ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50297

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 2, 2, 1, 2, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.011, 0.018, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.011 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.008, 0.021, 0.034, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.021 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.008, 0.023, 0.037, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.023 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.005, 0.020, 0.034, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.020 std_dev=0.015
C5 A 0, 0.004, 0.019, 0.035, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.019 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.013, 0.031, 0.049, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.031 std_dev=0.018
C4 A 0, 0.004, 0.022, 0.040, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.022 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.007, 0.027, 0.047, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.027 std_dev=0.020
O6 A 0, 0.008, 0.035, 0.063, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.035 std_dev=0.028
N7 A 0, 0.002, 0.034, 0.066, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.034 std_dev=0.032
N2 A 0, 0.004, 0.036, 0.069, 0.117 max_d=0.117 avg_d=0.036 std_dev=0.033
C8 A 0, 0.001, 0.038, 0.074, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.038 std_dev=0.036
O2' B 0, 0.220, 0.471, 0.722, 1.055 max_d=1.055 avg_d=0.471 std_dev=0.251
C2' B 0, 0.418, 0.732, 1.046, 1.055 max_d=1.055 avg_d=0.732 std_dev=0.314
O4' A 0, 0.056, 0.672, 1.288, 1.774 max_d=1.774 avg_d=0.672 std_dev=0.616
C2' A 0, 0.070, 0.704, 1.337, 1.757 max_d=1.757 avg_d=0.704 std_dev=0.633
C1' B 0, 0.288, 0.930, 1.571, 2.300 max_d=2.300 avg_d=0.930 std_dev=0.642
N1 B 0, 0.194, 1.056, 1.918, 3.005 max_d=3.005 avg_d=1.056 std_dev=0.862
O5' B 0, 0.635, 1.504, 2.373, 3.230 max_d=3.230 avg_d=1.504 std_dev=0.869
O4' B 0, 0.507, 1.407, 2.307, 3.203 max_d=3.203 avg_d=1.407 std_dev=0.900
C3' A 0, 0.020, 0.946, 1.871, 2.385 max_d=2.385 avg_d=0.946 std_dev=0.926
C4' A 0, 0.109, 1.060, 2.011, 2.616 max_d=2.616 avg_d=1.060 std_dev=0.951
O2' A 0, 0.181, 1.134, 2.086, 2.642 max_d=2.642 avg_d=1.134 std_dev=0.952
C3' B 0, 0.436, 1.398, 2.360, 3.156 max_d=3.156 avg_d=1.398 std_dev=0.962
O5' A 0, 0.530, 1.524, 2.518, 3.368 max_d=3.368 avg_d=1.524 std_dev=0.994
C5' B 0, 0.633, 1.639, 2.646, 3.672 max_d=3.672 avg_d=1.639 std_dev=1.006
C4' B 0, 0.469, 1.522, 2.575, 3.737 max_d=3.737 avg_d=1.522 std_dev=1.053
C6 B 0, 0.207, 1.384, 2.562, 4.695 max_d=4.695 avg_d=1.384 std_dev=1.178
O3' A 0, -0.135, 1.068, 2.272, 2.874 max_d=2.874 avg_d=1.068 std_dev=1.204
P A 0, 0.445, 1.715, 2.984, 4.479 max_d=4.479 avg_d=1.715 std_dev=1.270
