ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50292

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 4, 5, 4, 1, 3, 5, 6, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.005, 0.010, 0.016, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.010 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.008, 0.014, 0.019, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.014 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.010, 0.018, 0.025, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.018 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.011, 0.020, 0.029, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.020 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.015, 0.026, 0.036, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.026 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.016, 0.028, 0.040, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.028 std_dev=0.012
N2 A 0, 0.010, 0.022, 0.035, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.022 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.017, 0.033, 0.048, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.033 std_dev=0.015
N9 A 0, 0.025, 0.043, 0.061, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.043 std_dev=0.018
O6 A 0, 0.024, 0.044, 0.063, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.044 std_dev=0.019
O4' A 0, 0.025, 0.052, 0.080, 0.136 max_d=0.136 avg_d=0.052 std_dev=0.027
N7 A 0, 0.040, 0.068, 0.096, 0.139 max_d=0.139 avg_d=0.068 std_dev=0.028
C8 A 0, 0.049, 0.082, 0.116, 0.163 max_d=0.163 avg_d=0.082 std_dev=0.034
C2' A 0, 0.090, 0.158, 0.226, 0.311 max_d=0.311 avg_d=0.158 std_dev=0.068
C4' A 0, 0.085, 0.163, 0.240, 0.333 max_d=0.333 avg_d=0.163 std_dev=0.077
C3' A 0, 0.138, 0.245, 0.351, 0.495 max_d=0.495 avg_d=0.245 std_dev=0.107
O2' A 0, 0.140, 0.254, 0.369, 0.508 max_d=0.508 avg_d=0.254 std_dev=0.115
C5' A 0, 0.144, 0.274, 0.404, 0.581 max_d=0.581 avg_d=0.274 std_dev=0.130
O4' B 0, 0.213, 0.367, 0.520, 0.734 max_d=0.734 avg_d=0.367 std_dev=0.154
C4' B 0, 0.205, 0.361, 0.518, 0.732 max_d=0.732 avg_d=0.361 std_dev=0.156
O5' A 0, 0.229, 0.387, 0.545, 0.765 max_d=0.765 avg_d=0.387 std_dev=0.158
C1' B 0, 0.230, 0.414, 0.598, 0.779 max_d=0.779 avg_d=0.414 std_dev=0.184
C3' B 0, 0.219, 0.407, 0.595, 0.785 max_d=0.785 avg_d=0.407 std_dev=0.188
O3' A 0, 0.266, 0.459, 0.652, 0.923 max_d=0.923 avg_d=0.459 std_dev=0.193
N1 B 0, 0.264, 0.465, 0.665, 0.954 max_d=0.954 avg_d=0.465 std_dev=0.200
P A 0, 0.191, 0.398, 0.605, 0.800 max_d=0.800 avg_d=0.398 std_dev=0.207
C5' B 0, 0.190, 0.398, 0.607, 0.898 max_d=0.898 avg_d=0.398 std_dev=0.209
OP1 B 0, 0.363, 0.575, 0.787, 1.216 max_d=1.216 avg_d=0.575 std_dev=0.212
P B 0, 0.332, 0.551, 0.770, 1.097 max_d=1.097 avg_d=0.551 std_dev=0.219
C6 B 0, 0.297, 0.523, 0.749, 1.325 max_d=1.325 avg_d=0.523 std_dev=0.226
C2' B 0, 0.269, 0.498, 0.726, 0.978 max_d=0.978 avg_d=0.498 std_dev=0.228
OP1 A 0, 0.271, 0.509, 0.747, 0.935 max_d=0.935 avg_d=0.509 std_dev=0.238
O3' B 0, 0.215, 0.455, 0.695, 1.007 max_d=1.007 avg_d=0.455 std_dev=0.240
C2 B 0, 0.277, 0.529, 0.780, 0.875 max_d=0.875 avg_d=0.529 std_dev=0.252
OP2 A 0, 0.173, 0.430, 0.687, 0.996 max_d=0.996 avg_d=0.430 std_dev=0.257
C5 B 0, 0.321, 0.581, 0.841, 1.535 max_d=1.535 avg_d=0.581 std_dev=0.260
O2 B 0, 0.260, 0.541, 0.822, 1.008 max_d=1.008 avg_d=0.541 std_dev=0.281
O5' B 0, 0.279, 0.561, 0.844, 1.211 max_d=1.211 avg_d=0.561 std_dev=0.283
OP2 B 0, 0.539, 0.833, 1.127, 1.372 max_d=1.372 avg_d=0.833 std_dev=0.294
C4 B 0, 0.345, 0.642, 0.938, 1.369 max_d=1.369 avg_d=0.642 std_dev=0.297
O2' B 0, 0.331, 0.630, 0.928, 1.135 max_d=1.135 avg_d=0.630 std_dev=0.299
N3 B 0, 0.320, 0.630, 0.940, 1.043 max_d=1.043 avg_d=0.630 std_dev=0.310
