ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50304

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 1, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.012, 0.021, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.002, 0.016, 0.031, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.016 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.007, 0.021, 0.036, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.021 std_dev=0.015
C5 A 0, 0.007, 0.023, 0.040, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.023 std_dev=0.016
N3 A 0, 0.008, 0.026, 0.044, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.026 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.002, 0.022, 0.042, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.022 std_dev=0.020
C4 A 0, 0.007, 0.028, 0.050, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.028 std_dev=0.022
O6 A 0, 0.017, 0.041, 0.065, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.041 std_dev=0.024
N9 A 0, 0.007, 0.033, 0.060, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.033 std_dev=0.027
N7 A 0, 0.016, 0.046, 0.077, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.046 std_dev=0.030
C8 A 0, 0.015, 0.047, 0.079, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.047 std_dev=0.032
N2 A 0, 0.008, 0.041, 0.075, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.041 std_dev=0.033
C2' A 0, 0.021, 0.078, 0.135, 0.163 max_d=0.163 avg_d=0.078 std_dev=0.057
O4' A 0, 0.014, 0.088, 0.161, 0.189 max_d=0.189 avg_d=0.088 std_dev=0.073
O2' A 0, 0.057, 0.142, 0.228, 0.277 max_d=0.277 avg_d=0.142 std_dev=0.086
C3' A 0, 0.055, 0.153, 0.251, 0.245 max_d=0.245 avg_d=0.153 std_dev=0.098
C4' A 0, 0.054, 0.158, 0.262, 0.282 max_d=0.282 avg_d=0.158 std_dev=0.104
C1' B 0, 0.087, 0.208, 0.328, 0.325 max_d=0.325 avg_d=0.208 std_dev=0.120
C3' B 0, 0.086, 0.207, 0.329, 0.345 max_d=0.345 avg_d=0.207 std_dev=0.121
C2' B 0, 0.056, 0.188, 0.319, 0.434 max_d=0.434 avg_d=0.188 std_dev=0.132
P A 0, 0.053, 0.186, 0.320, 0.399 max_d=0.399 avg_d=0.186 std_dev=0.134
O3' B 0, 0.071, 0.211, 0.350, 0.372 max_d=0.372 avg_d=0.211 std_dev=0.140
O4' B 0, 0.097, 0.245, 0.394, 0.397 max_d=0.397 avg_d=0.245 std_dev=0.148
OP1 A 0, 0.079, 0.232, 0.386, 0.446 max_d=0.446 avg_d=0.232 std_dev=0.153
C4' B 0, 0.090, 0.244, 0.398, 0.413 max_d=0.413 avg_d=0.244 std_dev=0.154
O3' A 0, 0.077, 0.233, 0.389, 0.395 max_d=0.395 avg_d=0.233 std_dev=0.156
N1 B 0, 0.076, 0.233, 0.390, 0.476 max_d=0.476 avg_d=0.233 std_dev=0.157
C5' A 0, 0.062, 0.220, 0.377, 0.471 max_d=0.471 avg_d=0.220 std_dev=0.157
OP2 A 0, 0.031, 0.191, 0.351, 0.509 max_d=0.509 avg_d=0.191 std_dev=0.160
O2' B 0, 0.029, 0.218, 0.407, 0.593 max_d=0.593 avg_d=0.218 std_dev=0.189
C6 B 0, 0.114, 0.303, 0.493, 0.543 max_d=0.543 avg_d=0.303 std_dev=0.190
O5' A 0, 0.032, 0.225, 0.418, 0.587 max_d=0.587 avg_d=0.225 std_dev=0.193
