ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50315

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.011, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.000, 0.015, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C5 A 0, 0.000, 0.017, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.018
N1 A 0, 0.000, 0.019, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.019 std_dev=0.019
N3 A 0, 0.000, 0.021, 0.042, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.021
O6 A 0, 0.000, 0.022, 0.045, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.022 std_dev=0.022
C4 A 0, 0.000, 0.025, 0.050, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.025 std_dev=0.025
N9 A 0, 0.000, 0.027, 0.054, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.027 std_dev=0.027
N7 A 0, 0.000, 0.028, 0.056, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.028 std_dev=0.028
C8 A 0, 0.000, 0.039, 0.078, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.039 std_dev=0.039
N2 A 0, 0.000, 0.041, 0.082, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.041 std_dev=0.041
O4' A 0, 0.000, 0.071, 0.141, 0.141 max_d=0.141 avg_d=0.071 std_dev=0.071
C2' A 0, 0.000, 0.107, 0.215, 0.215 max_d=0.215 avg_d=0.107 std_dev=0.107
C4' A 0, 0.000, 0.117, 0.235, 0.235 max_d=0.235 avg_d=0.117 std_dev=0.117
C3' A 0, 0.000, 0.128, 0.256, 0.256 max_d=0.256 avg_d=0.128 std_dev=0.128
O2' A 0, 0.000, 0.204, 0.408, 0.408 max_d=0.408 avg_d=0.204 std_dev=0.204
C5' A 0, 0.000, 0.206, 0.412, 0.412 max_d=0.412 avg_d=0.206 std_dev=0.206
O5' A 0, 0.000, 0.283, 0.566, 0.566 max_d=0.566 avg_d=0.283 std_dev=0.283
O3' A 0, 0.000, 0.288, 0.576, 0.576 max_d=0.576 avg_d=0.288 std_dev=0.288
O4' B 0, 0.000, 0.295, 0.589, 0.589 max_d=0.589 avg_d=0.295 std_dev=0.295
C6 B 0, 0.000, 0.322, 0.645, 0.645 max_d=0.645 avg_d=0.322 std_dev=0.322
C4' B 0, 0.000, 0.339, 0.678, 0.678 max_d=0.678 avg_d=0.339 std_dev=0.339
C1' B 0, 0.000, 0.342, 0.683, 0.683 max_d=0.683 avg_d=0.342 std_dev=0.342
N1 B 0, 0.000, 0.365, 0.729, 0.729 max_d=0.729 avg_d=0.365 std_dev=0.365
C3' B 0, 0.000, 0.373, 0.745, 0.745 max_d=0.745 avg_d=0.373 std_dev=0.373
OP1 A 0, 0.000, 0.375, 0.749, 0.749 max_d=0.749 avg_d=0.375 std_dev=0.375
P A 0, 0.000, 0.391, 0.782, 0.782 max_d=0.782 avg_d=0.391 std_dev=0.391
C5 B 0, 0.000, 0.398, 0.796, 0.796 max_d=0.796 avg_d=0.398 std_dev=0.398
C2' B 0, 0.000, 0.411, 0.822, 0.822 max_d=0.822 avg_d=0.411 std_dev=0.411
C5' B 0, 0.000, 0.484, 0.967, 0.967 max_d=0.967 avg_d=0.484 std_dev=0.484
C2 B 0, 0.000, 0.485, 0.971, 0.971 max_d=0.971 avg_d=0.485 std_dev=0.485
OP2 A 0, 0.000, 0.490, 0.980, 0.980 max_d=0.980 avg_d=0.490 std_dev=0.490
O2' B 0, 0.000, 0.514, 1.028, 1.028 max_d=1.028 avg_d=0.514 std_dev=0.514
C4 B 0, 0.000, 0.520, 1.040, 1.040 max_d=1.040 avg_d=0.520 std_dev=0.520
OP1 B 0, 0.000, 0.524, 1.048, 1.048 max_d=1.048 avg_d=0.524 std_dev=0.524
N3 B 0, 0.000, 0.551, 1.102, 1.102 max_d=1.102 avg_d=0.551 std_dev=0.551
O2 B 0, 0.000, 0.560, 1.120, 1.120 max_d=1.120 avg_d=0.560 std_dev=0.560
O3' B 0, 0.000, 0.604, 1.209, 1.209 max_d=1.209 avg_d=0.604 std_dev=0.604
O5' B 0, 0.000, 0.619, 1.239, 1.239 max_d=1.239 avg_d=0.619 std_dev=0.619
O4 B 0, 0.000, 0.630, 1.260, 1.260 max_d=1.260 avg_d=0.630 std_dev=0.630
P B 0, 0.000, 0.685, 1.371, 1.371 max_d=1.371 avg_d=0.685 std_dev=0.685
OP2 B 0, 0.000, 1.245, 2.491, 2.491 max_d=2.491 avg_d=1.245 std_dev=1.245

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.08 0.01 0.06 0.04 0.05
