ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50303

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 1, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.015, 0.027, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.015 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.015, 0.038, 0.061, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.038 std_dev=0.023
N1 A 0, 0.010, 0.037, 0.063, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.037 std_dev=0.026
C4 A 0, 0.017, 0.045, 0.072, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.045 std_dev=0.028
N7 A 0, 0.022, 0.050, 0.078, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.050 std_dev=0.028
C8 A 0, 0.026, 0.063, 0.099, 0.124 max_d=0.124 avg_d=0.063 std_dev=0.037
N3 A 0, 0.026, 0.065, 0.103, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.065 std_dev=0.039
N9 A 0, 0.026, 0.066, 0.107, 0.142 max_d=0.142 avg_d=0.066 std_dev=0.041
C2 A 0, 0.019, 0.061, 0.104, 0.134 max_d=0.134 avg_d=0.061 std_dev=0.042
C1' A 0, 0.031, 0.079, 0.126, 0.160 max_d=0.160 avg_d=0.079 std_dev=0.047
O6 A 0, -0.004, 0.047, 0.098, 0.166 max_d=0.166 avg_d=0.047 std_dev=0.051
N2 A 0, 0.035, 0.109, 0.183, 0.217 max_d=0.217 avg_d=0.109 std_dev=0.074
C2' B 0, 0.226, 0.674, 1.123, 1.462 max_d=1.462 avg_d=0.674 std_dev=0.448
O4' A 0, 0.038, 0.489, 0.941, 1.514 max_d=1.514 avg_d=0.489 std_dev=0.452
O2' B 0, 0.425, 0.916, 1.407, 1.641 max_d=1.641 avg_d=0.916 std_dev=0.491
C4' A 0, 0.232, 0.807, 1.381, 2.013 max_d=2.013 avg_d=0.807 std_dev=0.574
C3' A 0, 0.278, 0.852, 1.427, 1.997 max_d=1.997 avg_d=0.852 std_dev=0.575
C2' A 0, 0.067, 0.655, 1.243, 1.998 max_d=1.998 avg_d=0.655 std_dev=0.588
O3' A 0, 0.552, 1.154, 1.755, 1.937 max_d=1.937 avg_d=1.154 std_dev=0.601
C3' B 0, 0.630, 1.310, 1.990, 2.340 max_d=2.340 avg_d=1.310 std_dev=0.680
O3' B 0, 0.846, 1.633, 2.419, 2.734 max_d=2.734 avg_d=1.633 std_dev=0.786
O2' A 0, 0.127, 1.069, 2.012, 3.205 max_d=3.205 avg_d=1.069 std_dev=0.943
C5' A 0, 0.399, 1.346, 2.293, 3.303 max_d=3.303 avg_d=1.346 std_dev=0.947
C4' B 0, 0.889, 1.883, 2.876, 3.670 max_d=3.670 avg_d=1.883 std_dev=0.993
O4' B 0, 1.099, 2.109, 3.120, 3.348 max_d=3.348 avg_d=2.109 std_dev=1.011
C1' B 0, 0.723, 1.765, 2.806, 3.093 max_d=3.093 avg_d=1.765 std_dev=1.041
O5' A 0, 1.004, 2.130, 3.255, 4.136 max_d=4.136 avg_d=2.130 std_dev=1.125
P A 0, 1.249, 2.558, 3.867, 4.070 max_d=4.070 avg_d=2.558 std_dev=1.309
OP1 A 0, 1.526, 3.063, 4.600, 4.509 max_d=4.509 avg_d=3.063 std_dev=1.537
C5' B 0, 1.737, 3.388, 5.039, 5.967 max_d=5.967 avg_d=3.388 std_dev=1.651
OP2 A 0, 1.185, 3.204, 5.222, 6.096 max_d=6.096 avg_d=3.204 std_dev=2.019
O5' B 0, 1.950, 4.169, 6.388, 7.523 max_d=7.523 avg_d=4.169 std_dev=2.219
N1 B 0, 0.296, 2.546, 4.796, 5.292 max_d=5.292 avg_d=2.546 std_dev=2.250
