ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50296

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 5, 2, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.016, 0.023, 0.031, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.023 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.023, 0.036, 0.050, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.036 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.017, 0.031, 0.045, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.031 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.011, 0.025, 0.040, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.025 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.026, 0.041, 0.057, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.041 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.017, 0.035, 0.052, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.035 std_dev=0.018
C2 A 0, 0.019, 0.038, 0.058, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.038 std_dev=0.020
C1' A 0, 0.030, 0.050, 0.070, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.050 std_dev=0.020
N7 A 0, 0.024, 0.045, 0.066, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.045 std_dev=0.021
O6 A 0, 0.016, 0.039, 0.062, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.039 std_dev=0.023
C8 A 0, 0.025, 0.051, 0.077, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.051 std_dev=0.026
N2 A 0, 0.007, 0.056, 0.106, 0.209 max_d=0.209 avg_d=0.056 std_dev=0.049
O2' B 0, 0.271, 0.434, 0.598, 0.743 max_d=0.743 avg_d=0.434 std_dev=0.164
C2' B 0, 0.338, 0.569, 0.799, 0.932 max_d=0.932 avg_d=0.569 std_dev=0.231
C1' B 0, 0.755, 1.324, 1.892, 1.832 max_d=1.832 avg_d=1.324 std_dev=0.568
C3' B 0, 0.295, 0.937, 1.580, 1.923 max_d=1.923 avg_d=0.937 std_dev=0.642
C2' A 0, -0.028, 0.726, 1.480, 1.880 max_d=1.880 avg_d=0.726 std_dev=0.754
O4' A 0, -0.058, 0.723, 1.504, 1.908 max_d=1.908 avg_d=0.723 std_dev=0.781
O3' B 0, 0.294, 1.105, 1.917, 2.344 max_d=2.344 avg_d=1.105 std_dev=0.811
O4' B 0, 0.466, 1.306, 2.146, 2.695 max_d=2.695 avg_d=1.306 std_dev=0.840
C4' B 0, 0.516, 1.367, 2.217, 2.725 max_d=2.725 avg_d=1.367 std_dev=0.851
O5' B 0, 1.177, 2.141, 3.105, 3.402 max_d=3.402 avg_d=2.141 std_dev=0.964
C3' A 0, 0.015, 1.066, 2.116, 2.698 max_d=2.698 avg_d=1.066 std_dev=1.050
O2' A 0, -0.107, 0.956, 2.019, 2.747 max_d=2.747 avg_d=0.956 std_dev=1.063
C5' B 0, 1.183, 2.257, 3.331, 3.882 max_d=3.882 avg_d=2.257 std_dev=1.074
C4' A 0, -0.055, 1.103, 2.260, 2.857 max_d=2.857 avg_d=1.103 std_dev=1.158
N1 B 0, 1.018, 2.197, 3.377, 3.548 max_d=3.548 avg_d=2.197 std_dev=1.179
O3' A 0, 0.078, 1.294, 2.511, 3.150 max_d=3.150 avg_d=1.294 std_dev=1.217
C2 B 0, 0.919, 2.327, 3.736, 4.179 max_d=4.179 avg_d=2.327 std_dev=1.409
O2 B 0, 0.856, 2.314, 3.773, 4.164 max_d=4.164 avg_d=2.314 std_dev=1.458