C2 B 0, 0.043, 0.264, 0.484, 0.609 max_d=0.609 avg_d=0.264 std_dev=0.220
C5 B 0, 0.130, 0.353, 0.576, 0.634 max_d=0.634 avg_d=0.353 std_dev=0.223
C4 B 0, 0.112, 0.341, 0.570, 0.636 max_d=0.636 avg_d=0.341 std_dev=0.229
N3 B 0, 0.075, 0.319, 0.563, 0.703 max_d=0.703 avg_d=0.319 std_dev=0.244
O2 B 0, 0.090, 0.344, 0.599, 0.755 max_d=0.755 avg_d=0.344 std_dev=0.254
C5' B 0, 0.087, 0.374, 0.661, 0.853 max_d=0.853 avg_d=0.374 std_dev=0.287
O4 B 0, 0.133, 0.442, 0.752, 0.793 max_d=0.793 avg_d=0.442 std_dev=0.310
P B 0, 0.124, 0.441, 0.759, 0.968 max_d=0.968 avg_d=0.441 std_dev=0.317
O5' B 0, 0.004, 0.439, 0.874, 1.340 max_d=1.340 avg_d=0.439 std_dev=0.435
OP1 B 0, 0.086, 0.657, 1.229, 1.789 max_d=1.789 avg_d=0.657 std_dev=0.571
OP2 B 0, -0.081, 0.679, 1.439, 2.252 max_d=2.252 avg_d=0.679 std_dev=0.760

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.05 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.11 0.03 0.06 0.15 0.06
C2 0.04 0.00 0.06 0.11 0.01 0.06 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.13 0.03 0.10 0.01 0.10 0.17 0.09
C2' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.04 0.02 0.04 0.01 0.05 0.03 0.06 0.07 0.05 0.03 0.03 0.01 0.02 0.02 0.08 0.06 0.07 0.16 0.08
C3' 0.02 0.11 0.00 0.00 0.10 0.01 0.11 0.01 0.12 0.08 0.12 0.11 0.09 0.10 0.07 0.01 0.00 0.01 0.13 0.12 0.11 0.11 0.10
C4 0.02 0.01 0.04 0.10 0.00 0.06 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.11 0.03 0.12 0.02 0.10 0.18 0.09
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.06 0.00 0.08 0.01 0.08 0.08 0.07 0.07 0.05 0.09 0.05 0.05 0.02 0.00 0.01 0.08 0.06 0.07 0.01
C5 0.02 0.01 0.04 0.11 0.00 0.08 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.13 0.04 0.15 0.02 0.13 0.18 0.13
C5' 0.03 0.07 0.01 0.01 0.06 0.01 0.09 0.00 0.10 0.08 0.08 0.07 0.05 0.11 0.05 0.05 0.02 0.01 0.01 0.10 0.08 0.11 0.03
C6 0.02 0.01 0.05 0.12 0.01 0.08 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.14 0.03 0.14 0.01 0.14 0.18 0.13
C8 0.03 0.01 0.03 0.08 0.01 0.08 0.01 0.08 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.04 0.09 0.06 0.18 0.02 0.13 0.18 0.12
N1 0.03 0.00 0.06 0.12 0.01 0.07 0.01 0.08 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.08 0.14 0.03 0.12 0.01 0.12 0.17 0.11
N2 0.05 0.01 0.07 0.11 0.01 0.07 0.01 0.07 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.11 0.13 0.05 0.09 0.02 0.09 0.17 0.09
N3 0.04 0.01 0.05 0.09 0.00 0.05 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.11 0.03 0.09 0.01 0.08 0.17 0.08
N7 0.02 0.01 0.03 0.10 0.01 0.09 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.12 0.06 0.19 0.03 0.16 0.19 0.15
N9 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.07 0.02 0.13 0.02 0.09 0.18 0.09
O2' 0.02 0.09 0.01 0.01 0.04 0.05 0.04 0.05 0.06 0.04 0.08 0.11 0.07 0.03 0.02 0.00 0.07 0.04 0.04 0.07 0.09 0.10 0.04
