max_d=2.247 avg_d=1.003 std_dev=0.306
O5' A 0, 0.957, 1.288, 1.619, 1.729 max_d=1.729 avg_d=1.288 std_dev=0.331
O3' A 0, 0.635, 0.978, 1.321, 2.059 max_d=2.059 avg_d=0.978 std_dev=0.343
P A 0, 0.747, 1.092, 1.437, 1.688 max_d=1.688 avg_d=1.092 std_dev=0.345
O3' B 0, 0.209, 0.598, 0.987, 1.993 max_d=1.993 avg_d=0.598 std_dev=0.389
OP1 A 0, 0.953, 1.348, 1.743, 2.149 max_d=2.149 avg_d=1.348 std_dev=0.395
C1' B 0, 0.476, 0.871, 1.266, 1.458 max_d=1.458 avg_d=0.871 std_dev=0.395
OP2 A 0, 0.875, 1.287, 1.699, 1.932 max_d=1.932 avg_d=1.287 std_dev=0.412
O2 B 0, 0.493, 0.906, 1.319, 1.891 max_d=1.891 avg_d=0.906 std_dev=0.413
C2 B 0, 0.619, 1.083, 1.547, 1.673 max_d=1.673 avg_d=1.083 std_dev=0.464
N1 B 0, 0.586, 1.078, 1.570, 1.804 max_d=1.804 avg_d=1.078 std_dev=0.492
O4' B 0, 0.677, 1.311, 1.945, 2.246 max_d=2.246 avg_d=1.311 std_dev=0.634
C4' B 0, 0.825, 1.486, 2.147, 2.454 max_d=2.454 avg_d=1.486 std_dev=0.661
O5' B 0, 1.592, 2.272, 2.953, 3.448 max_d=3.448 avg_d=2.272 std_dev=0.680
N3 B 0, 0.756, 1.465, 2.174, 2.385 max_d=2.385 avg_d=1.465 std_dev=0.709
C6 B 0, 0.714, 1.456, 2.198, 2.495 max_d=2.495 avg_d=1.456 std_dev=0.742
C4 B 0, 0.880, 1.805, 2.730, 3.084 max_d=3.084 avg_d=1.805 std_dev=0.925
C5 B 0, 0.849, 1.785, 2.721, 3.084 max_d=3.084 avg_d=1.785 std_dev=0.936
OP1 B 0, 2.007, 2.985, 3.964, 4.692 max_d=4.692 avg_d=2.985 std_dev=0.978
P B 0, 1.755, 2.741, 3.728, 4.269 max_d=4.269 avg_d=2.741 std_dev=0.987
C5' B 0, 1.533, 2.577, 3.620, 4.019 max_d=4.019 avg_d=2.577 std_dev=1.044
O4 B 0, 1.027, 2.166, 3.304, 3.718 max_d=3.718 avg_d=2.166 std_dev=1.139
OP2 B 0, 1.622, 2.838, 4.055, 4.575 max_d=4.575 avg_d=2.838 std_dev=1.216

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.10 0.01 0.10 0.27 0.15
C2 0.04 0.00 0.12 0.18 0.01 0.08 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.13 0.20 0.03 0.22 0.01 0.17 0.28 0.19
C2' 0.01 0.12 0.00 0.01 0.06 0.02 0.04 0.03 0.06 0.07 0.09 0.15 0.12 0.06 0.02 0.00 0.02 0.01 0.18 0.05 0.20 0.18 0.12
C3' 0.02 0.18 0.01 0.00 0.11 0.01 0.11 0.03 0.12 0.14 0.15 0.21 0.16 0.13 0.07 0.02 0.01 0.01 0.23 0.12 0.30 0.11 0.16
C4 0.02 0.01 0.06 0.11 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.11 0.02 0.23 0.01 0.16 0.27 0.17
C4' 0.01 0.08 0.02 0.01 0.05 0.00 0.06 0.01 0.07 0.08 0.07 0.10 0.08 0.07 0.04 0.10 0.02 0.01 0.02 0.07 0.11 0.23 0.08
C5 0.01 0.01 0.04 0.11 0.00 0.06 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.12 0.02 0.29 0.01 0.20 0.27 0.20
C5' 0.03 0.14 0.03 0.03 0.10 0.01 0.12 0.00 0.14 0.12 0.14 0.15 0.12 0.13 0.07 0.09 0.04 0.02 0.01 0.15 0.16 0.24 0.02
C6 0.01 0.01 0.06 0.12 0.01 0.07 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.15 0.02 0.30 0.01 0.22 0.29 0.22
C8 0.01 0.01 0.07 0.14 0.01 0.08 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.15 0.04 0.30 0.02 0.17 0.24 0.17
N1 0.03 0.01 0.09 0.15 0.01 0.07 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.17 0.03 0.26 0.01 0.20 0.28 0.20
N2 0.04 0.01 0.15 0.21 0.01 0.10 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.16 0.25 0.04 0.20 0.02 0.16 0.28 0.18