OP2 B 0, 1.577, 3.049, 4.522, 4.299 max_d=4.299 avg_d=3.049 std_dev=1.472
P B 0, 1.641, 3.158, 4.674, 4.497 max_d=4.497 avg_d=3.158 std_dev=1.517
C5' A 0, -0.086, 1.661, 3.408, 4.590 max_d=4.590 avg_d=1.661 std_dev=1.747
OP1 B 0, 1.960, 3.891, 5.823, 5.744 max_d=5.744 avg_d=3.891 std_dev=1.932
C6 B 0, 1.299, 3.257, 5.215, 5.905 max_d=5.905 avg_d=3.257 std_dev=1.958
N3 B 0, 1.145, 3.155, 5.165, 5.610 max_d=5.610 avg_d=3.155 std_dev=2.010
O5' A 0, 0.102, 2.298, 4.493, 5.648 max_d=5.648 avg_d=2.298 std_dev=2.195
C4 B 0, 1.365, 3.983, 6.602, 7.085 max_d=7.085 avg_d=3.983 std_dev=2.619
C5 B 0, 1.440, 4.117, 6.794, 7.671 max_d=7.671 avg_d=4.117 std_dev=2.677
P A 0, -0.253, 2.542, 5.336, 6.638 max_d=6.638 avg_d=2.542 std_dev=2.794
OP2 A 0, -0.332, 2.527, 5.387, 6.858 max_d=6.858 avg_d=2.527 std_dev=2.859
O4 B 0, 1.496, 4.722, 7.948, 8.493 max_d=8.493 avg_d=4.722 std_dev=3.226
OP1 A 0, -0.338, 3.095, 6.529, 8.422 max_d=8.422 avg_d=3.095 std_dev=3.434

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.09 0.03 0.01 0.05 0.08 0.06 0.01 0.01 0.01 0.29 0.00 0.32 0.02 0.45 0.14 0.22
C2 0.06 0.00 0.48 0.42 0.01 0.16 0.01 0.23 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.23 0.24 0.36 0.56 0.02 0.60 0.76 0.53
C2' 0.00 0.48 0.00 0.01 0.25 0.02 0.13 0.18 0.22 0.23 0.37 0.57 0.46 0.11 0.02 0.01 0.03 0.01 0.17 0.17 0.52 0.36 0.25
C3' 0.01 0.42 0.01 0.00 0.36 0.00 0.40 0.02 0.46 0.26 0.46 0.41 0.36 0.35 0.24 0.02 0.01 0.02 0.10 0.48 0.48 0.24 0.16
C4 0.03 0.01 0.25 0.36 0.00 0.06 0.01 0.14 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.13 0.19 0.64 0.01 0.64 0.68 0.56
C4' 0.00 0.16 0.02 0.00 0.06 0.00 0.10 0.01 0.09 0.22 0.10 0.23 0.16 0.20 0.09 0.32 0.03 0.00 0.02 0.12 0.30 0.19 0.04
C5 0.02 0.01 0.13 0.40 0.01 0.10 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.22 0.18 0.09 0.83 0.01 0.81 0.95 0.77
C5' 0.09 0.23 0.18 0.02 0.14 0.01 0.17 0.00 0.17 0.27 0.19 0.30 0.22 0.26 0.13 0.14 0.21 0.02 0.01 0.19 0.34 0.25 0.01
C6 0.03 0.01 0.22 0.46 0.01 0.09 0.01 0.17 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.16 0.24 0.16 0.84 0.01 0.84 1.09 0.82
C8 0.01 0.02 0.23 0.26 0.01 0.22 0.01 0.27 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.00 0.45 0.10 0.20 0.88 0.02 0.79 0.71 0.74
N1 0.05 0.00 0.37 0.46 0.02 0.10 0.01 0.19 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.10 0.24 0.28 0.71 0.01 0.73 0.97 0.69
N2 0.08 0.00 0.57 0.41 0.02 0.23 0.01 0.30 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.39 0.30 0.43 0.48 0.03 0.53 0.70 0.46
N3 0.06 0.01 0.46 0.36 0.01 0.16 0.01 0.22 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.25 0.22 0.35 0.49 0.01 0.54 0.59 0.44
N7 0.01 0.01 0.11 0.35 0.01 0.20 0.00 0.26 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.42 0.18 0.10 0.96 0.02 0.90 1.00 0.89