C2 0.02 0.00 0.08 0.08 0.00 0.04 0.01 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.11 0.11 0.01 0.18 0.01 0.17 0.20 0.18
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.05 0.01 0.05 0.01 0.06 0.00 0.07 0.09 0.07 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.07 0.05 0.04 0.10 0.06
C3' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.02 0.06 0.00 0.07 0.09 0.06 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.05 0.03 0.08 0.04
C4 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.06 0.00 0.16 0.01 0.15 0.14 0.15
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.05 0.03 0.00 0.00 0.05 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03
C5 0.00 0.01 0.05 0.05 0.00 0.01 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.07 0.01 0.18 0.01 0.17 0.15 0.18
C5' 0.03 0.09 0.01 0.02 0.08 0.00 0.09 0.00 0.09 0.05 0.09 0.10 0.08 0.07 0.06 0.05 0.03 0.02 0.01 0.08 0.01 0.00 0.02
C6 0.00 0.01 0.06 0.06 0.00 0.01 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.09 0.02 0.18 0.00 0.19 0.18 0.19
C8 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.13 0.02 0.13 0.04 0.11
N1 0.01 0.00 0.07 0.07 0.01 0.03 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.10 0.11 0.00 0.19 0.00 0.18 0.21 0.19
N2 0.03 0.00 0.09 0.09 0.00 0.05 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.14 0.13 0.02 0.18 0.01 0.17 0.21 0.18
N3 0.02 0.00 0.07 0.06 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.10 0.08 0.01 0.16 0.00 0.14 0.17 0.15
N7 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.16 0.02 0.17 0.10 0.16
N9 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.01 0.12 0.08 0.11
O2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.06 0.05 0.05 0.05 0.07 0.01 0.10 0.14 0.10 0.02 0.01 0.00 0.05 0.03 0.01 0.06 0.02 0.06 0.01
O3' 0.02 0.11 0.01 0.00 0.06 0.03 0.07 0.03 0.09 0.00 0.11 0.13 0.08 0.04 0.01 0.05 0.00 0.03 0.00 0.09 0.01 0.12 0.02
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.00 0.05 0.03 0.04 0.03 0.01
O5' 0.08 0.18 0.07 0.04 0.16 0.00 0.18 0.01 0.18 0.13 0.19 0.18 0.16 0.16 0.13 0.01 0.00 0.05 0.00 0.18 0.02 0.02 0.00
O6 0.01 0.01 0.05 0.05 0.01 0.01 0.01 0.08 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.06 0.09 0.03 0.18 0.00 0.20 0.18 0.20
OP1 0.06 0.17 0.04 0.03 0.15 0.01 0.17 0.01 0.19 0.13 0.18 0.17 0.14 0.17 0.12 0.02 0.01 0.04 0.02 0.20 0.00 0.01 0.00
OP2 0.04 0.20 0.10 0.08 0.14 0.01 0.15 0.00 0.18 0.04 0.21 0.21 0.17 0.10 0.08 0.06 0.12 0.03 0.02 0.18 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.18 0.06 0.04 0.15 0.03 0.18 0.02 0.19 0.11 0.19 0.18 0.15 0.16 0.11 0.01 0.02 0.01 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.24 0.13 0.04 0.21 0.10 0.13 0.22 0.10 0.15 0.26 0.29 0.20 0.04 0.25 0.02 0.27 0.13 0.75 0.31
C2 0.10 0.21 0.17 0.05 0.16 0.04 0.08 0.18 0.07 0.13 0.21 0.27 0.24 0.18 0.18 0.01 0.25 0.24 0.76 0.32
C2' 0.10 0.23 0.14 0.02 0.21 0.07 0.13 0.18 0.10 0.15 0.25 0.29 0.20 0.03 0.24 0.01 0.22 0.12 0.68 0.26
C3' 0.11 0.23 0.15 0.02 0.20 0.06 0.13 0.15 0.11 0.15 0.24 0.28 0.22 0.06 0.23 0.00 0.19 0.09 0.61 0.21
C4 0.11 0.22 0.17 0.04 0.18 0.06 0.11 0.20 0.09 0.14 0.23 0.27 0.24 0.15 0.21 0.01 0.25 0.19 0.76 0.30
C4' 0.10 0.24 0.12 0.07 0.21 0.10 0.13 0.19 0.10 0.15 0.25 0.29 0.19 0.17 0.24 0.01 0.22 0.08 0.64 0.25
C5 0.10 0.19 0.17 0.07 0.14 0.05 0.08 0.19 0.07 0.12 0.19 0.24 0.23 0.23 0.16 0.02 0.24 0.22 0.76 0.30
C5' 0.12 0.22 0.14 0.03 0.19 0.05 0.14 0.11 0.12 0.16 0.23 0.26 0.21 0.17 0.22 0.03 0.14 0.00 0.48 0.14