O4 B 0, 0.386, 0.728, 1.070, 1.478 max_d=1.478 avg_d=0.728 std_dev=0.342

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.09 0.03 0.03
C2 0.02 0.00 0.05 0.06 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.08 0.01 0.09 0.00 0.08 0.09 0.07
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.05 0.03 0.05 0.06 0.05 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.05 0.05 0.07 0.03
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.07 0.06 0.07 0.07 0.05 0.07 0.04 0.01 0.00 0.01 0.05 0.08 0.03 0.09 0.05
C4 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.01 0.09 0.01 0.08 0.08 0.06
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.04 0.04 0.04 0.03 0.05 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.05 0.05 0.04 0.02
C5 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.08 0.01 0.11 0.01 0.10 0.10 0.09
C5' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.07 0.08 0.06 0.05 0.04 0.09 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.09 0.03 0.04 0.01
C6 0.01 0.00 0.05 0.07 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.09 0.01 0.12 0.00 0.11 0.11 0.10
C8 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.01 0.11 0.01 0.09 0.08 0.07
N1 0.01 0.00 0.05 0.07 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.08 0.01 0.10 0.00 0.09 0.11 0.08
N2 0.02 0.00 0.06 0.07 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.09 0.02 0.08 0.01 0.08 0.10 0.06
N3 0.01 0.00 0.05 0.05 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.06 0.01 0.07 0.00 0.08 0.08 0.05
N7 0.00 0.00 0.04 0.07 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.08 0.01 0.12 0.01 0.11 0.10 0.10
N9 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.08 0.01 0.08 0.06 0.05
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.04 0.03 0.04 0.02 0.05 0.02 0.06 0.08 0.06 0.03 0.01 0.00 0.03 0.02 0.02 0.05 0.08 0.06 0.02
O3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.05 0.01 0.08 0.02 0.09 0.07 0.08 0.09 0.06 0.08 0.04 0.03 0.00 0.01 0.07 0.10 0.04 0.14 0.08
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.01 0.10 0.04 0.07
O5' 0.03 0.09 0.04 0.05 0.09 0.01 0.11 0.00 0.12 0.11 0.10 0.08 0.07 0.12 0.08 0.02 0.07 0.04 0.00 0.13 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.05 0.08 0.01 0.05 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.10 0.01 0.13 0.00 0.12 0.13 0.12
OP1 0.09 0.08 0.05 0.03 0.08 0.05 0.10 0.03 0.11 0.09 0.09 0.08 0.08 0.11 0.08 0.08 0.04 0.10 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00
OP2 0.03 0.09 0.07 0.09 0.08 0.04 0.10 0.04 0.11 0.08 0.11 0.10 0.08 0.10 0.06 0.06 0.14 0.04 0.01 0.13 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.07 0.03 0.05 0.06 0.02 0.09 0.01 0.10 0.07 0.08 0.06 0.05 0.10 0.05 0.02 0.08 0.07 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.14 0.18 0.17 0.08 0.18 0.06 0.17 0.07 0.16 0.16 0.19 0.19 0.26 0.06 0.18 0.08 0.08 0.09 0.17 0.07
C2 0.10 0.14 0.12 0.05 0.17 0.06 0.16 0.06 0.14 0.13 0.16 0.12 0.17 0.05 0.17 0.06 0.07 0.09 0.21 0.09
C2' 0.11 0.18 0.15 0.06 0.18 0.07 0.16 0.07 0.14 0.14 0.20 0.20 0.23 0.05 0.19 0.07 0.09 0.09 0.17 0.07
C3' 0.08 0.17 0.13 0.04 0.16 0.08 0.13 0.07 0.11 0.12 0.18 0.19 0.22 0.06 0.18 0.06 0.09 0.09 0.18 0.06
C4 0.12 0.16 0.14 0.06 0.17 0.06 0.16 0.06 0.15 0.15 0.17 0.15 0.20 0.04 0.17 0.07 0.06 0.09 0.20 0.08
C4' 0.10 0.15 0.14 0.05 0.15 0.07 0.13 0.08 0.12 0.12 0.16 0.17 0.23 0.05 0.16 0.06 0.07 0.10 0.18 0.07
C5 0.10 0.14 0.12 0.06 0.16 0.06 0.16 0.07 0.15 0.13 0.15 0.12 0.17 0.06 0.16 0.07 0.07 0.10 0.21 0.09
C5' 0.06 0.12 0.11 0.02 0.11 0.08 0.09 0.09 0.08 0.08 0.13 0.14 0.21 0.02 0.12 0.05 0.06 0.11 0.19 0.08