P B 0, 0.897, 2.179, 3.460, 4.314 max_d=4.314 avg_d=2.179 std_dev=1.282
C5' A 0, 0.274, 1.573, 2.872, 3.843 max_d=3.843 avg_d=1.573 std_dev=1.299
OP2 A 0, 0.546, 1.853, 3.160, 4.586 max_d=4.586 avg_d=1.853 std_dev=1.307
C2 B 0, -0.163, 1.212, 2.586, 4.709 max_d=4.709 avg_d=1.212 std_dev=1.374
O3' B 0, 0.409, 1.788, 3.167, 4.213 max_d=4.213 avg_d=1.788 std_dev=1.379
OP2 B 0, 0.935, 2.461, 3.987, 4.661 max_d=4.661 avg_d=2.461 std_dev=1.526
OP1 B 0, 1.060, 2.652, 4.245, 5.418 max_d=5.418 avg_d=2.652 std_dev=1.593
C5 B 0, 0.065, 1.764, 3.462, 6.340 max_d=6.340 avg_d=1.764 std_dev=1.699
N3 B 0, -0.189, 1.527, 3.244, 5.717 max_d=5.717 avg_d=1.527 std_dev=1.716
O2 B 0, -0.352, 1.397, 3.146, 5.810 max_d=5.810 avg_d=1.397 std_dev=1.749
OP1 A 0, 0.295, 2.047, 3.799, 5.825 max_d=5.825 avg_d=2.047 std_dev=1.752
C4 B 0, -0.067, 1.797, 3.662, 6.129 max_d=6.129 avg_d=1.797 std_dev=1.864
O4 B 0, -0.164, 2.190, 4.544, 7.603 max_d=7.603 avg_d=2.190 std_dev=2.354

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.09 0.03 0.01 0.05 0.07 0.05 0.01 0.01 0.02 0.29 0.01 0.39 0.02 0.47 0.25 0.31
C2 0.05 0.00 0.37 0.35 0.01 0.11 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.23 0.21 0.24 0.47 0.03 0.51 0.55 0.42
C2' 0.00 0.37 0.00 0.00 0.19 0.02 0.08 0.20 0.16 0.20 0.28 0.46 0.37 0.12 0.02 0.00 0.03 0.01 0.65 0.12 0.83 0.69 0.67
C3' 0.01 0.35 0.00 0.00 0.32 0.00 0.39 0.03 0.42 0.32 0.40 0.34 0.30 0.39 0.25 0.03 0.01 0.02 0.36 0.45 0.69 0.25 0.38
C4 0.03 0.01 0.19 0.32 0.00 0.08 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.22 0.10 0.12 0.50 0.02 0.51 0.47 0.42
C4' 0.01 0.11 0.02 0.00 0.08 0.00 0.16 0.01 0.14 0.27 0.10 0.16 0.11 0.26 0.12 0.33 0.03 0.00 0.02 0.17 0.30 0.26 0.04
C5 0.02 0.01 0.08 0.39 0.00 0.16 0.00 0.26 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.35 0.14 0.05 0.59 0.01 0.58 0.64 0.54
C5' 0.09 0.14 0.20 0.03 0.15 0.01 0.26 0.00 0.25 0.36 0.18 0.17 0.13 0.38 0.18 0.14 0.21 0.02 0.01 0.30 0.37 0.46 0.03
C6 0.03 0.01 0.16 0.42 0.01 0.14 0.00 0.25 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.35 0.18 0.09 0.60 0.01 0.62 0.75 0.58
C8 0.01 0.01 0.20 0.32 0.01 0.27 0.01 0.36 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.42 0.17 0.18 0.61 0.02 0.54 0.45 0.51
N1 0.05 0.01 0.28 0.40 0.01 0.10 0.01 0.18 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.27 0.17 0.18 0.54 0.02 0.57 0.69 0.51
N2 0.07 0.00 0.46 0.34 0.01 0.16 0.02 0.17 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.29 0.28 0.29 0.43 0.02 0.50 0.53 0.39
N3 0.05 0.01 0.37 0.30 0.01 0.11 0.01 0.13 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.20 0.22 0.24 0.44 0.03 0.48 0.44 0.37
N7 0.01 0.01 0.12 0.39 0.01 0.26 0.01 0.38 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.45 0.22 0.11 0.64 0.03 0.61 0.65 0.60
N9 0.01 0.01 0.02 0.25 0.01 0.12 0.01 0.18 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.23 0.05 0.02 0.50 0.01 0.49 0.34 0.39
