ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50299

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 2, 1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.006, 0.010, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.003, 0.008, 0.012, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.005, 0.010, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.010 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.003, 0.009, 0.014, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.004, 0.011, 0.017, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.004, 0.010, 0.017, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.007
N9 A 0, 0.007, 0.015, 0.022, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.015 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.004, 0.012, 0.020, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.012 std_dev=0.008
N7 A 0, 0.012, 0.021, 0.030, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.021 std_dev=0.009
N2 A 0, 0.009, 0.020, 0.032, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.020 std_dev=0.011
C8 A 0, 0.014, 0.027, 0.039, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.027 std_dev=0.013
O6 A 0, 0.016, 0.032, 0.048, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.032 std_dev=0.016
C2' A 0, 0.007, 0.128, 0.249, 0.328 max_d=0.328 avg_d=0.128 std_dev=0.121
O2' A 0, 0.027, 0.150, 0.273, 0.364 max_d=0.364 avg_d=0.150 std_dev=0.123
N3 B 0, 0.120, 0.250, 0.379, 0.386 max_d=0.386 avg_d=0.250 std_dev=0.129
O4' A 0, -0.011, 0.131, 0.272, 0.371 max_d=0.371 avg_d=0.131 std_dev=0.141
C2 B 0, 0.100, 0.263, 0.426, 0.509 max_d=0.509 avg_d=0.263 std_dev=0.163
C4 B 0, 0.118, 0.291, 0.464, 0.592 max_d=0.592 avg_d=0.291 std_dev=0.173
N1 B 0, 0.098, 0.279, 0.459, 0.560 max_d=0.560 avg_d=0.279 std_dev=0.181
O2 B 0, 0.117, 0.318, 0.519, 0.583 max_d=0.583 avg_d=0.318 std_dev=0.201
C6 B 0, 0.128, 0.332, 0.535, 0.601 max_d=0.601 avg_d=0.332 std_dev=0.204
O4 B 0, 0.099, 0.305, 0.510, 0.683 max_d=0.683 avg_d=0.305 std_dev=0.206
C5 B 0, 0.131, 0.347, 0.563, 0.721 max_d=0.721 avg_d=0.347 std_dev=0.216
C1' B 0, 0.069, 0.290, 0.512, 0.642 max_d=0.642 avg_d=0.290 std_dev=0.221
C3' A 0, -0.021, 0.212, 0.444, 0.604 max_d=0.604 avg_d=0.212 std_dev=0.233
C4' A 0, -0.021, 0.217, 0.456, 0.623 max_d=0.623 avg_d=0.217 std_dev=0.238
O2' B 0, 0.104, 0.348, 0.591, 0.708 max_d=0.708 avg_d=0.348 std_dev=0.243
C2' B 0, 0.075, 0.334, 0.592, 0.749 max_d=0.749 avg_d=0.334 std_dev=0.259
O4' B 0, 0.118, 0.384, 0.649, 0.800 max_d=0.800 avg_d=0.384 std_dev=0.265
O3' B 0, 0.067, 0.379, 0.690, 0.896 max_d=0.896 avg_d=0.379 std_dev=0.311
C4' B 0, 0.099, 0.415, 0.731, 0.949 max_d=0.949 avg_d=0.415 std_dev=0.316
C3' B 0, 0.058, 0.374, 0.690, 0.912 max_d=0.912 avg_d=0.374 std_dev=0.316
