ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50298

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 2, 1, 2, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.008, 0.017, 0.026, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.017 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.013, 0.025, 0.037, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.025 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.006, 0.021, 0.035, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.021 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.022, 0.038, 0.053, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.038 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.012, 0.028, 0.043, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.028 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.010, 0.027, 0.045, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.027 std_dev=0.017
N3 A 0, 0.026, 0.048, 0.069, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.048 std_dev=0.022
O6 A 0, 0.022, 0.045, 0.067, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.045 std_dev=0.023
N7 A 0, 0.030, 0.060, 0.090, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.060 std_dev=0.030
N9 A 0, 0.029, 0.060, 0.090, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.060 std_dev=0.031
N2 A 0, 0.039, 0.074, 0.108, 0.128 max_d=0.128 avg_d=0.074 std_dev=0.035
C8 A 0, 0.049, 0.089, 0.129, 0.144 max_d=0.144 avg_d=0.089 std_dev=0.040
O2' B 0, 0.192, 0.443, 0.694, 1.005 max_d=1.005 avg_d=0.443 std_dev=0.251
C2' B 0, 0.192, 0.464, 0.736, 0.968 max_d=0.968 avg_d=0.464 std_dev=0.272
C1' B 0, -0.017, 0.619, 1.256, 2.268 max_d=2.268 avg_d=0.619 std_dev=0.636
O4' A 0, -0.263, 0.421, 1.104, 2.312 max_d=2.312 avg_d=0.421 std_dev=0.684
C2' A 0, -0.360, 0.365, 1.090, 2.398 max_d=2.398 avg_d=0.365 std_dev=0.725
C4' A 0, -0.150, 0.590, 1.329, 2.572 max_d=2.572 avg_d=0.590 std_dev=0.740
OP2 B 0, 0.090, 0.886, 1.683, 2.840 max_d=2.840 avg_d=0.886 std_dev=0.796
C3' A 0, -0.350, 0.461, 1.272, 2.741 max_d=2.741 avg_d=0.461 std_dev=0.811
O3' A 0, -0.276, 0.569, 1.413, 2.932 max_d=2.932 avg_d=0.569 std_dev=0.845
O5' B 0, -0.031, 0.822, 1.674, 3.022 max_d=3.022 avg_d=0.822 std_dev=0.853
C3' B 0, -0.094, 0.785, 1.664, 3.136 max_d=3.136 avg_d=0.785 std_dev=0.879
P B 0, -0.124, 0.890, 1.904, 3.582 max_d=3.582 avg_d=0.890 std_dev=1.014
N1 B 0, -0.293, 0.725, 1.743, 3.528 max_d=3.528 avg_d=0.725 std_dev=1.018
C6 B 0, -0.276, 0.763, 1.801, 3.611 max_d=3.611 avg_d=0.763 std_dev=1.038
O2' A 0, -0.453, 0.661, 1.774, 3.764 max_d=3.764 avg_d=0.661 std_dev=1.114
O4' B 0, -0.231, 0.886, 2.002, 3.907 max_d=3.907 avg_d=0.886 std_dev=1.117
C4' B 0, -0.285, 0.956, 2.198, 4.324 max_d=4.324 avg_d=0.956 std_dev=1.242
C5' B 0, -0.386, 1.096, 2.577, 5.131 max_d=5.131 avg_d=1.096 std_dev=1.482
O2 B 0, -0.598, 0.912, 2.422, 5.147 max_d=5.147 avg_d=0.912 std_dev=1.510
