ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50300

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 2, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.012, 0.019, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.009, 0.021, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.021 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.007, 0.019, 0.030, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.019 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.010, 0.022, 0.034, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.022 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.008, 0.022, 0.036, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.022 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.012, 0.028, 0.044, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.028 std_dev=0.016
N3 A 0, 0.011, 0.028, 0.045, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.028 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.011, 0.029, 0.046, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.029 std_dev=0.018
C8 A 0, 0.015, 0.037, 0.059, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.037 std_dev=0.022
O6 A 0, 0.008, 0.032, 0.057, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.032 std_dev=0.025
N7 A 0, 0.015, 0.040, 0.064, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.040 std_dev=0.025
N2 A 0, 0.030, 0.059, 0.088, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.059 std_dev=0.029
C2' A 0, 0.045, 0.115, 0.185, 0.207 max_d=0.207 avg_d=0.115 std_dev=0.070
O4' A 0, 0.051, 0.136, 0.221, 0.261 max_d=0.261 avg_d=0.136 std_dev=0.085
O2' A 0, 0.092, 0.182, 0.273, 0.290 max_d=0.290 avg_d=0.182 std_dev=0.090
C3' A 0, 0.090, 0.227, 0.364, 0.412 max_d=0.412 avg_d=0.227 std_dev=0.137
C4' A 0, 0.184, 0.352, 0.521, 0.614 max_d=0.614 avg_d=0.352 std_dev=0.169
O3' A 0, 0.122, 0.292, 0.462, 0.574 max_d=0.574 avg_d=0.292 std_dev=0.170
O2' B 0, 0.251, 0.453, 0.655, 0.718 max_d=0.718 avg_d=0.453 std_dev=0.202
C4' B 0, 0.314, 0.555, 0.796, 0.858 max_d=0.858 avg_d=0.555 std_dev=0.241
O3' B 0, 0.267, 0.526, 0.784, 0.890 max_d=0.890 avg_d=0.526 std_dev=0.259
C3' B 0, 0.297, 0.566, 0.834, 0.901 max_d=0.901 avg_d=0.566 std_dev=0.269
C2' B 0, 0.288, 0.572, 0.856, 0.885 max_d=0.885 avg_d=0.572 std_dev=0.284
C1' B 0, 0.432, 0.739, 1.046, 1.136 max_d=1.136 avg_d=0.739 std_dev=0.307
O2 B 0, 0.296, 0.623, 0.950, 1.131 max_d=1.131 avg_d=0.623 std_dev=0.327
O4' B 0, 0.465, 0.802, 1.139, 1.156 max_d=1.156 avg_d=0.802 std_dev=0.337
C5' A 0, 0.370, 0.713, 1.056, 1.198 max_d=1.198 avg_d=0.713 std_dev=0.343
C5' B 0, 0.353, 0.705, 1.057, 1.326 max_d=1.326 avg_d=0.705 std_dev=0.352
C2 B 0, 0.414, 0.766, 1.119, 1.224 max_d=1.224 avg_d=0.766 std_dev=0.353
O5' B 0, 0.396, 0.795, 1.195, 1.490 max_d=1.490 avg_d=0.795 std_dev=0.400
