Doublet Group distance statistics: 50305

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C6	A	0, 0.011, 0.027, 0.043, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.027 std_dev=0.016
C5	A	0, 0.007, 0.026, 0.045, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.026 std_dev=0.019
N7	A	0, 0.010, 0.031, 0.051, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.031 std_dev=0.021
C4	A	0, 0.009, 0.031, 0.052, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.031 std_dev=0.022
N1	A	0, 0.006, 0.030, 0.054, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.030 std_dev=0.024
C8	A	0, 0.008, 0.035, 0.061, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.035 std_dev=0.026
N9	A	0, 0.008, 0.036, 0.064, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.036 std_dev=0.028
N3	A	0, 0.009, 0.043, 0.076, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.043 std_dev=0.033
C2	A	0, 0.004, 0.038, 0.073, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.038 std_dev=0.035
C1'	A	0, 0.007, 0.052, 0.097, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.052 std_dev=0.045
O6	A	0, 0.015, 0.061, 0.107, 0.129 max_d=0.129 avg_d=0.061 std_dev=0.046
N2	A	0, 0.014, 0.071, 0.129, 0.131 max_d=0.131 avg_d=0.071 std_dev=0.057
C2'	A	0, 0.062, 0.159, 0.256, 0.254 max_d=0.254 avg_d=0.159 std_dev=0.097
O4'	A	0, 0.012, 0.160, 0.307, 0.399 max_d=0.399 avg_d=0.160 std_dev=0.148
O2'	A	0, 0.110, 0.263, 0.416, 0.382 max_d=0.382 avg_d=0.263 std_dev=0.153
C3'	A	0, 0.077, 0.257, 0.436, 0.443 max_d=0.443 avg_d=0.257 std_dev=0.180
C4'	A	0, 0.090, 0.300, 0.510, 0.557 max_d=0.557 avg_d=0.300 std_dev=0.210
O3'	A	0, 0.113, 0.324, 0.535, 0.527 max_d=0.527 avg_d=0.324 std_dev=0.211
C5'	A	0, 0.113, 0.543, 0.972, 1.126 max_d=1.126 avg_d=0.543 std_dev=0.430
C3'	B	0, 0.282, 0.750, 1.217, 1.161 max_d=1.161 avg_d=0.750 std_dev=0.467
O3'	B	0, 0.257, 0.731, 1.205, 1.326 max_d=1.326 avg_d=0.731 std_dev=0.474
P	A	0, 0.144, 0.620, 1.096, 1.165 max_d=1.165 avg_d=0.620 std_dev=0.476
O2'	B	0, 0.355, 0.881, 1.407, 1.362 max_d=1.362 avg_d=0.881 std_dev=0.526
OP1	A	0, 0.165, 0.695, 1.226, 1.488 max_d=1.488 avg_d=0.695 std_dev=0.530
C2'	B	0, 0.362, 0.905, 1.447, 1.348 max_d=1.348 avg_d=0.905 std_dev=0.543
O5'	A	0, 0.113, 0.664, 1.215, 1.466 max_d=1.466 avg_d=0.664 std_dev=0.551
C4'	B	0, 0.245, 0.808, 1.372, 1.592 max_d=1.592 avg_d=0.808 std_dev=0.563
OP2	A	0, 0.247, 0.890, 1.533, 1.683 max_d=1.683 avg_d=0.890 std_dev=0.643
O4'	B	0, 0.237, 0.949, 1.662, 1.780 max_d=1.780 avg_d=0.949 std_dev=0.712
C5'	B	0, 0.407, 1.133, 1.858, 1.983 max_d=1.983 avg_d=1.133 std_dev=0.725
C1'	B	0, 0.284, 1.060, 1.837, 1.856 max_d=1.856 avg_d=1.060 std_dev=0.776
O5'	B	0, 0.488, 1.544, 2.599, 2.880 max_d=2.880 avg_d=1.544 std_dev=1.055
N1	B	0, 0.346, 1.483, 2.620, 2.652 max_d=2.652 avg_d=1.483 std_dev=1.137