O3' B 0, -0.493, 1.034, 2.560, 5.254 max_d=5.254 avg_d=1.034 std_dev=1.527
C2 B 0, -0.651, 0.887, 2.426, 5.203 max_d=5.203 avg_d=0.887 std_dev=1.539
C5 B 0, -0.594, 0.979, 2.552, 5.367 max_d=5.367 avg_d=0.979 std_dev=1.573
C5' A 0, -0.551, 1.065, 2.680, 5.512 max_d=5.512 avg_d=1.065 std_dev=1.616
OP1 B 0, -0.533, 1.162, 2.857, 5.828 max_d=5.828 avg_d=1.162 std_dev=1.695
O5' A 0, 0.171, 2.062, 3.953, 6.409 max_d=6.409 avg_d=2.062 std_dev=1.891
N3 B 0, -1.059, 1.079, 3.216, 7.101 max_d=7.101 avg_d=1.079 std_dev=2.137
C4 B 0, -1.040, 1.165, 3.370, 7.369 max_d=7.369 avg_d=1.165 std_dev=2.205
P A 0, -0.272, 2.329, 4.930, 8.908 max_d=8.908 avg_d=2.329 std_dev=2.601
O4 B 0, -1.369, 1.424, 4.217, 9.285 max_d=9.285 avg_d=1.424 std_dev=2.793
OP1 A 0, -0.057, 2.925, 5.907, 9.757 max_d=9.757 avg_d=2.925 std_dev=2.982
OP2 A 0, -0.370, 2.723, 5.816, 10.941 max_d=10.941 avg_d=2.723 std_dev=3.093

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.09 0.02 0.02 0.03 0.04 0.04 0.01 0.01 0.03 0.15 0.01 0.30 0.02 0.78 0.40 0.49
C2 0.04 0.00 0.31 0.35 0.01 0.30 0.01 0.73 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.24 0.30 0.12 0.78 0.01 1.18 0.66 0.65
C2' 0.00 0.31 0.00 0.00 0.15 0.02 0.07 0.15 0.14 0.15 0.24 0.38 0.31 0.08 0.03 0.01 0.03 0.01 0.45 0.11 0.75 0.44 0.48
C3' 0.01 0.35 0.00 0.00 0.11 0.01 0.05 0.03 0.08 0.30 0.23 0.47 0.34 0.23 0.08 0.03 0.01 0.02 0.39 0.06 0.63 0.34 0.38
C4 0.02 0.01 0.15 0.11 0.00 0.15 0.00 0.40 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.20 0.17 0.07 0.39 0.02 1.00 0.41 0.52
C4' 0.01 0.30 0.02 0.01 0.15 0.00 0.09 0.01 0.13 0.16 0.23 0.38 0.29 0.12 0.04 0.14 0.03 0.01 0.02 0.11 0.51 0.23 0.15
C5 0.01 0.01 0.07 0.05 0.00 0.09 0.00 0.27 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.21 0.10 0.05 0.36 0.02 1.17 0.67 0.74
C5' 0.09 0.73 0.15 0.03 0.40 0.01 0.27 0.00 0.38 0.19 0.59 0.90 0.68 0.15 0.14 0.03 0.13 0.03 0.01 0.32 0.36 0.30 0.02
C6 0.02 0.01 0.14 0.08 0.01 0.13 0.01 0.38 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.25 0.14 0.07 0.37 0.00 1.19 0.57 0.65
C8 0.02 0.01 0.15 0.30 0.01 0.16 0.00 0.19 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.12 0.09 0.06 0.68 0.02 1.31 1.12 1.15
N1 0.03 0.01 0.24 0.23 0.01 0.23 0.01 0.59 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.26 0.23 0.09 0.57 0.01 1.17 0.47 0.56
N2 0.04 0.00 0.38 0.47 0.01 0.38 0.01 0.90 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.24 0.36 0.14 1.06 0.02 1.38 1.04 0.93
N3 0.04 0.01 0.31 0.34 0.01 0.29 0.01 0.68 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.22 0.29 0.12 0.72 0.01 1.04 0.57 0.57
N7 0.01 0.01 0.08 0.23 0.00 0.12 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.17 0.07 0.06 0.60 0.02 1.35 1.13 1.12
N9 0.01 0.01 0.03 0.08 0.01 0.04 0.01 0.14 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.12 0.09 0.02 0.37 0.02 1.01 0.60 0.70
