ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50312

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.004, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.000, 0.006, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C8 A 0, 0.000, 0.011, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.011
O6 A 0, 0.000, 0.011, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N9 A 0, 0.000, 0.011, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N7 A 0, 0.000, 0.011, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N2 A 0, 0.000, 0.027, 0.053, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.027 std_dev=0.027
O4' A 0, 0.000, 0.085, 0.170, 0.170 max_d=0.170 avg_d=0.085 std_dev=0.085
C2' A 0, 0.000, 0.099, 0.197, 0.197 max_d=0.197 avg_d=0.099 std_dev=0.099
O2' A 0, 0.000, 0.112, 0.224, 0.224 max_d=0.224 avg_d=0.112 std_dev=0.112
C4' A 0, 0.000, 0.143, 0.286, 0.286 max_d=0.286 avg_d=0.143 std_dev=0.143
C3' A 0, 0.000, 0.147, 0.295, 0.295 max_d=0.295 avg_d=0.147 std_dev=0.147
OP2 A 0, 0.000, 0.197, 0.394, 0.394 max_d=0.394 avg_d=0.197 std_dev=0.197
C5' A 0, 0.000, 0.230, 0.461, 0.461 max_d=0.461 avg_d=0.230 std_dev=0.230
P A 0, 0.000, 0.232, 0.464, 0.464 max_d=0.464 avg_d=0.232 std_dev=0.232
O3' A 0, 0.000, 0.235, 0.470, 0.470 max_d=0.470 avg_d=0.235 std_dev=0.235
O5' A 0, 0.000, 0.277, 0.555, 0.555 max_d=0.555 avg_d=0.277 std_dev=0.277
O3' B 0, 0.000, 0.306, 0.612, 0.612 max_d=0.612 avg_d=0.306 std_dev=0.306
OP1 A 0, 0.000, 0.352, 0.704, 0.704 max_d=0.704 avg_d=0.352 std_dev=0.352
C3' B 0, 0.000, 0.355, 0.709, 0.709 max_d=0.709 avg_d=0.355 std_dev=0.355
C5' B 0, 0.000, 0.439, 0.878, 0.878 max_d=0.878 avg_d=0.439 std_dev=0.439
N3 B 0, 0.000, 0.454, 0.909, 0.909 max_d=0.909 avg_d=0.454 std_dev=0.454
C2' B 0, 0.000, 0.459, 0.917, 0.917 max_d=0.917 avg_d=0.459 std_dev=0.459
C4' B 0, 0.000, 0.471, 0.942, 0.942 max_d=0.942 avg_d=0.471 std_dev=0.471
O5' B 0, 0.000, 0.475, 0.950, 0.950 max_d=0.950 avg_d=0.475 std_dev=0.475
C2 B 0, 0.000, 0.523, 1.047, 1.047 max_d=1.047 avg_d=0.523 std_dev=0.523
N1 B 0, 0.000, 0.527, 1.054, 1.054 max_d=1.054 avg_d=0.527 std_dev=0.527
O2' B 0, 0.000, 0.530, 1.060, 1.060 max_d=1.060 avg_d=0.530 std_dev=0.530
C4 B 0, 0.000, 0.545, 1.091, 1.091 max_d=1.091 avg_d=0.545 std_dev=0.545
C1' B 0, 0.000, 0.564, 1.128, 1.128 max_d=1.128 avg_d=0.564 std_dev=0.564
O4 B 0, 0.000, 0.583, 1.166, 1.166 max_d=1.166 avg_d=0.583 std_dev=0.583
O4' B 0, 0.000, 0.603, 1.206, 1.206 max_d=1.206 avg_d=0.603 std_dev=0.603
C6 B 0, 0.000, 0.625, 1.249, 1.249 max_d=1.249 avg_d=0.625 std_dev=0.625
O2 B 0, 0.000, 0.687, 1.374, 1.374 max_d=1.374 avg_d=0.687 std_dev=0.687
C5 B 0, 0.000, 0.690, 1.381, 1.381 max_d=1.381 avg_d=0.690 std_dev=0.690
P B 0, 0.000, 0.966, 1.933, 1.933 max_d=1.933 avg_d=0.966 std_dev=0.966
OP1 B 0, 0.000, 1.002, 2.004, 2.004 max_d=2.004 avg_d=1.002 std_dev=1.002
OP2 B 0, 0.000, 1.279, 2.558, 2.558 max_d=2.558 avg_d=1.279 std_dev=1.279

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.05
C2 0.00 0.00 0.05 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.08 0.02 0.00 0.00 0.05 0.13 0.06
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.06 0.05 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.03
