ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50311

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.013, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.000, 0.015, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C5 A 0, 0.000, 0.023, 0.047, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.023 std_dev=0.023
N3 A 0, 0.000, 0.025, 0.049, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.025 std_dev=0.025
N1 A 0, 0.000, 0.025, 0.050, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.025 std_dev=0.025
N2 A 0, 0.000, 0.027, 0.054, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.027 std_dev=0.027
C4 A 0, 0.000, 0.032, 0.064, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.032 std_dev=0.032
N9 A 0, 0.000, 0.037, 0.073, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.037 std_dev=0.037
O6 A 0, 0.000, 0.037, 0.075, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.037 std_dev=0.037
N7 A 0, 0.000, 0.047, 0.094, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.047 std_dev=0.047
C8 A 0, 0.000, 0.062, 0.124, 0.124 max_d=0.124 avg_d=0.062 std_dev=0.062
O4' A 0, 0.000, 0.086, 0.172, 0.172 max_d=0.172 avg_d=0.086 std_dev=0.086
C2' A 0, 0.000, 0.096, 0.192, 0.192 max_d=0.192 avg_d=0.096 std_dev=0.096
C3' A 0, 0.000, 0.106, 0.212, 0.212 max_d=0.212 avg_d=0.106 std_dev=0.106
C4' A 0, 0.000, 0.142, 0.284, 0.284 max_d=0.284 avg_d=0.142 std_dev=0.142
O3' A 0, 0.000, 0.177, 0.353, 0.353 max_d=0.353 avg_d=0.177 std_dev=0.177
C1' B 0, 0.000, 0.181, 0.361, 0.361 max_d=0.361 avg_d=0.181 std_dev=0.181
O5' A 0, 0.000, 0.210, 0.421, 0.421 max_d=0.421 avg_d=0.210 std_dev=0.210
P A 0, 0.000, 0.214, 0.428, 0.428 max_d=0.428 avg_d=0.214 std_dev=0.214
OP2 A 0, 0.000, 0.215, 0.429, 0.429 max_d=0.429 avg_d=0.215 std_dev=0.215
OP1 A 0, 0.000, 0.228, 0.456, 0.456 max_d=0.456 avg_d=0.228 std_dev=0.228
C5' A 0, 0.000, 0.234, 0.468, 0.468 max_d=0.468 avg_d=0.234 std_dev=0.234
C4' B 0, 0.000, 0.244, 0.487, 0.487 max_d=0.487 avg_d=0.244 std_dev=0.244
O4' B 0, 0.000, 0.251, 0.503, 0.503 max_d=0.503 avg_d=0.251 std_dev=0.251
O2 B 0, 0.000, 0.253, 0.506, 0.506 max_d=0.506 avg_d=0.253 std_dev=0.253
N1 B 0, 0.000, 0.259, 0.517, 0.517 max_d=0.517 avg_d=0.259 std_dev=0.259
O2' A 0, 0.000, 0.279, 0.559, 0.559 max_d=0.559 avg_d=0.279 std_dev=0.279
O2' B 0, 0.000, 0.320, 0.640, 0.640 max_d=0.640 avg_d=0.320 std_dev=0.320
C2' B 0, 0.000, 0.321, 0.642, 0.642 max_d=0.642 avg_d=0.321 std_dev=0.321
C2 B 0, 0.000, 0.341, 0.682, 0.682 max_d=0.682 avg_d=0.341 std_dev=0.341
O3' B 0, 0.000, 0.342, 0.685, 0.685 max_d=0.685 avg_d=0.342 std_dev=0.342
C3' B 0, 0.000, 0.354, 0.708, 0.708 max_d=0.708 avg_d=0.354 std_dev=0.354
P B 0, 0.000, 0.354, 0.708, 0.708 max_d=0.708 avg_d=0.354 std_dev=0.354
OP1 B 0, 0.000, 0.378, 0.756, 0.756 max_d=0.756 avg_d=0.378 std_dev=0.378
C6 B 0, 0.000, 0.422, 0.845, 0.845 max_d=0.845 avg_d=0.422 std_dev=0.422
C5' B 0, 0.000, 0.465, 0.930, 0.930 max_d=0.930 avg_d=0.465 std_dev=0.465
O5' B 0, 0.000, 0.513, 1.027, 1.027 max_d=1.027 avg_d=0.513 std_dev=0.513
N3 B 0, 0.000, 0.598, 1.197, 1.197 max_d=1.197 avg_d=0.598 std_dev=0.598
C5 B 0, 0.000, 0.658, 1.317, 1.317 max_d=1.317 avg_d=0.658 std_dev=0.658
OP2 B 0, 0.000, 0.702, 1.405, 1.405 max_d=1.405 avg_d=0.702 std_dev=0.702
C4 B 0, 0.000, 0.772, 1.543, 1.543 max_d=1.543 avg_d=0.772 std_dev=0.772
O4 B 0, 0.000, 1.071, 2.143, 2.143 max_d=2.143 avg_d=1.071 std_dev=1.071

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.04 0.09 0.07
C2 0.01 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.06 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.13 0.02 0.03 0.08 0.00 0.02 0.01 0.00
