ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50313

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.000, 0.009, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.009
O6 A 0, 0.000, 0.012, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.017
N3 A 0, 0.000, 0.019, 0.038, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.019
C1' A 0, 0.000, 0.020, 0.041, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.020 std_dev=0.020
C8 A 0, 0.000, 0.023, 0.045, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.023 std_dev=0.023
N7 A 0, 0.000, 0.023, 0.046, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.023
C2 A 0, 0.000, 0.023, 0.046, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.023
N2 A 0, 0.000, 0.046, 0.093, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.046 std_dev=0.046
C4' A 0, 0.000, 0.049, 0.097, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.049 std_dev=0.049
O4' A 0, 0.000, 0.059, 0.119, 0.119 max_d=0.119 avg_d=0.059 std_dev=0.059
C2' A 0, 0.000, 0.062, 0.125, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.062 std_dev=0.062
C5' A 0, 0.000, 0.111, 0.222, 0.222 max_d=0.222 avg_d=0.111 std_dev=0.111
C3' A 0, 0.000, 0.128, 0.256, 0.256 max_d=0.256 avg_d=0.128 std_dev=0.128
O2' A 0, 0.000, 0.141, 0.283, 0.283 max_d=0.283 avg_d=0.141 std_dev=0.141
C1' B 0, 0.000, 0.143, 0.285, 0.285 max_d=0.285 avg_d=0.143 std_dev=0.143
O3' A 0, 0.000, 0.274, 0.547, 0.547 max_d=0.547 avg_d=0.274 std_dev=0.274
O2' B 0, 0.000, 0.302, 0.603, 0.603 max_d=0.603 avg_d=0.302 std_dev=0.302
O5' A 0, 0.000, 0.304, 0.607, 0.607 max_d=0.607 avg_d=0.304 std_dev=0.304
O3' B 0, 0.000, 0.307, 0.614, 0.614 max_d=0.614 avg_d=0.307 std_dev=0.307
C6 B 0, 0.000, 0.383, 0.767, 0.767 max_d=0.767 avg_d=0.383 std_dev=0.383
C2' B 0, 0.000, 0.385, 0.770, 0.770 max_d=0.770 avg_d=0.385 std_dev=0.385
P A 0, 0.000, 0.410, 0.819, 0.819 max_d=0.819 avg_d=0.410 std_dev=0.410
C5 B 0, 0.000, 0.503, 1.007, 1.007 max_d=1.007 avg_d=0.503 std_dev=0.503
OP2 A 0, 0.000, 0.575, 1.151, 1.151 max_d=1.151 avg_d=0.575 std_dev=0.575
N1 B 0, 0.000, 0.595, 1.190, 1.190 max_d=1.190 avg_d=0.595 std_dev=0.595
OP1 A 0, 0.000, 0.641, 1.283, 1.283 max_d=1.283 avg_d=0.641 std_dev=0.641
C3' B 0, 0.000, 0.708, 1.417, 1.417 max_d=1.417 avg_d=0.708 std_dev=0.708
O4' B 0, 0.000, 1.056, 2.112, 2.112 max_d=2.112 avg_d=1.056 std_dev=1.056
C4' B 0, 0.000, 1.450, 2.900, 2.900 max_d=2.900 avg_d=1.450 std_dev=1.450
C4 B 0, 0.000, 1.726, 3.451, 3.451 max_d=3.451 avg_d=1.726 std_dev=1.726
C2 B 0, 0.000, 1.906, 3.812, 3.812 max_d=3.812 avg_d=1.906 std_dev=1.906
O4 B 0, 0.000, 2.295, 4.589, 4.589 max_d=4.589 avg_d=2.295 std_dev=2.295
N3 B 0, 0.000, 2.401, 4.802, 4.802 max_d=4.802 avg_d=2.401 std_dev=2.401
C5' B 0, 0.000, 2.516, 5.032, 5.032 max_d=5.032 avg_d=2.516 std_dev=2.516
O2 B 0, 0.000, 2.598, 5.197, 5.197 max_d=5.197 avg_d=2.598 std_dev=2.598
O5' B 0, 0.000, 3.508, 7.017, 7.017 max_d=7.017 avg_d=3.508 std_dev=3.508
OP1 B 0, 0.000, 4.059, 8.119, 8.119 max_d=8.119 avg_d=4.059 std_dev=4.059
P B 0, 0.000, 4.402, 8.803, 8.803 max_d=8.803 avg_d=4.402 std_dev=4.402
OP2 B 0, 0.000, 4.707, 9.414, 9.414 max_d=9.414 avg_d=4.707 std_dev=4.707

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.17 0.04
C2 0.03 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.05 0.02 0.00 0.01 0.03 0.29 0.09
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.18 0.06