N3 0.03 0.00 0.12 0.16 0.00 0.08 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.18 0.03 0.19 0.02 0.15 0.27 0.17
N7 0.01 0.01 0.06 0.13 0.00 0.07 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.16 0.04 0.33 0.02 0.21 0.27 0.21
N9 0.01 0.02 0.02 0.07 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.07 0.02 0.21 0.01 0.14 0.25 0.15
O2' 0.01 0.13 0.00 0.02 0.08 0.10 0.07 0.09 0.10 0.05 0.12 0.16 0.12 0.06 0.04 0.00 0.05 0.07 0.09 0.10 0.18 0.19 0.10
O3' 0.02 0.20 0.02 0.01 0.11 0.02 0.12 0.04 0.15 0.15 0.17 0.25 0.18 0.16 0.07 0.05 0.00 0.02 0.21 0.15 0.42 0.16 0.21
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.03 0.04 0.03 0.04 0.02 0.07 0.02 0.00 0.07 0.03 0.11 0.34 0.21
O5' 0.10 0.22 0.18 0.23 0.23 0.02 0.29 0.01 0.30 0.30 0.26 0.20 0.19 0.33 0.21 0.09 0.21 0.07 0.00 0.32 0.02 0.03 0.01
O6 0.01 0.01 0.05 0.12 0.01 0.07 0.01 0.15 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.10 0.15 0.03 0.32 0.00 0.25 0.30 0.24
OP1 0.10 0.17 0.20 0.30 0.16 0.11 0.20 0.16 0.22 0.17 0.20 0.16 0.15 0.21 0.14 0.18 0.42 0.11 0.02 0.25 0.00 0.02 0.01
OP2 0.27 0.28 0.18 0.11 0.27 0.23 0.27 0.24 0.29 0.24 0.28 0.28 0.27 0.27 0.25 0.19 0.16 0.34 0.03 0.30 0.02 0.00 0.01
P 0.15 0.19 0.12 0.16 0.17 0.08 0.20 0.02 0.22 0.17 0.20 0.18 0.17 0.21 0.15 0.10 0.21 0.21 0.01 0.24 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.27 0.53 0.26 0.34 0.62 0.24 0.56 0.33 0.48 0.42 0.62 0.59 0.16 0.32 0.67 0.25 0.42 0.37 0.57 0.47
C2 0.36 0.66 0.27 0.39 1.02 0.35 0.94 0.51 0.76 0.60 0.90 0.53 0.12 0.31 1.16 0.39 0.70 0.69 0.94 0.83
C2' 0.25 0.53 0.23 0.28 0.65 0.19 0.58 0.28 0.48 0.41 0.63 0.58 0.18 0.25 0.72 0.21 0.42 0.38 0.63 0.47
C3' 0.23 0.40 0.22 0.22 0.46 0.17 0.43 0.23 0.37 0.30 0.46 0.50 0.29 0.20 0.52 0.19 0.34 0.34 0.55 0.38
C4 0.35 0.63 0.27 0.39 0.88 0.35 0.82 0.49 0.69 0.57 0.81 0.55 0.13 0.31 0.95 0.37 0.65 0.61 0.84 0.75
C4' 0.22 0.37 0.21 0.17 0.36 0.15 0.32 0.18 0.28 0.26 0.39 0.49 0.31 0.18 0.40 0.17 0.22 0.26 0.40 0.24
C5 0.40 0.61 0.28 0.42 0.94 0.43 0.92 0.60 0.78 0.61 0.82 0.46 0.15 0.31 1.01 0.46 0.77 0.75 0.96 0.89
C5' 0.31 0.31 0.32 0.20 0.24 0.25 0.25 0.21 0.26 0.25 0.28 0.43 0.47 0.19 0.26 0.27 0.19 0.29 0.38 0.20
C6 0.42 0.61 0.28 0.43 1.06 0.47 1.02 0.66 0.85 0.64 0.87 0.41 0.15 0.32 1.19 0.51 0.85 0.87 1.08 1.00
C8 0.35 0.50 0.27 0.40 0.64 0.38 0.67 0.52 0.62 0.50 0.57 0.45 0.16 0.30 0.64 0.39 0.64 0.58 0.76 0.70
N1 0.40 0.64 0.28 0.41 1.07 0.42 1.01 0.60 0.82 0.63 0.90 0.46 0.13 0.31 1.23 0.46 0.80 0.81 1.05 0.95
N2 0.36 0.67 0.27 0.38 1.04 0.33 0.94 0.49 0.76 0.60 0.92 0.54 0.12 0.32 1.21 0.37 0.69 0.67 0.95 0.82
N3 0.34 0.65 0.27 0.37 0.93 0.31 0.84 0.45 0.69 0.56 0.86 0.58 0.13 0.31 1.04 0.34 0.62 0.58 0.84 0.72
N7 0.41 0.53 0.28 0.43 0.80 0.46 0.84 0.63 0.76 0.58 0.67 0.39 0.17 0.31 0.80 0.49 0.79 0.75 0.93 0.88
N9 0.32 0.57 0.27 0.37 0.71 0.31 0.68 0.43 0.59 0.50 0.68 0.56 0.14 0.31 0.75 0.32 0.56 0.50 0.71 0.63
O2' 0.23 0.55 0.22 0.26 0.66 0.19 0.56 0.24 0.44 0.39 0.67 0.61 0.18 0.26 0.76 0.19 0.32 0.30 0.54 0.37