O3' 0.01 0.13 0.02 0.00 0.11 0.02 0.13 0.02 0.14 0.09 0.14 0.13 0.11 0.12 0.07 0.07 0.00 0.02 0.16 0.15 0.14 0.08 0.11
O4' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.03 0.06 0.03 0.05 0.03 0.06 0.02 0.04 0.02 0.00 0.12 0.04 0.10 0.10 0.04
O5' 0.11 0.10 0.08 0.13 0.12 0.01 0.15 0.01 0.14 0.18 0.12 0.09 0.09 0.19 0.13 0.04 0.16 0.12 0.00 0.15 0.02 0.02 0.00
O6 0.03 0.01 0.06 0.12 0.02 0.08 0.02 0.10 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.07 0.15 0.04 0.15 0.00 0.16 0.18 0.15
OP1 0.06 0.10 0.07 0.11 0.10 0.06 0.13 0.08 0.14 0.13 0.12 0.09 0.08 0.16 0.09 0.09 0.14 0.10 0.02 0.16 0.00 0.02 0.01
OP2 0.15 0.17 0.16 0.11 0.18 0.07 0.18 0.11 0.18 0.18 0.17 0.17 0.17 0.19 0.18 0.10 0.08 0.10 0.02 0.18 0.02 0.00 0.01
P 0.06 0.09 0.08 0.10 0.09 0.01 0.13 0.03 0.13 0.12 0.11 0.09 0.08 0.15 0.09 0.04 0.11 0.04 0.00 0.15 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.05 0.10 0.10 0.12 0.12 0.17 0.13 0.17 0.11 0.07 0.09 0.14 0.08 0.12 0.10 0.15 0.17 0.82 0.35
C2 0.08 0.08 0.07 0.07 0.06 0.09 0.14 0.09 0.14 0.06 0.06 0.22 0.08 0.10 0.06 0.11 0.13 0.26 0.78 0.31
C2' 0.12 0.04 0.13 0.13 0.12 0.14 0.20 0.16 0.21 0.12 0.05 0.11 0.16 0.13 0.12 0.12 0.20 0.23 0.81 0.38
C3' 0.11 0.06 0.11 0.13 0.13 0.15 0.20 0.18 0.21 0.12 0.08 0.13 0.13 0.15 0.13 0.12 0.24 0.22 0.75 0.37
C4 0.09 0.02 0.08 0.08 0.10 0.10 0.17 0.10 0.18 0.09 0.03 0.15 0.10 0.09 0.11 0.11 0.10 0.24 0.83 0.34
C4' 0.10 0.07 0.09 0.11 0.11 0.13 0.17 0.17 0.17 0.11 0.08 0.11 0.11 0.12 0.11 0.10 0.23 0.14 0.72 0.32
C5 0.08 0.04 0.07 0.08 0.10 0.09 0.17 0.09 0.17 0.08 0.04 0.20 0.10 0.12 0.12 0.11 0.13 0.26 0.81 0.32
C5' 0.08 0.06 0.08 0.10 0.08 0.14 0.13 0.19 0.14 0.09 0.06 0.11 0.11 0.13 0.09 0.10 0.27 0.14 0.67 0.31
C6 0.09 0.10 0.09 0.10 0.07 0.09 0.15 0.12 0.14 0.06 0.06 0.26 0.11 0.13 0.09 0.11 0.19 0.29 0.77 0.30
C8 0.11 0.08 0.11 0.09 0.14 0.11 0.19 0.11 0.20 0.13 0.10 0.12 0.15 0.09 0.15 0.12 0.11 0.21 0.85 0.36
N1 0.09 0.11 0.08 0.08 0.05 0.09 0.14 0.11 0.13 0.06 0.07 0.25 0.09 0.11 0.06 0.11 0.18 0.29 0.76 0.30
N2 0.08 0.10 0.07 0.07 0.04 0.09 0.13 0.09 0.12 0.06 0.09 0.23 0.07 0.10 0.04 0.12 0.13 0.27 0.77 0.31
N3 0.08 0.04 0.07 0.08 0.08 0.10 0.16 0.09 0.16 0.08 0.03 0.17 0.09 0.09 0.08 0.11 0.10 0.24 0.81 0.33
N7 0.08 0.06 0.08 0.08 0.14 0.09 0.19 0.09 0.19 0.11 0.09 0.18 0.11 0.13 0.15 0.11 0.11 0.24 0.83 0.33
N9 0.10 0.04 0.10 0.10 0.12 0.12 0.18 0.12 0.19 0.11 0.07 0.10 0.13 0.09 0.12 0.12 0.12 0.21 0.84 0.36
O2' 0.11 0.04 0.11 0.12 0.11 0.13 0.19 0.16 0.20 0.12 0.05 0.09 0.15 0.12 0.12 0.11 0.20 0.19 0.79 0.35
O3' 0.09 0.07 0.08 0.12 0.11 0.14 0.19 0.19 0.20 0.10 0.08 0.15 0.08 0.15 0.12 0.10 0.25 0.20 0.69 0.35
O4' 0.11 0.10 0.11 0.11 0.13 0.13 0.17 0.15 0.17 0.13 0.11 0.11 0.13 0.09 0.14 0.10 0.18 0.14 0.78 0.32
O5' 0.07 0.15 0.05 0.01 0.06 0.04 0.07 0.07 0.07 0.06 0.13 0.25 0.11 0.02 0.08 0.09 0.17 0.11 0.66 0.28