N9 0.01 0.02 0.02 0.24 0.01 0.09 0.00 0.13 0.01 0.00 0.02 0.04 0.02 0.01 0.00 0.20 0.07 0.02 0.62 0.01 0.62 0.50 0.50
O2' 0.01 0.23 0.01 0.02 0.06 0.32 0.22 0.14 0.16 0.45 0.10 0.39 0.25 0.42 0.20 0.00 0.05 0.22 0.16 0.22 0.56 0.40 0.20
O3' 0.29 0.24 0.03 0.01 0.13 0.03 0.18 0.21 0.24 0.10 0.24 0.30 0.22 0.18 0.07 0.05 0.00 0.22 0.21 0.29 0.68 0.39 0.36
O4' 0.00 0.36 0.01 0.02 0.19 0.00 0.09 0.02 0.16 0.20 0.28 0.43 0.35 0.10 0.02 0.22 0.22 0.00 0.31 0.11 0.38 0.13 0.22
O5' 0.32 0.56 0.17 0.10 0.64 0.02 0.83 0.01 0.84 0.88 0.71 0.48 0.49 0.96 0.62 0.16 0.21 0.31 0.00 0.93 0.03 0.02 0.01
O6 0.02 0.02 0.17 0.48 0.01 0.12 0.01 0.19 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.22 0.29 0.11 0.93 0.00 0.95 1.26 0.95
OP1 0.45 0.60 0.52 0.48 0.64 0.30 0.81 0.34 0.84 0.79 0.73 0.53 0.54 0.90 0.62 0.56 0.68 0.38 0.03 0.95 0.00 0.01 0.00
OP2 0.14 0.76 0.36 0.24 0.68 0.19 0.95 0.25 1.09 0.71 0.97 0.70 0.59 1.00 0.50 0.40 0.39 0.13 0.02 1.26 0.01 0.00 0.01
P 0.22 0.53 0.25 0.16 0.56 0.04 0.77 0.01 0.82 0.74 0.69 0.46 0.44 0.89 0.50 0.20 0.36 0.22 0.01 0.95 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.51 1.25 0.20 0.24 0.91 0.16 0.78 0.24 0.71 0.69 1.27 1.78 0.20 0.39 0.99 0.40 0.56 0.59 1.06 0.82
C2 0.85 1.87 0.29 0.26 2.02 0.24 1.46 0.49 1.15 1.26 2.24 2.09 0.19 0.39 2.32 0.66 0.80 1.09 1.45 1.25
C2' 0.97 1.53 0.75 0.40 1.13 0.63 0.91 0.43 0.87 1.06 1.49 1.99 0.77 0.25 1.17 0.85 0.43 0.21 0.77 0.48
C3' 0.51 1.16 0.26 0.23 0.72 0.16 0.45 0.15 0.41 0.60 1.12 1.68 0.37 0.41 0.78 0.39 0.43 0.44 1.01 0.59
C4 0.77 1.72 0.28 0.26 1.69 0.21 1.22 0.44 0.99 1.13 1.97 1.98 0.19 0.38 1.87 0.58 0.74 0.94 1.34 1.13
C4' 0.30 1.06 0.19 0.55 0.60 0.20 0.54 0.32 0.55 0.43 1.02 1.67 0.20 0.86 0.67 0.21 0.55 0.57 1.00 0.67
C5 0.82 1.79 0.27 0.26 2.01 0.22 1.55 0.55 1.24 1.28 2.16 1.85 0.17 0.35 2.22 0.59 0.82 1.10 1.43 1.26
C5' 0.38 1.03 0.37 0.72 0.57 0.34 0.38 0.43 0.41 0.47 0.96 1.58 0.35 1.13 0.62 0.31 0.58 0.64 0.95 0.62
C6 0.88 1.87 0.27 0.26 2.37 0.24 1.87 0.63 1.45 1.40 2.38 1.84 0.15 0.34 2.72 0.64 0.88 1.28 1.54 1.38
C8 0.65 1.40 0.25 0.26 1.28 0.18 0.97 0.43 0.83 0.96 1.50 1.58 0.19 0.34 1.35 0.44 0.71 0.82 1.21 1.02
N1 0.89 1.91 0.29 0.26 2.29 0.24 1.74 0.58 1.35 1.37 2.39 1.99 0.17 0.37 2.67 0.67 0.86 1.24 1.53 1.35
N2 0.86 1.88 0.30 0.27 2.01 0.25 1.45 0.48 1.14 1.26 2.25 2.14 0.20 0.40 2.34 0.69 0.79 1.10 1.47 1.26
N3 0.79 1.76 0.29 0.26 1.72 0.23 1.23 0.42 0.99 1.14 2.03 2.09 0.20 0.39 1.95 0.62 0.73 0.94 1.35 1.13
N7 0.77 1.62 0.26 0.26 1.80 0.21 1.46 0.57 1.21 1.22 1.90 1.60 0.16 0.32 1.91 0.51 0.82 1.05 1.38 1.22
N9 0.66 1.48 0.25 0.26 1.27 0.18 0.92 0.36 0.79 0.93 1.59 1.84 0.20 0.37 1.37 0.49 0.67 0.77 1.20 0.98
O2' 0.84 1.39 0.75 0.49 1.09 0.62 1.02 0.47 0.95 0.95 1.38 1.85 0.68 0.35 1.15 0.76 0.48 0.30 0.71 0.47
O3' 0.37 1.17 0.20 0.45 0.76 0.21 0.43 0.38 0.37 0.52 1.19 1.70 0.23 0.71 0.88 0.23 0.57 0.71 1.10 0.72