N1 B 0, 0.481, 0.896, 1.312, 1.551 max_d=1.551 avg_d=0.896 std_dev=0.415
N3 B 0, 0.462, 0.909, 1.356, 1.574 max_d=1.574 avg_d=0.909 std_dev=0.447
P B 0, 0.427, 0.971, 1.514, 1.986 max_d=1.986 avg_d=0.971 std_dev=0.544
P A 0, 0.571, 1.153, 1.734, 2.069 max_d=2.069 avg_d=1.153 std_dev=0.581
C4 B 0, 0.540, 1.166, 1.792, 2.276 max_d=2.276 avg_d=1.166 std_dev=0.626
C6 B 0, 0.528, 1.155, 1.782, 2.386 max_d=2.386 avg_d=1.155 std_dev=0.627
OP2 B 0, 0.541, 1.190, 1.839, 2.434 max_d=2.434 avg_d=1.190 std_dev=0.649
OP1 B 0, 0.232, 0.913, 1.594, 2.429 max_d=2.429 avg_d=0.913 std_dev=0.681
O5' A 0, 0.588, 1.269, 1.950, 2.254 max_d=2.254 avg_d=1.269 std_dev=0.681
O4 B 0, 0.580, 1.283, 1.986, 2.557 max_d=2.557 avg_d=1.283 std_dev=0.703
C5 B 0, 0.556, 1.297, 2.037, 2.761 max_d=2.761 avg_d=1.297 std_dev=0.741
OP1 A 0, 0.760, 1.501, 2.242, 2.650 max_d=2.650 avg_d=1.501 std_dev=0.741
OP2 A 0, 0.682, 1.454, 2.226, 2.673 max_d=2.673 avg_d=1.454 std_dev=0.772

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.05 0.03 0.01 0.01 0.06 0.03 0.01 0.11 0.03 0.14 0.28 0.12
C2 0.03 0.00 0.12 0.14 0.01 0.08 0.02 0.13 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.11 0.17 0.03 0.27 0.01 0.22 0.45 0.26
C2' 0.01 0.12 0.00 0.01 0.07 0.03 0.06 0.04 0.07 0.02 0.11 0.14 0.11 0.04 0.03 0.01 0.03 0.01 0.19 0.06 0.22 0.25 0.11
C3' 0.02 0.14 0.01 0.00 0.09 0.01 0.09 0.04 0.11 0.08 0.14 0.16 0.12 0.09 0.05 0.04 0.02 0.03 0.28 0.10 0.28 0.21 0.14
C4 0.02 0.01 0.07 0.09 0.00 0.06 0.00 0.12 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.08 0.10 0.03 0.25 0.02 0.21 0.42 0.25
C4' 0.02 0.08 0.03 0.01 0.06 0.00 0.07 0.01 0.07 0.07 0.09 0.09 0.06 0.08 0.05 0.08 0.04 0.01 0.03 0.06 0.20 0.29 0.07
C5 0.02 0.02 0.06 0.09 0.00 0.07 0.00 0.14 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.07 0.10 0.04 0.29 0.02 0.26 0.49 0.30
C5' 0.03 0.13 0.04 0.04 0.12 0.01 0.14 0.00 0.15 0.14 0.16 0.14 0.11 0.16 0.10 0.09 0.09 0.03 0.01 0.15 0.27 0.35 0.07
C6 0.02 0.01 0.07 0.11 0.01 0.07 0.01 0.15 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.08 0.13 0.04 0.31 0.01 0.27 0.52 0.31
C8 0.01 0.03 0.02 0.08 0.02 0.07 0.02 0.14 0.03 0.00 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.05 0.09 0.04 0.25 0.04 0.24 0.41 0.27
N1 0.03 0.00 0.11 0.14 0.01 0.09 0.01 0.16 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.10 0.17 0.03 0.30 0.01 0.25 0.50 0.30
N2 0.05 0.01 0.14 0.16 0.02 0.09 0.03 0.14 0.03 0.03 0.03 0.00 0.01 0.04 0.02 0.13 0.21 0.05 0.26 0.02 0.21 0.45 0.26
N3 0.03 0.01 0.11 0.12 0.01 0.06 0.01 0.11 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.14 0.03 0.24 0.02 0.19 0.41 0.24
N7 0.01 0.03 0.04 0.09 0.01 0.08 0.01 0.16 0.03 0.00 0.03 0.04 0.01 0.00 0.01 0.05 0.10 0.04 0.29 0.05 0.29 0.50 0.32
N9 0.01 0.02 0.03 0.05 0.01 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.06 0.07 0.02 0.21 0.02 0.18 0.36 0.22
