Doublet Group distance statistics: 50306

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
N1	A	0, 0.005, 0.018, 0.030, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.018 std_dev=0.012
C6	A	0, 0.010, 0.026, 0.042, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.026 std_dev=0.016
C1'	A	0, 0.006, 0.024, 0.041, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.024 std_dev=0.017
C4	A	0, 0.003, 0.021, 0.040, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.021 std_dev=0.018
C5	A	0, 0.005, 0.024, 0.044, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.024 std_dev=0.019
C2	A	0, -0.005, 0.017, 0.038, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.017 std_dev=0.021
N3	A	0, -0.003, 0.019, 0.041, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.019 std_dev=0.022
N9	A	0, 0.007, 0.029, 0.051, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.029 std_dev=0.022
N2	A	0, 0.005, 0.032, 0.058, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.032 std_dev=0.026
N7	A	0, 0.010, 0.037, 0.063, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.037 std_dev=0.026
C8	A	0, 0.011, 0.038, 0.066, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.038 std_dev=0.027
O6	A	0, 0.019, 0.068, 0.118, 0.141 max_d=0.141 avg_d=0.068 std_dev=0.050
O4'	A	0, 0.012, 0.122, 0.231, 0.291 max_d=0.291 avg_d=0.122 std_dev=0.109
C2'	A	0, -0.002, 0.166, 0.335, 0.428 max_d=0.428 avg_d=0.166 std_dev=0.169
C4'	A	0, 0.042, 0.264, 0.485, 0.612 max_d=0.612 avg_d=0.264 std_dev=0.221
C3'	A	0, 0.057, 0.298, 0.539, 0.667 max_d=0.667 avg_d=0.298 std_dev=0.241
O5'	A	0, 0.116, 0.371, 0.625, 0.714 max_d=0.714 avg_d=0.371 std_dev=0.255
P	A	0, 0.132, 0.400, 0.668, 0.747 max_d=0.747 avg_d=0.400 std_dev=0.268
O2'	A	0, 0.051, 0.332, 0.612, 0.775 max_d=0.775 avg_d=0.332 std_dev=0.281
O3'	B	0, 0.139, 0.438, 0.738, 0.816 max_d=0.816 avg_d=0.438 std_dev=0.300
OP2	A	0, 0.227, 0.541, 0.855, 0.769 max_d=0.769 avg_d=0.541 std_dev=0.314
C5'	A	0, 0.058, 0.418, 0.779, 0.992 max_d=0.992 avg_d=0.418 std_dev=0.360
O3'	A	0, 0.050, 0.428, 0.806, 1.025 max_d=1.025 avg_d=0.428 std_dev=0.378
OP1	A	0, 0.131, 0.513, 0.895, 0.909 max_d=0.909 avg_d=0.513 std_dev=0.382
C2'	B	0, 0.231, 0.635, 1.040, 1.075 max_d=1.075 avg_d=0.635 std_dev=0.405
C3'	B	0, 0.121, 0.545, 0.969, 1.019 max_d=1.019 avg_d=0.545 std_dev=0.424
C1'	B	0, 0.225, 0.709, 1.194, 1.312 max_d=1.312 avg_d=0.709 std_dev=0.485
O4'	B	0, 0.359, 0.947, 1.534, 1.551 max_d=1.551 avg_d=0.947 std_dev=0.587
O2'	B	0, 0.229, 0.830, 1.432, 1.601 max_d=1.601 avg_d=0.830 std_dev=0.601
C4'	B	0, 0.236, 0.900, 1.563, 1.826 max_d=1.826 avg_d=0.900 std_dev=0.664
N1	B	0, 0.361, 1.029, 1.697, 1.843 max_d=1.843 avg_d=1.029 std_dev=0.668
C2	B	0, 0.311, 1.212, 2.113, 2.507 max_d=2.507 avg_d=1.212 std_dev=0.901
