ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50291

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 8, 9, 5, 4, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.010, 0.015, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.010 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.009, 0.015, 0.022, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.015 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.009, 0.016, 0.024, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.016 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.004, 0.013, 0.021, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.008, 0.017, 0.026, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.017 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.005, 0.015, 0.025, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.006, 0.018, 0.030, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.018 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.005, 0.017, 0.030, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.017 std_dev=0.012
O6 A 0, 0.009, 0.025, 0.041, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.025 std_dev=0.016
N2 A 0, 0.036, 0.054, 0.072, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.054 std_dev=0.018
N7 A 0, 0.006, 0.027, 0.047, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.027 std_dev=0.020
C8 A 0, 0.004, 0.029, 0.053, 0.117 max_d=0.117 avg_d=0.029 std_dev=0.025
C2' A 0, 0.048, 0.099, 0.151, 0.210 max_d=0.210 avg_d=0.099 std_dev=0.051
O4' A 0, 0.062, 0.115, 0.168, 0.222 max_d=0.222 avg_d=0.115 std_dev=0.053
O2' A 0, 0.104, 0.169, 0.234, 0.325 max_d=0.325 avg_d=0.169 std_dev=0.065
C4' A 0, 0.087, 0.158, 0.229, 0.317 max_d=0.317 avg_d=0.158 std_dev=0.071
C3' A 0, 0.087, 0.164, 0.240, 0.335 max_d=0.335 avg_d=0.164 std_dev=0.076
O3' A 0, 0.120, 0.232, 0.344, 0.511 max_d=0.511 avg_d=0.232 std_dev=0.112
C5' A 0, 0.115, 0.227, 0.340, 0.526 max_d=0.526 avg_d=0.227 std_dev=0.113
O5' A 0, 0.151, 0.271, 0.391, 0.512 max_d=0.512 avg_d=0.271 std_dev=0.120
O3' B 0, 0.149, 0.271, 0.393, 0.599 max_d=0.599 avg_d=0.271 std_dev=0.122
OP1 B 0, 0.126, 0.262, 0.399, 0.744 max_d=0.744 avg_d=0.262 std_dev=0.136
P A 0, 0.180, 0.320, 0.459, 0.628 max_d=0.628 avg_d=0.320 std_dev=0.140
C3' B 0, 0.168, 0.321, 0.475, 0.798 max_d=0.798 avg_d=0.321 std_dev=0.153
C5' B 0, 0.128, 0.284, 0.440, 0.834 max_d=0.834 avg_d=0.284 std_dev=0.156
C4' B 0, 0.154, 0.310, 0.466, 0.824 max_d=0.824 avg_d=0.310 std_dev=0.156
O2' B 0, 0.219, 0.378, 0.537, 0.676 max_d=0.676 avg_d=0.378 std_dev=0.159
P B 0, 0.199, 0.369, 0.538, 0.937 max_d=0.937 avg_d=0.369 std_dev=0.170
OP2 A 0, 0.228, 0.399, 0.569, 0.733 max_d=0.733 avg_d=0.399 std_dev=0.170
O5' B 0, 0.202, 0.378, 0.553, 0.923 max_d=0.923 avg_d=0.378 std_dev=0.175
C2' B 0, 0.215, 0.393, 0.570, 0.863 max_d=0.863 avg_d=0.393 std_dev=0.178
OP1 A 0, 0.259, 0.446, 0.633, 0.811 max_d=0.811 avg_d=0.446 std_dev=0.187
O4' B 0, 0.196, 0.395, 0.594, 1.032 max_d=1.032 avg_d=0.395 std_dev=0.199
C1' B 0, 0.228, 0.437, 0.645, 1.008 max_d=1.008 avg_d=0.437 std_dev=0.208
OP2 B 0, 0.260, 0.471, 0.683, 1.099 max_d=1.099 avg_d=0.471 std_dev=0.211
C6 B 0, 0.166, 0.378, 0.591, 1.001 max_d=1.001 avg_d=0.378 std_dev=0.212
C5 B 0, 0.176, 0.408, 0.640, 1.099 max_d=1.099 avg_d=0.408 std_dev=0.232
N1 B 0, 0.215, 0.448, 0.681, 1.121 max_d=1.121 avg_d=0.448 std_dev=0.233
C2 B 0, 0.266, 0.547, 0.828, 1.379 max_d=1.379 avg_d=0.547 std_dev=0.281
C4 B 0, 0.241, 0.522, 0.803, 1.357 max_d=1.357 avg_d=0.522 std_dev=0.281