C2	B	0, 0.415, 1.767, 3.119, 3.113 max_d=3.113 avg_d=1.767 std_dev=1.352
C6	B	0, 0.359, 1.720, 3.082, 3.227 max_d=3.227 avg_d=1.720 std_dev=1.361
O2	B	0, 0.426, 1.795, 3.163, 3.152 max_d=3.152 avg_d=1.795 std_dev=1.369
N3	B	0, 0.480, 2.140, 3.799, 3.870 max_d=3.870 avg_d=2.140 std_dev=1.659
C5	B	0, 0.430, 2.120, 3.809, 4.025 max_d=4.025 avg_d=2.120 std_dev=1.690
P	B	0, 0.478, 2.275, 4.072, 4.623 max_d=4.623 avg_d=2.275 std_dev=1.797
C4	B	0, 0.494, 2.309, 4.124, 4.303 max_d=4.303 avg_d=2.309 std_dev=1.815
OP1	B	0, 0.392, 2.462, 4.531, 5.054 max_d=5.054 avg_d=2.462 std_dev=2.069
O4	B	0, 0.565, 2.680, 4.795, 5.051 max_d=5.051 avg_d=2.680 std_dev=2.115
OP2	B	0, 0.515, 2.918, 5.320, 5.924 max_d=5.924 avg_d=2.918 std_dev=2.403

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.11	0.00	0.00	0.05	0.01	0.02	0.03	0.05	0.04	0.08	0.13	0.11	0.02	0.00	0.01	0.02	0.00	0.31	0.04	0.18	0.07	0.15
C2	0.11	0.00	0.13	0.07	0.01	0.07	0.01	0.06	0.01	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.03	0.23	0.10	0.09	0.58	0.01	0.30	0.37	0.32
C2'	0.00	0.13	0.00	0.00	0.06	0.01	0.06	0.01	0.08	0.05	0.11	0.15	0.12	0.05	0.02	0.00	0.01	0.01	0.28	0.08	0.17	0.06	0.13
C3'	0.00	0.07	0.00	0.00	0.03	0.01	0.06	0.03	0.06	0.12	0.05	0.10	0.07	0.11	0.05	0.01	0.01	0.01	0.29	0.07	0.28	0.07	0.14
C4	0.05	0.01	0.06	0.03	0.00	0.02	0.00	0.10	0.01	0.00	0.02	0.01	0.00	0.00	0.01	0.11	0.04	0.02	0.60	0.02	0.29	0.32	0.31
C4'	0.01	0.07	0.01	0.01	0.02	0.00	0.07	0.01	0.06	0.13	0.04	0.11	0.08	0.13	0.05	0.02	0.04	0.00	0.01	0.09	0.13	0.28	0.15
C5	0.02	0.01	0.06	0.06	0.00	0.07	0.00	0.19	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.10	0.06	0.03	0.70	0.01	0.37	0.46	0.41
C5'	0.03	0.06	0.01	0.03	0.10	0.01	0.19	0.00	0.19	0.22	0.12	0.04	0.04	0.25	0.11	0.02	0.07	0.03	0.01	0.24	0.33	0.36	0.02
C6	0.05	0.01	0.08	0.06	0.01	0.06	0.01	0.19	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.02	0.02	0.15	0.05	0.02	0.71	0.00	0.39	0.53	0.43
C8	0.04	0.00	0.05	0.12	0.00	0.13	0.01	0.22	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.03	0.12	0.08	0.72	0.03	0.34	0.34	0.37
N1	0.08	0.00	0.11	0.05	0.02	0.04	0.00	0.12	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.03	0.20	0.07	0.05	0.66	0.00	0.35	0.47	0.39
N2	0.13	0.01	0.15	0.10	0.01	0.11	0.01	0.04	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.03	0.28	0.14	0.13	0.55	0.01	0.30	0.35	0.31
N3	0.11	0.00	0.12	0.07	0.00	0.08	0.01	0.04	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.03	0.20	0.10	0.10	0.53	0.01	0.29	0.29	0.29
N7	0.02	0.01	0.05	0.11	0.00	0.13	0.00	0.25	0.02	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.04	0.11	0.07	0.76	0.03	0.42	0.51	0.46
N9	0.00	0.03	0.02	0.05	0.01	0.05	0.01	0.11	0.02	0.00	0.03	0.03	0.03	0.01	0.00	0.02	0.04	0.01	0.56	0.02	0.26	0.22	0.26
