ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50294

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 4, 6, 4, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.009, 0.013, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.009 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.004, 0.010, 0.015, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.005, 0.012, 0.019, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.004, 0.011, 0.018, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.005, 0.015, 0.025, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.007, 0.017, 0.027, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.017 std_dev=0.010
N2 A 0, 0.012, 0.023, 0.033, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.023 std_dev=0.010
N9 A 0, 0.007, 0.018, 0.030, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.018 std_dev=0.012
O6 A 0, 0.013, 0.029, 0.045, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.029 std_dev=0.016
C2' A 0, 0.022, 0.042, 0.062, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.042 std_dev=0.020
N7 A 0, 0.009, 0.031, 0.053, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.031 std_dev=0.022
C8 A 0, 0.009, 0.032, 0.056, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.032 std_dev=0.023
O4' A 0, 0.020, 0.047, 0.074, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.047 std_dev=0.027
C4' A 0, 0.028, 0.063, 0.098, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.063 std_dev=0.035
C3' A 0, 0.023, 0.060, 0.098, 0.137 max_d=0.137 avg_d=0.060 std_dev=0.038
O2' A 0, 0.028, 0.070, 0.112, 0.169 max_d=0.169 avg_d=0.070 std_dev=0.042
C5' A 0, 0.047, 0.097, 0.147, 0.174 max_d=0.174 avg_d=0.097 std_dev=0.050
O3' A 0, 0.030, 0.081, 0.133, 0.207 max_d=0.207 avg_d=0.081 std_dev=0.051
O5' A 0, 0.066, 0.136, 0.206, 0.258 max_d=0.258 avg_d=0.136 std_dev=0.070
P A 0, 0.093, 0.194, 0.294, 0.412 max_d=0.412 avg_d=0.194 std_dev=0.100
P B 0, 0.167, 0.277, 0.388, 0.431 max_d=0.431 avg_d=0.277 std_dev=0.110
O3' B 0, 0.147, 0.258, 0.369, 0.463 max_d=0.463 avg_d=0.258 std_dev=0.111
OP2 A 0, 0.088, 0.199, 0.311, 0.518 max_d=0.518 avg_d=0.199 std_dev=0.111
C5' B 0, 0.194, 0.306, 0.418, 0.476 max_d=0.476 avg_d=0.306 std_dev=0.112
OP2 B 0, 0.194, 0.307, 0.419, 0.465 max_d=0.465 avg_d=0.307 std_dev=0.112
O5' B 0, 0.197, 0.315, 0.433, 0.484 max_d=0.484 avg_d=0.315 std_dev=0.118
C3' B 0, 0.176, 0.297, 0.418, 0.506 max_d=0.506 avg_d=0.297 std_dev=0.121
C4' B 0, 0.201, 0.324, 0.447, 0.538 max_d=0.538 avg_d=0.324 std_dev=0.123
OP1 B 0, 0.136, 0.264, 0.392, 0.517 max_d=0.517 avg_d=0.264 std_dev=0.128
OP1 A 0, 0.111, 0.247, 0.383, 0.559 max_d=0.559 avg_d=0.247 std_dev=0.136
C2' B 0, 0.209, 0.351, 0.494, 0.577 max_d=0.577 avg_d=0.351 std_dev=0.142
O4' B 0, 0.225, 0.368, 0.512, 0.611 max_d=0.611 avg_d=0.368 std_dev=0.144
O2' B 0, 0.201, 0.348, 0.495, 0.601 max_d=0.601 avg_d=0.348 std_dev=0.147
C1' B 0, 0.253, 0.413, 0.573, 0.653 max_d=0.653 avg_d=0.413 std_dev=0.160
C6 B 0, 0.291, 0.461, 0.630, 0.728 max_d=0.728 avg_d=0.461 std_dev=0.170
N1 B 0, 0.297, 0.482, 0.668, 0.769 max_d=0.769 avg_d=0.482 std_dev=0.185
C5 B 0, 0.348, 0.551, 0.754, 0.854 max_d=0.854 avg_d=0.551 std_dev=0.203
C2 B 0, 0.351, 0.590, 0.829, 0.935 max_d=0.935 avg_d=0.590 std_dev=0.239
O2 B 0, 0.354, 0.609, 0.864, 0.976 max_d=0.976 avg_d=0.609 std_dev=0.255