C6 B 0, 0.473, 3.116, 5.758, 6.294 max_d=6.294 avg_d=3.116 std_dev=2.642
O2 B 0, 1.324, 3.968, 6.613, 7.264 max_d=7.264 avg_d=3.968 std_dev=2.644
C2 B 0, 0.820, 3.611, 6.402, 7.081 max_d=7.081 avg_d=3.611 std_dev=2.791
P B 0, 2.884, 6.027, 9.170, 10.484 max_d=10.484 avg_d=6.027 std_dev=3.143
OP1 B 0, 3.469, 6.844, 10.218, 11.333 max_d=11.333 avg_d=6.844 std_dev=3.375
C5 B 0, 0.567, 4.186, 7.804, 8.587 max_d=8.587 avg_d=4.186 std_dev=3.618
N3 B 0, 1.054, 4.690, 8.327, 9.202 max_d=9.202 avg_d=4.690 std_dev=3.636
OP2 B 0, 2.985, 6.816, 10.647, 12.163 max_d=12.163 avg_d=6.816 std_dev=3.831
C4 B 0, 0.888, 4.966, 9.044, 9.999 max_d=9.999 avg_d=4.966 std_dev=4.078
O4 B 0, 1.281, 6.133, 10.984, 12.134 max_d=12.134 avg_d=6.133 std_dev=4.852

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.05 0.09 0.06 0.02 0.01 0.02 0.27 0.01 0.39 0.05 0.80 0.69 0.34
C2 0.07 0.00 0.33 0.26 0.03 0.06 0.02 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.20 0.15 0.15 0.54 0.01 0.77 0.71 0.43
C2' 0.01 0.33 0.00 0.00 0.14 0.01 0.03 0.12 0.09 0.22 0.23 0.42 0.33 0.15 0.02 0.00 0.03 0.02 0.39 0.04 0.91 1.12 0.70
C3' 0.02 0.26 0.00 0.00 0.22 0.01 0.26 0.03 0.27 0.22 0.28 0.27 0.23 0.26 0.18 0.02 0.01 0.02 0.17 0.27 0.75 0.71 0.42
C4 0.03 0.03 0.14 0.22 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.15 0.13 0.08 0.54 0.02 0.63 0.78 0.47
C4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.05 0.00 0.10 0.01 0.08 0.19 0.04 0.09 0.06 0.18 0.08 0.25 0.03 0.01 0.02 0.10 0.79 0.41 0.32
C5 0.03 0.02 0.03 0.26 0.00 0.10 0.00 0.17 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.32 0.12 0.04 0.62 0.02 0.46 0.97 0.63
C5' 0.02 0.04 0.12 0.03 0.09 0.01 0.17 0.00 0.16 0.26 0.09 0.06 0.04 0.27 0.12 0.12 0.16 0.03 0.01 0.19 0.41 0.26 0.02
C6 0.04 0.01 0.09 0.27 0.01 0.08 0.01 0.16 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.29 0.12 0.07 0.64 0.01 0.48 0.99 0.65
C8 0.03 0.04 0.22 0.22 0.01 0.19 0.02 0.26 0.03 0.00 0.03 0.04 0.02 0.00 0.00 0.45 0.15 0.11 0.60 0.05 0.36 1.04 0.67
N1 0.05 0.01 0.23 0.28 0.02 0.04 0.02 0.09 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.17 0.11 0.12 0.60 0.01 0.62 0.83 0.53
N2 0.09 0.01 0.42 0.27 0.03 0.09 0.03 0.06 0.02 0.04 0.02 0.00 0.02 0.03 0.05 0.33 0.19 0.18 0.50 0.02 0.89 0.67 0.41
N3 0.06 0.01 0.33 0.23 0.01 0.06 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.20 0.18 0.15 0.50 0.02 0.81 0.68 0.40
N7 0.02 0.02 0.15 0.26 0.00 0.18 0.00 0.27 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.46 0.17 0.07 0.64 0.05 0.34 1.15 0.77
N9 0.01 0.04 0.02 0.18 0.01 0.08 0.02 0.12 0.03 0.00 0.03 0.05 0.03 0.01 0.00 0.20 0.12 0.01 0.52 0.04 0.60 0.78 0.45
O2' 0.02 0.20 0.00 0.02 0.15 0.25 0.32 0.12 0.29 0.45 0.17 0.33 0.20 0.46 0.20 0.00 0.05 0.17 0.09 0.37 1.03 1.19 0.66