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.06 0.04 0.03 0.03 0.06 0.04 0.02 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00 0.12 0.06
C4 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.00 0.02 0.00 0.02 0.25 0.08
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.06 0.01 0.00 0.00 0.02 0.07 0.07 0.02
C5 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.08 0.01 0.03 0.01 0.06 0.27 0.09
C5' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.06 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.00 0.00
C6 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.09 0.00 0.02 0.00 0.08 0.29 0.10
C8 0.01 0.01 0.01 0.06 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.03 0.08 0.02 0.01 0.19 0.05
N1 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01 0.00 0.01 0.07 0.30 0.10
N2 0.04 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.04 0.03 0.01 0.02 0.02 0.29 0.09
N3 0.03 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.26 0.08
N7 0.01 0.01 0.02 0.06 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.03 0.06 0.02 0.07 0.24 0.08
N9 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.04 0.01 0.02 0.20 0.05
O2' 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.06 0.02 0.06 0.02 0.00 0.03 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.05 0.02 0.02 0.12 0.12 0.00
O3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.06 0.01 0.08 0.00 0.09 0.08 0.07 0.04 0.03 0.10 0.05 0.02 0.00 0.01 0.03 0.11 0.01 0.06 0.03
O4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.00 0.09 0.12 0.02
O5' 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.08 0.00 0.01 0.00 0.06 0.04 0.02 0.03 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00
O6 0.01 0.01 0.02 0.06 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.11 0.00 0.03 0.00 0.10 0.28 0.10
OP1 0.06 0.03 0.02 0.00 0.02 0.07 0.06 0.06 0.08 0.01 0.07 0.02 0.01 0.07 0.02 0.12 0.01 0.09 0.01 0.10 0.00 0.00 0.00
OP2 0.17 0.29 0.18 0.12 0.25 0.07 0.27 0.00 0.29 0.19 0.30 0.29 0.26 0.24 0.20 0.12 0.06 0.12 0.00 0.28 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.09 0.06 0.06 0.08 0.02 0.09 0.00 0.10 0.05 0.10 0.09 0.08 0.08 0.05 0.00 0.03 0.02 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.01 0.22 0.03 0.03 0.17 0.35 0.06 0.39 0.02 0.08 0.24 0.33 0.07 0.07 0.19 0.23 0.20 0.41 0.05 0.08
C2 0.04 0.21 0.10 0.28 0.21 0.05 0.15 0.28 0.11 0.13 0.24 0.26 0.01 0.02 0.23 0.02 0.67 0.49 1.14 0.96
C2' 0.01 0.16 0.03 0.02 0.13 0.33 0.06 0.44 0.03 0.07 0.18 0.23 0.07 0.08 0.15 0.20 0.30 0.50 0.10 0.14
C3' 0.06 0.04 0.04 0.00 0.04 0.30 0.06 0.51 0.07 0.05 0.03 0.03 0.06 0.08 0.03 0.14 0.42 0.67 0.04 0.29
C4 0.03 0.13 0.06 0.24 0.14 0.01 0.12 0.18 0.10 0.09 0.15 0.15 0.05 0.03 0.14 0.00 0.53 0.28 0.91 0.75
C4' 0.01 0.06 0.10 0.13 0.04 0.49 0.02 0.78 0.01 0.03 0.06 0.10 0.08 0.10 0.04 0.26 0.74 0.95 0.40 0.65
C5 0.05 0.01 0.07 0.33 0.05 0.21 0.11 0.48 0.13 0.06 0.00 0.07 0.08 0.02 0.03 0.12 0.90 0.61 1.33 1.14
C5' 0.06 0.09 0.11 0.19 0.06 0.44 0.02 0.85 0.05 0.00 0.11 0.15 0.08 0.11 0.09 0.17 0.84 1.11 0.48 0.79
C6 0.06 0.02 0.10 0.37 0.06 0.30 0.14 0.65 0.15 0.07 0.01 0.09 0.05 0.01 0.04 0.18 1.14 0.90 1.66 1.45
C8 0.03 0.05 0.01 0.24 0.00 0.08 0.07 0.22 0.09 0.03 0.06 0.12 0.13 0.03 0.02 0.05 0.54 0.18 0.79 0.66
N1 0.06 0.11 0.11 0.34 0.15 0.21 0.16 0.52 0.14 0.11 0.13 0.09 0.03 0.01 0.15 0.12 0.97 0.78 1.50 1.30
N2 0.04 0.28 0.11 0.27 0.27 0.01 0.17 0.23 0.11 0.15 0.33 0.36 0.00 0.02 0.31 0.01 0.60 0.46 1.10 0.91