O2'	0.01	0.23	0.00	0.01	0.11	0.02	0.10	0.02	0.15	0.03	0.20	0.28	0.20	0.04	0.02	0.00	0.04	0.03	0.07	0.14	0.11	0.14	0.15
O3'	0.02	0.10	0.01	0.01	0.04	0.04	0.06	0.07	0.05	0.12	0.07	0.14	0.10	0.11	0.04	0.04	0.00	0.04	0.12	0.07	0.23	0.14	0.08
O4'	0.00	0.09	0.01	0.01	0.02	0.00	0.03	0.03	0.02	0.08	0.05	0.13	0.10	0.07	0.01	0.03	0.04	0.00	0.14	0.05	0.22	0.24	0.21
O5'	0.31	0.58	0.28	0.29	0.60	0.01	0.70	0.01	0.71	0.72	0.66	0.55	0.53	0.76	0.56	0.07	0.12	0.14	0.00	0.73	0.01	0.01	0.00
O6	0.04	0.01	0.08	0.07	0.02	0.09	0.01	0.24	0.00	0.03	0.00	0.01	0.01	0.03	0.02	0.14	0.07	0.05	0.73	0.00	0.44	0.60	0.48
OP1	0.18	0.30	0.17	0.28	0.29	0.13	0.37	0.33	0.39	0.34	0.35	0.30	0.29	0.42	0.26	0.11	0.23	0.22	0.01	0.44	0.00	0.01	0.00
OP2	0.07	0.37	0.06	0.07	0.32	0.28	0.46	0.36	0.53	0.34	0.47	0.35	0.29	0.51	0.22	0.14	0.14	0.24	0.01	0.60	0.01	0.00	0.00
P	0.15	0.32	0.13	0.14	0.31	0.15	0.41	0.02	0.43	0.37	0.39	0.31	0.29	0.46	0.26	0.15	0.08	0.21	0.00	0.48	0.00	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.35	0.57	0.26	0.28	0.53	0.23	0.42	0.32	0.38	0.45	0.60	0.64	0.28	0.46	0.55	0.24	0.31	0.20	0.52	0.30
C2	0.28	0.59	0.04	0.08	0.97	0.09	0.85	0.16	0.66	0.52	0.85	0.47	0.19	0.35	1.12	0.29	0.76	0.79	1.22	0.92
C2'	0.33	0.56	0.27	0.26	0.51	0.23	0.38	0.34	0.34	0.42	0.59	0.64	0.30	0.42	0.54	0.22	0.29	0.19	0.49	0.27
C3'	0.30	0.49	0.28	0.22	0.41	0.21	0.30	0.37	0.27	0.37	0.50	0.58	0.30	0.32	0.42	0.17	0.25	0.15	0.46	0.20
C4	0.27	0.51	0.12	0.11	0.65	0.08	0.58	0.15	0.47	0.43	0.62	0.49	0.21	0.34	0.69	0.21	0.62	0.61	0.93	0.71
C4'	0.34	0.49	0.33	0.29	0.41	0.25	0.34	0.41	0.32	0.39	0.48	0.58	0.36	0.36	0.42	0.22	0.18	0.33	0.60	0.31
C5	0.22	0.38	0.15	0.05	0.47	0.08	0.48	0.18	0.38	0.32	0.41	0.48	0.23	0.26	0.49	0.19	0.73	0.85	1.11	0.88
C5'	0.33	0.45	0.40	0.21	0.43	0.15	0.38	0.37	0.34	0.37	0.46	0.52	0.48	0.08	0.45	0.15	0.12	0.29	0.71	0.32
C6	0.19	0.34	0.14	0.04	0.57	0.11	0.60	0.24	0.46	0.30	0.40	0.48	0.24	0.25	0.65	0.22	0.85	1.06	1.39	1.08
C8	0.28	0.39	0.24	0.16	0.28	0.18	0.24	0.25	0.24	0.32	0.35	0.44	0.26	0.28	0.26	0.20	0.47	0.49	0.62	0.50
N1	0.22	0.41	0.08	0.05	0.85	0.11	0.80	0.22	0.60	0.41	0.63	0.37	0.22	0.29	1.01	0.27	0.85	1.00	1.39	1.07
N2	0.32	0.67	0.02	0.09	1.09	0.11	0.96	0.17	0.74	0.59	0.96	0.52	0.18	0.37	1.29	0.33	0.78	0.79	1.27	0.95
N3	0.30	0.66	0.06	0.12	0.88	0.08	0.76	0.13	0.60	0.53	0.85	0.58	0.17	0.39	0.98	0.26	0.65	0.60	0.99	0.74
N7	0.27	0.47	0.22	0.08	0.29	0.12	0.23	0.21	0.23	0.32	0.43	0.55	0.25	0.22	0.26	0.17	0.65	0.81	0.93	0.77
N9	0.27	0.47	0.18	0.18	0.47	0.15	0.40	0.23	0.34	0.38	0.49	0.49	0.23	0.38	0.48	0.19	0.46	0.39	0.65	0.48
O2'	0.39	0.64	0.31	0.32	0.60	0.27	0.45	0.36	0.40	0.48	0.68	0.73	0.35	0.48	0.65	0.28	0.24	0.29	0.53	0.28
O3'	0.31	0.50	0.30	0.25	0.40	0.25	0.28	0.42	0.26	0.36	0.50	0.60	0.34	0.32	0.42	0.19	0.20	0.23	0.51	0.23