O2' 0.06 0.11 0.01 0.04 0.08 0.08 0.07 0.09 0.08 0.05 0.10 0.13 0.10 0.05 0.06 0.00 0.06 0.08 0.11 0.07 0.25 0.23 0.09
O3' 0.03 0.17 0.03 0.02 0.10 0.04 0.10 0.09 0.13 0.09 0.17 0.21 0.14 0.10 0.07 0.06 0.00 0.02 0.28 0.12 0.33 0.22 0.18
O4' 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.01 0.04 0.03 0.04 0.04 0.03 0.05 0.03 0.04 0.02 0.08 0.02 0.00 0.17 0.05 0.16 0.30 0.14
O5' 0.11 0.27 0.19 0.28 0.25 0.03 0.29 0.01 0.31 0.25 0.30 0.26 0.24 0.29 0.21 0.11 0.28 0.17 0.00 0.33 0.04 0.03 0.01
O6 0.03 0.01 0.06 0.10 0.02 0.06 0.02 0.15 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.05 0.02 0.07 0.12 0.05 0.33 0.00 0.29 0.53 0.32
OP1 0.14 0.22 0.22 0.28 0.21 0.20 0.26 0.27 0.27 0.24 0.25 0.21 0.19 0.29 0.18 0.25 0.33 0.16 0.04 0.29 0.00 0.02 0.01
OP2 0.28 0.45 0.25 0.21 0.42 0.29 0.49 0.35 0.52 0.41 0.50 0.45 0.41 0.50 0.36 0.23 0.22 0.30 0.03 0.53 0.02 0.00 0.01
P 0.12 0.26 0.11 0.14 0.25 0.07 0.30 0.07 0.31 0.27 0.30 0.26 0.24 0.32 0.22 0.09 0.18 0.14 0.01 0.32 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.07 0.08 0.14 0.09 0.11 0.12 0.18 0.12 0.08 0.09 0.07 0.12 0.20 0.09 0.11 0.20 0.57 0.27 0.30
C2 0.10 0.13 0.05 0.13 0.11 0.13 0.12 0.21 0.13 0.11 0.12 0.18 0.10 0.22 0.11 0.17 0.19 0.48 0.14 0.20
C2' 0.09 0.08 0.06 0.12 0.10 0.09 0.13 0.18 0.12 0.09 0.09 0.09 0.08 0.19 0.10 0.09 0.22 0.69 0.38 0.38
C3' 0.14 0.15 0.12 0.13 0.16 0.14 0.18 0.21 0.17 0.15 0.15 0.18 0.13 0.19 0.16 0.14 0.25 0.76 0.46 0.45
C4 0.11 0.11 0.06 0.14 0.11 0.13 0.14 0.19 0.15 0.12 0.11 0.15 0.08 0.23 0.11 0.16 0.18 0.47 0.14 0.18
C4' 0.11 0.11 0.07 0.10 0.12 0.13 0.14 0.21 0.13 0.11 0.11 0.13 0.08 0.16 0.12 0.14 0.25 0.75 0.46 0.45
C5 0.15 0.15 0.07 0.13 0.14 0.15 0.17 0.18 0.19 0.15 0.14 0.20 0.08 0.22 0.13 0.20 0.18 0.40 0.13 0.13
C5' 0.19 0.20 0.16 0.19 0.23 0.24 0.26 0.33 0.25 0.21 0.21 0.20 0.15 0.19 0.24 0.24 0.35 0.80 0.54 0.54
C6 0.15 0.17 0.07 0.12 0.15 0.15 0.17 0.19 0.19 0.16 0.16 0.24 0.08 0.20 0.15 0.22 0.18 0.38 0.13 0.11
C8 0.15 0.12 0.09 0.16 0.14 0.15 0.20 0.16 0.21 0.15 0.12 0.14 0.07 0.24 0.14 0.19 0.19 0.39 0.16 0.15
N1 0.13 0.16 0.06 0.12 0.13 0.15 0.15 0.20 0.16 0.14 0.15 0.22 0.09 0.22 0.14 0.20 0.18 0.42 0.11 0.14
N2 0.09 0.13 0.06 0.13 0.11 0.13 0.11 0.22 0.12 0.11 0.12 0.17 0.11 0.23 0.11 0.16 0.20 0.50 0.16 0.22
N3 0.09 0.10 0.05 0.13 0.10 0.12 0.12 0.20 0.13 0.10 0.10 0.14 0.10 0.23 0.10 0.15 0.19 0.51 0.17 0.22
N7 0.18 0.15 0.10 0.15 0.16 0.16 0.22 0.17 0.23 0.18 0.14 0.19 0.09 0.22 0.15 0.23 0.19 0.34 0.18 0.12
N9 0.10 0.09 0.07 0.15 0.11 0.13 0.15 0.18 0.16 0.11 0.09 0.11 0.07 0.23 0.11 0.15 0.19 0.48 0.17 0.20
O2' 0.10 0.09 0.06 0.10 0.10 0.11 0.13 0.20 0.12 0.10 0.10 0.10 0.12 0.18 0.11 0.12 0.25 0.75 0.47 0.46
O3' 0.15 0.17 0.14 0.15 0.17 0.15 0.19 0.23 0.18 0.16 0.16 0.20 0.15 0.19 0.18 0.15 0.28 0.85 0.58 0.54