N3 0.03 0.24 0.07 0.22 0.22 0.05 0.13 0.10 0.09 0.13 0.27 0.31 0.02 0.03 0.24 0.05 0.43 0.23 0.83 0.67
N7 0.05 0.14 0.05 0.34 0.05 0.28 0.08 0.55 0.13 0.01 0.15 0.26 0.12 0.02 0.08 0.17 0.97 0.59 1.31 1.14
N9 0.03 0.13 0.02 0.17 0.12 0.09 0.09 0.01 0.07 0.08 0.14 0.16 0.07 0.03 0.12 0.06 0.28 0.00 0.56 0.43
O2' 0.01 0.31 0.02 0.01 0.23 0.44 0.07 0.60 0.01 0.11 0.34 0.45 0.04 0.04 0.26 0.28 0.53 0.67 0.19 0.39
O3' 0.05 0.01 0.05 0.03 0.02 0.33 0.05 0.61 0.06 0.04 0.01 0.00 0.07 0.08 0.01 0.16 0.61 0.83 0.06 0.47
O4' 0.01 0.17 0.08 0.09 0.11 0.48 0.03 0.63 0.00 0.05 0.17 0.26 0.08 0.09 0.13 0.28 0.50 0.71 0.29 0.42
O5' 0.22 0.15 0.02 0.03 0.05 0.03 0.15 0.36 0.23 0.09 0.18 0.32 0.01 0.00 0.10 0.14 0.27 0.67 0.11 0.24
O6 0.08 0.11 0.12 0.42 0.00 0.45 0.15 0.88 0.19 0.06 0.12 0.24 0.05 0.01 0.04 0.28 1.42 1.20 2.02 1.79
OP1 0.30 0.31 0.04 0.21 0.16 0.03 0.14 0.64 0.28 0.07 0.36 0.57 0.05 0.01 0.24 0.26 0.58 1.16 0.44 0.72
OP2 0.31 0.47 0.01 0.20 0.21 0.64 0.21 0.52 0.37 0.06 0.52 0.86 0.11 0.00 0.31 0.57 0.59 0.03 0.89 0.56
P 0.27 0.30 0.02 0.00 0.13 0.18 0.16 0.16 0.28 0.07 0.33 0.57 0.03 0.00 0.20 0.31 0.05 0.58 0.16 0.11

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.22 0.00 0.00 0.25 0.21 0.58 0.07
C2 0.01 0.00 0.08 0.38 0.01 0.25 0.00 0.26 0.00 0.00 0.00 0.00 0.33 0.13 0.01 0.12 0.18 0.52 0.81 0.23
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.02 0.00 0.09 0.15 0.11 0.02 0.04 0.17 0.00 0.00 0.01 0.01 0.54 0.01 0.04 0.35
C3' 0.00 0.38 0.00 0.00 0.19 0.00 0.00 0.01 0.08 0.12 0.34 0.58 0.01 0.00 0.21 0.01 0.26 0.31 0.08 0.11
C4 0.00 0.01 0.02 0.19 0.00 0.01 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.25 0.01 0.00 0.04 0.48 0.03 0.76 0.05
C4' 0.00 0.25 0.00 0.00 0.01 0.00 0.18 0.00 0.22 0.02 0.18 0.44 0.22 0.00 0.02 0.00 0.01 0.27 0.19 0.11
C5 0.00 0.00 0.09 0.00 0.00 0.18 0.00 0.37 0.00 0.00 0.01 0.01 0.13 0.16 0.00 0.15 0.65 0.33 0.66 0.25
C5' 0.06 0.26 0.15 0.01 0.09 0.00 0.37 0.00 0.41 0.06 0.17 0.54 0.05 0.19 0.08 0.01 0.00 0.20 0.15 0.01
C6 0.01 0.00 0.11 0.08 0.00 0.22 0.00 0.41 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.23 0.01 0.19 0.64 0.28 0.63 0.22
N1 0.00 0.00 0.02 0.12 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.15 0.10 0.01 0.01 0.36 0.18 0.71 0.04
N3 0.00 0.00 0.04 0.34 0.01 0.18 0.01 0.17 0.00 0.00 0.00 0.01 0.33 0.13 0.01 0.07 0.28 0.40 0.83 0.15
O2 0.02 0.00 0.17 0.58 0.01 0.44 0.01 0.54 0.00 0.01 0.01 0.00 0.45 0.30 0.02 0.21 0.04 0.82 0.83 0.40
O2' 0.01 0.33 0.00 0.01 0.25 0.22 0.13 0.05 0.08 0.15 0.33 0.45 0.00 0.01 0.26 0.14 0.31 0.06 0.07 0.22
O3' 0.22 0.13 0.00 0.00 0.01 0.00 0.16 0.19 0.23 0.10 0.13 0.30 0.01 0.00 0.05 0.16 0.03 0.44 0.04 0.04
O4 0.00 0.01 0.01 0.21 0.00 0.02 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.02 0.26 0.05 0.00 0.03 0.49 0.00 0.76 0.07
O4' 0.00 0.12 0.01 0.01 0.04 0.00 0.15 0.01 0.19 0.01 0.07 0.21 0.14 0.16 0.03 0.00 0.03 0.32 0.74 0.31
O5' 0.25 0.18 0.54 0.26 0.48 0.01 0.65 0.00 0.64 0.36 0.28 0.04 0.31 0.03 0.49 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.21 0.52 0.01 0.31 0.03 0.27 0.33 0.20 0.28 0.18 0.40 0.82 0.06 0.44 0.00 0.32 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.58 0.81 0.04 0.08 0.76 0.19 0.66 0.15 0.63 0.71 0.83 0.83 0.07 0.04 0.76 0.74 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.23 0.35 0.11 0.05 0.11 0.25 0.01 0.22 0.04 0.15 0.40 0.22 0.04 0.07 0.31 0.01 0.01 0.01 0.00