C2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.06 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.00 0.06 0.04
C3' 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.05 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01
C4 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.08 0.02 0.02 0.08 0.00 0.01 0.03 0.01
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.06 0.02 0.01 0.02 0.06 0.03 0.07 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.04
C5 0.00 0.01 0.04 0.03 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.02 0.02 0.10 0.00 0.03 0.01 0.02
C5' 0.02 0.06 0.01 0.00 0.06 0.00 0.08 0.00 0.08 0.10 0.06 0.05 0.05 0.11 0.06 0.07 0.00 0.00 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00
C6 0.00 0.01 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.10 0.00 0.02 0.10 0.00 0.04 0.01 0.03
C8 0.00 0.02 0.01 0.07 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.01 0.11 0.00 0.01 0.04 0.00
N1 0.00 0.00 0.06 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.13 0.02 0.02 0.08 0.00 0.03 0.00 0.02
N2 0.02 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.01 0.05 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.14 0.03 0.04 0.07 0.00 0.02 0.01 0.00
N3 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.00 0.03 0.07 0.00 0.00 0.03 0.02
N7 0.00 0.01 0.02 0.05 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.06 0.02 0.12 0.00 0.04 0.00 0.04
N9 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.06 0.04
O2' 0.01 0.13 0.00 0.02 0.08 0.07 0.07 0.07 0.10 0.01 0.13 0.14 0.11 0.03 0.02 0.00 0.02 0.07 0.05 0.10 0.07 0.03 0.01
O3' 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.08 0.02 0.03 0.00 0.06 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.10 0.03 0.04
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.02 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.03 0.08 0.12 0.11
O5' 0.02 0.08 0.00 0.01 0.08 0.00 0.10 0.00 0.10 0.11 0.08 0.07 0.07 0.12 0.07 0.05 0.01 0.01 0.00 0.11 0.01 0.01 0.00
O6 0.00 0.00 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.10 0.00 0.03 0.11 0.00 0.06 0.04 0.06
OP1 0.04 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.00 0.04 0.01 0.07 0.10 0.08 0.01 0.06 0.00 0.00 0.00
OP2 0.09 0.01 0.06 0.02 0.03 0.05 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.00 0.06 0.03 0.03 0.12 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00
P 0.07 0.00 0.04 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.04 0.01 0.04 0.11 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.17 0.08 0.21 0.29 0.16 0.26 0.28 0.20 0.15 0.25 0.11 0.06 0.18 0.36 0.12 0.04 0.07 0.42 0.09
C2 0.05 0.12 0.02 0.12 0.13 0.10 0.08 0.27 0.06 0.07 0.15 0.13 0.06 0.09 0.18 0.05 0.14 0.01 0.42 0.11
C2' 0.07 0.21 0.04 0.17 0.37 0.14 0.31 0.28 0.22 0.17 0.32 0.14 0.09 0.15 0.47 0.10 0.08 0.11 0.38 0.06
C3' 0.00 0.16 0.04 0.10 0.36 0.09 0.30 0.23 0.19 0.12 0.29 0.08 0.17 0.09 0.48 0.04 0.14 0.18 0.29 0.03
C4 0.08 0.20 0.04 0.15 0.26 0.14 0.19 0.30 0.15 0.13 0.26 0.18 0.07 0.11 0.32 0.09 0.10 0.02 0.44 0.11
C4' 0.02 0.11 0.03 0.10 0.30 0.07 0.26 0.18 0.17 0.09 0.22 0.02 0.17 0.10 0.40 0.03 0.11 0.20 0.28 0.03
C5 0.05 0.21 0.02 0.10 0.29 0.11 0.19 0.30 0.13 0.12 0.31 0.19 0.11 0.06 0.36 0.06 0.14 0.01 0.43 0.11
C5' 0.10 0.05 0.13 0.00 0.26 0.00 0.23 0.10 0.12 0.02 0.17 0.05 0.25 0.01 0.36 0.04 0.16 0.27 0.18 0.11
C6 0.02 0.15 0.05 0.06 0.20 0.08 0.10 0.28 0.05 0.06 0.24 0.16 0.12 0.03 0.27 0.02 0.18 0.03 0.41 0.11
C8 0.09 0.25 0.01 0.16 0.38 0.16 0.32 0.33 0.24 0.20 0.35 0.18 0.11 0.10 0.44 0.11 0.09 0.03 0.43 0.11
N1 0.03 0.12 0.01 0.09 0.12 0.09 0.05 0.28 0.03 0.05 0.16 0.14 0.09 0.06 0.17 0.02 0.16 0.02 0.42 0.11
