ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50293

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 2, 3, 4, 8, 2, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.007, 0.011, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.002, 0.007, 0.013, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.005, 0.011, 0.017, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.011 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.004, 0.011, 0.018, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.011 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.003, 0.011, 0.018, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.011 std_dev=0.007
N9 A 0, 0.006, 0.013, 0.021, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.006, 0.014, 0.022, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.014 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.013 std_dev=0.009
O6 A 0, 0.010, 0.021, 0.032, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.021 std_dev=0.011
N7 A 0, 0.011, 0.023, 0.035, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.012
N2 A 0, 0.009, 0.022, 0.035, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.022 std_dev=0.013
C8 A 0, 0.009, 0.024, 0.038, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.024 std_dev=0.014
O4' A 0, 0.012, 0.037, 0.062, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.037 std_dev=0.025
C2' A 0, 0.019, 0.065, 0.112, 0.181 max_d=0.181 avg_d=0.065 std_dev=0.047
O2' A 0, 0.092, 0.154, 0.216, 0.297 max_d=0.297 avg_d=0.154 std_dev=0.062
C4' A 0, 0.041, 0.104, 0.167, 0.226 max_d=0.226 avg_d=0.104 std_dev=0.063
C3' A 0, 0.050, 0.113, 0.177, 0.223 max_d=0.223 avg_d=0.113 std_dev=0.064
O3' B 0, 0.159, 0.240, 0.321, 0.382 max_d=0.382 avg_d=0.240 std_dev=0.081
O5' A 0, 0.167, 0.270, 0.372, 0.428 max_d=0.428 avg_d=0.270 std_dev=0.103
C5' A 0, 0.062, 0.168, 0.275, 0.363 max_d=0.363 avg_d=0.168 std_dev=0.106
O3' A 0, 0.092, 0.204, 0.317, 0.443 max_d=0.443 avg_d=0.204 std_dev=0.112
C3' B 0, 0.159, 0.283, 0.407, 0.562 max_d=0.562 avg_d=0.283 std_dev=0.124
P A 0, 0.126, 0.267, 0.407, 0.557 max_d=0.557 avg_d=0.267 std_dev=0.141
C2' B 0, 0.301, 0.446, 0.591, 0.707 max_d=0.707 avg_d=0.446 std_dev=0.145
C4' B 0, 0.288, 0.464, 0.639, 0.669 max_d=0.669 avg_d=0.464 std_dev=0.176
O2 B 0, 0.327, 0.521, 0.716, 0.868 max_d=0.868 avg_d=0.521 std_dev=0.195
N1 B 0, 0.311, 0.507, 0.703, 0.854 max_d=0.854 avg_d=0.507 std_dev=0.196
OP1 B 0, 0.294, 0.491, 0.687, 0.768 max_d=0.768 avg_d=0.491 std_dev=0.196
OP2 B 0, 0.199, 0.396, 0.593, 0.716 max_d=0.716 avg_d=0.396 std_dev=0.197
C1' B 0, 0.394, 0.592, 0.790, 0.904 max_d=0.904 avg_d=0.592 std_dev=0.198
C5' B 0, 0.322, 0.523, 0.723, 0.754 max_d=0.754 avg_d=0.523 std_dev=0.201
C2 B 0, 0.271, 0.471, 0.672, 0.821 max_d=0.821 avg_d=0.471 std_dev=0.201
O2' B 0, 0.470, 0.685, 0.900, 1.001 max_d=1.001 avg_d=0.685 std_dev=0.215
C6 B 0, 0.275, 0.493, 0.712, 0.933 max_d=0.933 avg_d=0.493 std_dev=0.218
P B 0, 0.228, 0.449, 0.670, 0.747 max_d=0.747 avg_d=0.449 std_dev=0.221
O4 B 0, 0.231, 0.458, 0.685, 0.915 max_d=0.915 avg_d=0.458 std_dev=0.227
C4 B 0, 0.200, 0.427, 0.655, 0.900 max_d=0.900 avg_d=0.427 std_dev=0.228
N3 B 0, 0.179, 0.408, 0.638, 0.831 max_d=0.831 avg_d=0.408 std_dev=0.229
C5 B 0, 0.236, 0.468, 0.701, 0.976 max_d=0.976 avg_d=0.468 std_dev=0.233
OP1 A 0, 0.139, 0.381, 0.623, 0.850 max_d=0.850 avg_d=0.381 std_dev=0.242
O4' B 0, 0.437, 0.685, 0.933, 1.019 max_d=1.019 avg_d=0.685 std_dev=0.248
O5' B 0, 0.393, 0.677, 0.960, 1.059 max_d=1.059 avg_d=0.677 std_dev=0.284
OP2 A 0, 0.104, 0.406, 0.708, 1.054 max_d=1.054 avg_d=0.406 std_dev=0.302