C6 0.09 0.11 0.10 0.06 0.15 0.07 0.16 0.07 0.14 0.12 0.13 0.09 0.13 0.08 0.15 0.07 0.08 0.10 0.22 0.10
C8 0.14 0.17 0.16 0.07 0.17 0.06 0.17 0.06 0.16 0.16 0.17 0.17 0.23 0.04 0.17 0.07 0.07 0.09 0.19 0.08
N1 0.09 0.12 0.10 0.06 0.15 0.07 0.16 0.07 0.14 0.12 0.14 0.10 0.14 0.07 0.16 0.07 0.07 0.10 0.22 0.10
N2 0.10 0.14 0.12 0.05 0.17 0.06 0.16 0.06 0.14 0.13 0.16 0.12 0.17 0.05 0.18 0.06 0.07 0.10 0.21 0.09
N3 0.11 0.16 0.14 0.06 0.17 0.06 0.16 0.06 0.15 0.14 0.17 0.15 0.20 0.04 0.18 0.07 0.07 0.09 0.20 0.08
N7 0.12 0.15 0.13 0.06 0.16 0.06 0.16 0.07 0.15 0.14 0.15 0.14 0.18 0.07 0.16 0.07 0.07 0.10 0.21 0.09
N9 0.13 0.17 0.16 0.07 0.17 0.06 0.17 0.06 0.16 0.16 0.18 0.17 0.23 0.04 0.18 0.07 0.07 0.09 0.19 0.08
O2' 0.12 0.18 0.15 0.06 0.18 0.06 0.16 0.06 0.14 0.15 0.20 0.20 0.23 0.04 0.20 0.07 0.09 0.09 0.17 0.06
O3' 0.06 0.16 0.09 0.05 0.16 0.10 0.11 0.09 0.09 0.10 0.18 0.19 0.17 0.10 0.18 0.07 0.08 0.10 0.19 0.08
O4' 0.16 0.18 0.19 0.11 0.18 0.07 0.17 0.08 0.16 0.17 0.18 0.18 0.27 0.11 0.18 0.10 0.09 0.11 0.18 0.09
O5' 0.07 0.12 0.12 0.03 0.11 0.05 0.09 0.05 0.08 0.09 0.12 0.14 0.20 0.01 0.12 0.04 0.08 0.09 0.17 0.06
O6 0.09 0.09 0.10 0.08 0.14 0.09 0.16 0.08 0.14 0.11 0.11 0.09 0.12 0.10 0.14 0.08 0.09 0.11 0.24 0.12
OP1 0.08 0.07 0.05 0.09 0.07 0.17 0.08 0.20 0.08 0.07 0.07 0.07 0.07 0.01 0.07 0.13 0.14 0.20 0.30 0.21
OP2 0.07 0.11 0.10 0.05 0.11 0.04 0.10 0.08 0.09 0.09 0.12 0.13 0.14 0.02 0.12 0.04 0.17 0.11 0.14 0.07
P 0.03 0.06 0.05 0.01 0.04 0.06 0.04 0.06 0.04 0.04 0.06 0.08 0.10 0.00 0.05 0.04 0.07 0.10 0.22 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.09 0.26 0.12
C2 0.01 0.00 0.05 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.05 0.01 0.06 0.06 0.09 0.21 0.10
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.03 0.05 0.01 0.05 0.08 0.00 0.02 0.03 0.00 0.06 0.12 0.29 0.14
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.10 0.25 0.10
C4 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.04 0.00 0.02 0.08 0.09 0.17 0.10
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.03 0.06 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.06 0.19 0.06
C5 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.03 0.00 0.04 0.08 0.09 0.18 0.10
C5' 0.02 0.04 0.03 0.01 0.07 0.00 0.09 0.00 0.09 0.04 0.05 0.06 0.03 0.01 0.07 0.01 0.00 0.03 0.08 0.01
C6 0.01 0.00 0.05 0.03 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.03 0.01 0.06 0.07 0.09 0.22 0.11
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.05 0.09 0.23 0.11
N3 0.01 0.00 0.05 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.04 0.00 0.05 0.07 0.08 0.18 0.10
O2 0.02 0.00 0.08 0.03 0.01 0.06 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.15 0.06 0.01 0.09 0.05 0.09 0.21 0.10
O2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.05 0.01 0.07 0.03 0.08 0.02 0.08 0.15 0.00 0.04 0.06 0.01 0.08 0.14 0.31 0.14
O3' 0.03 0.05 0.02 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.06 0.04 0.00 0.04 0.03 0.05 0.09 0.26 0.10
O4 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.04 0.00 0.03 0.08 0.09 0.17 0.10
O4' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.05 0.09 0.01 0.03 0.03 0.00 0.04 0.06 0.21 0.08
O5' 0.03 0.06 0.06 0.06 0.08 0.01 0.08 0.00 0.07 0.05 0.07 0.05 0.08 0.05 0.08 0.04 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.09 0.09 0.12 0.10 0.09 0.06 0.09 0.03 0.09 0.09 0.08 0.09 0.14 0.09 0.09 0.06 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.26 0.21 0.29 0.25 0.17 0.19 0.18 0.08 0.22 0.23 0.18 0.21 0.31 0.26 0.17 0.21 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.12 0.10 0.14 0.10 0.10 0.06 0.10 0.01 0.11 0.11 0.10 0.10 0.14 0.10 0.10 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00