ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50295

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 3, 1, 1, 3, 2, 3, 1, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.013, 0.021, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.003, 0.021, 0.039, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.021 std_dev=0.018
C4 A 0, 0.009, 0.031, 0.053, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.031 std_dev=0.022
N1 A 0, 0.004, 0.029, 0.053, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.029 std_dev=0.025
N9 A 0, 0.011, 0.037, 0.064, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.037 std_dev=0.026
N3 A 0, 0.006, 0.035, 0.063, 0.141 max_d=0.141 avg_d=0.035 std_dev=0.029
N7 A 0, 0.004, 0.034, 0.064, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.034 std_dev=0.030
C2 A 0, -0.005, 0.025, 0.056, 0.143 max_d=0.143 avg_d=0.025 std_dev=0.030
C1' A 0, 0.000, 0.033, 0.067, 0.153 max_d=0.153 avg_d=0.033 std_dev=0.034
O6 A 0, 0.003, 0.040, 0.076, 0.140 max_d=0.140 avg_d=0.040 std_dev=0.037
C8 A 0, 0.008, 0.045, 0.082, 0.148 max_d=0.148 avg_d=0.045 std_dev=0.037
N2 A 0, 0.007, 0.047, 0.087, 0.176 max_d=0.176 avg_d=0.047 std_dev=0.040
O2' B 0, 0.202, 0.524, 0.846, 1.245 max_d=1.245 avg_d=0.524 std_dev=0.322
C2' B 0, 0.267, 0.594, 0.920, 1.398 max_d=1.398 avg_d=0.594 std_dev=0.326
C3' B 0, 0.343, 0.751, 1.158, 1.658 max_d=1.658 avg_d=0.751 std_dev=0.408
O4' A 0, -0.300, 0.346, 0.992, 2.474 max_d=2.474 avg_d=0.346 std_dev=0.646
C4' B 0, 0.395, 1.046, 1.697, 2.437 max_d=2.437 avg_d=1.046 std_dev=0.651
C2' A 0, -0.303, 0.398, 1.098, 2.884 max_d=2.884 avg_d=0.398 std_dev=0.700
O4' B 0, 0.317, 1.089, 1.861, 3.248 max_d=3.248 avg_d=1.089 std_dev=0.772
C1' B 0, 0.142, 0.927, 1.712, 3.020 max_d=3.020 avg_d=0.927 std_dev=0.785
O2' A 0, -0.310, 0.507, 1.324, 3.245 max_d=3.245 avg_d=0.507 std_dev=0.817
O3' B 0, 0.035, 0.916, 1.798, 4.038 max_d=4.038 avg_d=0.916 std_dev=0.882
C4' A 0, -0.396, 0.579, 1.554, 3.842 max_d=3.842 avg_d=0.579 std_dev=0.975
C5' B 0, 0.438, 1.445, 2.451, 3.957 max_d=3.957 avg_d=1.445 std_dev=1.006
C3' A 0, -0.437, 0.615, 1.667, 4.394 max_d=4.394 avg_d=0.615 std_dev=1.052
O5' B 0, 0.349, 1.505, 2.660, 4.382 max_d=4.382 avg_d=1.505 std_dev=1.156
N1 B 0, 0.015, 1.261, 2.508, 4.615 max_d=4.615 avg_d=1.261 std_dev=1.247
C6 B 0, 0.161, 1.451, 2.741, 5.042 max_d=5.042 avg_d=1.451 std_dev=1.290
O3' A 0, -0.539, 0.882, 2.303, 6.299 max_d=6.299 avg_d=0.882 std_dev=1.421
OP2 B 0, 0.392, 1.979, 3.566, 7.033 max_d=7.033 avg_d=1.979 std_dev=1.587
C5' A 0, -0.663, 0.952, 2.567, 6.677 max_d=6.677 avg_d=0.952 std_dev=1.615
P B 0, 0.259, 1.879, 3.498, 6.181 max_d=6.181 avg_d=1.879 std_dev=1.620
C2 B 0, -0.229, 1.560, 3.348, 7.020 max_d=7.020 avg_d=1.560 std_dev=1.788
O2 B 0, -0.245, 1.591, 3.427, 7.633 max_d=7.633 avg_d=1.591 std_dev=1.836