O2	B	0, 0.333, 1.248, 2.162, 2.531 max_d=2.531 avg_d=1.248 std_dev=0.914
C6	B	0, 0.244, 1.265, 2.285, 2.849 max_d=2.849 avg_d=1.265 std_dev=1.021
C5'	B	0, 0.097, 1.292, 2.487, 3.247 max_d=3.247 avg_d=1.292 std_dev=1.195
N3	B	0, 0.131, 1.504, 2.877, 3.719 max_d=3.719 avg_d=1.504 std_dev=1.373
O5'	B	0, -0.089, 1.328, 2.745, 3.715 max_d=3.715 avg_d=1.328 std_dev=1.417
C5	B	0, 0.047, 1.564, 3.081, 4.073 max_d=4.073 avg_d=1.564 std_dev=1.517
C4	B	0, -0.016, 1.672, 3.360, 4.480 max_d=4.480 avg_d=1.672 std_dev=1.688
P	B	0, -0.438, 1.713, 3.865, 5.403 max_d=5.403 avg_d=1.713 std_dev=2.151
O4	B	0, -0.230, 1.962, 4.154, 5.667 max_d=5.667 avg_d=1.962 std_dev=2.192
OP1	B	0, -0.495, 1.780, 4.054, 5.684 max_d=5.684 avg_d=1.780 std_dev=2.274
OP2	B	0, -0.588, 1.872, 4.331, 6.099 max_d=6.099 avg_d=1.872 std_dev=2.459

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.04	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.03	0.01	0.02	0.03	0.04	0.04	0.01	0.00	0.02	0.00	0.01	0.03	0.02	0.06	0.10	0.07
C2	0.04	0.00	0.11	0.10	0.00	0.05	0.01	0.05	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.16	0.14	0.01	0.08	0.01	0.04	0.14	0.05
C2'	0.00	0.11	0.00	0.01	0.04	0.01	0.01	0.02	0.03	0.06	0.08	0.14	0.11	0.04	0.01	0.01	0.01	0.01	0.04	0.02	0.05	0.04	0.02
C3'	0.01	0.10	0.01	0.00	0.04	0.00	0.05	0.01	0.05	0.11	0.07	0.14	0.10	0.10	0.04	0.02	0.00	0.00	0.07	0.08	0.07	0.09	0.07
C4	0.01	0.00	0.04	0.04	0.00	0.02	0.00	0.07	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.07	0.05	0.01	0.07	0.02	0.04	0.13	0.03
C4'	0.01	0.05	0.01	0.00	0.02	0.00	0.05	0.01	0.05	0.10	0.03	0.08	0.06	0.10	0.03	0.05	0.01	0.00	0.01	0.09	0.04	0.02	0.02
C5	0.00	0.01	0.01	0.05	0.00	0.05	0.00	0.12	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.04	0.06	0.03	0.08	0.02	0.08	0.12	0.05
C5'	0.03	0.05	0.02	0.01	0.07	0.01	0.12	0.00	0.12	0.15	0.08	0.06	0.05	0.17	0.07	0.05	0.02	0.01	0.00	0.17	0.04	0.01	0.02
C6	0.01	0.01	0.03	0.05	0.01	0.05	0.01	0.12	0.00	0.02	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.07	0.06	0.03	0.10	0.01	0.11	0.14	0.09
C8	0.02	0.01	0.06	0.11	0.01	0.10	0.01	0.15	0.02	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.04	0.12	0.04	0.08	0.04	0.07	0.12	0.01
N1	0.03	0.00	0.08	0.07	0.01	0.03	0.01	0.08	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.13	0.10	0.01	0.09	0.01	0.07	0.14	0.06
N2	0.04	0.00	0.14	0.14	0.01	0.08	0.01	0.06	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.02	0.01	0.20	0.19	0.02	0.09	0.01	0.04	0.14	0.06
N3	0.04	0.00	0.11	0.10	0.00	0.06	0.01	0.05	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.15	0.13	0.02	0.08	0.02	0.03	0.14	0.05
N7	0.01	0.01	0.04	0.10	0.00	0.10	0.00	0.17	0.02	0.00	0.01	0.02	0.01	0.00	0.00	0.01	0.11	0.04	0.10	0.04	0.11	0.12	0.06
N9	0.00	0.01	0.01	0.04	0.00	0.03	0.01	0.07	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.04	0.01	0.05	0.03	0.04	0.13	0.04