O2' 0.03 0.24 0.01 0.03 0.20 0.14 0.21 0.03 0.25 0.12 0.26 0.24 0.22 0.17 0.12 0.00 0.05 0.06 0.45 0.26 0.82 0.47 0.50
O3' 0.15 0.30 0.03 0.01 0.17 0.03 0.10 0.13 0.14 0.09 0.23 0.36 0.29 0.07 0.09 0.05 0.00 0.12 0.33 0.11 0.63 0.28 0.33
O4' 0.01 0.12 0.01 0.02 0.07 0.01 0.05 0.03 0.07 0.06 0.09 0.14 0.12 0.06 0.02 0.06 0.12 0.00 0.29 0.07 0.76 0.43 0.46
O5' 0.30 0.78 0.45 0.39 0.39 0.02 0.36 0.01 0.37 0.68 0.57 1.06 0.72 0.60 0.37 0.45 0.33 0.29 0.00 0.36 0.02 0.03 0.01
O6 0.02 0.01 0.11 0.06 0.02 0.11 0.02 0.32 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.26 0.11 0.07 0.36 0.00 1.27 0.75 0.77
OP1 0.78 1.18 0.75 0.63 1.00 0.51 1.17 0.36 1.19 1.31 1.17 1.38 1.04 1.35 1.01 0.82 0.63 0.76 0.02 1.27 0.00 0.02 0.01
OP2 0.40 0.66 0.44 0.34 0.41 0.23 0.67 0.30 0.57 1.12 0.47 1.04 0.57 1.13 0.60 0.47 0.28 0.43 0.03 0.75 0.02 0.00 0.01
P 0.49 0.65 0.48 0.38 0.52 0.15 0.74 0.02 0.65 1.15 0.56 0.93 0.57 1.12 0.70 0.50 0.33 0.46 0.01 0.77 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.23 1.16 0.26 0.59 1.31 0.60 0.89 0.62 0.60 0.67 1.46 1.28 0.21 0.89 1.50 0.13 0.27 0.35 0.31 0.18
C2 0.06 0.99 0.20 0.61 1.34 0.94 0.87 1.03 0.48 0.50 1.39 1.03 0.16 0.91 1.67 0.49 0.48 0.88 0.41 0.48
C2' 0.38 0.60 0.84 1.04 0.88 1.01 0.46 0.96 0.17 0.17 0.97 0.66 0.86 1.21 1.13 0.57 0.62 0.55 0.63 0.47
C3' 0.55 0.31 1.12 1.24 0.41 1.07 0.10 1.07 0.27 0.22 0.57 0.48 1.04 1.33 0.60 0.65 0.86 0.75 0.97 0.74
C4 0.06 1.00 0.20 0.64 1.28 0.93 0.84 0.98 0.48 0.52 1.36 1.05 0.15 0.97 1.56 0.45 0.44 0.77 0.39 0.41
C4' 0.19 0.69 0.60 0.81 0.58 0.64 0.25 0.72 0.17 0.29 0.81 0.97 0.43 0.95 0.68 0.25 0.58 0.65 0.77 0.55
C5 0.10 0.91 0.16 0.66 1.23 1.06 0.80 1.13 0.43 0.45 1.27 0.93 0.15 1.00 1.51 0.61 0.53 0.94 0.41 0.52
C5' 0.43 0.22 0.91 1.15 0.16 0.97 0.47 1.12 0.56 0.33 0.24 0.54 0.55 1.21 0.12 0.56 1.06 1.24 1.37 1.11
C6 0.14 0.87 0.16 0.64 1.24 1.11 0.80 1.22 0.41 0.42 1.25 0.88 0.16 0.97 1.55 0.68 0.58 1.08 0.45 0.60
C8 0.08 0.94 0.18 0.70 1.15 0.97 0.77 0.98 0.45 0.50 1.24 0.97 0.13 1.08 1.36 0.49 0.44 0.69 0.36 0.38
N1 0.10 0.92 0.17 0.63 1.30 1.05 0.84 1.15 0.44 0.45 1.33 0.95 0.15 0.94 1.64 0.61 0.55 1.02 0.44 0.57
N2 0.07 1.00 0.21 0.60 1.36 0.91 0.89 1.00 0.49 0.51 1.41 1.04 0.17 0.87 1.71 0.46 0.46 0.86 0.41 0.46
N3 0.08 1.02 0.22 0.62 1.33 0.87 0.87 0.93 0.51 0.54 1.40 1.08 0.18 0.92 1.63 0.40 0.42 0.74 0.39 0.40
N7 0.14 0.85 0.16 0.68 1.13 1.11 0.74 1.16 0.40 0.43 1.17 0.86 0.18 1.04 1.37 0.65 0.54 0.92 0.40 0.51
N9 0.09 1.04 0.22 0.66 1.26 0.84 0.83 0.86 0.51 0.56 1.36 1.11 0.16 1.00 1.48 0.35 0.38 0.60 0.36 0.32
O2' 0.17 0.96 0.56 0.75 1.42 0.68 0.99 0.60 0.61 0.53 1.43 0.90 0.65 0.98 1.73 0.27 0.28 0.13 0.27 0.18
O3' 0.30 0.48 0.89 0.94 0.63 0.68 0.30 0.65 0.11 0.14 0.74 0.58 0.86 0.99 0.80 0.29 0.49 0.24 0.62 0.32
O4' 0.38 1.12 0.21 0.51 1.02 0.45 0.65 0.55 0.47 0.66 1.25 1.37 0.15 0.77 1.13 0.16 0.31 0.50 0.46 0.31
O5' 1.17 0.59 1.62 1.91 0.75 1.71 1.15 1.85 1.28 1.03 0.47 0.46 1.23 1.90 0.64 1.33 1.82 1.91 2.09 1.85