C5 B 0, -0.027, 1.829, 3.684, 6.914 max_d=6.914 avg_d=1.829 std_dev=1.856
O5' A 0, -0.827, 1.085, 2.998, 7.569 max_d=7.569 avg_d=1.085 std_dev=1.913
OP1 B 0, 0.073, 2.156, 4.238, 8.299 max_d=8.299 avg_d=2.156 std_dev=2.083
N3 B 0, -0.365, 1.975, 4.315, 8.846 max_d=8.846 avg_d=1.975 std_dev=2.340
C4 B 0, -0.316, 2.108, 4.532, 8.437 max_d=8.437 avg_d=2.108 std_dev=2.424
P A 0, -1.078, 1.432, 3.941, 10.569 max_d=10.569 avg_d=1.432 std_dev=2.509
OP2 A 0, -0.943, 1.632, 4.208, 11.150 max_d=11.150 avg_d=1.632 std_dev=2.575
OP1 A 0, -1.214, 1.765, 4.744, 12.218 max_d=12.218 avg_d=1.765 std_dev=2.979
O4 B 0, -0.476, 2.525, 5.527, 10.322 max_d=10.322 avg_d=2.525 std_dev=3.002

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.08 0.00 0.02 0.04 0.01 0.03 0.06 0.04 0.02 0.07 0.08 0.08 0.02 0.01 0.01 0.15 0.01 0.21 0.03 0.23 0.26 0.20
C2 0.08 0.00 0.33 0.29 0.02 0.40 0.01 0.77 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.39 0.20 0.36 0.71 0.02 0.89 1.21 0.97
C2' 0.00 0.33 0.00 0.01 0.17 0.02 0.10 0.10 0.16 0.14 0.26 0.38 0.32 0.09 0.03 0.00 0.03 0.01 0.14 0.13 0.17 0.37 0.18
C3' 0.02 0.29 0.01 0.00 0.23 0.01 0.23 0.02 0.27 0.17 0.28 0.31 0.26 0.21 0.14 0.03 0.01 0.02 0.18 0.28 0.25 0.27 0.17
C4 0.04 0.02 0.17 0.23 0.00 0.21 0.00 0.39 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.16 0.14 0.19 0.44 0.01 0.49 0.66 0.51
C4' 0.01 0.40 0.02 0.01 0.21 0.00 0.12 0.01 0.19 0.21 0.30 0.51 0.39 0.15 0.06 0.17 0.02 0.00 0.02 0.15 0.14 0.21 0.03
C5 0.03 0.01 0.10 0.23 0.00 0.12 0.00 0.25 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.10 0.16 0.09 0.52 0.01 0.59 0.74 0.58
C5' 0.06 0.77 0.10 0.02 0.39 0.01 0.25 0.00 0.38 0.32 0.61 0.97 0.72 0.24 0.12 0.10 0.12 0.02 0.01 0.33 0.21 0.25 0.02
C6 0.04 0.02 0.16 0.27 0.01 0.19 0.01 0.38 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.15 0.20 0.16 0.52 0.01 0.64 0.86 0.64
C8 0.02 0.02 0.14 0.17 0.01 0.21 0.01 0.32 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.24 0.12 0.22 0.78 0.03 0.80 0.81 0.79
N1 0.07 0.01 0.26 0.28 0.02 0.30 0.02 0.61 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.29 0.20 0.27 0.58 0.02 0.75 1.03 0.79
N2 0.08 0.01 0.38 0.31 0.02 0.51 0.02 0.97 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.50 0.23 0.44 0.95 0.03 1.23 1.60 1.31
N3 0.08 0.00 0.32 0.26 0.01 0.39 0.01 0.72 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.37 0.18 0.36 0.66 0.02 0.76 1.03 0.84
N7 0.02 0.02 0.09 0.21 0.01 0.15 0.00 0.24 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.19 0.16 0.13 0.75 0.03 0.83 0.94 0.82
N9 0.01 0.03 0.03 0.14 0.01 0.06 0.01 0.12 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.08 0.08 0.02 0.42 0.02 0.43 0.45 0.41
O2' 0.01 0.39 0.00 0.03 0.16 0.17 0.10 0.10 0.15 0.24 0.29 0.50 0.37 0.19 0.08 0.00 0.05 0.12 0.09 0.11 0.15 0.39 0.11