O6 0.11 0.14 0.12 0.12 0.06 0.11 0.15 0.15 0.13 0.07 0.10 0.29 0.14 0.16 0.09 0.12 0.26 0.31 0.72 0.28
OP1 0.06 0.09 0.04 0.04 0.05 0.09 0.05 0.15 0.05 0.05 0.08 0.14 0.10 0.02 0.05 0.09 0.35 0.08 0.56 0.27
OP2 0.07 0.15 0.09 0.03 0.09 0.05 0.12 0.10 0.12 0.09 0.13 0.23 0.17 0.04 0.11 0.04 0.18 0.20 0.59 0.29
P 0.05 0.11 0.05 0.01 0.04 0.04 0.06 0.09 0.07 0.04 0.09 0.19 0.12 0.01 0.06 0.05 0.23 0.11 0.62 0.28

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.02 0.01 0.02 0.06 0.00 0.05 0.01 0.00 0.17 0.15 0.79 0.27
C2 0.03 0.00 0.05 0.03 0.01 0.05 0.02 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.09 0.08 0.01 0.07 0.26 0.21 0.72 0.24
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.01 0.08 0.08 0.10 0.01 0.03 0.10 0.00 0.03 0.04 0.01 0.14 0.19 0.75 0.28
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.02 0.05 0.01 0.02 0.08 0.02 0.01 0.03 0.01 0.06 0.07 0.67 0.26
C4 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.04 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00 0.02 0.08 0.05 0.00 0.02 0.40 0.27 0.51 0.15
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.07 0.03 0.04 0.10 0.02 0.03 0.04 0.01 0.01 0.08 0.61 0.19
C5 0.02 0.02 0.08 0.05 0.01 0.07 0.00 0.22 0.01 0.02 0.01 0.02 0.15 0.04 0.01 0.05 0.44 0.28 0.47 0.13
C5' 0.06 0.09 0.08 0.02 0.17 0.01 0.22 0.00 0.21 0.12 0.12 0.10 0.07 0.05 0.17 0.03 0.01 0.26 0.27 0.01
C6 0.02 0.01 0.10 0.05 0.01 0.07 0.01 0.21 0.00 0.01 0.02 0.02 0.16 0.04 0.01 0.06 0.40 0.25 0.61 0.17
N1 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.12 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.04 0.01 0.02 0.29 0.21 0.73 0.23
N3 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.04 0.01 0.12 0.02 0.01 0.00 0.02 0.07 0.07 0.01 0.05 0.32 0.24 0.63 0.20
O2 0.06 0.00 0.10 0.08 0.02 0.10 0.02 0.10 0.02 0.02 0.02 0.00 0.19 0.12 0.02 0.11 0.19 0.19 0.76 0.27
O2' 0.00 0.09 0.00 0.02 0.08 0.02 0.15 0.07 0.16 0.05 0.07 0.19 0.00 0.05 0.07 0.01 0.12 0.22 0.71 0.28
O3' 0.05 0.08 0.03 0.01 0.05 0.03 0.04 0.05 0.04 0.04 0.07 0.12 0.05 0.00 0.05 0.06 0.13 0.07 0.67 0.26
O4 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.04 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.05 0.00 0.01 0.42 0.29 0.44 0.14
O4' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.03 0.06 0.02 0.05 0.11 0.01 0.06 0.01 0.00 0.13 0.10 0.77 0.27
O5' 0.17 0.26 0.14 0.06 0.40 0.01 0.44 0.01 0.40 0.29 0.32 0.19 0.12 0.13 0.42 0.13 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.15 0.21 0.19 0.07 0.27 0.08 0.28 0.26 0.25 0.21 0.24 0.19 0.22 0.07 0.29 0.10 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.79 0.72 0.75 0.67 0.51 0.61 0.47 0.27 0.61 0.73 0.63 0.76 0.71 0.67 0.44 0.77 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.27 0.24 0.28 0.26 0.15 0.19 0.13 0.01 0.17 0.23 0.20 0.27 0.28 0.26 0.14 0.27 0.01 0.01 0.01 0.00