O3' 0.27 0.15 0.03 0.01 0.13 0.03 0.12 0.16 0.12 0.15 0.11 0.19 0.18 0.17 0.12 0.05 0.00 0.16 0.37 0.15 0.82 0.71 0.54
O4' 0.01 0.15 0.02 0.02 0.08 0.01 0.04 0.03 0.07 0.11 0.12 0.18 0.15 0.07 0.01 0.17 0.16 0.00 0.38 0.07 0.77 0.37 0.14
O5' 0.39 0.54 0.39 0.17 0.54 0.02 0.62 0.01 0.64 0.60 0.60 0.50 0.50 0.64 0.52 0.09 0.37 0.38 0.00 0.67 0.01 0.02 0.01
O6 0.05 0.01 0.04 0.27 0.02 0.10 0.02 0.19 0.01 0.05 0.01 0.02 0.02 0.05 0.04 0.37 0.15 0.07 0.67 0.00 0.43 1.14 0.77
OP1 0.80 0.77 0.91 0.75 0.63 0.79 0.46 0.41 0.48 0.36 0.62 0.89 0.81 0.34 0.60 1.03 0.82 0.77 0.01 0.43 0.00 0.02 0.01
OP2 0.69 0.71 1.12 0.71 0.78 0.41 0.97 0.26 0.99 1.04 0.83 0.67 0.68 1.15 0.78 1.19 0.71 0.37 0.02 1.14 0.02 0.00 0.01
P 0.34 0.43 0.70 0.42 0.47 0.32 0.63 0.02 0.65 0.67 0.53 0.41 0.40 0.77 0.45 0.66 0.54 0.14 0.01 0.77 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.84 2.07 0.09 0.46 2.31 0.52 1.81 0.64 1.41 1.47 2.46 2.18 0.08 0.76 2.56 0.46 0.79 0.79 1.10 0.92
C2 0.71 2.27 0.15 0.48 3.27 0.78 2.66 0.91 1.94 1.67 3.07 2.08 0.20 0.80 3.84 0.46 1.24 1.22 2.13 1.59
C2' 0.74 1.49 0.56 0.76 1.73 0.85 1.40 0.90 1.13 1.11 1.80 1.53 0.62 0.88 1.93 0.69 1.02 0.94 1.19 1.09
C3' 0.64 1.32 0.32 0.33 1.38 0.37 1.10 0.48 0.91 0.97 1.48 1.43 0.34 0.44 1.49 0.38 0.54 0.59 0.62 0.61
C4 0.72 2.20 0.13 0.47 2.97 0.73 2.42 0.82 1.81 1.62 2.87 2.05 0.18 0.79 3.38 0.41 1.10 1.01 1.80 1.35
C4' 0.92 1.69 0.35 0.31 1.54 0.22 1.17 0.42 1.00 1.21 1.78 1.96 0.38 0.45 1.63 0.57 0.46 0.72 0.50 0.59
C5 0.60 2.08 0.15 0.49 3.06 0.85 2.57 0.93 1.89 1.57 2.82 1.81 0.27 0.79 3.50 0.44 1.21 1.14 2.06 1.51
C5' 1.02 1.49 0.57 0.40 1.22 0.36 0.95 0.42 0.87 1.13 1.46 1.78 0.63 0.35 1.25 0.74 0.39 0.69 0.38 0.51
C6 0.53 2.05 0.16 0.50 3.26 0.92 2.76 1.03 1.98 1.55 2.89 1.72 0.30 0.80 3.84 0.51 1.34 1.36 2.38 1.72
C8 0.67 1.97 0.13 0.46 2.48 0.73 2.09 0.76 1.64 1.49 2.44 1.80 0.19 0.77 2.70 0.36 0.95 0.79 1.49 1.10
N1 0.61 2.17 0.16 0.50 3.34 0.87 2.78 0.99 1.99 1.62 3.02 1.89 0.26 0.81 3.97 0.48 1.33 1.35 2.35 1.72
N2 0.74 2.31 0.15 0.47 3.32 0.76 2.69 0.90 1.95 1.69 3.12 2.14 0.18 0.80 3.94 0.48 1.26 1.26 2.17 1.62
N3 0.77 2.28 0.13 0.47 3.08 0.70 2.48 0.82 1.83 1.66 2.98 2.17 0.15 0.79 3.56 0.44 1.12 1.07 1.85 1.40
N7 0.54 1.91 0.16 0.48 2.78 0.87 2.40 0.91 1.81 1.49 2.55 1.61 0.30 0.77 3.09 0.44 1.14 1.04 1.91 1.38
N9 0.76 2.13 0.11 0.46 2.62 0.65 2.12 0.73 1.63 1.55 2.64 2.07 0.12 0.78 2.91 0.40 0.95 0.84 1.46 1.12
O2' 0.88 1.52 0.74 0.82 1.70 0.92 1.33 0.97 1.09 1.13 1.80 1.62 0.87 0.86 1.91 0.84 1.03 1.05 1.20 1.11
O3' 0.64 1.22 0.44 0.32 1.24 0.31 0.98 0.43 0.82 0.90 1.36 1.35 0.42 0.28 1.35 0.40 0.48 0.63 0.56 0.59
O4' 1.04 2.16 0.32 0.39 2.11 0.30 1.62 0.49 1.33 1.53 2.37 2.43 0.31 0.69 2.26 0.59 0.58 0.76 0.77 0.73