O3' 0.15 0.20 0.03 0.01 0.14 0.02 0.16 0.12 0.20 0.12 0.20 0.23 0.18 0.16 0.08 0.05 0.00 0.12 0.17 0.22 0.38 0.26 0.20
O4' 0.01 0.36 0.01 0.02 0.19 0.00 0.09 0.02 0.16 0.22 0.27 0.44 0.36 0.13 0.02 0.12 0.12 0.00 0.20 0.12 0.26 0.20 0.20
O5' 0.21 0.71 0.14 0.18 0.44 0.02 0.52 0.01 0.52 0.78 0.58 0.95 0.66 0.75 0.42 0.09 0.17 0.20 0.00 0.56 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.13 0.28 0.01 0.15 0.01 0.33 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.11 0.22 0.12 0.56 0.00 0.71 0.92 0.68
OP1 0.23 0.89 0.17 0.25 0.49 0.14 0.59 0.21 0.64 0.80 0.75 1.23 0.76 0.83 0.43 0.15 0.38 0.26 0.02 0.71 0.00 0.01 0.00
OP2 0.26 1.21 0.37 0.27 0.66 0.21 0.74 0.25 0.86 0.81 1.03 1.60 1.03 0.94 0.45 0.39 0.26 0.20 0.02 0.92 0.01 0.00 0.01
P 0.20 0.97 0.18 0.17 0.51 0.03 0.58 0.02 0.64 0.79 0.79 1.31 0.84 0.82 0.41 0.11 0.20 0.20 0.01 0.68 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.40 0.81 0.36 0.43 1.03 0.54 0.91 0.67 0.75 0.66 1.01 0.79 0.30 0.35 1.11 0.53 0.90 0.96 0.99 0.96
C2 0.53 1.34 0.39 0.49 1.83 0.71 1.54 1.05 1.17 0.99 1.75 1.34 0.29 0.49 2.12 0.66 1.40 1.77 1.67 1.65
C2' 0.58 0.72 0.47 0.52 0.92 0.77 0.84 0.84 0.72 0.64 0.88 0.71 0.63 0.44 1.01 0.74 1.01 1.03 1.07 1.05
C3' 0.28 0.64 0.28 0.24 0.79 0.33 0.67 0.43 0.52 0.47 0.79 0.71 0.34 0.19 0.89 0.33 0.65 0.75 0.74 0.70
C4 0.48 1.19 0.37 0.49 1.55 0.68 1.32 0.97 1.04 0.90 1.52 1.20 0.29 0.48 1.72 0.63 1.27 1.51 1.44 1.44
C4' 0.47 0.87 0.63 0.63 0.94 0.30 0.80 0.33 0.69 0.68 0.97 0.95 0.47 0.69 1.00 0.29 0.44 0.53 0.56 0.44
C5 0.53 1.33 0.38 0.51 1.70 0.76 1.43 1.10 1.11 0.98 1.69 1.34 0.29 0.55 1.90 0.69 1.41 1.71 1.58 1.62
C5' 0.85 1.14 1.02 1.06 1.17 0.68 1.06 0.64 0.98 1.00 1.20 1.23 0.86 1.20 1.21 0.66 0.53 0.56 0.65 0.48
C6 0.57 1.46 0.39 0.52 1.94 0.80 1.60 1.20 1.22 1.06 1.90 1.46 0.30 0.58 2.24 0.73 1.53 1.97 1.79 1.82
C8 0.44 0.99 0.38 0.50 1.16 0.67 1.02 0.90 0.85 0.76 1.18 1.00 0.29 0.50 1.24 0.62 1.14 1.23 1.15 1.21
N1 0.57 1.44 0.39 0.51 1.95 0.76 1.62 1.15 1.23 1.05 1.89 1.45 0.29 0.55 2.28 0.71 1.50 1.95 1.80 1.80
N2 0.53 1.34 0.38 0.49 1.87 0.70 1.57 1.05 1.18 1.00 1.77 1.33 0.29 0.48 2.20 0.66 1.40 1.80 1.71 1.67
N3 0.49 1.22 0.38 0.48 1.65 0.66 1.40 0.95 1.08 0.92 1.59 1.22 0.29 0.45 1.88 0.61 1.27 1.55 1.49 1.47
N7 0.52 1.26 0.39 0.52 1.52 0.76 1.28 1.09 1.04 0.94 1.55 1.26 0.30 0.57 1.65 0.70 1.37 1.57 1.42 1.51
N9 0.43 0.99 0.37 0.47 1.23 0.62 1.08 0.83 0.88 0.76 1.21 0.99 0.29 0.44 1.34 0.58 1.09 1.21 1.18 1.19
O2' 0.71 0.80 0.63 0.67 1.00 0.83 0.91 0.87 0.81 0.75 0.95 0.75 0.76 0.59 1.08 0.82 1.00 0.97 1.09 1.04
O3' 0.29 0.57 0.25 0.30 0.68 0.44 0.55 0.52 0.42 0.39 0.70 0.68 0.33 0.34 0.77 0.39 0.66 0.81 0.75 0.71
O4' 0.56 0.97 0.76 0.74 1.06 0.46 0.93 0.51 0.81 0.80 1.09 1.01 0.59 0.75 1.12 0.41 0.62 0.67 0.71 0.63
O5' 1.06 1.26 1.34 1.48 1.44 1.03 1.42 1.03 1.33 1.23 1.36 1.21 1.04 1.60 1.49 0.91 0.97 0.99 1.15 0.94