O3' 0.22 0.39 0.22 0.20 0.44 0.18 0.41 0.20 0.35 0.28 0.45 0.50 0.30 0.20 0.50 0.19 0.29 0.36 0.52 0.33
O4' 0.23 0.42 0.22 0.28 0.43 0.19 0.38 0.27 0.34 0.31 0.45 0.52 0.23 0.31 0.46 0.19 0.31 0.30 0.43 0.33
O5' 0.24 0.34 0.28 0.11 0.33 0.06 0.34 0.11 0.32 0.27 0.36 0.43 0.34 0.01 0.37 0.13 0.23 0.30 0.46 0.27
O6 0.45 0.57 0.29 0.45 1.10 0.53 1.09 0.75 0.89 0.65 0.82 0.35 0.17 0.33 1.26 0.57 0.94 1.00 1.19 1.12
OP1 0.10 0.19 0.07 0.09 0.22 0.24 0.26 0.38 0.25 0.13 0.22 0.29 0.12 0.02 0.26 0.21 0.31 0.43 0.52 0.35
OP2 0.16 0.30 0.21 0.07 0.31 0.15 0.32 0.32 0.29 0.21 0.33 0.37 0.25 0.03 0.34 0.11 0.38 0.45 0.57 0.45
P 0.07 0.20 0.13 0.02 0.21 0.09 0.24 0.20 0.23 0.12 0.22 0.29 0.17 0.01 0.24 0.05 0.23 0.31 0.45 0.26

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.09 0.13 0.12 0.14
C2 0.02 0.00 0.13 0.13 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.11 0.15 0.01 0.06 0.19 0.22 0.23 0.21
C2' 0.01 0.13 0.00 0.01 0.05 0.01 0.09 0.03 0.11 0.03 0.10 0.22 0.00 0.02 0.07 0.01 0.12 0.13 0.13 0.11
C3' 0.01 0.13 0.01 0.00 0.11 0.01 0.14 0.02 0.15 0.06 0.12 0.20 0.02 0.01 0.12 0.01 0.15 0.20 0.20 0.13
C4 0.02 0.01 0.05 0.11 0.00 0.07 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.13 0.01 0.03 0.27 0.34 0.37 0.31
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.07 0.00 0.08 0.01 0.08 0.04 0.05 0.06 0.06 0.02 0.07 0.01 0.02 0.08 0.13 0.06
C5 0.01 0.01 0.09 0.14 0.01 0.08 0.00 0.17 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.17 0.01 0.05 0.28 0.35 0.38 0.32
C5' 0.02 0.09 0.03 0.02 0.15 0.01 0.17 0.00 0.15 0.09 0.12 0.09 0.05 0.03 0.16 0.01 0.01 0.07 0.18 0.02
C6 0.01 0.01 0.11 0.15 0.01 0.08 0.00 0.15 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.17 0.01 0.07 0.25 0.28 0.28 0.25
N1 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.02 0.18 0.20 0.20 0.19
N3 0.02 0.00 0.10 0.12 0.01 0.05 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.10 0.15 0.01 0.05 0.23 0.27 0.31 0.26
O2 0.03 0.01 0.22 0.20 0.02 0.06 0.02 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.21 0.25 0.02 0.09 0.17 0.19 0.20 0.19
O2' 0.01 0.11 0.00 0.02 0.05 0.06 0.07 0.05 0.08 0.02 0.10 0.21 0.00 0.05 0.06 0.05 0.06 0.14 0.12 0.09
O3' 0.02 0.15 0.02 0.01 0.13 0.02 0.17 0.03 0.17 0.06 0.15 0.25 0.05 0.00 0.15 0.02 0.16 0.31 0.33 0.18
O4 0.02 0.01 0.07 0.12 0.01 0.07 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.15 0.00 0.03 0.29 0.38 0.42 0.35
O4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.07 0.02 0.05 0.09 0.05 0.02 0.03 0.00 0.10 0.18 0.18 0.18
O5' 0.09 0.19 0.12 0.15 0.27 0.02 0.28 0.01 0.25 0.18 0.23 0.17 0.06 0.16 0.29 0.10 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.13 0.22 0.13 0.20 0.34 0.08 0.35 0.07 0.28 0.20 0.27 0.19 0.14 0.31 0.38 0.18 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.12 0.23 0.13 0.20 0.37 0.13 0.38 0.18 0.28 0.20 0.31 0.20 0.12 0.33 0.42 0.18 0.03 0.02 0.00 0.00
P 0.14 0.21 0.11 0.13 0.31 0.06 0.32 0.02 0.25 0.19 0.26 0.19 0.09 0.18 0.35 0.18 0.01 0.01 0.00 0.00