OP2 A 0, 0.113, 0.437, 0.760, 0.937 max_d=0.937 avg_d=0.437 std_dev=0.323
C5' A 0, 0.018, 0.342, 0.666, 0.892 max_d=0.892 avg_d=0.342 std_dev=0.324
O5' A 0, 0.023, 0.347, 0.671, 0.893 max_d=0.893 avg_d=0.347 std_dev=0.324
O3' A 0, -0.023, 0.310, 0.643, 0.870 max_d=0.870 avg_d=0.310 std_dev=0.333
O5' B 0, 0.085, 0.440, 0.794, 1.066 max_d=1.066 avg_d=0.440 std_dev=0.354
P A 0, 0.010, 0.366, 0.721, 0.977 max_d=0.977 avg_d=0.366 std_dev=0.356
OP2 B 0, 0.181, 0.538, 0.896, 1.091 max_d=1.091 avg_d=0.538 std_dev=0.358
P B 0, 0.139, 0.505, 0.872, 1.113 max_d=1.113 avg_d=0.505 std_dev=0.366
OP1 A 0, 0.101, 0.479, 0.856, 1.111 max_d=1.111 avg_d=0.479 std_dev=0.378
C5' B 0, 0.087, 0.471, 0.854, 1.139 max_d=1.139 avg_d=0.471 std_dev=0.383
OP1 B 0, 0.213, 0.614, 1.016, 1.249 max_d=1.249 avg_d=0.614 std_dev=0.401

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.09 0.02 0.06 0.15 0.06
C2 0.02 0.00 0.11 0.13 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.17 0.05 0.06 0.01 0.05 0.15 0.04
C2' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.06 0.01 0.04 0.02 0.05 0.04 0.08 0.13 0.10 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.09 0.04 0.08 0.20 0.09
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.09 0.00 0.08 0.03 0.10 0.04 0.12 0.15 0.11 0.06 0.05 0.03 0.01 0.01 0.06 0.09 0.12 0.15 0.07
C4 0.01 0.01 0.06 0.09 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.11 0.03 0.08 0.01 0.05 0.16 0.05
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.06 0.03 0.03 0.02 0.06 0.03 0.08 0.02 0.00 0.01 0.04 0.02 0.05 0.01
C5 0.01 0.01 0.04 0.08 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.10 0.02 0.09 0.01 0.06 0.17 0.05
C5' 0.02 0.03 0.02 0.03 0.04 0.01 0.06 0.00 0.07 0.08 0.04 0.02 0.02 0.08 0.05 0.06 0.02 0.02 0.01 0.08 0.02 0.01 0.01
C6 0.02 0.00 0.05 0.10 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.13 0.03 0.09 0.01 0.06 0.17 0.06
C8 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.06 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.05 0.04 0.11 0.01 0.06 0.19 0.06
N1 0.02 0.00 0.08 0.12 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.16 0.04 0.08 0.01 0.06 0.16 0.05
N2 0.01 0.01 0.13 0.15 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.12 0.20 0.05 0.05 0.02 0.05 0.14 0.04
N3 0.02 0.01 0.10 0.11 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.10 0.14 0.05 0.06 0.02 0.05 0.15 0.05
N7 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.06 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.07 0.03 0.10 0.01 0.06 0.18 0.05
N9 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.09 0.01 0.05 0.17 0.05
O2' 0.02 0.10 0.00 0.03 0.07 0.08 0.06 0.06 0.08 0.03 0.09 0.12 0.10 0.04 0.03 0.00 0.06 0.07 0.03 0.08 0.06 0.15 0.03