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.08 0.07 0.04
C2 0.02 0.00 0.03 0.06 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.02 0.09 0.01 0.12 0.20 0.11
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.04 0.04 0.03
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.05 0.01 0.06 0.02 0.07 0.05 0.06 0.06 0.05 0.06 0.04 0.02 0.01 0.01 0.03 0.07 0.04 0.05 0.03
C4 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.08 0.01 0.09 0.19 0.09
C4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.06 0.06 0.05 0.04 0.03 0.06 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.06 0.08 0.03 0.02
C5 0.01 0.01 0.02 0.06 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.01 0.11 0.01 0.13 0.27 0.13
C5' 0.02 0.06 0.02 0.02 0.06 0.01 0.09 0.00 0.09 0.09 0.08 0.06 0.05 0.10 0.05 0.04 0.04 0.03 0.01 0.10 0.08 0.04 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01 0.06 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.08 0.02 0.12 0.00 0.17 0.29 0.15
C8 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.08 0.21 0.09
N1 0.01 0.00 0.03 0.06 0.01 0.05 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.07 0.02 0.11 0.00 0.16 0.25 0.14
N2 0.02 0.01 0.04 0.06 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.06 0.02 0.08 0.01 0.12 0.18 0.10
N3 0.02 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.05 0.02 0.07 0.01 0.09 0.16 0.08
N7 0.01 0.01 0.02 0.06 0.00 0.06 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.01 0.11 0.01 0.13 0.29 0.14
N9 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.06 0.15 0.06
O2' 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.04 0.03 0.03 0.02 0.07 0.04 0.04
O3' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.05 0.02 0.07 0.04 0.08 0.05 0.07 0.06 0.05 0.07 0.03 0.04 0.00 0.02 0.05 0.08 0.05 0.08 0.04
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.08 0.02 0.14 0.05 0.07
O5' 0.04 0.09 0.02 0.03 0.08 0.01 0.11 0.01 0.12 0.09 0.11 0.08 0.07 0.11 0.06 0.03 0.05 0.08 0.00 0.13 0.02 0.02 0.00
O6 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01 0.06 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.08 0.02 0.13 0.00 0.20 0.33 0.17
OP1 0.08 0.12 0.04 0.04 0.09 0.08 0.13 0.08 0.17 0.08 0.16 0.12 0.09 0.13 0.06 0.07 0.05 0.14 0.02 0.20 0.00 0.01 0.02
OP2 0.07 0.20 0.04 0.05 0.19 0.03 0.27 0.04 0.29 0.21 0.25 0.18 0.16 0.29 0.15 0.04 0.08 0.05 0.02 0.33 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.11 0.03 0.03 0.09 0.02 0.13 0.01 0.15 0.09 0.14 0.10 0.08 0.14 0.06 0.04 0.04 0.07 0.00 0.17 0.02 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.05 0.06 0.05 0.07 0.08 0.10 0.12 0.10 0.06 0.05 0.06 0.09 0.05 0.07 0.08 0.10 0.07 0.09 0.05
C2 0.09 0.05 0.07 0.05 0.07 0.10 0.09 0.13 0.10 0.07 0.06 0.07 0.11 0.05 0.08 0.11 0.12 0.06 0.07 0.05
C2' 0.05 0.05 0.06 0.04 0.06 0.06 0.08 0.09 0.08 0.05 0.05 0.07 0.09 0.05 0.07 0.06 0.07 0.08 0.10 0.05
C3' 0.05 0.06 0.07 0.05 0.06 0.03 0.07 0.08 0.07 0.04 0.06 0.10 0.10 0.06 0.07 0.03 0.05 0.08 0.11 0.07
C4 0.08 0.05 0.07 0.05 0.07 0.10 0.09 0.13 0.10 0.07 0.05 0.06 0.10 0.04 0.07 0.10 0.12 0.06 0.07 0.04
C4' 0.05 0.07 0.08 0.06 0.06 0.03 0.07 0.07 0.06 0.05 0.06 0.10 0.11 0.09 0.07 0.04 0.05 0.08 0.11 0.08
C5 0.10 0.06 0.07 0.06 0.07 0.11 0.10 0.13 0.10 0.08 0.06 0.07 0.11 0.06 0.08 0.12 0.14 0.06 0.07 0.05
C5' 0.08 0.10 0.11 0.09 0.07 0.07 0.07 0.08 0.06 0.07 0.09 0.14 0.13 0.12 0.08 0.06 0.07 0.07 0.12 0.10
C6 0.11 0.07 0.08 0.07 0.08 0.12 0.10 0.13 0.11 0.09 0.07 0.08 0.11 0.07 0.09 0.13 0.14 0.06 0.07 0.06
C8 0.08 0.05 0.06 0.05 0.07 0.10 0.10 0.13 0.10 0.07 0.05 0.06 0.09 0.04 0.07 0.10 0.13 0.06 0.07 0.05