O4' 0.21 1.05 0.31 0.63 0.69 0.27 0.71 0.43 0.69 0.42 1.06 1.68 0.46 0.89 0.78 0.15 0.71 0.74 1.12 0.88
O5' 0.30 0.73 0.60 1.03 0.54 0.43 0.50 0.60 0.48 0.41 0.71 1.09 0.31 1.28 0.58 0.25 0.91 0.88 1.46 1.01
O6 0.88 1.83 0.26 0.26 2.61 0.26 2.16 0.72 1.66 1.46 2.43 1.67 0.14 0.33 3.05 0.62 0.94 1.44 1.62 1.49
OP1 0.28 0.38 0.53 1.05 0.39 0.46 0.45 0.59 0.41 0.23 0.40 0.64 0.32 1.47 0.46 0.23 0.86 1.00 1.41 0.93
OP2 0.59 0.73 0.26 0.49 0.96 0.35 0.92 0.42 0.76 0.66 0.85 0.72 0.66 0.45 1.05 0.54 0.71 0.72 1.49 0.87
P 0.16 0.45 0.46 1.05 0.49 0.39 0.49 0.57 0.40 0.26 0.49 0.66 0.10 1.41 0.56 0.12 0.88 0.90 1.45 0.95

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.27 0.02 0.00 0.15 0.36 0.21 0.15
C2 0.03 0.00 0.12 0.20 0.01 0.38 0.01 0.66 0.01 0.01 0.00 0.00 0.23 0.21 0.02 0.42 0.84 1.31 0.59 0.97
C2' 0.01 0.12 0.00 0.01 0.05 0.02 0.07 0.16 0.09 0.03 0.09 0.19 0.00 0.03 0.05 0.02 0.35 0.38 0.49 0.43
C3' 0.02 0.20 0.01 0.00 0.27 0.00 0.40 0.02 0.40 0.17 0.19 0.41 0.02 0.01 0.29 0.02 0.13 0.18 0.38 0.10
C4 0.02 0.01 0.05 0.27 0.00 0.11 0.01 0.23 0.01 0.01 0.00 0.01 0.30 0.18 0.00 0.03 0.36 0.75 0.78 0.39
C4' 0.01 0.38 0.02 0.00 0.11 0.00 0.39 0.01 0.46 0.07 0.27 0.77 0.25 0.03 0.10 0.00 0.02 0.18 0.28 0.04
C5 0.01 0.01 0.07 0.40 0.01 0.39 0.00 0.65 0.00 0.01 0.01 0.01 0.53 0.17 0.02 0.29 0.83 0.95 1.51 0.98
C5' 0.06 0.66 0.16 0.02 0.23 0.01 0.65 0.00 0.72 0.14 0.51 1.30 0.12 0.20 0.25 0.02 0.01 0.17 0.30 0.01
C6 0.01 0.01 0.09 0.40 0.01 0.46 0.00 0.72 0.00 0.01 0.02 0.01 0.55 0.12 0.02 0.40 0.90 0.93 1.37 0.99
N1 0.01 0.01 0.03 0.17 0.01 0.07 0.01 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.19 0.15 0.01 0.01 0.24 0.51 0.39 0.23
N3 0.02 0.00 0.09 0.19 0.00 0.27 0.01 0.51 0.02 0.01 0.00 0.01 0.19 0.18 0.01 0.29 0.68 1.25 0.42 0.82
O2 0.04 0.00 0.19 0.41 0.01 0.77 0.01 1.30 0.01 0.01 0.01 0.00 0.55 0.32 0.02 0.76 1.60 2.16 1.43 1.83
O2' 0.02 0.23 0.00 0.02 0.30 0.25 0.53 0.12 0.55 0.19 0.19 0.55 0.00 0.08 0.31 0.15 0.28 0.24 0.57 0.38
O3' 0.27 0.21 0.03 0.01 0.18 0.03 0.17 0.20 0.12 0.15 0.18 0.32 0.08 0.00 0.20 0.18 0.27 0.51 0.36 0.22
O4 0.02 0.02 0.05 0.29 0.00 0.10 0.02 0.25 0.02 0.01 0.01 0.02 0.31 0.20 0.00 0.04 0.38 0.83 0.82 0.42
O4' 0.00 0.42 0.02 0.02 0.03 0.00 0.29 0.02 0.40 0.01 0.29 0.76 0.15 0.18 0.04 0.00 0.07 0.30 0.23 0.11
O5' 0.15 0.84 0.35 0.13 0.36 0.02 0.83 0.01 0.90 0.24 0.68 1.60 0.28 0.27 0.38 0.07 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.36 1.31 0.38 0.18 0.75 0.18 0.95 0.17 0.93 0.51 1.25 2.16 0.24 0.51 0.83 0.30 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.21 0.59 0.49 0.38 0.78 0.28 1.51 0.30 1.37 0.39 0.42 1.43 0.57 0.36 0.82 0.23 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.15 0.97 0.43 0.10 0.39 0.04 0.98 0.01 0.99 0.23 0.82 1.83 0.38 0.22 0.42 0.11 0.01 0.00 0.01 0.00