O2' 0.02 0.23 0.00 0.03 0.22 0.33 0.35 0.14 0.35 0.42 0.27 0.29 0.20 0.45 0.23 0.00 0.07 0.25 0.53 0.41 0.71 0.76 0.60
O3' 0.29 0.21 0.03 0.01 0.10 0.03 0.14 0.21 0.18 0.17 0.17 0.28 0.22 0.22 0.05 0.07 0.00 0.21 0.31 0.23 0.57 0.27 0.33
O4' 0.01 0.24 0.01 0.02 0.12 0.00 0.05 0.02 0.09 0.18 0.18 0.29 0.24 0.11 0.02 0.25 0.21 0.00 0.17 0.07 0.24 0.19 0.15
O5' 0.39 0.47 0.65 0.36 0.50 0.02 0.59 0.01 0.60 0.61 0.54 0.43 0.44 0.64 0.50 0.53 0.31 0.17 0.00 0.65 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.03 0.12 0.45 0.02 0.17 0.01 0.30 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.41 0.23 0.07 0.65 0.00 0.69 0.87 0.66
OP1 0.47 0.51 0.83 0.69 0.51 0.30 0.58 0.37 0.62 0.54 0.57 0.50 0.48 0.61 0.49 0.71 0.57 0.24 0.02 0.69 0.00 0.01 0.01
OP2 0.25 0.55 0.69 0.25 0.47 0.26 0.64 0.46 0.75 0.45 0.69 0.53 0.44 0.65 0.34 0.76 0.27 0.19 0.02 0.87 0.01 0.00 0.01
P 0.31 0.42 0.67 0.38 0.42 0.04 0.54 0.03 0.58 0.51 0.51 0.39 0.37 0.60 0.39 0.60 0.33 0.15 0.01 0.66 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.37 0.84 0.26 0.13 0.40 0.26 0.20 0.21 0.19 0.38 0.77 1.28 0.30 0.32 0.43 0.43 0.33 0.57 0.51 0.43
C2 0.63 1.44 0.33 0.26 1.28 0.29 0.79 0.28 0.61 0.87 1.61 1.76 0.18 0.20 1.45 0.59 0.47 0.59 0.76 0.71
C2' 0.58 0.96 0.70 0.53 0.62 0.54 0.43 0.47 0.42 0.61 0.91 1.31 0.74 0.42 0.64 0.56 0.42 0.92 0.66 0.57
C3' 0.24 0.65 0.22 0.16 0.31 0.13 0.19 0.11 0.21 0.28 0.61 1.00 0.27 0.30 0.35 0.23 0.34 0.77 0.70 0.51
C4 0.56 1.29 0.33 0.24 1.03 0.26 0.61 0.24 0.48 0.76 1.38 1.63 0.20 0.18 1.12 0.51 0.41 0.52 0.64 0.60
C4' 0.28 0.52 0.21 0.40 0.24 0.27 0.38 0.30 0.42 0.23 0.46 0.90 0.28 0.69 0.27 0.35 0.51 0.76 0.69 0.55
C5 0.61 1.40 0.35 0.35 1.31 0.29 0.92 0.30 0.74 0.91 1.57 1.60 0.17 0.15 1.42 0.53 0.48 0.59 0.73 0.71
C5' 0.35 0.46 0.39 0.61 0.30 0.38 0.41 0.41 0.46 0.31 0.43 0.76 0.44 0.91 0.31 0.37 0.61 0.88 0.79 0.64
C6 0.66 1.50 0.35 0.40 1.60 0.32 1.16 0.37 0.91 1.01 1.78 1.66 0.17 0.19 1.80 0.58 0.56 0.72 0.87 0.85
C8 0.47 1.04 0.34 0.27 0.76 0.24 0.50 0.21 0.42 0.64 1.03 1.29 0.19 0.12 0.78 0.39 0.37 0.49 0.54 0.52
N1 0.66 1.51 0.34 0.34 1.52 0.30 1.04 0.33 0.81 0.98 1.77 1.75 0.17 0.17 1.74 0.60 0.53 0.68 0.85 0.81
N2 0.64 1.45 0.32 0.24 1.27 0.31 0.77 0.29 0.58 0.87 1.62 1.80 0.19 0.23 1.46 0.63 0.46 0.59 0.77 0.71
N3 0.58 1.32 0.31 0.21 1.04 0.29 0.58 0.25 0.45 0.76 1.42 1.70 0.21 0.23 1.16 0.56 0.41 0.52 0.66 0.60
N7 0.58 1.27 0.36 0.39 1.18 0.31 0.89 0.32 0.75 0.88 1.38 1.40 0.17 0.18 1.22 0.48 0.48 0.57 0.67 0.68
N9 0.47 1.07 0.31 0.19 0.71 0.24 0.37 0.19 0.29 0.59 1.06 1.44 0.23 0.19 0.76 0.44 0.35 0.50 0.54 0.49
O2' 0.48 0.86 0.68 0.48 0.61 0.48 0.51 0.45 0.45 0.53 0.83 1.21 0.72 0.34 0.66 0.50 0.47 1.01 0.81 0.66
O3' 0.24 0.61 0.23 0.30 0.35 0.22 0.23 0.27 0.28 0.26 0.62 0.95 0.24 0.46 0.41 0.27 0.48 0.79 0.81 0.60