O3' 0.02 0.17 0.03 0.01 0.11 0.02 0.10 0.02 0.13 0.05 0.16 0.20 0.14 0.07 0.06 0.06 0.00 0.02 0.02 0.12 0.18 0.13 0.08
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.04 0.05 0.05 0.03 0.00 0.07 0.02 0.00 0.07 0.03 0.11 0.08 0.08
O5' 0.09 0.06 0.09 0.06 0.08 0.01 0.09 0.01 0.09 0.11 0.08 0.05 0.06 0.10 0.09 0.03 0.02 0.07 0.00 0.10 0.02 0.02 0.00
O6 0.02 0.01 0.04 0.09 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.08 0.12 0.03 0.10 0.00 0.07 0.18 0.06
OP1 0.06 0.05 0.08 0.12 0.05 0.02 0.06 0.02 0.06 0.06 0.06 0.05 0.05 0.06 0.05 0.06 0.18 0.11 0.02 0.07 0.00 0.02 0.01
OP2 0.15 0.15 0.20 0.15 0.16 0.05 0.17 0.01 0.17 0.19 0.16 0.14 0.15 0.18 0.17 0.15 0.13 0.08 0.02 0.18 0.02 0.00 0.01
P 0.06 0.04 0.09 0.07 0.05 0.01 0.05 0.01 0.06 0.06 0.05 0.04 0.05 0.05 0.05 0.03 0.08 0.08 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.12 0.14 0.09 0.11 0.15 0.17 0.14 0.16 0.12 0.11 0.15 0.20 0.10 0.14 0.16 0.19 0.11 0.13 0.12 0.11
C2 0.11 0.07 0.11 0.13 0.16 0.13 0.18 0.13 0.13 0.06 0.09 0.16 0.12 0.17 0.19 0.14 0.10 0.08 0.20 0.13
C2' 0.09 0.13 0.07 0.08 0.15 0.13 0.15 0.12 0.12 0.09 0.14 0.21 0.11 0.11 0.15 0.15 0.05 0.13 0.09 0.04
C3' 0.09 0.16 0.04 0.03 0.20 0.07 0.21 0.06 0.18 0.14 0.18 0.19 0.09 0.05 0.21 0.10 0.04 0.12 0.12 0.03
C4 0.11 0.12 0.10 0.12 0.16 0.14 0.17 0.14 0.13 0.09 0.13 0.20 0.11 0.16 0.18 0.15 0.11 0.08 0.18 0.12
C4' 0.10 0.14 0.06 0.06 0.18 0.10 0.18 0.09 0.16 0.14 0.16 0.14 0.10 0.06 0.18 0.12 0.07 0.11 0.12 0.06
C5 0.12 0.13 0.11 0.13 0.17 0.14 0.18 0.14 0.14 0.09 0.13 0.23 0.12 0.17 0.18 0.15 0.12 0.09 0.20 0.14
C5' 0.13 0.17 0.10 0.06 0.21 0.04 0.21 0.03 0.20 0.17 0.18 0.14 0.16 0.07 0.21 0.06 0.07 0.10 0.12 0.04
C6 0.11 0.10 0.12 0.13 0.17 0.12 0.20 0.12 0.14 0.08 0.10 0.20 0.13 0.17 0.20 0.12 0.12 0.10 0.23 0.16
C8 0.15 0.18 0.10 0.13 0.17 0.17 0.17 0.16 0.14 0.14 0.17 0.27 0.11 0.17 0.17 0.20 0.13 0.10 0.16 0.13
N1 0.11 0.07 0.12 0.13 0.17 0.13 0.19 0.12 0.14 0.07 0.08 0.17 0.13 0.17 0.20 0.12 0.11 0.09 0.23 0.14
N2 0.11 0.06 0.11 0.13 0.16 0.13 0.17 0.13 0.12 0.06 0.07 0.15 0.12 0.16 0.19 0.13 0.10 0.08 0.21 0.12
N3 0.11 0.09 0.11 0.12 0.16 0.14 0.17 0.14 0.12 0.07 0.11 0.17 0.11 0.16 0.18 0.15 0.10 0.08 0.18 0.11
N7 0.15 0.18 0.11 0.14 0.17 0.16 0.18 0.15 0.15 0.13 0.17 0.28 0.12 0.18 0.18 0.17 0.13 0.09 0.19 0.15
N9 0.12 0.14 0.09 0.12 0.16 0.15 0.16 0.15 0.13 0.11 0.15 0.22 0.11 0.15 0.17 0.18 0.11 0.10 0.15 0.11
O2' 0.12 0.14 0.06 0.08 0.13 0.15 0.14 0.14 0.12 0.11 0.13 0.22 0.10 0.10 0.13 0.19 0.10 0.10 0.12 0.09
O3' 0.10 0.16 0.05 0.01 0.21 0.05 0.22 0.04 0.19 0.15 0.19 0.19 0.09 0.03 0.22 0.08 0.05 0.15 0.12 0.05
O4' 0.11 0.11 0.09 0.12 0.13 0.17 0.12 0.18 0.11 0.10 0.12 0.14 0.09 0.13 0.13 0.19 0.13 0.17 0.11 0.13