O2'	0.02	0.16	0.01	0.02	0.07	0.05	0.04	0.05	0.07	0.04	0.13	0.20	0.15	0.01	0.01	0.00	0.01	0.06	0.07	0.04	0.05	0.07	0.04
O3'	0.00	0.14	0.01	0.00	0.05	0.01	0.06	0.02	0.06	0.12	0.10	0.19	0.13	0.11	0.04	0.01	0.00	0.01	0.12	0.09	0.13	0.20	0.15
O4'	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.03	0.01	0.03	0.04	0.01	0.02	0.02	0.04	0.01	0.06	0.01	0.00	0.07	0.06	0.10	0.14	0.12
O5'	0.03	0.08	0.04	0.07	0.07	0.01	0.08	0.00	0.10	0.08	0.09	0.09	0.08	0.10	0.05	0.07	0.12	0.07	0.00	0.14	0.02	0.01	0.01
O6	0.02	0.01	0.02	0.08	0.02	0.09	0.02	0.17	0.01	0.04	0.01	0.01	0.02	0.04	0.03	0.04	0.09	0.06	0.14	0.00	0.17	0.15	0.14
OP1	0.06	0.04	0.05	0.07	0.04	0.04	0.08	0.04	0.11	0.07	0.07	0.04	0.03	0.11	0.04	0.05	0.13	0.10	0.02	0.17	0.00	0.01	0.01
OP2	0.10	0.14	0.04	0.09	0.13	0.02	0.12	0.01	0.14	0.12	0.14	0.14	0.14	0.12	0.13	0.07	0.20	0.14	0.01	0.15	0.01	0.00	0.01
P	0.07	0.05	0.02	0.07	0.03	0.02	0.05	0.02	0.09	0.01	0.06	0.06	0.05	0.06	0.04	0.04	0.15	0.12	0.01	0.14	0.01	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.33	0.49	0.38	0.16	0.44	0.39	0.32	0.57	0.29	0.37	0.52	0.57	0.43	0.14	0.49	0.31	0.46	0.44	0.16	0.40
C2	0.40	0.93	0.42	0.16	1.11	0.25	0.89	0.35	0.69	0.68	1.12	0.94	0.20	0.10	1.26	0.21	0.19	0.23	0.44	0.17
C2'	0.27	0.47	0.33	0.07	0.48	0.28	0.34	0.46	0.27	0.34	0.53	0.53	0.36	0.08	0.54	0.19	0.31	0.27	0.09	0.23
C3'	0.18	0.35	0.26	0.04	0.38	0.18	0.29	0.35	0.23	0.25	0.40	0.37	0.28	0.07	0.44	0.06	0.20	0.13	0.21	0.11
C4	0.39	0.78	0.41	0.14	0.88	0.26	0.72	0.35	0.58	0.59	0.90	0.80	0.27	0.09	0.97	0.23	0.22	0.23	0.34	0.17
C4'	0.14	0.21	0.23	0.08	0.13	0.25	0.04	0.48	0.07	0.13	0.20	0.28	0.34	0.07	0.16	0.16	0.42	0.35	0.19	0.35
C5	0.42	0.88	0.42	0.21	1.05	0.14	0.90	0.17	0.73	0.70	1.04	0.85	0.16	0.15	1.16	0.20	0.21	0.28	0.55	0.27
C5'	0.06	0.09	0.14	0.05	0.10	0.17	0.09	0.35	0.06	0.03	0.10	0.14	0.28	0.03	0.13	0.10	0.31	0.17	0.15	0.21
C6	0.44	1.03	0.42	0.26	1.29	0.10	1.09	0.10	0.87	0.81	1.25	0.97	0.12	0.18	1.43	0.20	0.27	0.35	0.71	0.37
C8	0.37	0.60	0.41	0.15	0.66	0.20	0.57	0.24	0.49	0.51	0.67	0.59	0.30	0.10	0.71	0.22	0.21	0.23	0.33	0.18
N1	0.42	1.02	0.42	0.22	1.27	0.16	1.06	0.21	0.82	0.77	1.25	1.00	0.13	0.15	1.44	0.19	0.21	0.26	0.62	0.27
N2	0.39	0.94	0.41	0.15	1.14	0.28	0.90	0.40	0.69	0.68	1.15	0.97	0.21	0.10	1.30	0.22	0.21	0.25	0.41	0.17
N3	0.38	0.81	0.41	0.14	0.92	0.31	0.72	0.43	0.57	0.60	0.95	0.85	0.28	0.08	1.03	0.25	0.26	0.28	0.29	0.21
N7	0.42	0.78	0.41	0.23	0.93	0.08	0.83	0.08	0.70	0.67	0.91	0.73	0.17	0.17	1.00	0.21	0.25	0.34	0.57	0.32
N9	0.37	0.62	0.41	0.14	0.65	0.31	0.52	0.41	0.44	0.48	0.69	0.66	0.35	0.10	0.71	0.27	0.29	0.27	0.20	0.22
O2'	0.29	0.46	0.35	0.09	0.41	0.31	0.26	0.55	0.22	0.32	0.49	0.56	0.43	0.06	0.46	0.24	0.43	0.45	0.15	0.39
O3'	0.15	0.32	0.22	0.09	0.38	0.18	0.30	0.37	0.22	0.23	0.38	0.33	0.26	0.10	0.44	0.07	0.20	0.17	0.32	0.19