O4' 0.35 0.59 0.27 0.43 0.25 0.38 0.41 0.42 0.45 0.26 0.52 1.04 0.38 0.71 0.28 0.47 0.58 0.67 0.67 0.60
O5' 0.40 0.53 0.55 0.81 0.49 0.36 0.57 0.42 0.57 0.43 0.52 0.75 0.50 1.08 0.51 0.35 0.77 1.05 1.09 0.84
O6 0.69 1.51 0.37 0.49 1.84 0.39 1.42 0.47 1.10 1.09 1.88 1.57 0.19 0.26 2.10 0.61 0.66 0.87 1.00 0.98
OP1 0.44 0.31 0.65 1.10 0.37 0.63 0.53 0.65 0.57 0.40 0.31 0.42 0.44 1.31 0.36 0.48 0.97 1.39 1.33 1.07
OP2 0.41 0.49 0.38 0.48 0.43 0.28 0.52 0.23 0.51 0.42 0.45 0.68 0.40 0.37 0.44 0.43 0.63 1.05 1.23 0.84
P 0.34 0.31 0.63 1.03 0.35 0.44 0.49 0.49 0.51 0.34 0.31 0.48 0.40 1.27 0.35 0.32 0.89 1.22 1.26 0.97

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.10 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.25 0.03 0.00 0.19 0.20 0.28 0.12
C2 0.03 0.00 0.19 0.21 0.01 0.29 0.01 0.54 0.02 0.01 0.01 0.01 0.09 0.25 0.02 0.23 0.48 0.82 0.51 0.64
C2' 0.01 0.19 0.00 0.01 0.06 0.02 0.17 0.21 0.22 0.03 0.14 0.34 0.00 0.02 0.06 0.02 0.42 0.64 0.52 0.46
C3' 0.03 0.21 0.01 0.00 0.10 0.01 0.19 0.02 0.22 0.05 0.17 0.39 0.01 0.00 0.11 0.02 0.10 0.52 0.23 0.22
C4 0.03 0.01 0.06 0.10 0.00 0.08 0.01 0.29 0.01 0.02 0.01 0.01 0.23 0.12 0.01 0.04 0.30 0.49 0.75 0.37
C4' 0.01 0.29 0.02 0.01 0.08 0.00 0.17 0.01 0.23 0.03 0.23 0.52 0.16 0.02 0.10 0.01 0.02 0.20 0.10 0.06
C5 0.02 0.01 0.17 0.19 0.01 0.17 0.00 0.36 0.00 0.01 0.02 0.02 0.38 0.08 0.01 0.13 0.60 0.42 1.13 0.63
C5' 0.10 0.54 0.21 0.02 0.29 0.01 0.36 0.00 0.41 0.20 0.50 0.92 0.08 0.18 0.32 0.01 0.01 0.08 0.13 0.02
C6 0.02 0.02 0.22 0.22 0.01 0.23 0.00 0.41 0.00 0.00 0.02 0.02 0.38 0.10 0.01 0.20 0.66 0.44 1.05 0.65
N1 0.01 0.01 0.03 0.05 0.02 0.03 0.01 0.20 0.00 0.00 0.01 0.01 0.13 0.18 0.02 0.02 0.26 0.26 0.49 0.22
N3 0.03 0.01 0.14 0.17 0.01 0.23 0.02 0.50 0.02 0.01 0.00 0.01 0.08 0.20 0.02 0.18 0.42 0.84 0.57 0.61
O2 0.03 0.01 0.34 0.39 0.01 0.52 0.02 0.92 0.02 0.01 0.01 0.00 0.30 0.34 0.02 0.40 0.93 1.32 0.91 1.15
O2' 0.02 0.09 0.00 0.01 0.23 0.16 0.38 0.08 0.38 0.13 0.08 0.30 0.00 0.06 0.24 0.07 0.40 0.70 0.70 0.52
O3' 0.25 0.25 0.02 0.00 0.12 0.02 0.08 0.18 0.10 0.18 0.20 0.34 0.06 0.00 0.11 0.19 0.12 0.49 0.23 0.16
O4 0.03 0.02 0.06 0.11 0.01 0.10 0.01 0.32 0.01 0.02 0.02 0.02 0.24 0.11 0.00 0.05 0.30 0.59 0.79 0.42
O4' 0.00 0.23 0.02 0.02 0.04 0.01 0.13 0.01 0.20 0.02 0.18 0.40 0.07 0.19 0.05 0.00 0.15 0.15 0.36 0.29
O5' 0.19 0.48 0.42 0.10 0.30 0.02 0.60 0.01 0.66 0.26 0.42 0.93 0.40 0.12 0.30 0.15 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.20 0.82 0.64 0.52 0.49 0.20 0.42 0.08 0.44 0.26 0.84 1.32 0.70 0.49 0.59 0.15 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.28 0.51 0.52 0.23 0.75 0.10 1.13 0.13 1.05 0.49 0.57 0.91 0.70 0.23 0.79 0.36 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.64 0.46 0.22 0.37 0.06 0.63 0.02 0.65 0.22 0.61 1.15 0.52 0.16 0.42 0.29 0.01 0.00 0.01 0.00