O6 0.20 0.80 0.16 0.64 1.18 1.18 0.76 1.31 0.37 0.37 1.18 0.80 0.19 0.96 1.51 0.78 0.65 1.22 0.47 0.69
OP1 1.16 0.51 1.51 1.93 0.63 1.87 1.09 2.13 1.24 0.96 0.34 0.56 1.21 2.09 0.54 1.43 2.05 2.40 2.34 2.18
OP2 1.69 1.08 2.05 2.55 1.53 2.42 2.05 2.80 2.13 1.66 1.07 0.65 1.48 2.44 1.43 1.97 2.93 3.21 3.39 3.11
P 1.41 0.74 1.82 2.26 1.06 2.12 1.53 2.39 1.65 1.30 0.68 0.41 1.36 2.31 0.95 1.67 2.38 2.63 2.67 2.49

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.08 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.17 0.02 0.01 0.17 0.52 0.07 0.30
C2 0.02 0.00 0.05 0.12 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.21 0.13 0.01 0.05 0.09 0.61 0.20 0.25
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.06 0.02 0.08 0.15 0.07 0.04 0.05 0.08 0.00 0.03 0.06 0.01 0.34 0.37 0.25 0.39
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.28 0.01 0.33 0.03 0.29 0.16 0.19 0.07 0.02 0.00 0.30 0.01 0.06 0.10 0.08 0.04
C4 0.01 0.01 0.06 0.28 0.00 0.13 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.27 0.19 0.01 0.04 0.18 0.59 0.46 0.16
C4' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.13 0.00 0.18 0.01 0.17 0.07 0.07 0.09 0.18 0.02 0.15 0.00 0.01 0.14 0.05 0.05
C5 0.02 0.01 0.08 0.33 0.00 0.18 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.24 0.28 0.01 0.07 0.22 0.58 0.45 0.16
C5' 0.08 0.06 0.15 0.03 0.13 0.01 0.17 0.00 0.14 0.05 0.07 0.10 0.04 0.14 0.15 0.02 0.01 0.03 0.16 0.01
C6 0.02 0.01 0.07 0.29 0.01 0.17 0.01 0.14 0.00 0.01 0.01 0.02 0.19 0.23 0.01 0.08 0.15 0.59 0.27 0.21
N1 0.01 0.01 0.04 0.16 0.01 0.07 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.02 0.16 0.07 0.01 0.02 0.09 0.59 0.14 0.26
N3 0.02 0.00 0.05 0.19 0.01 0.07 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.26 0.10 0.01 0.03 0.11 0.61 0.34 0.20
O2 0.04 0.01 0.08 0.07 0.01 0.09 0.01 0.10 0.02 0.02 0.01 0.00 0.19 0.30 0.01 0.11 0.13 0.61 0.12 0.28
O2' 0.02 0.21 0.00 0.02 0.27 0.18 0.24 0.04 0.19 0.16 0.26 0.19 0.00 0.07 0.30 0.12 0.25 0.25 0.25 0.32
O3' 0.17 0.13 0.03 0.00 0.19 0.02 0.28 0.14 0.23 0.07 0.10 0.30 0.07 0.00 0.22 0.11 0.14 0.44 0.23 0.24
O4 0.02 0.01 0.06 0.30 0.01 0.15 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.30 0.22 0.00 0.04 0.21 0.57 0.54 0.15
O4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.04 0.00 0.07 0.02 0.08 0.02 0.03 0.11 0.12 0.11 0.04 0.00 0.03 0.46 0.07 0.17
O5' 0.17 0.09 0.34 0.06 0.18 0.01 0.22 0.01 0.15 0.09 0.11 0.13 0.25 0.14 0.21 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.52 0.61 0.37 0.10 0.59 0.14 0.58 0.03 0.59 0.59 0.61 0.61 0.25 0.44 0.57 0.46 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.20 0.25 0.08 0.46 0.05 0.45 0.16 0.27 0.14 0.34 0.12 0.25 0.23 0.54 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.30 0.25 0.39 0.04 0.16 0.05 0.16 0.01 0.21 0.26 0.20 0.28 0.32 0.24 0.15 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00