O4'	0.27	0.32	0.32	0.21	0.23	0.41	0.18	0.63	0.22	0.26	0.30	0.40	0.43	0.19	0.24	0.32	0.56	0.54	0.32	0.52
O5'	0.10	0.10	0.16	0.04	0.14	0.09	0.13	0.20	0.12	0.11	0.12	0.08	0.19	0.02	0.18	0.05	0.02	0.32	0.31	0.20
O6	0.48	1.13	0.43	0.34	1.48	0.09	1.28	0.10	1.02	0.91	1.41	1.03	0.17	0.26	1.65	0.25	0.41	0.50	0.90	0.54
OP1	0.17	0.33	0.14	0.12	0.40	0.33	0.34	0.46	0.26	0.26	0.39	0.32	0.07	0.02	0.44	0.27	0.12	0.57	0.18	0.29
OP2	0.11	0.09	0.24	0.12	0.17	0.23	0.31	0.49	0.28	0.10	0.05	0.23	0.35	0.02	0.21	0.16	0.54	1.02	0.99	0.87
P	0.02	0.11	0.11	0.02	0.12	0.18	0.08	0.30	0.06	0.03	0.13	0.15	0.11	0.01	0.15	0.11	0.17	0.61	0.45	0.42

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.02	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.02	0.03	0.01	0.02	0.03	0.00	0.00	0.09	0.05	0.04
C2	0.02	0.00	0.11	0.11	0.01	0.04	0.00	0.03	0.00	0.01	0.01	0.01	0.10	0.14	0.01	0.02	0.02	0.06	0.07	0.04
C2'	0.00	0.11	0.00	0.01	0.10	0.01	0.05	0.02	0.03	0.04	0.12	0.14	0.00	0.02	0.11	0.01	0.08	0.23	0.08	0.09
C3'	0.01	0.11	0.01	0.00	0.12	0.00	0.08	0.02	0.05	0.05	0.13	0.13	0.02	0.01	0.14	0.01	0.12	0.28	0.13	0.15
C4	0.02	0.01	0.10	0.12	0.00	0.06	0.00	0.08	0.01	0.02	0.00	0.02	0.09	0.17	0.00	0.02	0.06	0.05	0.08	0.04
C4'	0.01	0.04	0.01	0.00	0.06	0.00	0.06	0.00	0.05	0.03	0.05	0.04	0.03	0.01	0.07	0.00	0.01	0.13	0.04	0.02
C5	0.02	0.00	0.05	0.08	0.00	0.06	0.00	0.08	0.00	0.01	0.00	0.01	0.04	0.11	0.01	0.03	0.07	0.04	0.08	0.04
C5'	0.01	0.03	0.02	0.02	0.08	0.00	0.08	0.00	0.06	0.04	0.05	0.01	0.03	0.02	0.09	0.00	0.01	0.07	0.05	0.01
C6	0.01	0.00	0.03	0.05	0.01	0.05	0.00	0.06	0.00	0.00	0.00	0.02	0.02	0.07	0.01	0.04	0.05	0.05	0.07	0.03
N1	0.01	0.01	0.04	0.05	0.02	0.03	0.01	0.04	0.00	0.00	0.01	0.02	0.03	0.07	0.02	0.01	0.02	0.06	0.07	0.04
N3	0.02	0.01	0.12	0.13	0.00	0.05	0.00	0.05	0.00	0.01	0.00	0.01	0.11	0.18	0.01	0.02	0.04	0.05	0.07	0.03
O2	0.03	0.01	0.14	0.13	0.02	0.04	0.01	0.01	0.02	0.02	0.01	0.00	0.14	0.16	0.02	0.02	0.02	0.06	0.08	0.05
O2'	0.01	0.10	0.00	0.02	0.09	0.03	0.04	0.03	0.02	0.03	0.11	0.14	0.00	0.05	0.10	0.02	0.06	0.26	0.09	0.10
O3'	0.02	0.14	0.02	0.01	0.17	0.01	0.11	0.02	0.07	0.07	0.18	0.16	0.05	0.00	0.20	0.01	0.14	0.38	0.21	0.21
O4	0.03	0.01	0.11	0.14	0.00	0.07	0.01	0.09	0.01	0.02	0.01	0.02	0.10	0.20	0.00	0.03	0.08	0.06	0.09	0.05
O4'	0.00	0.02	0.01	0.01	0.02	0.00	0.03	0.00	0.04	0.01	0.02	0.02	0.02	0.01	0.03	0.00	0.08	0.05	0.13	0.11
O5'	0.00	0.02	0.08	0.12	0.06	0.01	0.07	0.01	0.05	0.02	0.04	0.02	0.06	0.14	0.08	0.08	0.00	0.02	0.01	0.00
OP1	0.09	0.06	0.23	0.28	0.05	0.13	0.04	0.07	0.05	0.06	0.05	0.06	0.26	0.38	0.06	0.05	0.02	0.00	0.02	0.01
OP2	0.05	0.07	0.08	0.13	0.08	0.04	0.08	0.05	0.07	0.07	0.07	0.08	0.09	0.21	0.09	0.13	0.01	0.02	0.00	0.00
P	0.04	0.04	0.09	0.15	0.04	0.02	0.04	0.01	0.03	0.04	0.03	0.05	0.10	0.21	0.05	0.11	0.00	0.01	0.00	0.00