C4 B 0, 0.411, 0.678, 0.945, 1.043 max_d=1.043 avg_d=0.678 std_dev=0.267
N3 B 0, 0.402, 0.682, 0.961, 1.083 max_d=1.083 avg_d=0.682 std_dev=0.280
O4 B 0, 0.487, 0.823, 1.158, 1.349 max_d=1.349 avg_d=0.823 std_dev=0.335

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.06 0.06 0.03
C2 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.03 0.07 0.01 0.10 0.09 0.07
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.06 0.05 0.03
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.03 0.02
C4 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.02 0.05 0.01 0.08 0.08 0.05
C4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.06 0.01 0.08 0.08 0.06
C5' 0.01 0.06 0.02 0.02 0.05 0.00 0.05 0.00 0.06 0.03 0.06 0.07 0.06 0.04 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.06 0.03 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.02 0.06 0.00 0.09 0.09 0.07
C8 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.04 0.01 0.07 0.07 0.04
N1 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.03 0.07 0.00 0.10 0.09 0.07
N2 0.02 0.00 0.03 0.04 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.04 0.03 0.08 0.01 0.11 0.10 0.08
N3 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.03 0.06 0.00 0.08 0.08 0.06
N7 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.05 0.01 0.08 0.08 0.05
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.04 0.01 0.07 0.07 0.04
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.04 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.04 0.07 0.05 0.04
O3' 0.03 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.02 0.02
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.06 0.05 0.03
O5' 0.02 0.07 0.02 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.06 0.04 0.07 0.08 0.06 0.05 0.04 0.02 0.01 0.02 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.02 0.07 0.00 0.10 0.10 0.07
OP1 0.06 0.10 0.06 0.05 0.08 0.03 0.08 0.03 0.09 0.07 0.10 0.11 0.08 0.08 0.07 0.07 0.04 0.06 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.09 0.05 0.03 0.08 0.02 0.08 0.02 0.09 0.07 0.09 0.10 0.08 0.08 0.07 0.05 0.02 0.05 0.01 0.10 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.07 0.03 0.02 0.05 0.01 0.06 0.01 0.07 0.04 0.07 0.08 0.06 0.05 0.04 0.04 0.02 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.06 0.06 0.07 0.06 0.08 0.06 0.08 0.07 0.07 0.06 0.07 0.07 0.08 0.08 0.09 0.07 0.07 0.05 0.07 0.03
C2 0.08 0.07 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.09 0.08 0.07 0.07 0.09 0.08 0.09 0.09 0.09 0.08 0.07 0.07 0.07
C2' 0.08 0.08 0.09 0.08 0.09 0.08 0.09 0.09 0.08 0.07 0.09 0.09 0.09 0.09 0.11 0.08 0.09 0.05 0.08 0.04
C3' 0.09 0.09 0.09 0.09 0.11 0.09 0.10 0.09 0.08 0.08 0.10 0.10 0.10 0.09 0.13 0.09 0.11 0.07 0.10 0.07
C4 0.08 0.07 0.07 0.08 0.08 0.08 0.09 0.09 0.08 0.07 0.07 0.08 0.08 0.09 0.08 0.08 0.08 0.08 0.07 0.06
C4' 0.07 0.08 0.08 0.08 0.10 0.07 0.09 0.08 0.07 0.07 0.09 0.09 0.09 0.08 0.12 0.08 0.09 0.05 0.09 0.05
C5 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.10 0.10 0.10 0.10 0.09 0.09 0.10 0.08 0.09 0.09 0.10 0.09 0.10 0.09 0.08
C5' 0.07 0.08 0.08 0.07 0.10 0.06 0.09 0.07 0.07 0.07 0.09 0.08 0.08 0.08 0.12 0.07 0.08 0.05 0.09 0.05
C6 0.11 0.10 0.09 0.10 0.10 0.11 0.11 0.11 0.11 0.10 0.10 0.11 0.09 0.10 0.11 0.11 0.10 0.10 0.09 0.09
C8 0.08 0.07 0.07 0.08 0.08 0.08 0.10 0.09 0.09 0.08 0.07 0.08 0.07 0.08 0.08 0.08 0.09 0.10 0.09 0.08