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.06 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03
C4 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.01 0.00 0.05 0.14 0.06
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.03 0.02
C5 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.02 0.00 0.05 0.13 0.05
C5' 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.03 0.03 0.00 0.06 0.13 0.04
C8 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.04 0.00 0.04 0.13 0.06
N1 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.07 0.03 0.01 0.00 0.06 0.13 0.05
N2 0.00 0.01 0.06 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.09 0.02 0.00 0.01 0.05 0.13 0.06
N3 0.00 0.00 0.05 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.07 0.02 0.00 0.00 0.04 0.14 0.06
N7 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.04 0.00 0.05 0.13 0.05
N9 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.04 0.13 0.07
O2' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.06 0.04 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.05 0.03
O3' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.05 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.07 0.09 0.07 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.05 0.05 0.04 0.01 0.02
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.08 0.04
O5' 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.04 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.01 0.05 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00
O6 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.03 0.03 0.00 0.06 0.11 0.03
OP1 0.00 0.05 0.02 0.03 0.05 0.05 0.05 0.05 0.06 0.04 0.06 0.05 0.04 0.05 0.04 0.03 0.04 0.02 0.01 0.06 0.00 0.00 0.00
OP2 0.11 0.13 0.06 0.03 0.14 0.03 0.13 0.00 0.13 0.13 0.13 0.13 0.14 0.13 0.13 0.05 0.01 0.08 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.06 0.03 0.03 0.06 0.02 0.05 0.00 0.04 0.06 0.05 0.06 0.06 0.05 0.07 0.03 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.20 0.27 0.17 0.16 0.09 0.18 0.06 0.18 0.10 0.19 0.19 0.39 0.11 0.10 0.06 0.19 0.16 0.05 0.23 0.18
C2 0.04 0.00 0.04 0.02 0.14 0.01 0.16 0.05 0.12 0.05 0.04 0.07 0.07 0.02 0.16 0.03 0.06 0.11 0.17 0.12
C2' 0.19 0.27 0.17 0.14 0.08 0.15 0.02 0.14 0.06 0.17 0.20 0.42 0.13 0.09 0.05 0.17 0.11 0.06 0.12 0.09
C3' 0.17 0.23 0.16 0.13 0.05 0.13 0.01 0.11 0.02 0.14 0.16 0.37 0.14 0.09 0.02 0.15 0.07 0.15 0.03 0.02
C4 0.01 0.06 0.01 0.05 0.07 0.05 0.11 0.09 0.08 0.00 0.02 0.14 0.04 0.04 0.08 0.03 0.09 0.07 0.16 0.12
C4' 0.19 0.21 0.18 0.15 0.06 0.16 0.02 0.14 0.06 0.15 0.14 0.33 0.16 0.10 0.03 0.18 0.10 0.10 0.11 0.08
C5 0.08 0.05 0.08 0.01 0.18 0.01 0.24 0.04 0.20 0.11 0.08 0.03 0.10 0.01 0.17 0.06 0.04 0.03 0.06 0.05
C5' 0.12 0.13 0.12 0.10 0.01 0.12 0.03 0.11 0.00 0.08 0.08 0.22 0.11 0.08 0.01 0.12 0.06 0.17 0.03 0.01
C6 0.15 0.12 0.12 0.05 0.29 0.07 0.35 0.02 0.28 0.18 0.17 0.04 0.14 0.02 0.29 0.13 0.02 0.05 0.00 0.00
C8 0.04 0.08 0.01 0.08 0.04 0.08 0.09 0.12 0.06 0.02 0.03 0.15 0.03 0.06 0.05 0.06 0.10 0.01 0.09 0.08
N1 0.11 0.09 0.09 0.02 0.25 0.04 0.27 0.00 0.21 0.14 0.14 0.02 0.12 0.00 0.28 0.10 0.01 0.09 0.08 0.05
N2 0.03 0.01 0.03 0.02 0.11 0.01 0.13 0.05 0.09 0.04 0.02 0.07 0.06 0.02 0.14 0.02 0.06 0.12 0.19 0.13