O4' 0.11 0.10 0.11 0.13 0.10 0.11 0.12 0.17 0.11 0.09 0.10 0.11 0.15 0.17 0.10 0.11 0.20 0.58 0.31 0.31
O5' 0.13 0.15 0.07 0.15 0.18 0.24 0.22 0.39 0.21 0.15 0.15 0.17 0.10 0.04 0.18 0.22 0.44 0.85 0.63 0.61
O6 0.17 0.21 0.07 0.09 0.17 0.15 0.18 0.19 0.20 0.18 0.20 0.29 0.10 0.16 0.17 0.23 0.17 0.34 0.16 0.09
OP1 0.10 0.11 0.19 0.05 0.16 0.16 0.20 0.33 0.18 0.12 0.13 0.11 0.25 0.03 0.17 0.17 0.30 0.72 0.54 0.51
OP2 0.26 0.24 0.31 0.13 0.27 0.07 0.30 0.16 0.30 0.26 0.25 0.24 0.47 0.03 0.28 0.13 0.18 0.57 0.32 0.29
P 0.07 0.04 0.14 0.04 0.08 0.08 0.14 0.21 0.15 0.06 0.04 0.08 0.24 0.02 0.08 0.06 0.22 0.61 0.39 0.37

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03 0.07 0.03 0.06 0.04 0.00 0.08 0.15 0.37 0.25
C2 0.04 0.00 0.11 0.08 0.02 0.05 0.02 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.09 0.02 0.10 0.24 0.48 0.79 0.57
C2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.08 0.04 0.13 0.03 0.15 0.05 0.09 0.20 0.01 0.05 0.08 0.02 0.09 0.10 0.28 0.15
C3' 0.02 0.08 0.01 0.00 0.07 0.01 0.11 0.02 0.12 0.05 0.07 0.13 0.04 0.01 0.08 0.03 0.13 0.20 0.20 0.12
C4 0.03 0.02 0.08 0.07 0.00 0.08 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.08 0.01 0.06 0.27 0.54 0.80 0.55
C4' 0.02 0.05 0.04 0.01 0.08 0.00 0.08 0.01 0.08 0.05 0.06 0.07 0.10 0.07 0.09 0.01 0.03 0.13 0.12 0.08
C5 0.03 0.02 0.13 0.11 0.00 0.08 0.00 0.14 0.00 0.01 0.01 0.02 0.13 0.11 0.01 0.09 0.20 0.37 0.55 0.36
C5' 0.03 0.14 0.03 0.02 0.17 0.01 0.14 0.00 0.10 0.09 0.18 0.14 0.10 0.08 0.19 0.05 0.02 0.16 0.03 0.05
C6 0.02 0.01 0.15 0.12 0.01 0.08 0.00 0.10 0.00 0.01 0.03 0.02 0.14 0.12 0.01 0.11 0.14 0.23 0.42 0.26
N1 0.03 0.01 0.05 0.05 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.00 0.02 0.03 0.06 0.07 0.01 0.04 0.16 0.29 0.56 0.38
N3 0.03 0.01 0.09 0.07 0.01 0.06 0.01 0.18 0.03 0.02 0.00 0.01 0.11 0.09 0.01 0.08 0.29 0.58 0.89 0.64
O2 0.07 0.01 0.20 0.13 0.01 0.07 0.02 0.14 0.02 0.03 0.01 0.00 0.23 0.14 0.02 0.17 0.25 0.51 0.84 0.62
O2' 0.03 0.13 0.01 0.04 0.08 0.10 0.13 0.10 0.14 0.06 0.11 0.23 0.00 0.12 0.09 0.06 0.09 0.17 0.24 0.12
O3' 0.06 0.09 0.05 0.01 0.08 0.07 0.11 0.08 0.12 0.07 0.09 0.14 0.12 0.00 0.09 0.06 0.17 0.34 0.22 0.17
O4 0.04 0.02 0.08 0.08 0.01 0.09 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.02 0.09 0.09 0.00 0.06 0.29 0.62 0.85 0.59
O4' 0.00 0.10 0.02 0.03 0.06 0.01 0.09 0.05 0.11 0.04 0.08 0.17 0.06 0.06 0.06 0.00 0.13 0.18 0.29 0.24
O5' 0.08 0.24 0.09 0.13 0.27 0.03 0.20 0.02 0.14 0.16 0.29 0.25 0.09 0.17 0.29 0.13 0.00 0.03 0.03 0.01
OP1 0.15 0.48 0.10 0.20 0.54 0.13 0.37 0.16 0.23 0.29 0.58 0.51 0.17 0.34 0.62 0.18 0.03 0.00 0.03 0.01
OP2 0.37 0.79 0.28 0.20 0.80 0.12 0.55 0.03 0.42 0.56 0.89 0.84 0.24 0.22 0.85 0.29 0.03 0.03 0.00 0.01
P 0.25 0.57 0.15 0.12 0.55 0.08 0.36 0.05 0.26 0.38 0.64 0.62 0.12 0.17 0.59 0.24 0.01 0.01 0.01 0.00