C6 0.08 0.16 0.16 0.08 0.10 0.04 0.04 0.18 0.04 0.09 0.15 0.21 0.23 0.26 0.12 0.03 0.24 0.27 0.73 0.30
C8 0.10 0.21 0.17 0.03 0.18 0.08 0.12 0.22 0.09 0.14 0.22 0.26 0.22 0.15 0.21 0.02 0.26 0.15 0.76 0.29
N1 0.09 0.17 0.17 0.07 0.12 0.04 0.05 0.18 0.04 0.11 0.17 0.23 0.24 0.23 0.14 0.02 0.24 0.27 0.74 0.31
N2 0.11 0.22 0.17 0.05 0.16 0.04 0.09 0.18 0.07 0.14 0.22 0.28 0.25 0.17 0.19 0.00 0.25 0.25 0.75 0.32
N3 0.11 0.23 0.17 0.03 0.19 0.05 0.11 0.19 0.09 0.15 0.24 0.29 0.24 0.13 0.22 0.00 0.25 0.20 0.76 0.31
N7 0.09 0.18 0.17 0.07 0.14 0.06 0.08 0.21 0.07 0.12 0.18 0.23 0.22 0.25 0.16 0.02 0.25 0.20 0.76 0.29
N9 0.11 0.23 0.16 0.01 0.20 0.08 0.13 0.21 0.10 0.15 0.24 0.28 0.23 0.09 0.23 0.01 0.26 0.15 0.76 0.30
O2' 0.05 0.19 0.06 0.10 0.17 0.12 0.09 0.22 0.06 0.10 0.21 0.24 0.12 0.13 0.20 0.05 0.27 0.14 0.72 0.31
O3' 0.10 0.20 0.11 0.03 0.17 0.05 0.11 0.11 0.09 0.13 0.21 0.25 0.17 0.10 0.20 0.01 0.15 0.07 0.54 0.18
O4' 0.08 0.24 0.11 0.08 0.21 0.13 0.13 0.24 0.10 0.15 0.26 0.29 0.18 0.14 0.25 0.03 0.29 0.12 0.74 0.32
O5' 0.07 0.15 0.14 0.02 0.13 0.05 0.09 0.10 0.08 0.10 0.15 0.17 0.18 0.03 0.15 0.02 0.11 0.01 0.41 0.09
O6 0.06 0.12 0.15 0.09 0.06 0.04 0.01 0.17 0.01 0.07 0.11 0.18 0.21 0.29 0.07 0.04 0.23 0.31 0.69 0.29
OP1 0.14 0.13 0.18 0.12 0.13 0.12 0.13 0.12 0.14 0.14 0.13 0.12 0.17 0.01 0.13 0.11 0.10 0.16 0.09 0.12
OP2 0.15 0.13 0.05 0.10 0.16 0.21 0.19 0.21 0.18 0.15 0.14 0.09 0.02 0.05 0.16 0.23 0.21 0.21 0.37 0.17
P 0.01 0.02 0.06 0.01 0.02 0.06 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.03 0.08 0.00 0.02 0.06 0.07 0.01 0.28 0.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.01 0.00 0.05 0.11 0.12 0.02
C2 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.07 0.15 0.09 0.03
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.10 0.11 0.23 0.06
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.04 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.07 0.11 0.24 0.02
C4 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.08 0.17 0.04 0.04
C4' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.12 0.01
C5 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.08 0.17 0.02 0.03
C5' 0.03 0.04 0.04 0.02 0.06 0.00 0.07 0.00 0.06 0.05 0.05 0.03 0.02 0.05 0.06 0.01 0.00 0.06 0.09 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.07 0.16 0.04 0.02
N1 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.07 0.14 0.09 0.03
N3 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.07 0.17 0.07 0.04
O2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.07 0.00 0.00 0.06 0.15 0.11 0.03
O2' 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.13 0.01 0.00 0.09 0.10 0.25 0.06
O3' 0.06 0.04 0.05 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.02 0.02 0.03 0.07 0.13 0.00 0.02 0.03 0.00 0.17 0.18 0.08
O4 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.07 0.17 0.02 0.04
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.07 0.05 0.02
O5' 0.05 0.07 0.10 0.07 0.08 0.01 0.08 0.00 0.07 0.07 0.07 0.06 0.09 0.00 0.07 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.11 0.15 0.11 0.11 0.17 0.04 0.17 0.06 0.16 0.14 0.17 0.15 0.10 0.17 0.17 0.07 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.12 0.09 0.23 0.24 0.04 0.12 0.02 0.09 0.04 0.09 0.07 0.11 0.25 0.18 0.02 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.03 0.06 0.02 0.04 0.01 0.03 0.00 0.02 0.03 0.04 0.03 0.06 0.08 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00