N1 0.10 0.06 0.08 0.06 0.08 0.11 0.09 0.13 0.10 0.08 0.07 0.07 0.11 0.06 0.09 0.12 0.14 0.06 0.07 0.05
N2 0.09 0.05 0.07 0.05 0.07 0.10 0.09 0.13 0.10 0.07 0.06 0.07 0.11 0.05 0.08 0.11 0.12 0.06 0.07 0.05
N3 0.08 0.05 0.07 0.05 0.07 0.10 0.09 0.12 0.10 0.07 0.05 0.06 0.10 0.04 0.07 0.10 0.11 0.06 0.08 0.04
N7 0.10 0.06 0.07 0.07 0.07 0.12 0.10 0.13 0.11 0.08 0.06 0.07 0.10 0.06 0.08 0.12 0.14 0.07 0.07 0.06
N9 0.07 0.04 0.06 0.05 0.07 0.09 0.10 0.13 0.10 0.07 0.05 0.06 0.09 0.03 0.07 0.09 0.11 0.06 0.08 0.04
O2' 0.05 0.05 0.06 0.04 0.07 0.06 0.09 0.09 0.08 0.05 0.05 0.07 0.09 0.06 0.07 0.06 0.07 0.09 0.10 0.07
O3' 0.06 0.09 0.09 0.07 0.08 0.05 0.07 0.08 0.07 0.06 0.09 0.12 0.11 0.08 0.09 0.05 0.07 0.10 0.12 0.09
O4' 0.06 0.05 0.07 0.06 0.08 0.07 0.11 0.12 0.10 0.07 0.06 0.07 0.09 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.10 0.05
O5' 0.02 0.06 0.04 0.02 0.06 0.07 0.08 0.13 0.08 0.03 0.06 0.11 0.07 0.01 0.07 0.06 0.10 0.06 0.07 0.06
O6 0.12 0.08 0.09 0.07 0.09 0.13 0.11 0.13 0.11 0.10 0.09 0.09 0.12 0.08 0.10 0.14 0.16 0.06 0.07 0.07
OP1 0.08 0.11 0.08 0.08 0.07 0.17 0.09 0.26 0.09 0.07 0.10 0.16 0.09 0.05 0.08 0.15 0.25 0.25 0.21 0.21
OP2 0.11 0.12 0.14 0.04 0.07 0.03 0.12 0.09 0.11 0.08 0.10 0.21 0.23 0.03 0.08 0.05 0.05 0.05 0.09 0.05
P 0.03 0.08 0.07 0.01 0.06 0.06 0.09 0.12 0.08 0.03 0.07 0.14 0.11 0.01 0.07 0.04 0.09 0.07 0.05 0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.06 0.04
C2 0.01 0.00 0.05 0.04 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.05 0.01 0.02 0.05 0.06 0.05 0.03
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.09 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.08 0.07
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.07 0.03 0.04 0.07 0.01 0.00 0.05 0.01 0.01 0.05 0.08 0.08
C4 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.00 0.02 0.08 0.11 0.10 0.07
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.04 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.04 0.01 0.01 0.03 0.06 0.06
C5 0.01 0.00 0.03 0.07 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.00 0.01 0.08 0.12 0.11 0.08
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.01 0.07 0.00 0.06 0.03 0.04 0.02 0.04 0.02 0.07 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01
C6 0.00 0.01 0.04 0.07 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01 0.02 0.08 0.10 0.09 0.07
N1 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.06 0.05 0.04
N3 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.05 0.01 0.02 0.06 0.08 0.07 0.04
O2 0.02 0.00 0.09 0.07 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.10 0.10 0.01 0.03 0.05 0.04 0.05 0.04
O2' 0.02 0.05 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.04 0.03 0.01 0.05 0.10 0.00 0.03 0.02 0.03 0.05 0.07 0.12 0.09
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.05 0.02 0.07 0.02 0.07 0.03 0.05 0.10 0.03 0.00 0.06 0.02 0.05 0.11 0.14 0.13
O4 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.00 0.03 0.09 0.13 0.12 0.08
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.00 0.04 0.04 0.05 0.03
O5' 0.03 0.05 0.02 0.01 0.08 0.01 0.08 0.01 0.08 0.05 0.06 0.05 0.05 0.05 0.09 0.04 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.03 0.06 0.04 0.05 0.11 0.03 0.12 0.05 0.10 0.06 0.08 0.04 0.07 0.11 0.13 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.06 0.05 0.08 0.08 0.10 0.06 0.11 0.01 0.09 0.05 0.07 0.05 0.12 0.14 0.12 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.03 0.07 0.08 0.07 0.06 0.08 0.01 0.07 0.04 0.04 0.04 0.09 0.13 0.08 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00