N3 0.02 0.08 0.01 0.06 0.05 0.06 0.08 0.09 0.05 0.02 0.04 0.16 0.03 0.05 0.07 0.03 0.10 0.10 0.21 0.15
N7 0.08 0.03 0.09 0.01 0.14 0.01 0.21 0.05 0.19 0.10 0.06 0.04 0.10 0.01 0.13 0.05 0.03 0.02 0.00 0.01
N9 0.10 0.15 0.07 0.11 0.00 0.12 0.03 0.14 0.00 0.09 0.09 0.24 0.01 0.08 0.02 0.11 0.13 0.04 0.18 0.14
O2' 0.24 0.32 0.20 0.16 0.13 0.18 0.08 0.16 0.11 0.22 0.25 0.47 0.17 0.10 0.10 0.22 0.14 0.03 0.19 0.14
O3' 0.18 0.24 0.17 0.12 0.06 0.13 0.01 0.11 0.03 0.15 0.18 0.39 0.16 0.09 0.03 0.16 0.06 0.20 0.01 0.01
O4' 0.22 0.23 0.20 0.17 0.08 0.19 0.06 0.18 0.10 0.19 0.15 0.34 0.14 0.11 0.05 0.21 0.16 0.02 0.23 0.18
O5' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.08 0.01 0.14 0.01 0.12 0.04 0.01 0.13 0.02 0.01 0.09 0.01 0.04 0.27 0.11 0.11
O6 0.21 0.19 0.17 0.10 0.35 0.13 0.44 0.08 0.37 0.25 0.22 0.11 0.17 0.04 0.34 0.21 0.09 0.01 0.13 0.09
OP1 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.02 0.07 0.05 0.07 0.01 0.01 0.08 0.04 0.00 0.03 0.01 0.00 0.29 0.12 0.11
OP2 0.02 0.10 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.02 0.06 0.03 0.08 0.16 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.32 0.18 0.16
P 0.00 0.05 0.01 0.00 0.03 0.01 0.08 0.03 0.07 0.01 0.03 0.11 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.28 0.11 0.11

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.23 0.14
C2 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.05 0.12 0.32 0.19
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.06 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.08 0.12 0.05
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.02 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.14 0.03 0.01
C4 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02 0.00 0.00 0.06 0.22 0.36 0.23
C4' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.09 0.05
C5 0.00 0.01 0.06 0.04 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.05 0.00 0.02 0.03 0.21 0.35 0.22
C5' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.00 0.07 0.02 0.00
C6 0.00 0.01 0.06 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.00 0.02 0.02 0.15 0.32 0.20
N1 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.10 0.29 0.18
N3 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.06 0.17 0.35 0.22
O2 0.03 0.00 0.04 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.01 0.04 0.05 0.09 0.30 0.18
O2' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.05 0.02 0.04 0.01 0.03 0.02 0.04 0.01 0.00 0.02 0.05 0.03 0.00 0.08 0.14 0.07
O3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.02 0.05 0.01 0.01 0.06 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.21 0.02 0.05
O4 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02 0.00 0.00 0.07 0.25 0.37 0.24
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.22 0.14
O5' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.06 0.00 0.03 0.00 0.02 0.03 0.06 0.05 0.00 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.03 0.12 0.08 0.14 0.22 0.06 0.21 0.07 0.15 0.10 0.17 0.09 0.08 0.21 0.25 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.23 0.32 0.12 0.03 0.36 0.09 0.35 0.02 0.32 0.29 0.35 0.30 0.14 0.02 0.37 0.22 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.14 0.19 0.05 0.01 0.23 0.05 0.22 0.00 0.20 0.18 0.22 0.18 0.07 0.05 0.24 0.14 0.00 0.01 0.00 0.00