ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50309

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.001, 0.002, 0.002 max_d=0.002 avg_d=0.001 std_dev=0.001
C6 A 0, 0.000, 0.002, 0.003, 0.002 max_d=0.002 avg_d=0.002 std_dev=0.001
N1 A 0, 0.001, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C4 A 0, 0.001, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C2 A 0, 0.001, 0.003, 0.005, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.003 std_dev=0.002
N9 A 0, 0.001, 0.003, 0.005, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.003 std_dev=0.002
O6 A 0, 0.001, 0.003, 0.005, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.002
C1' A 0, 0.001, 0.003, 0.006, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.001, 0.004, 0.007, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.004 std_dev=0.003
N7 A 0, 0.001, 0.005, 0.009, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.005 std_dev=0.004
C8 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N2 A 0, 0.002, 0.007, 0.011, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C2' A 0, 0.009, 0.038, 0.067, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.038 std_dev=0.029
C3' A 0, 0.009, 0.046, 0.083, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.046 std_dev=0.037
O4' A 0, 0.015, 0.055, 0.094, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.055 std_dev=0.040
O2' A 0, 0.014, 0.056, 0.097, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.056 std_dev=0.042
O3' A 0, 0.013, 0.063, 0.112, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.063 std_dev=0.049
C4' A 0, 0.024, 0.087, 0.150, 0.147 max_d=0.147 avg_d=0.087 std_dev=0.063
OP1 B 0, 0.041, 0.141, 0.240, 0.216 max_d=0.216 avg_d=0.141 std_dev=0.099
C5' B 0, 0.044, 0.152, 0.260, 0.241 max_d=0.241 avg_d=0.152 std_dev=0.108
P B 0, 0.046, 0.157, 0.269, 0.242 max_d=0.242 avg_d=0.157 std_dev=0.111
O5' A 0, 0.046, 0.161, 0.275, 0.255 max_d=0.255 avg_d=0.161 std_dev=0.114
OP2 B 0, 0.048, 0.163, 0.278, 0.250 max_d=0.250 avg_d=0.163 std_dev=0.115
O5' B 0, 0.048, 0.165, 0.283, 0.263 max_d=0.263 avg_d=0.165 std_dev=0.117
C5' A 0, 0.048, 0.170, 0.292, 0.280 max_d=0.280 avg_d=0.170 std_dev=0.122
O4' B 0, 0.047, 0.171, 0.295, 0.289 max_d=0.289 avg_d=0.171 std_dev=0.124
C4' B 0, 0.053, 0.188, 0.322, 0.309 max_d=0.309 avg_d=0.188 std_dev=0.135
C6 B 0, 0.052, 0.189, 0.325, 0.318 max_d=0.318 avg_d=0.189 std_dev=0.136
C5 B 0, 0.058, 0.210, 0.362, 0.354 max_d=0.354 avg_d=0.210 std_dev=0.152
N1 B 0, 0.067, 0.238, 0.410, 0.397 max_d=0.397 avg_d=0.238 std_dev=0.172
C1' B 0, 0.068, 0.242, 0.416, 0.401 max_d=0.401 avg_d=0.242 std_dev=0.174
P A 0, 0.073, 0.252, 0.432, 0.403 max_d=0.403 avg_d=0.252 std_dev=0.179
C3' B 0, 0.075, 0.262, 0.450, 0.425 max_d=0.425 avg_d=0.262 std_dev=0.187
OP2 A 0, 0.076, 0.266, 0.455, 0.426 max_d=0.426 avg_d=0.266 std_dev=0.189
O3' B 0, 0.077, 0.269, 0.461, 0.433 max_d=0.433 avg_d=0.269 std_dev=0.192
C4 B 0, 0.078, 0.278, 0.478, 0.463 max_d=0.463 avg_d=0.278 std_dev=0.200
C2' B 0, 0.082, 0.286, 0.490, 0.463 max_d=0.463 avg_d=0.286 std_dev=0.204
C2 B 0, 0.085, 0.302, 0.519, 0.500 max_d=0.500 avg_d=0.302 std_dev=0.217
O4 B 0, 0.086, 0.305, 0.525, 0.507 max_d=0.507 avg_d=0.305 std_dev=0.220
OP1 A 0, 0.090, 0.311, 0.533, 0.498 max_d=0.498 avg_d=0.311 std_dev=0.222
N3 B 0, 0.088, 0.314, 0.540, 0.521 max_d=0.521 avg_d=0.314 std_dev=0.226
O2 B 0, 0.099, 0.349, 0.600, 0.576 max_d=0.576 avg_d=0.349 std_dev=0.251
O2' B 0, 0.107, 0.372, 0.637, 0.594 max_d=0.594 avg_d=0.372 std_dev=0.265

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
C2 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.03
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01
C4 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.03
C4' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00
C5 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.05 0.05
C5' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.02 0.00 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.06 0.06
C8 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.04 0.05
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.05 0.04
N2 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02
N3 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02
N7 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.06 0.06 0.06
N9 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.03
O2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02
O3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02