O4'	0.34	0.50	0.31	0.33	0.41	0.27	0.34	0.39	0.33	0.40	0.49	0.58	0.30	0.49	0.42	0.24	0.23	0.28	0.51	0.27
O5'	0.35	0.53	0.45	0.16	0.43	0.08	0.31	0.30	0.28	0.40	0.52	0.60	0.43	0.02	0.44	0.11	0.19	0.29	0.50	0.23
O6	0.19	0.38	0.18	0.08	0.36	0.15	0.48	0.32	0.36	0.24	0.38	0.59	0.27	0.22	0.41	0.20	0.91	1.26	1.56	1.22
OP1	0.25	0.10	0.06	0.15	0.15	0.51	0.26	0.67	0.29	0.20	0.09	0.08	0.08	0.01	0.13	0.47	0.48	0.72	0.87	0.69
OP2	0.06	0.09	0.09	0.03	0.11	0.28	0.13	0.47	0.13	0.08	0.11	0.11	0.07	0.01	0.13	0.21	0.30	0.18	0.46	0.18
P	0.02	0.11	0.13	0.01	0.09	0.27	0.09	0.42	0.09	0.06	0.12	0.15	0.12	0.00	0.10	0.18	0.17	0.27	0.55	0.27

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.04	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.05	0.02	0.01	0.03	0.06	0.02	0.02	0.00	0.00	0.17	0.18	0.24	0.27
C2	0.04	0.00	0.07	0.08	0.00	0.06	0.01	0.19	0.01	0.01	0.00	0.00	0.08	0.09	0.00	0.02	0.28	0.28	0.49	0.39
C2'	0.00	0.07	0.00	0.00	0.04	0.02	0.02	0.02	0.02	0.01	0.07	0.12	0.00	0.01	0.04	0.01	0.24	0.10	0.22	0.21
C3'	0.01	0.08	0.00	0.00	0.07	0.00	0.07	0.02	0.07	0.05	0.08	0.11	0.01	0.01	0.08	0.02	0.29	0.18	0.23	0.20
C4	0.01	0.00	0.04	0.07	0.00	0.13	0.00	0.35	0.01	0.00	0.00	0.00	0.05	0.09	0.01	0.03	0.32	0.45	0.70	0.49
C4'	0.01	0.06	0.02	0.00	0.13	0.00	0.16	0.00	0.14	0.06	0.09	0.08	0.09	0.03	0.15	0.00	0.01	0.13	0.21	0.06
C5	0.01	0.01	0.02	0.07	0.00	0.16	0.00	0.38	0.00	0.00	0.01	0.01	0.02	0.08	0.02	0.05	0.30	0.44	0.67	0.48
C5'	0.05	0.19	0.02	0.02	0.35	0.00	0.38	0.00	0.31	0.19	0.27	0.13	0.09	0.04	0.39	0.01	0.00	0.20	0.37	0.01
C6	0.02	0.01	0.02	0.07	0.01	0.14	0.00	0.31	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.07	0.02	0.05	0.28	0.33	0.52	0.42
N1	0.01	0.01	0.01	0.05	0.00	0.06	0.00	0.19	0.00	0.00	0.00	0.01	0.02	0.05	0.01	0.00	0.26	0.26	0.43	0.37
N3	0.03	0.00	0.07	0.08	0.00	0.09	0.01	0.27	0.00	0.00	0.00	0.00	0.08	0.10	0.01	0.01	0.31	0.36	0.61	0.44
O2	0.06	0.00	0.12	0.11	0.00	0.08	0.01	0.13	0.01	0.01	0.00	0.00	0.13	0.12	0.01	0.05	0.27	0.24	0.42	0.36
O2'	0.02	0.08	0.00	0.01	0.05	0.09	0.02	0.09	0.01	0.02	0.08	0.13	0.00	0.05	0.05	0.03	0.11	0.16	0.10	0.13
O3'	0.02	0.09	0.01	0.01	0.09	0.03	0.08	0.04	0.07	0.05	0.10	0.12	0.05	0.00	0.10	0.04	0.20	0.19	0.33	0.13
O4	0.00	0.00	0.04	0.08	0.01	0.15	0.02	0.39	0.02	0.01	0.01	0.01	0.05	0.10	0.00	0.05	0.32	0.51	0.76	0.52
O4'	0.00	0.02	0.01	0.02	0.03	0.00	0.05	0.01	0.05	0.00	0.01	0.05	0.03	0.04	0.05	0.00	0.09	0.25	0.15	0.27
O5'	0.17	0.28	0.24	0.29	0.32	0.01	0.30	0.00	0.28	0.26	0.31	0.27	0.11	0.20	0.32	0.09	0.00	0.01	0.01	0.00
OP1	0.18	0.28	0.10	0.18	0.45	0.13	0.44	0.20	0.33	0.26	0.36	0.24	0.16	0.19	0.51	0.25	0.01	0.00	0.01	0.00
OP2	0.24	0.49	0.22	0.23	0.70	0.21	0.67	0.37	0.52	0.43	0.61	0.42	0.10	0.33	0.76	0.15	0.01	0.01	0.00	0.00
P	0.27	0.39	0.21	0.20	0.49	0.06	0.48	0.01	0.42	0.37	0.44	0.36	0.13	0.13	0.52	0.27	0.00	0.00	0.00	0.00