N3 B 0, 0.275, 0.577, 0.879, 1.481 max_d=1.481 avg_d=0.577 std_dev=0.302
O2 B 0, 0.299, 0.608, 0.918, 1.527 max_d=1.527 avg_d=0.608 std_dev=0.310
O4 B 0, 0.353, 0.682, 1.010, 1.617 max_d=1.617 avg_d=0.682 std_dev=0.329

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.01 0.04 0.09 0.05
C2 0.02 0.00 0.04 0.05 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.06 0.01 0.07 0.01 0.06 0.12 0.07
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.05 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.08 0.04
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.05 0.04 0.05 0.06 0.05 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.06 0.03 0.07 0.04
C4 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.07 0.01 0.06 0.11 0.06
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.03 0.03 0.03 0.04 0.02 0.05 0.01 0.00 0.01 0.04 0.04 0.05 0.02
C5 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.09 0.01 0.08 0.13 0.08
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.06 0.07 0.05 0.04 0.04 0.07 0.04 0.05 0.02 0.01 0.01 0.07 0.05 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.05 0.01 0.10 0.00 0.09 0.14 0.09
C8 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02 0.10 0.01 0.07 0.11 0.07
N1 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.06 0.01 0.09 0.01 0.08 0.13 0.08
N2 0.02 0.00 0.05 0.06 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.08 0.02 0.07 0.01 0.06 0.12 0.07
N3 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.06 0.01 0.07 0.01 0.05 0.11 0.06
N7 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.10 0.01 0.09 0.13 0.09
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.05 0.10 0.05
O2' 0.02 0.07 0.00 0.02 0.03 0.05 0.03 0.05 0.04 0.01 0.05 0.08 0.06 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.04 0.03 0.06 0.08 0.05
O3' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.05 0.05 0.06 0.08 0.06 0.04 0.03 0.03 0.00 0.01 0.04 0.06 0.06 0.07 0.05
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.02 0.05 0.08 0.05
O5' 0.04 0.07 0.02 0.03 0.07 0.01 0.09 0.01 0.10 0.10 0.09 0.07 0.07 0.10 0.07 0.04 0.04 0.03 0.00 0.11 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.06 0.02 0.11 0.00 0.11 0.15 0.11
OP1 0.04 0.06 0.03 0.03 0.06 0.04 0.08 0.05 0.09 0.07 0.08 0.06 0.05 0.09 0.05 0.06 0.06 0.05 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00
OP2 0.09 0.12 0.08 0.07 0.11 0.05 0.13 0.02 0.14 0.11 0.13 0.12 0.11 0.13 0.10 0.08 0.07 0.08 0.01 0.15 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.07 0.04 0.04 0.06 0.02 0.08 0.01 0.09 0.07 0.08 0.07 0.06 0.09 0.05 0.05 0.05 0.05 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.08 0.09 0.08 0.09 0.08 0.10 0.07 0.09 0.09 0.09 0.08 0.11 0.09 0.10 0.09 0.07 0.10 0.11 0.08
C2 0.07 0.07 0.07 0.06 0.07 0.06 0.07 0.06 0.07 0.07 0.07 0.07 0.09 0.06 0.08 0.07 0.06 0.12 0.11 0.09
C2' 0.08 0.07 0.08 0.07 0.08 0.08 0.09 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.10 0.08 0.09 0.08 0.06 0.09 0.11 0.08
C3' 0.06 0.06 0.07 0.06 0.08 0.06 0.09 0.07 0.08 0.06 0.07 0.06 0.09 0.07 0.09 0.06 0.06 0.07 0.10 0.06
C4 0.07 0.07 0.08 0.06 0.07 0.06 0.08 0.05 0.08 0.07 0.07 0.08 0.10 0.06 0.08 0.07 0.06 0.11 0.10 0.08
C4' 0.06 0.06 0.06 0.06 0.08 0.07 0.09 0.07 0.08 0.06 0.07 0.06 0.08 0.07 0.09 0.06 0.06 0.07 0.10 0.06
C5 0.07 0.07 0.07 0.06 0.07 0.05 0.07 0.06 0.07 0.07 0.07 0.08 0.09 0.06 0.08 0.07 0.06 0.11 0.10 0.08
C5' 0.05 0.05 0.05 0.05 0.08 0.07 0.09 0.09 0.09 0.06 0.06 0.05 0.05 0.04 0.09 0.06 0.08 0.08 0.10 0.07