O4' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.03 0.02
O5' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.04 0.03 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00
O6 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.00 0.06 0.07 0.07
OP1 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.05 0.04 0.03 0.01 0.01 0.06 0.02 0.03 0.02 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00
OP2 0.00 0.04 0.01 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.06 0.04 0.05 0.03 0.03 0.06 0.03 0.01 0.02 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00
P 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.06 0.05 0.04 0.02 0.02 0.06 0.03 0.02 0.02 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.05 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01
C2 0.04 0.02 0.04 0.04 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.07 0.05 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02
C2' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01
C3' 0.02 0.04 0.01 0.01 0.05 0.01 0.04 0.01 0.03 0.03 0.05 0.04 0.02 0.01 0.05 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02
C4 0.03 0.00 0.04 0.04 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.05 0.04 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02
C4' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02
C5 0.04 0.01 0.06 0.06 0.03 0.04 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.08 0.07 0.05 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03
C5' 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.04 0.04
C6 0.05 0.03 0.07 0.06 0.02 0.05 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.05 0.10 0.07 0.04 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03
C8 0.02 0.02 0.04 0.05 0.05 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.04 0.01 0.06 0.06 0.06 0.01 0.03 0.03 0.04 0.03
N1 0.05 0.03 0.06 0.05 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.05 0.09 0.06 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03
N2 0.04 0.03 0.04 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.07 0.04 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02
N3 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.06 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02
N7 0.04 0.00 0.06 0.07 0.04 0.05 0.03 0.03 0.01 0.01 0.03 0.02 0.09 0.07 0.06 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03
N9 0.01 0.01 0.03 0.03 0.04 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.05 0.04 0.05 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02
O2' 0.02 0.03 0.02 0.02 0.04 0.02 0.04 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.05 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01
O3' 0.03 0.05 0.01 0.01 0.05 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.05 0.05 0.01 0.02 0.06 0.03 0.01 0.02 0.04 0.02
O4' 0.02 0.04 0.02 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.04 0.01 0.02 0.05 0.03 0.01 0.02 0.04 0.02
O5' 0.03 0.04 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.00 0.03 0.04 0.04 0.04 0.01 0.00 0.05 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
O6 0.06 0.04 0.08 0.07 0.02 0.05 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.06 0.11 0.08 0.04 0.04 0.04 0.03 0.04 0.04
OP1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02
OP2 0.03 0.04 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.04 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01
P 0.02 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01
C2 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.02
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01
C4 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.05 0.03 0.03
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.05 0.03 0.03
C5' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.05 0.03 0.03
N1 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.02
N3 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02 0.03
O2 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.02
O2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.03
O3' 0.02 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01
O4 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.05 0.03 0.03
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02
O5' 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.03 0.04 0.01 0.00 0.05 0.01 0.05 0.01 0.05 0.04 0.05 0.04 0.01 0.00 0.05 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.04 0.01 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00