O5' 0.58 0.81 0.40 0.61 0.41 0.42 0.22 0.74 0.22 0.47 0.71 1.20 0.45 0.65 0.43 0.32 0.93 1.13 0.94 1.05
O6 0.43 1.87 0.15 0.53 3.26 1.02 2.82 1.14 1.99 1.45 2.77 1.49 0.33 0.81 3.89 0.61 1.44 1.55 2.62 1.88
OP1 0.24 0.81 0.85 1.33 0.70 0.95 0.80 1.50 0.71 0.38 0.83 1.37 0.59 1.31 0.79 0.21 1.69 2.33 1.90 1.96
OP2 1.13 0.89 1.86 1.97 1.46 1.57 1.73 1.90 1.68 1.25 1.09 0.43 1.62 1.59 1.49 1.17 2.22 2.34 2.41 2.33
P 0.51 0.15 1.21 1.54 0.58 1.16 0.91 1.52 0.91 0.48 0.27 0.58 0.98 1.48 0.60 0.61 1.73 1.97 1.82 1.85

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.07 0.03 0.01 0.02 0.04 0.02 0.35 0.04 0.01 0.39 0.24 0.46 0.39
C2 0.02 0.00 0.24 0.28 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.19 0.20 0.02 0.14 0.48 0.15 0.76 0.53
C2' 0.00 0.24 0.00 0.01 0.06 0.01 0.13 0.21 0.19 0.02 0.19 0.39 0.01 0.05 0.07 0.01 0.55 0.58 0.75 0.61
C3' 0.01 0.28 0.01 0.00 0.41 0.01 0.40 0.01 0.35 0.25 0.36 0.23 0.01 0.01 0.43 0.02 0.08 0.25 0.12 0.11
C4 0.03 0.01 0.06 0.41 0.00 0.15 0.01 0.19 0.01 0.02 0.01 0.02 0.39 0.18 0.00 0.07 0.55 0.21 1.13 0.67
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.15 0.00 0.22 0.00 0.23 0.10 0.08 0.09 0.32 0.02 0.15 0.00 0.01 0.14 0.22 0.04
C5 0.04 0.01 0.13 0.40 0.01 0.22 0.00 0.26 0.01 0.02 0.01 0.01 0.48 0.25 0.01 0.08 0.55 0.24 1.17 0.68
C5' 0.07 0.08 0.21 0.01 0.19 0.00 0.26 0.00 0.24 0.10 0.12 0.10 0.11 0.23 0.21 0.01 0.01 0.13 0.20 0.02
C6 0.03 0.01 0.19 0.35 0.01 0.23 0.01 0.24 0.00 0.01 0.01 0.01 0.44 0.17 0.02 0.13 0.52 0.18 0.96 0.60
N1 0.01 0.00 0.02 0.25 0.02 0.10 0.02 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.23 0.08 0.03 0.02 0.47 0.15 0.73 0.51
N3 0.02 0.01 0.19 0.36 0.01 0.08 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.27 0.13 0.01 0.13 0.52 0.16 0.94 0.60
O2 0.04 0.00 0.39 0.23 0.02 0.09 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.27 0.39 0.02 0.21 0.45 0.17 0.62 0.47
O2' 0.02 0.19 0.01 0.01 0.39 0.32 0.48 0.11 0.44 0.23 0.27 0.27 0.00 0.07 0.42 0.24 0.32 0.43 0.68 0.42
O3' 0.35 0.20 0.05 0.01 0.18 0.02 0.25 0.23 0.17 0.08 0.13 0.39 0.07 0.00 0.22 0.24 0.37 0.42 0.33 0.37
O4 0.04 0.02 0.07 0.43 0.00 0.15 0.01 0.21 0.02 0.03 0.01 0.02 0.42 0.22 0.00 0.10 0.57 0.24 1.22 0.70
O4' 0.01 0.14 0.01 0.02 0.07 0.00 0.08 0.01 0.13 0.02 0.13 0.21 0.24 0.24 0.10 0.00 0.28 0.09 0.22 0.24
O5' 0.39 0.48 0.55 0.08 0.55 0.01 0.55 0.01 0.52 0.47 0.52 0.45 0.32 0.37 0.57 0.28 0.00 0.00 0.02 0.01
OP1 0.24 0.15 0.58 0.25 0.21 0.14 0.24 0.13 0.18 0.15 0.16 0.17 0.43 0.42 0.24 0.09 0.00 0.00 0.02 0.01
OP2 0.46 0.76 0.75 0.12 1.13 0.22 1.17 0.20 0.96 0.73 0.94 0.62 0.68 0.33 1.22 0.22 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.39 0.53 0.61 0.11 0.67 0.04 0.68 0.02 0.60 0.51 0.60 0.47 0.42 0.37 0.70 0.24 0.01 0.01 0.01 0.00