O5' 0.11 0.14 0.09 0.02 0.21 0.03 0.22 0.04 0.20 0.16 0.17 0.09 0.17 0.00 0.22 0.02 0.05 0.11 0.11 0.03
O6 0.11 0.10 0.12 0.13 0.18 0.12 0.21 0.12 0.15 0.08 0.09 0.19 0.13 0.16 0.21 0.11 0.13 0.12 0.26 0.18
OP1 0.06 0.09 0.03 0.06 0.06 0.19 0.06 0.19 0.06 0.06 0.08 0.14 0.12 0.02 0.06 0.17 0.09 0.23 0.07 0.14
OP2 0.14 0.16 0.15 0.03 0.25 0.05 0.27 0.08 0.25 0.19 0.19 0.09 0.26 0.02 0.26 0.05 0.08 0.09 0.11 0.05
P 0.07 0.08 0.07 0.01 0.13 0.07 0.14 0.08 0.13 0.10 0.10 0.07 0.16 0.00 0.14 0.04 0.03 0.13 0.07 0.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.08 0.01 0.02 0.01 0.00 0.06 0.05 0.15 0.10
C2 0.04 0.00 0.06 0.04 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.05 0.00 0.02 0.10 0.10 0.20 0.14
C2' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.04 0.05 0.02 0.04 0.10 0.00 0.02 0.02 0.01 0.09 0.06 0.16 0.11
C3' 0.02 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.09 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.05 0.07 0.03
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.03 0.00 0.02 0.11 0.15 0.23 0.17
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.02 0.06 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.04 0.07 0.04
C5 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.04 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.03 0.01 0.03 0.12 0.15 0.22 0.18
C5' 0.02 0.05 0.04 0.02 0.08 0.01 0.10 0.00 0.09 0.06 0.06 0.07 0.04 0.02 0.08 0.02 0.01 0.04 0.03 0.02
C6 0.02 0.01 0.05 0.02 0.01 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.02 0.10 0.03 0.01 0.03 0.12 0.13 0.20 0.16
N1 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.10 0.10 0.18 0.13
N3 0.03 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.05 0.01 0.02 0.10 0.12 0.22 0.16
O2 0.08 0.00 0.10 0.09 0.01 0.06 0.01 0.07 0.02 0.02 0.01 0.00 0.12 0.10 0.01 0.06 0.11 0.10 0.19 0.14
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.05 0.01 0.10 0.04 0.10 0.04 0.04 0.12 0.00 0.02 0.05 0.01 0.10 0.08 0.18 0.13
O3' 0.02 0.05 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.05 0.10 0.02 0.00 0.03 0.03 0.04 0.08 0.07 0.03
O4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.03 0.00 0.02 0.11 0.17 0.25 0.19
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.06 0.01 0.03 0.02 0.00 0.07 0.06 0.16 0.11
O5' 0.06 0.10 0.09 0.04 0.11 0.03 0.12 0.01 0.12 0.10 0.10 0.11 0.10 0.04 0.11 0.07 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.05 0.10 0.06 0.05 0.15 0.04 0.15 0.04 0.13 0.10 0.12 0.10 0.08 0.08 0.17 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.15 0.20 0.16 0.07 0.23 0.07 0.22 0.03 0.20 0.18 0.22 0.19 0.18 0.07 0.25 0.16 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.14 0.11 0.03 0.17 0.04 0.18 0.02 0.16 0.13 0.16 0.14 0.13 0.03 0.19 0.11 0.01 0.00 0.01 0.00