N1 0.10 0.09 0.09 0.09 0.09 0.10 0.10 0.10 0.10 0.09 0.09 0.10 0.09 0.10 0.10 0.10 0.09 0.08 0.08 0.08
N2 0.08 0.07 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.09 0.08 0.07 0.06 0.08 0.08 0.09 0.09 0.09 0.08 0.07 0.07 0.07
N3 0.07 0.06 0.07 0.08 0.08 0.07 0.09 0.08 0.08 0.06 0.06 0.07 0.08 0.09 0.08 0.08 0.08 0.06 0.07 0.06
N7 0.10 0.10 0.09 0.10 0.10 0.10 0.11 0.11 0.11 0.10 0.09 0.10 0.08 0.10 0.10 0.10 0.10 0.11 0.10 0.09
N9 0.07 0.06 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.08 0.08 0.06 0.06 0.07 0.07 0.08 0.08 0.07 0.07 0.07 0.07 0.05
O2' 0.10 0.10 0.11 0.11 0.10 0.10 0.10 0.11 0.09 0.09 0.10 0.10 0.11 0.12 0.11 0.10 0.11 0.07 0.08 0.06
O3' 0.10 0.11 0.11 0.10 0.13 0.10 0.11 0.11 0.10 0.10 0.12 0.11 0.11 0.10 0.15 0.11 0.12 0.08 0.12 0.08
O4' 0.06 0.06 0.07 0.06 0.08 0.06 0.08 0.08 0.07 0.06 0.07 0.07 0.08 0.07 0.10 0.06 0.08 0.04 0.07 0.03
O5' 0.06 0.08 0.07 0.07 0.09 0.06 0.09 0.07 0.07 0.07 0.09 0.08 0.08 0.08 0.11 0.07 0.08 0.04 0.09 0.05
O6 0.12 0.13 0.11 0.11 0.13 0.12 0.13 0.12 0.12 0.12 0.12 0.14 0.10 0.11 0.13 0.13 0.11 0.11 0.10 0.11
OP1 0.09 0.09 0.10 0.10 0.09 0.10 0.09 0.10 0.08 0.08 0.09 0.10 0.12 0.11 0.11 0.10 0.11 0.07 0.09 0.07
OP2 0.09 0.08 0.10 0.09 0.09 0.09 0.08 0.10 0.07 0.07 0.08 0.10 0.11 0.10 0.10 0.09 0.11 0.06 0.09 0.06
P 0.07 0.07 0.08 0.07 0.09 0.07 0.09 0.07 0.07 0.06 0.08 0.08 0.09 0.08 0.11 0.07 0.08 0.04 0.09 0.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.06 0.04
C2 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.02 0.05 0.05 0.07 0.05
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.05 0.05 0.03
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.03 0.01 0.00 0.04 0.01 0.03 0.06 0.04 0.03
C4 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.00 0.02 0.09 0.09 0.10 0.08
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.04 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.05 0.02 0.01
C5 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.09 0.09 0.10 0.09
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.06 0.00 0.07 0.00 0.06 0.03 0.04 0.02 0.03 0.02 0.07 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.08 0.07 0.08 0.06
N1 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.05 0.05 0.07 0.04
N3 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.04 0.00 0.02 0.07 0.07 0.08 0.06
O2 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.04 0.01 0.02 0.03 0.04 0.07 0.04
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.04 0.05 0.00 0.03 0.04 0.03 0.02 0.07 0.04 0.02
O3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.04 0.04 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.08 0.05 0.04
O4 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.04 0.00 0.03 0.10 0.10 0.11 0.10
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.00 0.04 0.03 0.08 0.05
O5' 0.03 0.05 0.03 0.03 0.09 0.01 0.09 0.00 0.08 0.05 0.07 0.03 0.02 0.04 0.10 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.03 0.05 0.05 0.06 0.09 0.05 0.09 0.04 0.07 0.05 0.07 0.04 0.07 0.08 0.10 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.07 0.05 0.04 0.10 0.02 0.10 0.01 0.08 0.07 0.08 0.07 0.04 0.05 0.11 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.05 0.03 0.03 0.08 0.01 0.09 0.01 0.06 0.04 0.06 0.04 0.02 0.04 0.10 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00