O6 0.60 1.53 0.38 0.52 2.07 0.85 1.68 1.29 1.26 1.10 2.02 1.52 0.30 0.62 2.44 0.78 1.61 2.16 1.91 1.96
OP1 1.49 1.51 1.58 1.88 1.67 1.59 1.72 1.64 1.67 1.56 1.56 1.44 1.25 2.09 1.70 1.49 1.51 1.60 1.70 1.51
OP2 1.40 1.66 1.59 1.80 2.02 1.37 2.04 1.43 1.87 1.67 1.84 1.52 1.24 1.81 2.11 1.27 1.40 1.40 1.71 1.41
P 1.40 1.51 1.61 1.90 1.72 1.48 1.76 1.51 1.68 1.54 1.61 1.42 1.25 2.08 1.77 1.32 1.39 1.40 1.57 1.36

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.05 0.03 0.00 0.13 0.18 0.23 0.17
C2 0.03 0.00 0.08 0.12 0.01 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.17 0.10 0.02 0.04 0.28 0.29 0.40 0.30
C2' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.06 0.02 0.08 0.03 0.08 0.02 0.07 0.13 0.00 0.02 0.08 0.01 0.14 0.18 0.28 0.16
C3' 0.02 0.12 0.00 0.00 0.18 0.01 0.20 0.02 0.19 0.12 0.15 0.13 0.02 0.01 0.19 0.02 0.22 0.23 0.22 0.18
C4 0.02 0.01 0.06 0.18 0.00 0.10 0.01 0.20 0.01 0.02 0.01 0.02 0.14 0.18 0.01 0.04 0.39 0.45 0.55 0.44
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.10 0.00 0.11 0.00 0.10 0.06 0.07 0.04 0.14 0.02 0.10 0.00 0.02 0.13 0.14 0.06
C5 0.02 0.01 0.08 0.20 0.01 0.11 0.00 0.22 0.01 0.01 0.01 0.02 0.09 0.22 0.01 0.06 0.40 0.45 0.53 0.44
C5' 0.03 0.11 0.03 0.02 0.20 0.00 0.22 0.00 0.18 0.11 0.15 0.07 0.11 0.07 0.22 0.01 0.01 0.12 0.19 0.01
C6 0.02 0.01 0.08 0.19 0.01 0.10 0.01 0.18 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.19 0.02 0.06 0.35 0.36 0.41 0.35
N1 0.01 0.01 0.02 0.12 0.02 0.06 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.08 0.02 0.01 0.27 0.27 0.34 0.28
N3 0.02 0.01 0.07 0.15 0.01 0.07 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.02 0.18 0.13 0.02 0.04 0.34 0.37 0.49 0.38
O2 0.05 0.01 0.13 0.13 0.02 0.04 0.02 0.07 0.01 0.01 0.02 0.00 0.23 0.17 0.03 0.08 0.23 0.25 0.36 0.27
O2' 0.02 0.17 0.00 0.02 0.14 0.14 0.09 0.11 0.07 0.07 0.18 0.23 0.00 0.06 0.16 0.11 0.09 0.17 0.20 0.11
O3' 0.05 0.10 0.02 0.01 0.18 0.02 0.22 0.07 0.19 0.08 0.13 0.17 0.06 0.00 0.21 0.03 0.23 0.31 0.28 0.23
O4 0.03 0.02 0.08 0.19 0.01 0.10 0.01 0.22 0.02 0.02 0.02 0.03 0.16 0.21 0.00 0.05 0.40 0.49 0.61 0.48
O4' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.04 0.00 0.06 0.01 0.06 0.01 0.04 0.08 0.11 0.03 0.05 0.00 0.12 0.19 0.21 0.18
O5' 0.13 0.28 0.14 0.22 0.39 0.02 0.40 0.01 0.35 0.27 0.34 0.23 0.09 0.23 0.40 0.12 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.18 0.29 0.18 0.23 0.45 0.13 0.45 0.12 0.36 0.27 0.37 0.25 0.17 0.31 0.49 0.19 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.23 0.40 0.28 0.22 0.55 0.14 0.53 0.19 0.41 0.34 0.49 0.36 0.20 0.28 0.61 0.21 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.17 0.30 0.16 0.18 0.44 0.06 0.44 0.01 0.35 0.28 0.38 0.27 0.11 0.23 0.48 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00