N2 0.05 0.09 0.03 0.13 0.08 0.10 0.05 0.26 0.04 0.05 0.11 0.11 0.05 0.10 0.11 0.05 0.13 0.01 0.42 0.11
N3 0.08 0.16 0.06 0.16 0.20 0.13 0.15 0.28 0.11 0.11 0.20 0.15 0.04 0.12 0.25 0.08 0.10 0.02 0.44 0.11
N7 0.05 0.26 0.05 0.09 0.39 0.12 0.29 0.32 0.20 0.16 0.39 0.20 0.13 0.04 0.46 0.07 0.14 0.00 0.43 0.11
N9 0.09 0.21 0.06 0.19 0.31 0.16 0.26 0.31 0.20 0.16 0.28 0.16 0.07 0.15 0.37 0.11 0.07 0.04 0.43 0.11
O2' 0.04 0.19 0.03 0.13 0.35 0.09 0.29 0.20 0.20 0.14 0.30 0.13 0.11 0.10 0.46 0.06 0.11 0.17 0.35 0.01
O3' 0.02 0.16 0.07 0.05 0.37 0.05 0.31 0.18 0.18 0.10 0.30 0.08 0.18 0.04 0.51 0.01 0.19 0.26 0.21 0.09
O4' 0.05 0.13 0.05 0.20 0.27 0.14 0.26 0.24 0.19 0.13 0.21 0.04 0.10 0.20 0.34 0.10 0.02 0.10 0.39 0.07
O5' 0.10 0.06 0.17 0.02 0.29 0.03 0.26 0.17 0.14 0.03 0.19 0.03 0.26 0.01 0.39 0.04 0.18 0.22 0.20 0.09
O6 0.02 0.12 0.09 0.01 0.17 0.05 0.04 0.26 0.00 0.01 0.22 0.14 0.14 0.01 0.26 0.03 0.22 0.04 0.38 0.10
OP1 0.01 0.14 0.05 0.00 0.34 0.11 0.33 0.15 0.23 0.13 0.25 0.06 0.10 0.01 0.43 0.07 0.06 0.28 0.11 0.11
OP2 0.03 0.21 0.07 0.01 0.41 0.16 0.39 0.34 0.27 0.17 0.32 0.13 0.10 0.00 0.50 0.07 0.17 0.16 0.20 0.05
P 0.01 0.14 0.08 0.00 0.33 0.10 0.31 0.20 0.21 0.12 0.25 0.06 0.14 0.00 0.42 0.04 0.14 0.25 0.16 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.04 0.02 0.37 0.10
C2 0.01 0.00 0.02 0.13 0.00 0.09 0.00 0.26 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.12 0.00 0.01 0.03 0.16 0.54 0.23
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.05 0.01 0.14 0.18 0.25 0.03
C3' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.20 0.00 0.16 0.03 0.12 0.10 0.18 0.10 0.02 0.00 0.23 0.02 0.22 0.26 0.18 0.12
C4 0.01 0.00 0.03 0.20 0.00 0.19 0.00 0.43 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.23 0.00 0.00 0.01 0.38 0.64 0.35
C4' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.19 0.00 0.20 0.00 0.16 0.10 0.14 0.04 0.04 0.00 0.21 0.00 0.01 0.10 0.29 0.03
C5 0.01 0.00 0.01 0.16 0.00 0.20 0.00 0.44 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.21 0.00 0.00 0.03 0.39 0.65 0.36
C5' 0.06 0.26 0.03 0.03 0.43 0.00 0.44 0.00 0.36 0.24 0.35 0.18 0.04 0.02 0.48 0.00 0.00 0.13 0.32 0.00
C6 0.01 0.00 0.00 0.12 0.00 0.16 0.00 0.36 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.14 0.00 0.01 0.01 0.26 0.56 0.28
N1 0.00 0.00 0.01 0.10 0.01 0.10 0.01 0.24 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.09 0.01 0.00 0.03 0.13 0.50 0.21
N3 0.01 0.00 0.03 0.18 0.00 0.14 0.00 0.35 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.19 0.00 0.01 0.01 0.27 0.61 0.30
O2 0.01 0.00 0.02 0.10 0.00 0.04 0.00 0.18 0.00 0.01 0.00 0.00 0.09 0.07 0.00 0.01 0.04 0.08 0.51 0.19
O2' 0.02 0.06 0.00 0.02 0.02 0.04 0.01 0.04 0.01 0.03 0.05 0.09 0.00 0.08 0.01 0.03 0.05 0.18 0.26 0.01
O3' 0.02 0.12 0.03 0.00 0.23 0.00 0.21 0.02 0.14 0.09 0.19 0.07 0.08 0.00 0.29 0.01 0.18 0.33 0.13 0.16
O4 0.01 0.00 0.05 0.23 0.00 0.21 0.00 0.48 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.29 0.00 0.00 0.03 0.46 0.65 0.39
O4' 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.32 0.09
O5' 0.04 0.03 0.14 0.22 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.05 0.18 0.03 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.02 0.16 0.18 0.26 0.38 0.10 0.39 0.13 0.26 0.13 0.27 0.08 0.18 0.33 0.46 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.37 0.54 0.25 0.18 0.64 0.29 0.65 0.32 0.56 0.50 0.61 0.51 0.26 0.13 0.65 0.32 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.10 0.23 0.03 0.12 0.35 0.03 0.36 0.00 0.28 0.21 0.30 0.19 0.01 0.16 0.39 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00