C6 0.07 0.07 0.07 0.06 0.07 0.05 0.07 0.06 0.07 0.07 0.07 0.08 0.08 0.06 0.08 0.06 0.06 0.11 0.10 0.08
C8 0.08 0.08 0.08 0.06 0.08 0.07 0.08 0.06 0.08 0.07 0.08 0.08 0.11 0.06 0.08 0.08 0.07 0.11 0.10 0.08
N1 0.07 0.07 0.07 0.05 0.07 0.05 0.07 0.05 0.07 0.06 0.07 0.08 0.08 0.06 0.07 0.06 0.06 0.11 0.10 0.08
N2 0.07 0.07 0.07 0.06 0.07 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.09 0.06 0.08 0.08 0.07 0.12 0.12 0.10
N3 0.08 0.07 0.08 0.06 0.08 0.07 0.08 0.06 0.08 0.08 0.07 0.08 0.10 0.06 0.08 0.08 0.07 0.12 0.11 0.09
N7 0.08 0.08 0.08 0.06 0.07 0.06 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.09 0.10 0.07 0.08 0.07 0.07 0.11 0.10 0.09
N9 0.08 0.08 0.08 0.06 0.08 0.07 0.08 0.05 0.08 0.08 0.08 0.08 0.11 0.07 0.09 0.08 0.06 0.11 0.10 0.08
O2' 0.10 0.09 0.10 0.09 0.10 0.10 0.11 0.10 0.10 0.09 0.09 0.09 0.11 0.10 0.12 0.10 0.09 0.12 0.14 0.11
O3' 0.06 0.06 0.06 0.05 0.08 0.07 0.09 0.08 0.08 0.06 0.07 0.06 0.08 0.06 0.09 0.06 0.06 0.07 0.10 0.06
O4' 0.08 0.08 0.09 0.08 0.09 0.08 0.09 0.06 0.09 0.08 0.09 0.08 0.11 0.10 0.10 0.08 0.06 0.09 0.10 0.07
O5' 0.02 0.04 0.02 0.02 0.07 0.05 0.08 0.07 0.07 0.04 0.06 0.06 0.04 0.01 0.09 0.04 0.06 0.08 0.09 0.06
O6 0.07 0.08 0.08 0.07 0.08 0.06 0.07 0.06 0.07 0.07 0.08 0.10 0.08 0.08 0.08 0.07 0.07 0.11 0.10 0.08
OP1 0.05 0.07 0.07 0.04 0.09 0.05 0.10 0.09 0.09 0.06 0.08 0.08 0.08 0.02 0.11 0.05 0.09 0.13 0.10 0.10
OP2 0.05 0.08 0.05 0.02 0.09 0.02 0.08 0.03 0.06 0.05 0.09 0.10 0.09 0.01 0.11 0.03 0.04 0.07 0.07 0.05
P 0.02 0.05 0.04 0.01 0.07 0.02 0.08 0.05 0.06 0.04 0.06 0.07 0.05 0.01 0.09 0.02 0.04 0.08 0.07 0.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.04 0.03
C2 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.01 0.04 0.05 0.08 0.06
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.05 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.05 0.03 0.02
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.04 0.05 0.01 0.01 0.05 0.01 0.02 0.05 0.04 0.03
C4 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.00 0.01 0.06 0.09 0.12 0.09
C4' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.01 0.02 0.07 0.09 0.12 0.09
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.04 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.05 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.02 0.06 0.07 0.09 0.07
N1 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.05 0.07 0.05
N3 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.01 0.01 0.05 0.07 0.10 0.07
O2 0.01 0.00 0.05 0.05 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.06 0.01 0.02 0.04 0.05 0.07 0.05
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.05 0.00 0.03 0.03 0.02 0.02 0.06 0.03 0.03
O3' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.05 0.03 0.05 0.06 0.03 0.00 0.06 0.01 0.03 0.08 0.07 0.05
O4 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.02 0.07 0.10 0.13 0.10
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.04 0.05 0.05 0.04
O5' 0.03 0.04 0.02 0.02 0.06 0.01 0.07 0.01 0.06 0.04 0.05 0.04 0.02 0.03 0.07 0.04 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.04 0.05 0.05 0.05 0.09 0.04 0.09 0.04 0.07 0.05 0.07 0.05 0.06 0.08 0.10 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.04 0.08 0.03 0.04 0.12 0.02 0.12 0.01 0.09 0.07 0.10 0.07 0.03 0.07 0.13 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.06 0.02 0.03 0.09 0.01 0.09 0.01 0.07 0.05 0.07 0.05 0.03 0.05 0.10 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00